R****n 发帖数: 708 | 1 MD老板面试后,发给我两篇关于biomarker的guideline,一个是讲整个biomarker领域从
sample preparation,standardize analytical method and communication between
different research groups.另一篇是说biomarker report怎么写的.看完之后也没什
么感觉。
老板问两个问题一个是如何评价一个marker对于病人treatment的影响?如果有一个
marker怎么validate? 结果哑口无言。以前只是在意用什么方法检测,这两个问题问的
我一点想法都没有。牛人给说说思路吧,是不是一些统计方面的比较么? |
h*****o 发帖数: 342 | 2 我是外行,只是有兴趣
biomarker已经有很多种吧,比如从功能上分,有做diagnosis,有做prognosis
从性质上,有内源性的(某些酶啊),有体外合成的蛋白,有合成的化合物
从用法上,有口服的,有静脉注射的
从检测上,有用imaging (PET, MRI, ultrasound),有生化方面的检测
如此粗略看看,取决于你的模型和治疗方法,biomarker是有很多不同的影响和局限,
可以扯很多了。
怎么validate,我想可能就是从体外->细胞/生化->动物模型->人
大家可以讨论一下。如果楼主可以提供更具体一点的信息就更方便深入一点讨论了
【在 R****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : MD老板面试后,发给我两篇关于biomarker的guideline,一个是讲整个biomarker领域从 : sample preparation,standardize analytical method and communication between : different research groups.另一篇是说biomarker report怎么写的.看完之后也没什 : 么感觉。 : 老板问两个问题一个是如何评价一个marker对于病人treatment的影响?如果有一个 : marker怎么validate? 结果哑口无言。以前只是在意用什么方法检测,这两个问题问的 : 我一点想法都没有。牛人给说说思路吧,是不是一些统计方面的比较么?
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s******y 发帖数: 28562 | 3 他似乎是在考你对大局的掌握度呢。
这些问题,并不一定需要特定答案,甚至也没有标准答案。
对于第一个问题,可以从理论上回答,任何一个marker, 只要它能在如下任何一个方面
有理论上的作用,那就是有作用的:风险预测,诊断,定位,治疗,后期诊断。
至于clincial significance, 这个应该有相应的方式来估算理论值。对于实际上的作
用,
可以通过phase II, III 里的病人数据来估算。
第二个问题,另外一个同学已经讲得很好了,另外我想添加的一点是很多marker是在
疾病模式动物上作出来的,有时候直接跳到实际病人的数据上进行核实,证明那个marker
确实和具体的病有关系,然后才作一系列的具体核实
【在 R****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : MD老板面试后,发给我两篇关于biomarker的guideline,一个是讲整个biomarker领域从 : sample preparation,standardize analytical method and communication between : different research groups.另一篇是说biomarker report怎么写的.看完之后也没什 : 么感觉。 : 老板问两个问题一个是如何评价一个marker对于病人treatment的影响?如果有一个 : marker怎么validate? 结果哑口无言。以前只是在意用什么方法检测,这两个问题问的 : 我一点想法都没有。牛人给说说思路吧,是不是一些统计方面的比较么?
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R****n 发帖数: 708 | 4 我以前主要做biomarker的检测方法,小分子,蛋白和DNA都做过一些。现在他们组应该
做对于chemotherapy之后,小分子metabolites的变化情况,从而找到几种predective
biomarker来选择相应chemotherapy.主要用LC-MS screen.
【在 h*****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我是外行,只是有兴趣 : biomarker已经有很多种吧,比如从功能上分,有做diagnosis,有做prognosis : 从性质上,有内源性的(某些酶啊),有体外合成的蛋白,有合成的化合物 : 从用法上,有口服的,有静脉注射的 : 从检测上,有用imaging (PET, MRI, ultrasound),有生化方面的检测 : 如此粗略看看,取决于你的模型和治疗方法,biomarker是有很多不同的影响和局限, : 可以扯很多了。 : 怎么validate,我想可能就是从体外->细胞/生化->动物模型->人 : 大家可以讨论一下。如果楼主可以提供更具体一点的信息就更方便深入一点讨论了
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R****n 发帖数: 708 | 5 我当时回答第一个问题时候就说,我需要两个group,一个control一个patient.老板说
我们没有control什么的。你说的phase II and III估算是不是说通过survial rate,
hazard ratio之类的计算某种药物的效果
marker
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 他似乎是在考你对大局的掌握度呢。 : 这些问题,并不一定需要特定答案,甚至也没有标准答案。 : 对于第一个问题,可以从理论上回答,任何一个marker, 只要它能在如下任何一个方面 : 有理论上的作用,那就是有作用的:风险预测,诊断,定位,治疗,后期诊断。 : 至于clincial significance, 这个应该有相应的方式来估算理论值。对于实际上的作 : 用, : 可以通过phase II, III 里的病人数据来估算。 : 第二个问题,另外一个同学已经讲得很好了,另外我想添加的一点是很多marker是在 : 疾病模式动物上作出来的,有时候直接跳到实际病人的数据上进行核实,证明那个marker : 确实和具体的病有关系,然后才作一系列的具体核实
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y***i 发帖数: 11639 | 6 Good.
"很多marker是在疾病模式动物上作出来的" ----- Really? Any sample?
marker
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 他似乎是在考你对大局的掌握度呢。 : 这些问题,并不一定需要特定答案,甚至也没有标准答案。 : 对于第一个问题,可以从理论上回答,任何一个marker, 只要它能在如下任何一个方面 : 有理论上的作用,那就是有作用的:风险预测,诊断,定位,治疗,后期诊断。 : 至于clincial significance, 这个应该有相应的方式来估算理论值。对于实际上的作 : 用, : 可以通过phase II, III 里的病人数据来估算。 : 第二个问题,另外一个同学已经讲得很好了,另外我想添加的一点是很多marker是在 : 疾病模式动物上作出来的,有时候直接跳到实际病人的数据上进行核实,证明那个marker : 确实和具体的病有关系,然后才作一系列的具体核实
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s******y 发帖数: 28562 | 7
差不多就是这个意思。
【在 R****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我当时回答第一个问题时候就说,我需要两个group,一个control一个patient.老板说 : 我们没有control什么的。你说的phase II and III估算是不是说通过survial rate, : hazard ratio之类的计算某种药物的效果 : : marker
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s*****0 发帖数: 357 | 8 You don't necessarily need a control group. From patients, you will obtain
Marker+ and Marker- groups. Basically you will examine the drug response
differentiation between these two groups.
Google SNP/Marker + sensitivity, specificity, PPV, NPV and odds ratio to see
whether these concepts help you understand your interviewer's first
question.
【在 R****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我当时回答第一个问题时候就说,我需要两个group,一个control一个patient.老板说 : 我们没有control什么的。你说的phase II and III估算是不是说通过survial rate, : hazard ratio之类的计算某种药物的效果 : : marker
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s*****0 发帖数: 357 | 9 I think she is meant to say "gene" instead of a particular marker. E.g., ADH
clusters from Drosophila.
【在 y***i 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Good. : "很多marker是在疾病模式动物上作出来的" ----- Really? Any sample? : : marker
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s******y 发帖数: 28562 | 10
这个。。。难道这个不是大部分生物研究的模式么?
因为要在实验室的动物里产生可重复的疾病表性不容易,一般人就是偷懒的用一个
什么KO or KI老鼠来代表某个疾病模型在此之上来测试一些marker
【在 y***i 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Good. : "很多marker是在疾病模式动物上作出来的" ----- Really? Any sample? : : marker
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O******e 发帖数: 4845 | 11 也不能说是偷懒吧。那是没有办法的办法,因为一般疾病都是贼多因素造成的,一个一个
模拟起来,至少现阶段还是太难。
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : 这个。。。难道这个不是大部分生物研究的模式么? : 因为要在实验室的动物里产生可重复的疾病表性不容易,一般人就是偷懒的用一个 : 什么KO or KI老鼠来代表某个疾病模型在此之上来测试一些marker
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R****n 发帖数: 708 | 12 能不能给个link介绍些term和统计计算。我不是学医,这些东西一点都不知道。谢谢
see
【在 s*****0 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : You don't necessarily need a control group. From patients, you will obtain : Marker+ and Marker- groups. Basically you will examine the drug response : differentiation between these two groups. : Google SNP/Marker + sensitivity, specificity, PPV, NPV and odds ratio to see : whether these concepts help you understand your interviewer's first : question.
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s******y 发帖数: 28562 | 13 另外,去做博士后就是为了学习的。
如果有什么东西你真的不懂的话,就诚恳的说你以前做的是另外一些角度的事情,
对他问的东西不是很熟悉,但是你非常乐意去学习。
我觉得一般老板不会指望你一开始就什么都懂,但是会看重你的基础,和学习能力。
我不知道他让你看那些东西是否就是考你的学习能力。但是有一点是:学习能力有很多
种。自学是一种,直接和老板谈话把答案套出来也是一种,当然,上网来问别人也是一
种。
哈哈哈
【在 R****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : MD老板面试后,发给我两篇关于biomarker的guideline,一个是讲整个biomarker领域从 : sample preparation,standardize analytical method and communication between : different research groups.另一篇是说biomarker report怎么写的.看完之后也没什 : 么感觉。 : 老板问两个问题一个是如何评价一个marker对于病人treatment的影响?如果有一个 : marker怎么validate? 结果哑口无言。以前只是在意用什么方法检测,这两个问题问的 : 我一点想法都没有。牛人给说说思路吧,是不是一些统计方面的比较么?
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s******y 发帖数: 28562 | 14 呵呵,那当然是这样没错。
我自己就是做这种东西的(用KO老鼠来装病),所以要装着谦虚一点嘛~~~
一个
【在 O******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 也不能说是偷懒吧。那是没有办法的办法,因为一般疾病都是贼多因素造成的,一个一个 : 模拟起来,至少现阶段还是太难。
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R****n 发帖数: 708 | 15 对阿,博士做东西都很局限的,只有那领域的人才非常了解,有时候说两句话提出一个
正确的方向去学习,就会快很多啊
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 另外,去做博士后就是为了学习的。 : 如果有什么东西你真的不懂的话,就诚恳的说你以前做的是另外一些角度的事情, : 对他问的东西不是很熟悉,但是你非常乐意去学习。 : 我觉得一般老板不会指望你一开始就什么都懂,但是会看重你的基础,和学习能力。 : 我不知道他让你看那些东西是否就是考你的学习能力。但是有一点是:学习能力有很多 : 种。自学是一种,直接和老板谈话把答案套出来也是一种,当然,上网来问别人也是一 : 种。 : 哈哈哈
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n***w 发帖数: 2405 | |
s*****0 发帖数: 357 | 17 http://www.oncoprof.net/Generale2000/g05_Marqueurs/gb05_mb03.html
In the Table 1, you will see both control and patient groups. But if you
replace "Cancer patients" with "Drug response patients" and replace "Healthy
subjects" with "Non-response/Disease progress patients", you will just need
the patient treatment group.
Enjoy.
【在 R****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 能不能给个link介绍些term和统计计算。我不是学医,这些东西一点都不知道。谢谢 : : see
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R****n 发帖数: 708 | 18 Many many thanks to you!
Healthy
need
【在 s*****0 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : http://www.oncoprof.net/Generale2000/g05_Marqueurs/gb05_mb03.html : In the Table 1, you will see both control and patient groups. But if you : replace "Cancer patients" with "Drug response patients" and replace "Healthy : subjects" with "Non-response/Disease progress patients", you will just need : the patient treatment group. : Enjoy.
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s******y 发帖数: 28562 | 19 Ft. MD : Medical Doctor
【在 n***w 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 妈的老板?
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L****r 发帖数: 333 | 20 Validation
比如你有2组数据(Healthy vs.Patient), 然后建立模型,这个marker可以用来将这2
组数据分开,就是我们讲的显著差异,但它对未知样品是否也能起作用呢?这就是
validation. |
R****n 发帖数: 708 | 21 如果只是对病人呢?比如说我们有10marker对100个病人检测,可能病人受到的therapy
不同。我要分析每个marker是不是能够作为确定有效therapy的方法。这些marker是作
为互相独立的分析,还是非独立分析?
2
【在 L****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Validation : 比如你有2组数据(Healthy vs.Patient), 然后建立模型,这个marker可以用来将这2 : 组数据分开,就是我们讲的显著差异,但它对未知样品是否也能起作用呢?这就是 : validation.
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