快递：目前最高能量的X-ray Laser和蛋白微结晶 - Biology版

本页内容为未名空间相应帖子的节选和存档，一周内的贴子最多显示50字，超过一周显示500字访问原贴

Biology版 - 快递：目前最高能量的X-ray Laser和蛋白微结晶

相关主题
● [求助] 谁有这本晶体书的电子版啊？	● How to confirm there is a cation binding pocket on protein?
● 攻坚结构生物学难题清华学生在《自然》发表学术论文	● Summary for that Free Electron Laser
● SBIG: Channels	● 蛋白结晶电子书求助
● Re: 谁有经验？关于dimerization 和 native gel	● 浙江AF大学招聘
● Re: 请教一个蛋白质晶体结构的问题	● 外行再问个名词啥意思“cyclic analogues”
● Re: ask a question of paper submission	● 一位中国dental hygienist 需要大家帮助
● 有人用rna later么	● 谣言：Michael Karin 要到 MD Anderson了。
● Multi-channel pipette	● 看来做结构的在版上很被鄙视阿

相关话题的讨论汇总
话题: crystals话题: crystal话题: 晶体话题: twinned

进入Biology版参与讨论

(共1页)

C*******e
发帖数: 4348

刚从一个会议回来
有个talk就像放了一颗卫星一样引起大家广泛关注和讨论
不知道版上有没有讨论过
写下来和大家分享哈
就是斯坦福搞了个超级强大的Free Electron Laser
"ultra fast",大概3-60 fs
"extreme high intensity"，差不多是目前第三代Synchrotron的10^12倍(十的十二次方)
Linear的，占地小
最神奇的是Arizona State一个组用这个超级高能的Laser做蛋白结晶的衍射
不仅能收集到衍射pattern
而且居然没有 crystal damage
最最神奇的是，不需要大的蛋白晶体了
都用的nm scale的，大概只有几百个分子的，肉眼看不到的晶体
全部全自动，用auto sampler上样
不需要在cryo-protect，不要mount，不用rotate。。。。
甚至可以遥控的搜集数据
但是数据量非常之大，大到必须要考到硬盘上寄走，无法直接联网下载
talk之后传统搞结构的纷纷喜忧参半
因为大概十年内大家都会开始用这种方法得到蛋白结晶的衍射数据
不用再长很大的晶体会使解构容易不止十倍
以前学的各种t

s******y
发帖数: 28562

Wow, that's huge

【在 C*******e 的大作中提到】

: 刚从一个会议回来
: 有个talk就像放了一颗卫星一样引起大家广泛关注和讨论
: 不知道版上有没有讨论过
: 写下来和大家分享哈
: 就是斯坦福搞了个超级强大的Free Electron Laser
: "ultra fast",大概3-60 fs
: "extreme high intensity"，差不多是目前第三代Synchrotron的10^12倍(十的十二次方)
: Linear的，占地小
: 最神奇的是Arizona State一个组用这个超级高能的Laser做蛋白结晶的衍射
: 不仅能收集到衍射pattern

i***R
发帖数: 663

OMG, how much is that machine...

C*******e
发帖数: 4348

是啊，其实这个Free Electron Laser在2006年就建了
我一会儿贴个图上去，是第一个用FEL衍射然后“解构”的一张图片，是发表在2006年
的Nature
Physics上的
给talk的那个组就要发Science文章了，他们是第一个用这个FEL搞蛋白结构的
一开始没有任何一个组织愿意给他们资助
因为没有人相信这么大的能量下蛋白不会被摧毁，
没有人能相信他们能拿到衍射数据
现在嘛，$$$$滚滚而来啊～
而且可以说是将会彻底改变蛋白结晶的现状

【在 s******y 的大作中提到】

: Wow, that's huge

i***R
发帖数: 663

此乃未来高通量蛋白结构测定仪的前身。

a***e
发帖数: 1010

that's so cool.

s******y
发帖数: 28562

Yeah, if this technique turns out to be effective and availble for more
people,
in less than a decade, protein structure study will become a routine test
just like DNA sequencing.
A lot of protein structure groups are going to cry, for sure.

【在 C*******e 的大作中提到】

: 是啊，其实这个Free Electron Laser在2006年就建了
: 我一会儿贴个图上去，是第一个用FEL衍射然后“解构”的一张图片，是发表在2006年
: 的Nature
: Physics上的
: 给talk的那个组就要发Science文章了，他们是第一个用这个FEL搞蛋白结构的
: 一开始没有任何一个组织愿意给他们资助
: 因为没有人相信这么大的能量下蛋白不会被摧毁，
: 没有人能相信他们能拿到衍射数据
: 现在嘛，$$$$滚滚而来啊～
: 而且可以说是将会彻底改变蛋白结晶的现状

C*******e
发帖数: 4348

我不觉得一个实验室可以买一台哈
目前全世界只有Stanford有
不过可以想象这个talk之后（还有这篇文章发表以后）各地会纷纷上马建FEL

【在 i***R 的大作中提到】

: OMG, how much is that machine...

C*******e
发帖数: 4348

修改原文的时候怎么贴图啊？贴不出来，我放这里好了
这是2006年Nature Physics上发表的
那会儿FEL刚刚建好
这可能是第一个用FEL衍射然后解出来的图形了
2009年FEL才对公众开放运营

【在 i***R 的大作中提到】

: OMG, how much is that machine...

C*******e
发帖数: 4348

一点不错
这个完全可以做到高通量
我刚刚加入一个搞一点结构的实验室
然后会议开完以后我以前phd的老板跟我说：别再费时间学习晶体结构了啊

test

【在 s******y 的大作中提到】

: Yeah, if this technique turns out to be effective and availble for more
: people,
: in less than a decade, protein structure study will become a routine test
: just like DNA sequencing.
: A lot of protein structure groups are going to cry, for sure.

相关主题
● Re: ask a question of paper submission	● How to confirm there is a cation binding pocket on protein?
● 有人用rna later么	● Summary for that Free Electron Laser
● Multi-channel pipette	● 蛋白结晶电子书求助
进入Biology版参与讨论

i***e
发帖数: 11

I had heard this result a lot recently. Right now the resolution is only
around 8A. But they expect to reach 2A in December 2010. Also time-resolving
events are expected to be observed by this technique. However, I think
there is a still long way to go before it can fully replace the old method.
For example, one critical thing in the experiment is to control the size of
the crystals to be tens of the unit cell, not too big nor too small, which
could be really hard to do.

C*******e
发帖数: 4348

"to control the size of the crystals to be tens of the unit cell"
这个什么意思哪？
不过如果说是高通量的
他们直接把不符合要求的数据丢掉就完了
不管如何，肯定是代表了蛋白结晶、解构的将来
很多技术上的难题也许会比想象的更快解决

i***e
发帖数: 11

Diffracted X-ray laser contains phase information.So theoretically, one
molecule should be enough to obtain the whole 3D structure. But proteins are
too fragile in Xray laser (the radiation damage), therefore crystals are
still required right now. One the other hand, big crystals (consist of
millions of unit cells)make computation too complicated, even impossible. So
the size of the crystal is critical. Tens of unit cells right now are the
proper size which has the scale of nanometer. If you do

C*******e
发帖数: 4348

非常受教
拭目以待哈

one
proteins are
are
impossible. So
the
crystallization, you
condition.
of
technique is

【在 i***e 的大作中提到】

: Diffracted X-ray laser contains phase information.So theoretically, one
: molecule should be enough to obtain the whole 3D structure. But proteins are
: too fragile in Xray laser (the radiation damage), therefore crystals are
: still required right now. One the other hand, big crystals (consist of
: millions of unit cells)make computation too complicated, even impossible. So
: the size of the crystal is critical. Tens of unit cells right now are the
: proper size which has the scale of nanometer. If you do

p*******r
发帖数: 4048

Will he get a Nobel prize? :)

【在 C*******e 的大作中提到】

: 非常受教
: 拭目以待哈
:
: one
: proteins are
: are
: impossible. So
: the
: crystallization, you
: condition.

p*******r
发帖数: 4048

I looked at the paper. It seems the big thing is that only two-dimensional
crystals are required, so solving membranes proteins will be easy.

【在 C*******e 的大作中提到】

: 非常受教
: 拭目以待哈
:
: one
: proteins are
: are
: impossible. So
: the
: crystallization, you
: condition.

C*******e
发帖数: 4348

蛋白结构的paper已经出来了？会上的时候才说准备发呢

dimensional

【在 p*******r 的大作中提到】

: I looked at the paper. It seems the big thing is that only two-dimensional
: crystals are required, so solving membranes proteins will be easy.

w******y
发帖数: 8040

cooooool

次方)

【在 C*******e 的大作中提到】

g*****p
发帖数: 451

听上去蛮有意思的
想问问波长可调不？能到多少？

次方)

【在 C*******e 的大作中提到】

O******e
发帖数: 4845

俺现在就等着iPS技术实现常规化啦

次方)

【在 C*******e 的大作中提到】

相关主题
● 浙江AF大学招聘	● 谣言：Michael Karin 要到 MD Anderson了。
● 外行再问个名词啥意思“cyclic analogues”	● 看来做结构的在版上很被鄙视阿
● 一位中国dental hygienist 需要大家帮助	● 太好了，11公和其他结晶体的都要失业了，杀老鼠的wsn们都高兴了
进入Biology版参与讨论

p*******r
发帖数: 4048

Maybe other similar papers...

【在 C*******e 的大作中提到】

: 蛋白结构的paper已经出来了？会上的时候才说准备发呢
:
: dimensional

n****n
发帖数: 434

good thing~

t****p
发帖数: 1504

A big wow!

次方)

【在 C*******e 的大作中提到】

l**n
发帖数: 109

大晶体可以捣碎了过一个大筛子再过一个小筛子就选出合适大小的了。或者在晶体生长
的不同时间取样

are
So
you
condition.
is

【在 i***e 的大作中提到】

l**n
发帖数: 109

感觉原来的软件都还有用，只需要换一个phasing的软件

次方)

【在 C*******e 的大作中提到】

C*******e
发帖数: 4348

同意。
我也觉得就原来要长大的晶体相比，得到“正好”大小的晶体这个问题要容易解决得多
而且就算你不知道你的晶体合不合适
统统拿去做就是了
把不合适的data set扔掉就是
相比较而言，很多软件还是有用的
另外需要更好的方法提前筛选过滤掉没有用的数据
不然庞大的数据如何储存、人工分拣都会是个问题
喜忧参半的忧的不是处理衍射数据这一块
而是忧的前半段（得到最优结晶条件、seeding啊，looping啊，mounting啊，cryo-
protect
啊的那些经验好多都没有用了）
就好象在自动车超级普及的今天，虽然也有人开手动的，但是“会开手动车”这一点并
不能给你带来任
何优势，只要通公路的地方，你能去，别人也能去。

【在 l**n 的大作中提到】

: 大晶体可以捣碎了过一个大筛子再过一个小筛子就选出合适大小的了。或者在晶体生长
: 的不同时间取样
:
: are
: So
: you
: condition.
: is

l**n
发帖数: 109

accessibility会是一个问题吧。其它的synchrotron都是一个加速器很多beamline。这
个好象需要不断的inject electron，undulator也很复杂,不知道能建几条beamline

【在 C*******e 的大作中提到】

: 同意。
: 我也觉得就原来要长大的晶体相比，得到“正好”大小的晶体这个问题要容易解决得多
: 而且就算你不知道你的晶体合不合适
: 统统拿去做就是了
: 把不合适的data set扔掉就是
: 相比较而言，很多软件还是有用的
: 另外需要更好的方法提前筛选过滤掉没有用的数据
: 不然庞大的数据如何储存、人工分拣都会是个问题
: 喜忧参半的忧的不是处理衍射数据这一块
: 而是忧的前半段（得到最优结晶条件、seeding啊，looping啊，mounting啊，cryo-

C*******e
发帖数: 4348

恩，现在只有一条
以后慢慢的会多起来吧
它没有synchrotron那么占地方
应该也是可以多弄几台的吧
造价就不知道了

【在 l**n 的大作中提到】

: accessibility会是一个问题吧。其它的synchrotron都是一个加速器很多beamline。这
: 个好象需要不断的inject electron，undulator也很复杂,不知道能建几条beamline

c******g
发帖数: 19294

very well said
//admire

【在 C*******e 的大作中提到】

y***i
发帖数: 11639

对做生物的是个好消息，对做结晶的实在有些不妙啊。

生长

【在 C*******e 的大作中提到】

相关主题
● 如果有了crystal structure,H/D exchange有什么额外的好处么	● 攻坚结构生物学难题清华学生在《自然》发表学术论文
● 感觉做结构好像实用性不强	● SBIG: Channels
● [求助] 谁有这本晶体书的电子版啊？	● Re: 谁有经验？关于dimerization 和 native gel
进入Biology版参与讨论

p*******r
发帖数: 4048

我在想我要不要自己搭一个。：）

【在 y***i 的大作中提到】

: 对做生物的是个好消息，对做结晶的实在有些不妙啊。
:
: 生长

y***i
发帖数: 11639

这个不需要吧？
我倒强烈建议你回国建立个肿瘤组织的库，收集全国切割下的肿瘤。我觉得对癌症研究
太有用了。首先是非常简单，其次根据我的经验，肿瘤的RNA和DNA数据的power，和样
本量成强烈的正比关系。那么多肿瘤组织没有集中研究太可惜了。

【在 p*******r 的大作中提到】

: 我在想我要不要自己搭一个。：）

O******e
发帖数: 4845

国内对结构的大笔投资，是不是也快要考虑转向了？？

【在 y***i 的大作中提到】

: 这个不需要吧？
: 我倒强烈建议你回国建立个肿瘤组织的库，收集全国切割下的肿瘤。我觉得对癌症研究
: 太有用了。首先是非常简单，其次根据我的经验，肿瘤的RNA和DNA数据的power，和样
: 本量成强烈的正比关系。那么多肿瘤组织没有集中研究太可惜了。

g****u
发帖数: 1422

有幸听了这个报告，Dr. Petra Fromme讲的，很吃惊也很兴奋。确实是很牛很牛的技术。
马上science就能看到了，名单很长的说

次方)

【在 C*******e 的大作中提到】

g****u
发帖数: 1422

就是因为速度很快，快到晶体被照射后还没来得及爆炸。。。

次方)

【在 C*******e 的大作中提到】

y******n
发帖数: 9

好像已经常规化了吧？

【在 O******e 的大作中提到】

: 俺现在就等着iPS技术实现常规化啦
:
: 次方)

E********8
发帖数: 22

Can you tell a bit more information? I don't see a real breakthrough yet,
except for the crystal size. How do they solve the phase problem?

次方)

【在 C*******e 的大作中提到】

w**********a
发帖数: 697

I guess they used LCLS, a highly coherent x-ray source with high intensity.
The phase info is encoded in the interference/speckles.
It is a costy project supported by DOE. There may be 5-7 stations if this
one is developed, if I remember correctly.

【在 E********8 的大作中提到】

: Can you tell a bit more information? I don't see a real breakthrough yet,
: except for the crystal size. How do they solve the phase problem?
:
: 次方)

g*********r
发帖数: 9366

对做结晶的PI不妙了，但是对于只想找工作的结晶Ph.D 是利好消息啊
今后各个地方都需要扩招这种人手了，没啥技术含量，就跟跑HPLC的 associate 一样
，只不过pay 得多点而已

【在 y***i 的大作中提到】

C*******e
发帖数: 4348

我倒是和你想得相反
对于做结晶的PI，人家都已经混出来了，也没啥了吧
结晶也更容易了
对于学结晶的phd，那可不怎么妙
一个是人家不需要人海战术了
一个是以前的trick、积累的经验，很多都没有用了

【在 g*********r 的大作中提到】

: 对做结晶的PI不妙了，但是对于只想找工作的结晶Ph.D 是利好消息啊
: 今后各个地方都需要扩招这种人手了，没啥技术含量，就跟跑HPLC的 associate 一样
: ，只不过pay 得多点而已

相关主题
● Re: 谁有经验？关于dimerization 和 native gel	● 有人用rna later么
● Re: 请教一个蛋白质晶体结构的问题	● Multi-channel pipette
● Re: ask a question of paper submission	● How to confirm there is a cation binding pocket on protein?
进入Biology版参与讨论

g*********r
发帖数: 9366

这个我觉着不是这样
对于PI来说，如果已经功成名就了，就等退休拿pension的，确实没啥，
但是对于还要申请funding 的，大大的不妙了-- 为什么NIH要把钱给你？一个谁找俩
薄厚就能搞的东西，为啥给你大笔funding?
对于PhD 如果还没入门的就算了，我说的是对于已经senior 或者毕业的学生，还是利
好的
光接结构的流程，用的程序，就不是一个搞biochemistry的人能搞定的，虽说前面
搞结晶要trick，后面接结构，你让一个没摸门的搞，他也搞不定。没有自己数据顺
一遍，根本就没有那个机会去熟悉后面的东西。
这就是结晶学的一个特点--将来做一个有点专长的tech.而已
而去除了结晶的不确定性，大公司也可以能扩展结构组。往里面投钱，就能出东西
。这还是要扩招人手的。

【在 C*******e 的大作中提到】

: 我倒是和你想得相反
: 对于做结晶的PI，人家都已经混出来了，也没啥了吧
: 结晶也更容易了
: 对于学结晶的phd，那可不怎么妙
: 一个是人家不需要人海战术了
: 一个是以前的trick、积累的经验，很多都没有用了

y***i
发帖数: 11639

Good point，就是学院里的位置会有危险，公司里的位置可能大大增加。

【在 g*********r 的大作中提到】

: 这个我觉着不是这样
: 对于PI来说，如果已经功成名就了，就等退休拿pension的，确实没啥，
: 但是对于还要申请funding 的，大大的不妙了-- 为什么NIH要把钱给你？一个谁找俩
: 薄厚就能搞的东西，为啥给你大笔funding?
: 对于PhD 如果还没入门的就算了，我说的是对于已经senior 或者毕业的学生，还是利
: 好的
: 光接结构的流程，用的程序，就不是一个搞biochemistry的人能搞定的，虽说前面
: 搞结晶要trick，后面接结构，你让一个没摸门的搞，他也搞不定。没有自己数据顺
: 一遍，根本就没有那个机会去熟悉后面的东西。
: 这就是结晶学的一个特点--将来做一个有点专长的tech.而已

o2
发帖数: 2764

I don't know why everyone is so excited?
1. If they claim there is no radiation damage, which means they collect at
most one frame per crystal, otherwise I can't figure out a reason why such a
strong beam did not damage crystal. And if so, we need tons of suitable
size of crystals, which will equal the same amount of time to optimize the
crystallization.
2. "全部全自动，用auto sampler上样, 甚至可以遥控的搜集数据", to be honest,
most Synchrotron sources have this technique years ago.
3. "不需要在cryo-protect，不要mount", y

E********8
发帖数: 22

Definitely free electron laser is a much advanced x-ray source and it would
be likely to use micro-crystals. Nevertheless, we still need crystals, even
if they are small. I don't think small crystals are much easier to grow than
big ones.
In addition, how do you solve the structure once you obtain the diffraction
data? The key question is still to get the phases. I know there is a over-
sampling method for single particle diffraction. I don't think this method
can be applied to the crystal diffr

【在 w**********a 的大作中提到】

: I guess they used LCLS, a highly coherent x-ray source with high intensity.
: The phase info is encoded in the interference/speckles.
: It is a costy project supported by DOE. There may be 5-7 stations if this
: one is developed, if I remember correctly.

o2
发帖数: 2764

Exactly, if this resource did not need crystal, yes that is big huge monster breakthrough.
Once you still need to get crystal, which is the rate-limited step for
structural biology, it does not save huge amount of time, people still need to struggle to get crystals. As to the phase issue, LZ did not mention it, I think they use molecular replacement. Otherwise I can't imagine a stronger beam source will help us to solve the phase instantly.

would
even
than
diffraction

【在 E********8 的大作中提到】

: Definitely free electron laser is a much advanced x-ray source and it would
: be likely to use micro-crystals. Nevertheless, we still need crystals, even
: if they are small. I don't think small crystals are much easier to grow than
: big ones.
: In addition, how do you solve the structure once you obtain the diffraction
: data? The key question is still to get the phases. I know there is a over-
: sampling method for single particle diffraction. I don't think this method
: can be applied to the crystal diffr

y***i
发帖数: 11639

小晶体容易拿到。我知道有个哥们总拿晶体，绝大部分不diffract。显然是晶体大了
有缺陷，但这些晶体小的时候的质量很可能足够好可以使用。

monster breakthrough.
need to struggle to get crystals. As to the phase issue, LZ did not mention
it, I think they use molecular replacement. Otherwise I can't imagine a
stronger beam source will help us to:
over-
method

【在 o2 的大作中提到】

: Exactly, if this resource did not need crystal, yes that is big huge monster breakthrough.
: Once you still need to get crystal, which is the rate-limited step for
: structural biology, it does not save huge amount of time, people still need to struggle to get crystals. As to the phase issue, LZ did not mention it, I think they use molecular replacement. Otherwise I can't imagine a stronger beam source will help us to solve the phase instantly.
:
: would
: even
: than
: diffraction

E********8
发帖数: 22

Crystallography makes crystal clear. For biologist, crystallography is a
tool, although it has more functions than you thought in other disciplines.
We use the method getting the structure, just like we observe cells using
microscope. The structure is just a start. One needs to generate testable
hypothesis based on the structure. What structural biologist want to
understand is the structure-function relationship. In the future,it would be
difficult to publish structure only. We need a "story",

【在 g*********r 的大作中提到】

o2
发帖数: 2764

"小晶体容易拿到", based on this statement, I know you are not a
crystallographer. When "绝大部分不diffract", something is wrong with your
protein packing, which will cause poor resolution even the crystal is small.
Did the original group set up side by side control saying that the small
crystal diffracts better than the big ones from the same protein?
Again, I would say there is no magic here. Only big advantage I can think is
that your crystal will never grow bigger no matter what you do. But when
this hap

【在 y***i 的大作中提到】

: 小晶体容易拿到。我知道有个哥们总拿晶体，绝大部分不diffract。显然是晶体大了
: 有缺陷，但这些晶体小的时候的质量很可能足够好可以使用。
:
: monster breakthrough.
: need to struggle to get crystals. As to the phase issue, LZ did not mention
: it, I think they use molecular replacement. Otherwise I can't imagine a
: stronger beam source will help us to:
: over-
: method

E********8
发帖数: 22

Then, it should not be a big deal. The novelty is perhaps the first
structrue solved using "Free electron laser".
About the radiation damages, they are always there, which is physics.
However, if ultrashort x-ray pulse is used, one can record a "radiation-damage-free
" picture before coulomb explosion.

monster breakthrough.
need to struggle to get crystals. As to the phase issue, LZ did not mention
it, I think they use molecular replacement. Otherwise I can't imagine a
stronger beam source will

【在 o2 的大作中提到】

o2
发帖数: 2764

Yes, I think it gets published on Science (confirmed?) is because that it is
the 1st Free electron laser structure. It directs the new power source for
the later development.
Yes, for the radiation damage, I think they can avoid it by just collecting
one frame per crystal, that is why they say they don't need to rotate the
crystal.
Again, once it still needs crystal, I don't see why this is a milestone
technique breakthrough. Only when we find some technique that does not
require crystal formati

【在 E********8 的大作中提到】

: Then, it should not be a big deal. The novelty is perhaps the first
: structrue solved using "Free electron laser".
: About the radiation damages, they are always there, which is physics.
: However, if ultrashort x-ray pulse is used, one can record a "radiation-damage-free
: " picture before coulomb explosion.
:
: monster breakthrough.
: need to struggle to get crystals. As to the phase issue, LZ did not mention
: it, I think they use molecular replacement. Otherwise I can't imagine a
: stronger beam source will

相关主题
● Summary for that Free Electron Laser	● 外行再问个名词啥意思“cyclic analogues”
● 蛋白结晶电子书求助	● 一位中国dental hygienist 需要大家帮助
● 浙江AF大学招聘	● 谣言：Michael Karin 要到 MD Anderson了。
进入Biology版参与讨论

E********8
发帖数: 22

I agree with you. In the meanwhile, with excellent x-ray source, we have
better chance to obtain better datasets by screening microcrystals.

small.
is
or

【在 o2 的大作中提到】

: "小晶体容易拿到", based on this statement, I know you are not a
: crystallographer. When "绝大部分不diffract", something is wrong with your
: protein packing, which will cause poor resolution even the crystal is small.
: Did the original group set up side by side control saying that the small
: crystal diffracts better than the big ones from the same protein?
: Again, I would say there is no magic here. Only big advantage I can think is
: that your crystal will never grow bigger no matter what you do. But when
: this hap

E********8
发帖数: 22

There are methods needing no crystals :-) In the ideal world, NMR, cryo-EM,
or say, single particle diffraction will work out. In the reality, ....

is
for
collecting

【在 o2 的大作中提到】

: Yes, I think it gets published on Science (confirmed?) is because that it is
: the 1st Free electron laser structure. It directs the new power source for
: the later development.
: Yes, for the radiation damage, I think they can avoid it by just collecting
: one frame per crystal, that is why they say they don't need to rotate the
: crystal.
: Again, once it still needs crystal, I don't see why this is a milestone
: technique breakthrough. Only when we find some technique that does not
: require crystal formati

o2
发帖数: 2764

In the reality, .... X-ray is the way to go and we need crystals :)

,

【在 E********8 的大作中提到】

: There are methods needing no crystals :-) In the ideal world, NMR, cryo-EM,
: or say, single particle diffraction will work out. In the reality, ....
:
: is
: for
: collecting

F**********F
发帖数: 47

Stanford这个直线加速器有多长？

次方)

【在 C*******e 的大作中提到】

F**********F
发帖数: 47

en.
无非是晶体可以用更小的，有时候可以省却优化的功夫。数据也许更好，
不过处理起来还是一样的

a

【在 o2 的大作中提到】

: I don't know why everyone is so excited?
: 1. If they claim there is no radiation damage, which means they collect at
: most one frame per crystal, otherwise I can't figure out a reason why such a
: strong beam did not damage crystal. And if so, we need tons of suitable
: size of crystals, which will equal the same amount of time to optimize the
: crystallization.
: 2. "全部全自动，用auto sampler上样, 甚至可以遥控的搜集数据", to be honest,
: most Synchrotron sources have this technique years ago.
: 3. "不需要在cryo-protect，不要mount", y

M*******s
发帖数: 108

某些地方看过来的
Ultrafast, ultrabright x-rays offer a way past this dilemma. The idea is
that a quick pulse of tightly focused x-
rays can be diffracted from a microcrystal or even a single protein or virus
in solution. The pulse is so brief
that it comes and goes before any of the atoms can move, freezing their
orientation like a strobe light. Just as
important, a sufficiently brief pulse may terminate before radiation damage
effects can start. In this way it can
outrun radiation damage, always one of

【在 F**********F 的大作中提到】

: en.
: 无非是晶体可以用更小的，有时候可以省却优化的功夫。数据也许更好，
: 不过处理起来还是一样的
:
: a

o2
发帖数: 2764

Ft, do you know the principle of x-ray diffraction? It requires the molecule
to be arranged in an orderly repeating pattern. So how you gonna arrange
this pattern by single molecule? The protein solution will have molecules
randomly arranged to all orientations, x-ray technique is not able to do
anything with it, it needs crystals.

virus
damage

【在 M*******s 的大作中提到】

: 某些地方看过来的
: Ultrafast, ultrabright x-rays offer a way past this dilemma. The idea is
: that a quick pulse of tightly focused x-
: rays can be diffracted from a microcrystal or even a single protein or virus
: in solution. The pulse is so brief
: that it comes and goes before any of the atoms can move, freezing their
: orientation like a strobe light. Just as
: important, a sufficiently brief pulse may terminate before radiation damage
: effects can start. In this way it can
: outrun radiation damage, always one of

o2
发帖数: 2764

You are definitely right, but even not saving the optimization time since it
currently needs tons of tiny crystals in the same size range, which also
requires time to do it.

【在 F**********F 的大作中提到】

: en.
: 无非是晶体可以用更小的，有时候可以省却优化的功夫。数据也许更好，
: 不过处理起来还是一样的
:
: a

E********8
发帖数: 22

I don't know exactly. Their brochore says about 2 miles long.

【在 F**********F 的大作中提到】

: Stanford这个直线加速器有多长？
:
: 次方)

M*******s
发帖数: 108

而且我觉得没有必要泼冷水
你们应该还记得当年的质谱技术吧？？？
我相信很快就会有很系统的技术出现了

相关主题
● 看来做结构的在版上很被鄙视阿	● 感觉做结构好像实用性不强
● 太好了，11公和其他结晶体的都要失业了，杀老鼠的wsn们都高兴了	● [求助] 谁有这本晶体书的电子版啊？
● 如果有了crystal structure,H/D exchange有什么额外的好处么	● 攻坚结构生物学难题清华学生在《自然》发表学术论文
进入Biology版参与讨论

o2
发帖数: 2764

no hot or cold water issue, ok? We are just discussing the technique itself.
For your single molecule theory, it might happen one day, but definitely
not with X-ray diffraction technique. Once you are using X-ray, it needs
crystals. If you don't understand this, go and read some books.

【在 M*******s 的大作中提到】

: 而且我觉得没有必要泼冷水
: 你们应该还记得当年的质谱技术吧？？？
: 我相信很快就会有很系统的技术出现了

g*****p
发帖数: 451

我最喜欢看到技术突破把一个学科领域搞成分析测试中心了
不过感觉这个技术创新似乎并没到breakthrough的地步
可能也就是属于science上灌灌水就歇工的感觉

【在 M*******s 的大作中提到】

: 而且我觉得没有必要泼冷水
: 你们应该还记得当年的质谱技术吧？？？
: 我相信很快就会有很系统的技术出现了

o2
发帖数: 2764

Exactly, we are all looking for new technique and will be excited for it.
But this paper is simply based on X-ray higher energy beam, once it still
needs crystals, I don't see any huge breakthrough.

【在 g*****p 的大作中提到】

: 我最喜欢看到技术突破把一个学科领域搞成分析测试中心了
: 不过感觉这个技术创新似乎并没到breakthrough的地步
: 可能也就是属于science上灌灌水就歇工的感觉

g*****p
发帖数: 451

现在x-ray的光强其实本身已经超出需要的强度了
就这一点说，并看不到用这么强的光照晶体有啥特别大的意义
对晶体尺寸的大小实际取决于规则排列的点阵结构衍射强度叠加是否达到能检测（信噪
比）的程度
就这一点来说，有同学提到他们已经用纳米级别的晶体解析8埃甚至2埃的结构
这非常令人吃惊，不知道是不是还有其他辅助的技术手段？
但是这个手段我觉得比这个东西本身的意义可远远大多了，绝对算得上breakthrough了

itself.

【在 o2 的大作中提到】

: no hot or cold water issue, ok? We are just discussing the technique itself.
: For your single molecule theory, it might happen one day, but definitely
: not with X-ray diffraction technique. Once you are using X-ray, it needs
: crystals. If you don't understand this, go and read some books.

E********8
发帖数: 22

With free electron laser, you can image single molecule. The technique is
called single particle x-ray diffraction, which can be a future direction.
However, it is not easy to reach the near-atomic resolution, although no
crystalline materials are needed.
In my own opinion, this technique will have overlapping function with cryo-
EM.

virus
damage

【在 M*******s 的大作中提到】

o2
发帖数: 2764

Yes, they can do smaller size crystals, but what else? Do they still need
crystals? Yes. As other people pointed out, grow smaller crystals are not
much easier than big ones.
Plus, they will need tons of small crystals at the same size range, is that
easy? No. So it has some advantage, but I did not see any big breakthrough.
People still need to generate crystals, which is hard and tedious.

【在 g*****p 的大作中提到】

: 现在x-ray的光强其实本身已经超出需要的强度了
: 就这一点说，并看不到用这么强的光照晶体有啥特别大的意义
: 对晶体尺寸的大小实际取决于规则排列的点阵结构衍射强度叠加是否达到能检测（信噪
: 比）的程度
: 就这一点来说，有同学提到他们已经用纳米级别的晶体解析8埃甚至2埃的结构
: 这非常令人吃惊，不知道是不是还有其他辅助的技术手段？
: 但是这个手段我觉得比这个东西本身的意义可远远大多了，绝对算得上breakthrough了
:
: itself.

E********8
发帖数: 22

I remember some people discussed the question that what is the limit of
crystal size to generate diffraction pattern. Tens of molecules may be
enough.

【在 g*****p 的大作中提到】

o2
发帖数: 2764

Yes, this theory was out years ago

【在 E********8 的大作中提到】

: I remember some people discussed the question that what is the limit of
: crystal size to generate diffraction pattern. Tens of molecules may be
: enough.

g*****p
发帖数: 451

大致估算了一下
就现在regular的能获得原子分辨率水平的晶体
一个方向上的大分子数目可能会在10^4-10^6的样子
当然，我相信衍射pattern无论多少个分子数总会产生的
问题是你检测不到或者说信噪比不足以检测出来
所以我觉得数据收集的技术突破比这个东西本身的价值和意义更大

【在 E********8 的大作中提到】

: I remember some people discussed the question that what is the limit of
: crystal size to generate diffraction pattern. Tens of molecules may be
: enough.

o2
发帖数: 2764

For the Single-particle diffraction technique, you need to combine both of x
-ray and electron diffraction patterns. And if the sample is noncrystalline,
you still need somehow separate it from the true solution. So I totally
agree with you, 1st it is very hard to reach angstrom range (right now we
are at nm range), 2nd it is sort of similar to cryo- EM.

【在 E********8 的大作中提到】

: With free electron laser, you can image single molecule. The technique is
: called single particle x-ray diffraction, which can be a future direction.
: However, it is not easy to reach the near-atomic resolution, although no
: crystalline materials are needed.
: In my own opinion, this technique will have overlapping function with cryo-
: EM.
:
: virus
: damage

相关主题
● 攻坚结构生物学难题清华学生在《自然》发表学术论文	● Re: 请教一个蛋白质晶体结构的问题
● SBIG: Channels	● Re: ask a question of paper submission
● Re: 谁有经验？关于dimerization 和 native gel	● 有人用rna later么
进入Biology版参与讨论

o2
发帖数: 2764

Yes, that is what I said earlier, it will help us to upgrade our x-ray
source. But not a breakthrough on technique side since it is still based on
X-ray diffraction and needs crystals.

【在 g*****p 的大作中提到】

: 大致估算了一下
: 就现在regular的能获得原子分辨率水平的晶体
: 一个方向上的大分子数目可能会在10^4-10^6的样子
: 当然，我相信衍射pattern无论多少个分子数总会产生的
: 问题是你检测不到或者说信噪比不足以检测出来
: 所以我觉得数据收集的技术突破比这个东西本身的价值和意义更大

E********8
发帖数: 22

I meant the diffraction pattern with clear Bragg spots.
Sure. Sensitive and fast-response detector is a must. Since Petra Frommes is
a structural biologist, I don't expect there is a breakthrough in the
detectors in their paper. The detector itself deserves another Science paper.

【在 g*****p 的大作中提到】

g*********r
发帖数: 9366

很多情况下是产生crystalline micro seed
我的老板讲，很多packing 不好，但是有些其实packing 是很好的
如果这种非常小的都能用FEL解得话，确实容易很多
基本上每个蛋白都能在十几种条件下出现
但是只在一两种条件下长出大晶体

mention

【在 y***i 的大作中提到】

M*******s
发帖数: 108

我觉得吧，你总是强调 crystal 是必须的而且 nano level 的crystal 跟传统size
的crystal 没有什么分别
传统手段很多tricks 和手段都是为了能使最后得到的衍射结果一方面足够多另一
方面可以根据衍射结果construct
stucture model
你自己已经被传统的技术手段和方法限制住了。 FEL 的理论貌似一直在讨
论如何能根据微量甚至单分子得到蛋白
晶体结构
我觉得你大可放心的是只要能得到单分子的衍射结果，就会有办法construct
structure model，或者发展衍射的技术或
者发展计算的技术
我是对于crystallography不是很深入，只是学过biophycis，大概知道原理性的东西和
phase problem、FFT这些。。
。不过我觉得，从理论到实现就应该算作一个break through
想用质谱技术测量蛋白质序列，理论上讨论了很久，最后不是软离子化也被人做出来了
么，从那时候到蛋白质谱技术大
规模的应用多少年？
我可能就是对技术的发展比较乐观，因为我相信这个发展的过程

【在 o2 的大作中提到】

: Ft, do you know the principle of x-ray diffraction? It requires the molecule
: to be arranged in an orderly repeating pattern. So how you gonna arrange
: this pattern by single molecule? The protein solution will have molecules
: randomly arranged to all orientations, x-ray technique is not able to do
: anything with it, it needs crystals.
:
: virus
: damage

o2
发帖数: 2764

What can I say, newbie always has good imagination and criticize for other
people. Many other IDs already explained the x-ray requirement. I am not
saying you can't "construct structure model" based on "单分子的衍射结果",
the question is how to get? Single particle diffraction is another choice (
not only based on X-ray), but right now it is nanometer range.
I welcome all comments but please do your homework 1st.

size

【在 M*******s 的大作中提到】

: 我觉得吧，你总是强调 crystal 是必须的而且 nano level 的crystal 跟传统size
: 的crystal 没有什么分别
: 传统手段很多tricks 和手段都是为了能使最后得到的衍射结果一方面足够多另一
: 方面可以根据衍射结果construct
: stucture model
: 你自己已经被传统的技术手段和方法限制住了。 FEL 的理论貌似一直在讨
: 论如何能根据微量甚至单分子得到蛋白
: 晶体结构
: 我觉得你大可放心的是只要能得到单分子的衍射结果，就会有办法construct
: structure model，或者发展衍射的技术或

o2
发帖数: 2764

I agree "很多packing 不好，但是有些其实packing 是很好的", how you will
distinguish them when they are small, I would think you will just send all
of them and screen. Remember they do require specific size range of crystals
, that will take time as well. In the same time, just run a gradient screen
you will likely to get 20umish size crystal for those good packing, which is
enough for current micor-focus beam setting up.
I did not say it is a bad technique, ok? I said it is helpful, but in
limited range.

【在 g*********r 的大作中提到】

: 很多情况下是产生crystalline micro seed
: 我的老板讲，很多packing 不好，但是有些其实packing 是很好的
: 如果这种非常小的都能用FEL解得话，确实容易很多
: 基本上每个蛋白都能在十几种条件下出现
: 但是只在一两种条件下长出大晶体
:
: mention

g*********r
发帖数: 9366

我觉着得到FEL能用的微晶的几率，比得到传统synchrotron 能用的最小晶体的几率，
要高好几倍
这就是差别，我们做结构的知道，你很多条件下得到semi-crsytlline 或者micro
seed,但是根本无法优化成大的单晶，
如果这些小渣子都能去衍射，这成功几率就大多了
况且楼主讲的是，连肉眼都看不到的都成( 我还无法理解这点）
现在就是所有细节大家还都不知道，如果这个是真的，那确实够break through 了

size

【在 M*******s 的大作中提到】

M*******s
发帖数: 108

好吧我去补习 crystallography

o2
发帖数: 2764

Yes, I said this required smaller crystal, it is good. But you do need to
get crystals, right?
This type of "break-through" has happened several times, from home source to
synchrotron, from 1st gen to 2nd, 2nd to 3rd, from normal size beam to
micro-focus beam. It requires smaller crystal sizes for each of these
changes. If you can get lots of hits at the beginning, just can't optimize
it, then you get the chance to try this. But for those protein hard to get
crystals, not a big help.

【在 g*********r 的大作中提到】

: 我觉着得到FEL能用的微晶的几率，比得到传统synchrotron 能用的最小晶体的几率，
: 要高好几倍
: 这就是差别，我们做结构的知道，你很多条件下得到semi-crsytlline 或者micro
: seed,但是根本无法优化成大的单晶，
: 如果这些小渣子都能去衍射，这成功几率就大多了
: 况且楼主讲的是，连肉眼都看不到的都成( 我还无法理解这点）
: 现在就是所有细节大家还都不知道，如果这个是真的，那确实够break through 了
:
: size

k********u
发帖数: 2209

这一点我也不是很理解，估计是肉眼裸视看不到，显微镜还是看得到的那种。

【在 g*********r 的大作中提到】

相关主题
● Multi-channel pipette	● 蛋白结晶电子书求助
● How to confirm there is a cation binding pocket on protein?	● 浙江AF大学招聘
● Summary for that Free Electron Laser	● 外行再问个名词啥意思“cyclic analogues”
进入Biology版参与讨论

g*********r
发帖数: 9366

肯定不是这个意思
玩结构的都知道，显微镜= 眼睛
基本上所有的晶体，裸眼都看不见

【在 k********u 的大作中提到】

:
: 这一点我也不是很理解，估计是肉眼裸视看不到，显微镜还是看得到的那种。

o2
发帖数: 2764

That is what I am curious as well, the light microscope resolution limit is
0.2 um (much bigger than this in many labs), still way bigger than nm scale
as they claimed. I think nm scale is just a theoretical value and that group
use it to catch people's eyeball

【在 k********u 的大作中提到】

:
: 这一点我也不是很理解，估计是肉眼裸视看不到，显微镜还是看得到的那种。

o2
发帖数: 2764

exactly, I think nm scale is just a theoretical value and that group
use it to catch people's eyeball

【在 g*********r 的大作中提到】

: 肯定不是这个意思
: 玩结构的都知道，显微镜= 眼睛
: 基本上所有的晶体，裸眼都看不见

y***i
发帖数: 11639

to
你说的都是共识。没晶体的当然不成。这种话不用说了。没人反对。
现在就是个比例的问题。
所有蛋白，有多少比例能有好的pack的microseed
有好的pack的microseed的晶体，有多少比例能有大晶体。
就这两个数据（其实还有：有好的pack的microseed有多少比例能被新技术使用，这里算
它100%）
要是第二个比例在1/3以下，那应该算是breakthrough。要是1/5以下，那绝对是大大的
breakthrough.
所以现在大家估计一下比例，看看比例上能否达到共识就可以了。其他的没有任何可以
吵的。
率，
micro

【在 o2 的大作中提到】

: Yes, I said this required smaller crystal, it is good. But you do need to
: get crystals, right?
: This type of "break-through" has happened several times, from home source to
: synchrotron, from 1st gen to 2nd, 2nd to 3rd, from normal size beam to
: micro-focus beam. It requires smaller crystal sizes for each of these
: changes. If you can get lots of hits at the beginning, just can't optimize
: it, then you get the chance to try this. But for those protein hard to get
: crystals, not a big help.

k********u
发帖数: 2209

呵呵！但是有的时候，量变也会转到质变的。
我觉得这个技术是否是突破的关键，是能达到他们要求的晶体，到底能不能容易/大量的
获得。原文中说的，是比较乐观的，而你的观点，明显是否定的。
其实检验最好的办法，是看这个技术在未来的1-2年内，能出多少结构。

to

【在 o2 的大作中提到】

g*********r
发帖数: 9366

呵呵，说不定等到两年后，new membrane protein structreu 都只能发biochemistry
了

量的

【在 k********u 的大作中提到】

: 呵呵！但是有的时候，量变也会转到质变的。
: 我觉得这个技术是否是突破的关键，是能达到他们要求的晶体，到底能不能容易/大量的
: 获得。原文中说的，是比较乐观的，而你的观点，明显是否定的。
: 其实检验最好的办法，是看这个技术在未来的1-2年内，能出多少结构。
:
: to

o2
发帖数: 2764

Well, how you gonna calculate the ratio, how long people suppose to work on
it before they say they can't get crystal grow bigger. As I said, you still
need to get tons of crystals in that specific range size for this FEL, that
will take time as well. So again, for those can get lots of hits while can't
grow larger, yes it is helpful. But not helpful for those difficult
proteins.
Plus, you need to consider that not all small crystals will work, you still
need good quality small crystals, it is n

【在 y***i 的大作中提到】

:
: to
: 你说的都是共识。没晶体的当然不成。这种话不用说了。没人反对。
: 现在就是个比例的问题。
: 所有蛋白，有多少比例能有好的pack的microseed
: 有好的pack的microseed的晶体，有多少比例能有大晶体。
: 就这两个数据（其实还有：有好的pack的microseed有多少比例能被新技术使用，这里算
: 它100%）
: 要是第二个比例在1/3以下，那应该算是breakthrough。要是1/5以下，那绝对是大大的
: breakthrough.

k********u
发帖数: 2209

我同意你说的，所以我觉得他们是在玩文字游戏，或者讲座不是专门对做晶体的人的。
否则的话，那每个筛选条件，不管有没有晶体，都去上去测一下？
那个效率下的可行性是很值得怀疑的。我只做过一点结晶，就知道那个工作量是多大。

【在 g*********r 的大作中提到】

: 肯定不是这个意思
: 玩结构的都知道，显微镜= 眼睛
: 基本上所有的晶体，裸眼都看不见

o2
发帖数: 2764

I am not saying it is very hard, just say it takes time to screen the size,
do you agree? So it only helps for those never get big crystals, not for
those can grow bigger crystals or hard to generate crystals. The last part
is sort of the most difficult area that structure biology is facing.
I am curious to see how many structures it will generate in recent future,
but doubt it will be a big number due to accessibility.

量的

【在 k********u 的大作中提到】

E********8
发帖数: 22

In practice, sometimes it is hard to tell crystalline materials from grain
precipitates. If FEL is used for screening, we might get surprise to find
unanticipated crystals, which can be beyond our detection.

【在 g*********r 的大作中提到】

: 肯定不是这个意思
: 玩结构的都知道，显微镜= 眼睛
: 基本上所有的晶体，裸眼都看不见

相关主题
● 一位中国dental hygienist 需要大家帮助	● 太好了，11公和其他结晶体的都要失业了，杀老鼠的wsn们都高兴了
● 谣言：Michael Karin 要到 MD Anderson了。	● 如果有了crystal structure,H/D exchange有什么额外的好处么
● 看来做结构的在版上很被鄙视阿	● 感觉做结构好像实用性不强
进入Biology版参与讨论

o2
发帖数: 2764

That is why I mentioned many times, the so called size screening won't be
easy especially at that small scale. One ID say just smash the crystal (what
a brave guy) or harvest at different time point (unless you harvest every
half hour, otherwise you are very likely still get the wrong size).

【在 k********u 的大作中提到】

: 我同意你说的，所以我觉得他们是在玩文字游戏，或者讲座不是专门对做晶体的人的。
: 否则的话，那每个筛选条件，不管有没有晶体，都去上去测一下？
: 那个效率下的可行性是很值得怀疑的。我只做过一点结晶，就知道那个工作量是多大。

o2
发帖数: 2764

That means you will bring all crystallization plates you set up and just
screen there? That is almost impossible, we still need pre-screen something
and bring convincing samples I think.

【在 E********8 的大作中提到】

: In practice, sometimes it is hard to tell crystalline materials from grain
: precipitates. If FEL is used for screening, we might get surprise to find
: unanticipated crystals, which can be beyond our detection.

o2
发帖数: 2764

Right now it is already kind of hard, you need to tell a story; while two
years ago, structure itself is a paper.

biochemistry

【在 g*********r 的大作中提到】

: 呵呵，说不定等到两年后，new membrane protein structreu 都只能发biochemistry
: 了
:
: 量的

g*********r
发帖数: 9366

没错，很多微晶大家容易混同成 light grainy precipitation, 而且反正也衍射不
好，所以也就不去看了，基本上都要看最少能分清是不是沉淀的才去优化
这一步就丢掉了很多机会。但是这个screening 的时间和成本？
说一句题外话，到底有多少蛋白无论如何不结晶呢？

【在 E********8 的大作中提到】

E********8
发帖数: 22

Why is crystal size so important? I think they need micro-focus(even nano-
foucus) beamline to report diffraction from single crystal.
I think lizn proposes a good method to obtain tiny crystals by smashing.

what

【在 o2 的大作中提到】

: That is why I mentioned many times, the so called size screening won't be
: easy especially at that small scale. One ID say just smash the crystal (what
: a brave guy) or harvest at different time point (unless you harvest every
: half hour, otherwise you are very likely still get the wrong size).

k********u
发帖数: 2209

但是你的结论是建立在FEL对crystal的size有严格的要求，只有在那个很小的区间
里面的才能用。但是如果那个区间可以放大（即使现在不行，以后技术发展了），
那么就不需要去花很多时间去筛size了，那不就可行性高很多了吗？

,

【在 o2 的大作中提到】

: I am not saying it is very hard, just say it takes time to screen the size,
: do you agree? So it only helps for those never get big crystals, not for
: those can grow bigger crystals or hard to generate crystals. The last part
: is sort of the most difficult area that structure biology is facing.
: I am curious to see how many structures it will generate in recent future,
: but doubt it will be a big number due to accessibility.
:
: 量的

g*********r
发帖数: 9366

if you get NEW membrane protein structure right now, you get at least embo
you do not need a story although everyone bullshit something about function

【在 o2 的大作中提到】

: Right now it is already kind of hard, you need to tell a story; while two
: years ago, structure itself is a paper.
:
: biochemistry

o2
发帖数: 2764

No details, my explanation will be that if crystal is too big, too much heat
will be generate when the beam hit the crystal and therefore destroy it.
I don't like the idea to smash it, the force is very likely to mess up your
crystal.

【在 E********8 的大作中提到】

: Why is crystal size so important? I think they need micro-focus(even nano-
: foucus) beamline to report diffraction from single crystal.
: I think lizn proposes a good method to obtain tiny crystals by smashing.
:
: what

E********8
发帖数: 22

I don't think heat is the issue. Radiation damage destroys every crystal
faster.

heat
your

【在 o2 的大作中提到】

: No details, my explanation will be that if crystal is too big, too much heat
: will be generate when the beam hit the crystal and therefore destroy it.
: I don't like the idea to smash it, the force is very likely to mess up your
: crystal.

g*********r
发帖数: 9366

100

actually I got data from smashing big multi-crys. into small pieces
my crsytal alwasy grow into big cluster.so I have to smash it and pick the
sharp edged, good-looking pieces to shoot
that is an ok idea
but nobody know the real detail of the orignal post
let us wait and see . I bet lots of detail will come out when the paper got
published.

heat
your

【在 o2 的大作中提到】

相关主题
● [求助] 谁有这本晶体书的电子版啊？	● Re: 谁有经验？关于dimerization 和 native gel
● 攻坚结构生物学难题清华学生在《自然》发表学术论文	● Re: 请教一个蛋白质晶体结构的问题
● SBIG: Channels	● Re: ask a question of paper submission
进入Biology版参与讨论

o2
发帖数: 2764

101

It is based on lz post, my explanation will be that if crystal is too big,
too much heat will be generate when the beam hit the crystal and therefore
destroy it.
Yes, if not size upper limitation, it will much more helpful, at least save
the optimization time.

【在 k********u 的大作中提到】

: 但是你的结论是建立在FEL对crystal的size有严格的要求，只有在那个很小的区间
: 里面的才能用。但是如果那个区间可以放大（即使现在不行，以后技术发展了），
: 那么就不需要去花很多时间去筛size了，那不就可行性高很多了吗？
:
: ,

o2
发帖数: 2764

102

Yes, break the twinned crystal is a usual method, but remember they are
smashing it. Think a hammer hit on a stone type of thing.

got

【在 g*********r 的大作中提到】

: actually I got data from smashing big multi-crys. into small pieces
: my crsytal alwasy grow into big cluster.so I have to smash it and pick the
: sharp edged, good-looking pieces to shoot
: that is an ok idea
: but nobody know the real detail of the orignal post
: let us wait and see . I bet lots of detail will come out when the paper got
: published.
:
: heat
: your

o2
发帖数: 2764

103

Maybe they will tell this in their paper. If no upper limit, yes it will be
much more helpful, save us the optimization time.

【在 E********8 的大作中提到】

: I don't think heat is the issue. Radiation damage destroys every crystal
: faster.
:
: heat
: your

g*********r
发帖数: 9366

104

？？
what willhappen if you use hammer to hit on a stone?
into millions of small piecess?

【在 o2 的大作中提到】

: Yes, break the twinned crystal is a usual method, but remember they are
: smashing it. Think a hammer hit on a stone type of thing.
:
: got

o2
发帖数: 2764

105

so it will generate different sizes of crystals. I think that force will
mess up the crystal quality, I will put it as last choice.

【在 g*********r 的大作中提到】

: ？？
: what willhappen if you use hammer to hit on a stone?
: into millions of small piecess?

y***i
发帖数: 11639

106

Not necessary. Once this method is established, a approach might be
developed for quick verification of the existance of microcrystal.

something
grain
find

【在 o2 的大作中提到】

: That means you will bring all crystallization plates you set up and just
: screen there? That is almost impossible, we still need pre-screen something
: and bring convincing samples I think.

g*********r
发帖数: 9366

107

现在有什么办法呢？
我想到的就一个拿显微镜看，
基本上现在拿显微镜看不到的，放到20 micron 直径的beam 上也打不出来

【在 y***i 的大作中提到】

: Not necessary. Once this method is established, a approach might be
: developed for quick verification of the existance of microcrystal.
:
: something
: grain
: find

l******u
发帖数: 936

108

协和的病例系早都有了，非常的全，整个大楼地下一层，全部都是超低温冰箱。其它
大学医学
院也有不少。
国内现在缺少的是真正懂这些translational research 的人，样品有的是，技术也不
差，懂这
种研究的人太少。尽是一堆养细胞，跑western 和 PCR 凑文章的实验室。

【在 y***i 的大作中提到】

o2
发帖数: 2764

109

I would not say it is impossible, but at least need quite amount of time.
First, it is hard to design a robotic system to distinguish crystalline
materials and precipitates (even experienced crystallographer will make
mistakes).
Second, the light source microscope has a resolution limit at 0.2 um, if you
want to get more advanced microscope to do finer screen, how many labs can
afford it? Remember, this is just the screening microscope, most labs will
spend money on plate setting up robot.

【在 y***i 的大作中提到】

: Not necessary. Once this method is established, a approach might be
: developed for quick verification of the existance of microcrystal.
:
: something
: grain
: find

o2
发帖数: 2764

110

Right, that is what I am thinking. Seems best method is to screen at FEL,
but it won't be that productive since you will need to screen tons of
conditions, most of them even did not have anything.

【在 g*********r 的大作中提到】

: 现在有什么办法呢？
: 我想到的就一个拿显微镜看，
: 基本上现在拿显微镜看不到的，放到20 micron 直径的beam 上也打不出来

相关主题
● Re: ask a question of paper submission	● How to confirm there is a cation binding pocket on protein?
● 有人用rna later么	● Summary for that Free Electron Laser
● Multi-channel pipette	● 蛋白结晶电子书求助
进入Biology版参与讨论

l**n
发帖数: 109

111

第一次听说可以用“break the twinned crystal”来解决twin problem。我觉得
oxygen真是一个天才
but remember they are

【在 o2 的大作中提到】

: Yes, break the twinned crystal is a usual method, but remember they are
: smashing it. Think a hammer hit on a stone type of thing.
:
: got

l**n
发帖数: 109

112

可能可以用light scattering或者UV fluorescence来初筛。

【在 g*********r 的大作中提到】

: 现在有什么办法呢？
: 我想到的就一个拿显微镜看，
: 基本上现在拿显微镜看不到的，放到20 micron 直径的beam 上也打不出来

o2
发帖数: 2764

113

You need to do more reading before you post this mean stuff, google or ask
crystallographer, you will know the answer.
You are not wrong to be ignorant, but you are when you try to show it off.

【在 l**n 的大作中提到】

: 可能可以用light scattering或者UV fluorescence来初筛。

l**n
发帖数: 109

114

micro beam 打不出来的一个可能是根本没打到晶体上，因为你看不到晶体
如果solvent够薄，beam和晶体差不多大，beam足够强，而且真正打在了晶体上，还是
有希望达到足够被检查到的信噪比

【在 g*********r 的大作中提到】

: 现在有什么办法呢？
: 我想到的就一个拿显微镜看，
: 基本上现在拿显微镜看不到的，放到20 micron 直径的beam 上也打不出来

p******i
发帖数: 1092

115

啊？請詳細說說

【在 y******n 的大作中提到】

: 好像已经常规化了吧？

o2
发帖数: 2764

116

Did you get the point? We are saying the crystal size is too small, if the
same size as beam (20um), how could we did not find them under microscope.
We are talking about screen nm size crystals

【在 l**n 的大作中提到】

: micro beam 打不出来的一个可能是根本没打到晶体上，因为你看不到晶体
: 如果solvent够薄，beam和晶体差不多大，beam足够强，而且真正打在了晶体上，还是
: 有希望达到足够被检查到的信噪比

l**n
发帖数: 109

117

我真的以为是你自己想出来的好办法，如果不是，请给一个例子，多谢

【在 o2 的大作中提到】

: You need to do more reading before you post this mean stuff, google or ask
: crystallographer, you will know the answer.
: You are not wrong to be ignorant, but you are when you try to show it off.

a***a
发帖数: 40617

118

现在已经可以在一个loop上画一个matrix然后一个点一点打过去
换句话说，显微镜看不到都问题不大，不需要瞄准

【在 g*********r 的大作中提到】

: 肯定不是这个意思
: 玩结构的都知道，显微镜= 眼睛
: 基本上所有的晶体，裸眼都看不见

o2
发帖数: 2764

119

Just read the post below which I replied:
http://www.mitbbs.com/article/Biology/31373903_0.html
Of course you can't break II shape of twinning, but you can break --I or V
shape of twinning if you are careful enough, and it will generate single
crystal diffraction.

【在 l**n 的大作中提到】

: 我真的以为是你自己想出来的好办法，如果不是，请给一个例子，多谢

a***a
发帖数: 40617

120

可以从不同晶体上收frames
而且现在还可以沿着一个晶体（比如棍状的），沿着长轴扫过去

【在 E********8 的大作中提到】

: I don't think heat is the issue. Radiation damage destroys every crystal
: faster.
:
: heat
: your

相关主题
● 浙江AF大学招聘	● 谣言：Michael Karin 要到 MD Anderson了。
● 外行再问个名词啥意思“cyclic analogues”	● 看来做结构的在版上很被鄙视阿
● 一位中国dental hygienist 需要大家帮助	● 太好了，11公和其他结晶体的都要失业了，杀老鼠的wsn们都高兴了
进入Biology版参与讨论

a***a
发帖数: 40617

121

他说的没错啊

【在 l**n 的大作中提到】

: 我真的以为是你自己想出来的好办法，如果不是，请给一个例子，多谢

l**n
发帖数: 109

122

grasshopper说的是clustered crystals。clustered crystals和twinned crystal是两
个不同的概念。如果你是crystallographer，应该知道这点

【在 o2 的大作中提到】

: Just read the post below which I replied:
: http://www.mitbbs.com/article/Biology/31373903_0.html
: Of course you can't break II shape of twinning, but you can break --I or V
: shape of twinning if you are careful enough, and it will generate single
: crystal diffraction.

l**n
发帖数: 109

123

沿着长轴扫过去还是同一个角度吧

【在 a***a 的大作中提到】

: 可以从不同晶体上收frames
: 而且现在还可以沿着一个晶体（比如棍状的），沿着长轴扫过去

a***a
发帖数: 40617

124

你说是那种两层在一起的，衍射斑叠一块椭圆形的？

【在 l**n 的大作中提到】

: grasshopper说的是clustered crystals。clustered crystals和twinned crystal是两
: 个不同的概念。如果你是crystallographer，应该知道这点

a***a
发帖数: 40617

125

可以转啊，高精度的自动alignment

【在 l**n 的大作中提到】

: 沿着长轴扫过去还是同一个角度吧

o2
发帖数: 2764

126

............
That is an example, grasshopper can even break clustered crystals and get
good diffraction data. While you can't even break a twinned crystal like V
shape? Do you need people show everything you need, use your brain, ok?

【在 l**n 的大作中提到】

: grasshopper说的是clustered crystals。clustered crystals和twinned crystal是两
: 个不同的概念。如果你是crystallographer，应该知道这点

a***a
发帖数: 40617

127

淡定淡定，他说的可能是那种叠一起的，那是没法break
那种东西肉眼有时候看上去都跟单晶一样

【在 o2 的大作中提到】

: ............
: That is an example, grasshopper can even break clustered crystals and get
: good diffraction data. While you can't even break a twinned crystal like V
: shape? Do you need people show everything you need, use your brain, ok?

o2
发帖数: 2764

128

Of course you can rotate, did you have any real experience of
crystallization?

【在 l**n 的大作中提到】

: 沿着长轴扫过去还是同一个角度吧

o2
发帖数: 2764

129

I said in my early post :"Of course you can't break II shape of twinning,
but you can break --I or V shape of twinning if you are careful enough, and
it will generate single crystal diffraction."
This guy even did not know we will rotate when we move along the axis, I
think I will stop babysitting him.

【在 a***a 的大作中提到】

: 淡定淡定，他说的可能是那种叠一起的，那是没法break
: 那种东西肉眼有时候看上去都跟单晶一样

a***a
发帖数: 40617

130

你们继续吧，我菜鸟也学习点儿。。。 :)

and

【在 o2 的大作中提到】

: I said in my early post :"Of course you can't break II shape of twinning,
: but you can break --I or V shape of twinning if you are careful enough, and
: it will generate single crystal diffraction."
: This guy even did not know we will rotate when we move along the axis, I
: think I will stop babysitting him.

相关主题
● 如果有了crystal structure,H/D exchange有什么额外的好处么	● 攻坚结构生物学难题清华学生在《自然》发表学术论文
● 感觉做结构好像实用性不强	● SBIG: Channels
● [求助] 谁有这本晶体书的电子版啊？	● Re: 谁有经验？关于dimerization 和 native gel
进入Biology版参与讨论

o2
发帖数: 2764

131

hehe, what do you think about this "new technique"?

【在 a***a 的大作中提到】

: 你们继续吧，我菜鸟也学习点儿。。。 :)
:
: and

a***a
发帖数: 40617

132

其实我没看文献，这个跟APS今年要搞的那个5um，1um的microbeam有啥区别呢。。。

【在 o2 的大作中提到】

: hehe, what do you think about this "new technique"?

l**n
发帖数: 109

133

clustered crystals都是可以用显微镜看到，但你用显微镜基本上分辨不出来是不是
twinned。clustered crystal给出不同的pattern（因为不同晶体的角度不一样），
twinned crystal的pattern是overlap的，你只能收了数据之后才能知道。
你把clustered crystals和twinned crystal搞混淆了。

【在 o2 的大作中提到】

o2
发帖数: 2764

134

Paper is not out yet, all discussions are based on a conference talk.
To me, not a big difference to be honest. Especially if 1um beam is ready to
go, which means 5 um crystal will be enough. I think when we can
confidently say we got crystals, should be about or bigger than that size.
Therefore we don't need to optimize as well.

【在 a***a 的大作中提到】

: 其实我没看文献，这个跟APS今年要搞的那个5um，1um的microbeam有啥区别呢。。。

a***a
发帖数: 40617

135

如果能直接解决phase，那是很大的进步

to

【在 o2 的大作中提到】

: Paper is not out yet, all discussions are based on a conference talk.
: To me, not a big difference to be honest. Especially if 1um beam is ready to
: go, which means 5 um crystal will be enough. I think when we can
: confidently say we got crystals, should be about or bigger than that size.
: Therefore we don't need to optimize as well.

o2
发帖数: 2764

136

So there is only a single type of twinning style like II shape? Do you ever
think crystal can be also twinned as V shape, like the picture below?
Breaking twinned crystal is a very common method, do more reading please

【在 l**n 的大作中提到】

: clustered crystals都是可以用显微镜看到，但你用显微镜基本上分辨不出来是不是
: twinned。clustered crystal给出不同的pattern（因为不同晶体的角度不一样），
: twinned crystal的pattern是overlap的，你只能收了数据之后才能知道。
: 你把clustered crystals和twinned crystal搞混淆了。

o2
发帖数: 2764

137

Not mentioned in original post, if it can, yes much more convenient for the
1st protein in all new families.

【在 a***a 的大作中提到】

: 如果能直接解决phase，那是很大的进步
:
: to

l**n
发帖数: 109

138

好大一颗矿石晶体。
但是在protein crystallogrphy造成麻烦的twin是用显微镜看就是一个单晶，你一样可
以从pattern得到space group，但直接解不出来结构。twinned crystal是不能用break
的方法解决的。你看看那些处理twin数据的软件就知道了
clustered crystals是很多晶体长到一堆儿去了

ever

【在 o2 的大作中提到】

: So there is only a single type of twinning style like II shape? Do you ever
: think crystal can be also twinned as V shape, like the picture below?
: Breaking twinned crystal is a very common method, do more reading please

o2
发帖数: 2764

139

OK, forget it. If you never think there is V shape of twinned crystal of
protein, nobody can help you. Just stick to you think, good for you and good
luck to your advisor.

break

【在 l**n 的大作中提到】

: 好大一颗矿石晶体。
: 但是在protein crystallogrphy造成麻烦的twin是用显微镜看就是一个单晶，你一样可
: 以从pattern得到space group，但直接解不出来结构。twinned crystal是不能用break
: 的方法解决的。你看看那些处理twin数据的软件就知道了
: clustered crystals是很多晶体长到一堆儿去了
:
: ever

l**n
发帖数: 109

140

让我们回到最开始吧，我并没有说世上不存在V形的晶体，但当grasshopper在说
clustered crytals时你在说什么“break the twinned crystal is a usual method”
。一个对crystallography不了解的人把它们混为一谈也就算了，偏偏你又在这个
thread充大牛judge每一个人。有点看不惯而已。指出你的错误，免得误导别人。
"Twinning is a crystal growth disorder in which the specimen is composed of distinct domains whose orientations differ but are related in a particular, well-defined way. Sometimes non-convex crystal morphology implicates twinning, but microscopic examination is often uninformative. Twinning usually pre

【在 o2 的大作中提到】

: OK, forget it. If you never think there is V shape of twinned crystal of
: protein, nobody can help you. Just stick to you think, good for you and good
: luck to your advisor.
:
: break

相关主题
● Re: 谁有经验？关于dimerization 和 native gel	● 有人用rna later么
● Re: 请教一个蛋白质晶体结构的问题	● Multi-channel pipette
● Re: ask a question of paper submission	● How to confirm there is a cation binding pocket on protein?
进入Biology版参与讨论

a***a
发帖数: 40617

141

猫就是个咪。。。
你们不要纠缠这个了
当然说话咄咄逼人是不太好

paper：
single-

【在 l**n 的大作中提到】

: 让我们回到最开始吧，我并没有说世上不存在V形的晶体，但当grasshopper在说
: clustered crytals时你在说什么“break the twinned crystal is a usual method”
: 。一个对crystallography不了解的人把它们混为一谈也就算了，偏偏你又在这个
: thread充大牛judge每一个人。有点看不惯而已。指出你的错误，免得误导别人。
: "Twinning is a crystal growth disorder in which the specimen is composed of distinct domains whose orientations differ but are related in a particular, well-defined way. Sometimes non-convex crystal morphology implicates twinning, but microscopic examination is often uninformative. Twinning usually pre

p*****n
发帖数: 981

142

两位仁兄不要互掐了
你看你们的讨论已经偏题了
没必要变成意气之争么
而且奇怪的是，我看帖子居然觉得你们说的都是对的.
哈哈。

paper：
single-

【在 l**n 的大作中提到】

a***a
发帖数: 40617

143

本来就有很多东西不同lab有不同lab的叫法
特别那些千奇百怪drop里的东西，不同人叫法都是不同的

【在 p*****n 的大作中提到】

: 两位仁兄不要互掐了
: 你看你们的讨论已经偏题了
: 没必要变成意气之争么
: 而且奇怪的是，我看帖子居然觉得你们说的都是对的.
: 哈哈。
:
: paper：
: single-

o2
发帖数: 2764

144

是那个lizn上来就阴阳怪气的回帖子：“第一次听说可以用“break the twinned
crystal”来解决twin problem。我觉得oxygen真是一个天才”

【在 a***a 的大作中提到】

: 猫就是个咪。。。
: 你们不要纠缠这个了
: 当然说话咄咄逼人是不太好
:
: paper：
: single-

o2
发帖数: 2764

145

clustered crystals和twinned crstals是由区别，这个我读帖子没有看清楚，是我的
问题。
但是break这种crystal（both clustered or twinned）来得到single crystal有没有
问题？
你上来阴阳怪气的说：“第一次听说可以用“break the twinned crystal”来解决
twin problem。我觉得oxygen真是一个天才”，是针对crystal type说的还是针对
break crystal这个办法本身说的？相信小学文化也能明白

of distinct domains whose orientations differ but are related in a
particular, well-defined way. Sometimes non-convex crystal morphology
implicates twinning, but microscopic examination is often uninformative.
Twinning usually prevents a

【在 l**n 的大作中提到】

o2
发帖数: 2764

146

讨论本身没啥，主要是见不惯那个上来就冷嘲热讽的ID，你自己牛就好好科普，说这种
阴阳怪气的话就显得自己有水平了？

【在 p*****n 的大作中提到】

l**n
发帖数: 109

147

拜托，兄弟，是你先在那里说什么“One ID say just smash the crystal (what
a brave guy)”。你觉得我的方法不可行就算了，但我看你括号里对我的评论不爽。阴
阳怪气的

【在 o2 的大作中提到】

: 是那个lizn上来就阴阳怪气的回帖子：“第一次听说可以用“break the twinned
: crystal”来解决twin problem。我觉得oxygen真是一个天才”

l**n
发帖数: 109

148

多谢两位，不和O2争了

【在 p*****n 的大作中提到】

o2
发帖数: 2764

149

不好意思，没有意识到那是你的帖子。只是觉得用外力把crystal完全打碎会对crystal
本身伤害很大，你要是觉得这个comment不爽，我可以去修改那个帖子。但是我本身觉
得你的帖子更不合适

【在 l**n 的大作中提到】

: 拜托，兄弟，是你先在那里说什么“One ID say just smash the crystal (what
: a brave guy)”。你觉得我的方法不可行就算了，但我看你括号里对我的评论不爽。阴
: 阳怪气的

x**x
发帖数: 92

150

A lot of times, twinned crystals can be identified under a microscope, which
are so called macroscopically twinned crystals.
(of course most of the time twinning is confirmed after data processing.)
Using physical force to break these twinned crystals is a common technique
to overcome the twinning problem for certain forms of twinning. Just like
breaking a crystal cluster to obtain single crystals.
a good reference would be:
figure 4 in
http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S0907444907036128

【在 l**n 的大作中提到】

相关主题
● Summary for that Free Electron Laser	● 外行再问个名词啥意思“cyclic analogues”
● 蛋白结晶电子书求助	● 一位中国dental hygienist 需要大家帮助
● 浙江AF大学招聘	● 谣言：Michael Karin 要到 MD Anderson了。
进入Biology版参与讨论

l**n
发帖数: 109

151

受教。在家打不开paper, 看来breaking twinned crystal确实对一些unusual cases有
用。

which

【在 x**x 的大作中提到】

: A lot of times, twinned crystals can be identified under a microscope, which
: are so called macroscopically twinned crystals.
: (of course most of the time twinning is confirmed after data processing.)
: Using physical force to break these twinned crystals is a common technique
: to overcome the twinning problem for certain forms of twinning. Just like
: breaking a crystal cluster to obtain single crystals.
: a good reference would be:
: figure 4 in
: http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S0907444907036128

g*********r
发帖数: 9366

152

现在synchrotron 都装备很高放大倍率的相机，基本上看不到，或者看走眼的可能性
不大
我们用Argonne APS 的beamline， 20 micron 的beam ,
在他们那里，如果晶体看不到，应该是小于1 micron 了
否则还是能看到的，
而且小了你用loope挑都难

【在 l**n 的大作中提到】

a***a
发帖数: 40617

153

现在可以一个loop上多个晶体

【在 g*********r 的大作中提到】

: 现在synchrotron 都装备很高放大倍率的相机，基本上看不到，或者看走眼的可能性
: 不大
: 我们用Argonne APS 的beamline， 20 micron 的beam ,
: 在他们那里，如果晶体看不到，应该是小于1 micron 了
: 否则还是能看到的，
: 而且小了你用loope挑都难

g*****y
发帖数: 6325

154

这个对于NMR的前景有什么影响吗？

次方)

【在 C*******e 的大作中提到】

g*********r
发帖数: 9366

155

我尝试过打碎那种类似两个瓷砖贴在一起的twin 晶体
我的经验是：很多twin 晶体，是能够打碎的，因为两个晶体之间的结合力，和单晶
内部的结合力是有较大差别的，在外力下，往往能打开twin , 虽然同时往往大晶型也
会破碎
如果你手里有多个这种晶体，不妨打碎试试
最怕那种显微镜下一点征兆都看不出来的，怎么看怎么是完美单晶，（根本看不出啮合
的），衍射也没有twin spot 或者拖尾，smeared spot,
就是解不出来，这种才是坑人害命的

which

【在 x**x 的大作中提到】

O******e
发帖数: 4845

156

对这些肿瘤组织材料，常规的不就是这些WB,PCR,Staining么？

【在 l******u 的大作中提到】

: 协和的病例系早都有了，非常的全，整个大楼地下一层，全部都是超低温冰箱。其它
: 大学医学
: 院也有不少。
: 国内现在缺少的是真正懂这些translational research 的人，样品有的是，技术也不
: 差，懂这
: 种研究的人太少。尽是一堆养细胞，跑western 和 PCR 凑文章的实验室。

l******u
发帖数: 936

157

所以说，国内的clinical translational research 很差阿，就停留在这个水平了。
手中抱着金饭碗干乞丐的活。俺在这儿要20个肺癌样本要了2年，昨天跟协和病理科
的主任聊了聊，他们那儿每天八个胸科外科手术同时上，连主任都不用上手术台，
可见国内病人是何其多阿。
有好的材料，当然有更多更有意思的要做了，要做大规模的arrayCGH （genomics 水
平）， trancritional expression profile (mRNA 和 miRNA)， methylationa Array
（epi 水平) ，tissue microarray 或者 mass （protein 水平）
然后
1.可以再在这些数据里找关联（所谓的 integrative genomics，）
2. 可以联系病人的临床信息，做出好的annotation，找到有意思prognosis marker
和 risk factor。找可能的target。
将来所谓personalize medicine 的方向

【在 O******e 的大作中提到】

: 对这些肿瘤组织材料，常规的不就是这些WB,PCR,Staining么？

b*****l
发帖数: 9499

158

国内最让人眼馋的就是 clinical data 了。。。

Array

【在 l******u 的大作中提到】

: 所以说，国内的clinical translational research 很差阿，就停留在这个水平了。
: 手中抱着金饭碗干乞丐的活。俺在这儿要20个肺癌样本要了2年，昨天跟协和病理科
: 的主任聊了聊，他们那儿每天八个胸科外科手术同时上，连主任都不用上手术台，
: 可见国内病人是何其多阿。
: 有好的材料，当然有更多更有意思的要做了，要做大规模的arrayCGH （genomics 水
: 平）， trancritional expression profile (mRNA 和 miRNA)， methylationa Array
: （epi 水平) ，tissue microarray 或者 mass （protein 水平）
: 然后
: 1.可以再在这些数据里找关联（所谓的 integrative genomics，）
: 2. 可以联系病人的临床信息，做出好的annotation，找到有意思prognosis marker

y***i
发帖数: 11639

159

Nod，对每个sample都做RNA/DNA 和 meth microarray，而且做大量的primary cell
line。这些数据如果有组织的做，非常简单。积累多了极其有价值，事实上是癌症最有
价值的数据。这些数据都该对研究单位公开。
美国这些sample非常贵，只有有钱的地方才能一次用上百sample的数据。所以协和那
么用非常的浪费。

Array

【在 l******u 的大作中提到】

y***i
发帖数: 11639

160

其实非常简单的clinical data就很有用了。

了。
理科
水
marker

【在 b*****l 的大作中提到】

: 国内最让人眼馋的就是 clinical data 了。。。
:
: Array

相关主题
● 看来做结构的在版上很被鄙视阿	● 感觉做结构好像实用性不强
● 太好了，11公和其他结晶体的都要失业了，杀老鼠的wsn们都高兴了	● [求助] 谁有这本晶体书的电子版啊？
● 如果有了crystal structure,H/D exchange有什么额外的好处么	● 攻坚结构生物学难题清华学生在《自然》发表学术论文
进入Biology版参与讨论

w******y
发帖数: 8040

161

国内七年制MD真正有兴趣搞科研的人还是太少

Array

【在 l******u 的大作中提到】

y***i
发帖数: 11639

162

医生没这个压力。还是需要做基础研究的人主动联系。谁去做了这个真是非常有意义。

了。
理科
水
marker

【在 w******y 的大作中提到】

: 国内七年制MD真正有兴趣搞科研的人还是太少
:
: Array

l******u
发帖数: 936

163

国内的医生promotion 还是需要 paper 的，压力是有的。问题是国内做基础
研究的人很少对 clinical 方面的重要问题有深入理解的。

义。

【在 y***i 的大作中提到】

: 医生没这个压力。还是需要做基础研究的人主动联系。谁去做了这个真是非常有意义。
:
: 了。
: 理科
: 水
: marker

w******y
发帖数: 8040

164

作基础的主力军是生物系毕业的，有多大比例能发现临床有意义的课题？
关键还是国内医院里面的医生对科研有兴趣同时也有能力的太少太少了

【在 l******u 的大作中提到】

: 国内的医生promotion 还是需要 paper 的，压力是有的。问题是国内做基础
: 研究的人很少对 clinical 方面的重要问题有深入理解的。
:
: 义。

C*******e
发帖数: 4348

165

顶，至少这也是我现在遇到的问题

mention

【在 y***i 的大作中提到】

: 医生没这个压力。还是需要做基础研究的人主动联系。谁去做了这个真是非常有意义。
:
: 了。
: 理科
: 水
: marker

p*******r
发帖数: 4048

166

JING LI.

义。

【在 y***i 的大作中提到】

: 医生没这个压力。还是需要做基础研究的人主动联系。谁去做了这个真是非常有意义。
:
: 了。
: 理科
: 水
: marker

t*d
发帖数: 1290

167

协和自己基础医学院的人还是很牛的啊。他们为什么不干？

【在 l******u 的大作中提到】

: 国内的医生promotion 还是需要 paper 的，压力是有的。问题是国内做基础
: 研究的人很少对 clinical 方面的重要问题有深入理解的。
:
: 义。

J********n
发帖数: 534

168

说的不错。收了数据，看统计才能识别。

【在 l**n 的大作中提到】

(共1页)

进入Biology版参与讨论

相关主题
● 看来做结构的在版上很被鄙视阿	● Re: 请教一个蛋白质晶体结构的问题
● 太好了，11公和其他结晶体的都要失业了，杀老鼠的wsn们都高兴了	● Re: ask a question of paper submission
● 如果有了crystal structure,H/D exchange有什么额外的好处么	● 有人用rna later么
● 感觉做结构好像实用性不强	● Multi-channel pipette
● [求助] 谁有这本晶体书的电子版啊？	● How to confirm there is a cation binding pocket on protein?
● 攻坚结构生物学难题清华学生在《自然》发表学术论文	● Summary for that Free Electron Laser
● SBIG: Channels	● 蛋白结晶电子书求助
● Re: 谁有经验？关于dimerization 和 native gel	● 浙江AF大学招聘

相关话题的讨论汇总
话题: crystals话题: crystal话题: 晶体话题: twinned

#	版面	帖数(主题数)
-	全站	4871 (796)
1	Military	3777 (569)
2	Stock	341 (51)
3	Joke	117 (17)
4	History	116 (3)
5	Automobile	100 (9)
6	USANews	55 (9)
7	Midlife	45 (1)
8	Headline	41 (41)
9	Dreamer	33 (13)
10	FleaMarket	32 (20)
11	Living	30 (7)

boards

未名新帖统计// 7月16日

历史上的今天