y******e
发帖数: 277 | 1 试了GOstat, GOToolBox，和Ontologizer
结果相差很大，不知道哪一种才是正确的结果
求大虾们推荐比较好的onlology analysis program
非常感谢！！！！ |
K**4
发帖数: 1015 | 2 David and Blast2go are much better.
【在 y******e 的大作中提到】
: 试了GOstat, GOToolBox，和Ontologizer
: 结果相差很大，不知道哪一种才是正确的结果
: 求大虾们推荐比较好的onlology analysis program
: 非常感谢！！！！
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n****g
发帖数: 1063 | |
g******w
发帖数: 78 | 4 The best is GSEA from Broad Institute |
y******e
发帖数: 277 | 5 谢谢楼上的大牛们回复~~~
跑去仔细看了DAVID，好像不能自己upload user-specific population group?
如果说错了，烦请指点 ：）
Blast2GO以前用过babelomics上的server，很好用，不过好像必须先进行blast再
annotate才行？
GSEA好高级。。。>_<
我的问题很简单啦，就是两个gene lists，list1 = study group, list2 =
population group, 不是microarray，没有expression files。果蝇的基因，有现成的 GO annotation files。希望找出list1里significantly over/under-represented GO
找program找的头大，完全不清楚该用哪个，结果又没什么相同的
向大家请教！：）多谢建议！！
ps: 到底怎么发包子啊。。。木有看到可以转账啥的 |
l******u
发帖数: 936 | 6 直接上 Ingenuity 就好了.
【在 y******e 的大作中提到】
: 试了GOstat, GOToolBox，和Ontologizer
: 结果相差很大，不知道哪一种才是正确的结果
: 求大虾们推荐比较好的onlology analysis program
: 非常感谢！！！！
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y******e
发帖数: 277 | 7 谢啦！记下来~~~
【在 l******u 的大作中提到】
: 直接上 Ingenuity 就好了.
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y******e
发帖数: 277 | 8 啊，找到DAVID customize population group的地方了
再次拜谢楼上的大侠们指点~ |
s*r
发帖数: 2757 | 9 果蝇自己的database里面没有带这个功能吗
的 GO annotation files。希望找出list1里significantly over/under-represented
GO
【在 y******e 的大作中提到】
: 谢谢楼上的大牛们回复~~~
: 跑去仔细看了DAVID，好像不能自己upload user-specific population group?
: 如果说错了，烦请指点 ：）
: Blast2GO以前用过babelomics上的server，很好用，不过好像必须先进行blast再
: annotate才行？
: GSEA好高级。。。>_<
: 我的问题很简单啦，就是两个gene lists，list1 = study group, list2 =
: population group, 不是microarray，没有expression files。果蝇的基因，有现成的 GO annotation files。希望找出list1里significantly over/under-represented GO
: 找program找的头大，完全不清楚该用哪个，结果又没什么相同的
: 向大家请教！：）多谢建议！！
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y******e
发帖数: 277 | 10 啊，提醒我了
貌似FlyMine有这个功能
万分感谢！！！~
不说我都忘记了。。。。。。。。。
represented
【在 s*r 的大作中提到】
: 果蝇自己的database里面没有带这个功能吗
:
: 的 GO annotation files。希望找出list1里significantly over/under-represented
: GO
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g******w
发帖数: 78 | 11 ingenuity is the best in commercial software.
gsea is the best in free software.
david actually sucks except its simple interface. I guess most people use
david because what need to do is just clicking mouse. BUT please take
enrichment analysis really seriously. Read instructions carefully as you
read paper. Otherwise you may waste time and money in afterward exploration. |
t*d
发帖数: 1290 | 12 这个差异到底有多大？能不能把你的结果 copy 一份给我？我自己一般用GSEA，没有想
到不同的工具会给出不同的结果。应该是一个很简单的东西，如果结果非常不同的话，
我要考虑把我的东西也重算一下了。
【在 y******e 的大作中提到】
: 试了GOstat, GOToolBox，和Ontologizer
: 结果相差很大，不知道哪一种才是正确的结果
: 求大虾们推荐比较好的onlology analysis program
: 非常感谢！！！！
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e*n
发帖数: 1511 | 13 劝你不要重算，浪费时间，肯定结果不同。
【在 t*d 的大作中提到】
: 这个差异到底有多大？能不能把你的结果 copy 一份给我？我自己一般用GSEA，没有想
: 到不同的工具会给出不同的结果。应该是一个很简单的东西，如果结果非常不同的话，
: 我要考虑把我的东西也重算一下了。
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t*d
发帖数: 1290 | 14 有没有人研究这个？
不同可以，但是多大程度不同？这么多人用这个分析，而且大部分都是用 Fisher
exact test （GSEA可以不比，它用了不同的方法）。如果这么简单一个东西都做不出
一个大致 consistent 的结果，那些开发这些程序的人也太水了。
【在 e*n 的大作中提到】
: 劝你不要重算，浪费时间，肯定结果不同。
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K**4
发帖数: 1015 | 15 GO和GSEA用不同的database,所以结果肯定不同
至于GO分析,不同的方法产生结果自然不同，肯定要自己比较一下
【在 t*d 的大作中提到】
: 有没有人研究这个？
: 不同可以，但是多大程度不同？这么多人用这个分析，而且大部分都是用 Fisher
: exact test （GSEA可以不比，它用了不同的方法）。如果这么简单一个东西都做不出
: 一个大致 consistent 的结果，那些开发这些程序的人也太水了。
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t*d
发帖数: 1290 | 16 关键是比较完了，还是不知道谁的做得最好，该用谁的。需要有人用一个标准数据集对
不同的程序做个 benchmark 测试。
【在 K**4 的大作中提到】
: GO和GSEA用不同的database,所以结果肯定不同
: 至于GO分析,不同的方法产生结果自然不同，肯定要自己比较一下
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R********0
发帖数: 780 | 17 用过BiNGO感觉不错, 据说TopGO也可以 |
