R****n
发帖数: 708 | 1 MD老板面试后，发给我两篇关于biomarker的guideline,一个是讲整个biomarker领域从
sample preparation,standardize analytical method and communication between
different research groups.另一篇是说biomarker report怎么写的.看完之后也没什
么感觉。
老板问两个问题一个是如何评价一个marker对于病人treatment的影响？如果有一个
marker怎么validate? 结果哑口无言。以前只是在意用什么方法检测，这两个问题问的
我一点想法都没有。牛人给说说思路吧，是不是一些统计方面的比较么？ |
h*****o
发帖数: 342 | 2 我是外行，只是有兴趣
biomarker已经有很多种吧，比如从功能上分，有做diagnosis，有做prognosis
从性质上，有内源性的（某些酶啊），有体外合成的蛋白，有合成的化合物
从用法上，有口服的，有静脉注射的
从检测上，有用imaging (PET, MRI, ultrasound)，有生化方面的检测
如此粗略看看，取决于你的模型和治疗方法，biomarker是有很多不同的影响和局限，
可以扯很多了。
怎么validate，我想可能就是从体外->细胞/生化->动物模型->人
大家可以讨论一下。如果楼主可以提供更具体一点的信息就更方便深入一点讨论了
【在 R****n 的大作中提到】
: MD老板面试后，发给我两篇关于biomarker的guideline,一个是讲整个biomarker领域从
: sample preparation,standardize analytical method and communication between
: different research groups.另一篇是说biomarker report怎么写的.看完之后也没什
: 么感觉。
: 老板问两个问题一个是如何评价一个marker对于病人treatment的影响？如果有一个
: marker怎么validate? 结果哑口无言。以前只是在意用什么方法检测，这两个问题问的
: 我一点想法都没有。牛人给说说思路吧，是不是一些统计方面的比较么？
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s******y
发帖数: 28562 | 3 他似乎是在考你对大局的掌握度呢。
这些问题，并不一定需要特定答案，甚至也没有标准答案。
对于第一个问题，可以从理论上回答，任何一个marker, 只要它能在如下任何一个方面
有理论上的作用，那就是有作用的：风险预测，诊断，定位，治疗，后期诊断。
至于clincial significance, 这个应该有相应的方式来估算理论值。对于实际上的作
用，
可以通过phase II, III 里的病人数据来估算。
第二个问题，另外一个同学已经讲得很好了，另外我想添加的一点是很多marker是在
疾病模式动物上作出来的，有时候直接跳到实际病人的数据上进行核实，证明那个marker
确实和具体的病有关系，然后才作一系列的具体核实
【在 R****n 的大作中提到】
: MD老板面试后，发给我两篇关于biomarker的guideline,一个是讲整个biomarker领域从
: sample preparation,standardize analytical method and communication between
: different research groups.另一篇是说biomarker report怎么写的.看完之后也没什
: 么感觉。
: 老板问两个问题一个是如何评价一个marker对于病人treatment的影响？如果有一个
: marker怎么validate? 结果哑口无言。以前只是在意用什么方法检测，这两个问题问的
: 我一点想法都没有。牛人给说说思路吧，是不是一些统计方面的比较么？
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R****n
发帖数: 708 | 4 我以前主要做biomarker的检测方法，小分子，蛋白和DNA都做过一些。现在他们组应该
做对于chemotherapy之后，小分子metabolites的变化情况，从而找到几种predective
biomarker来选择相应chemotherapy.主要用LC-MS screen.
【在 h*****o 的大作中提到】
: 我是外行，只是有兴趣
: biomarker已经有很多种吧，比如从功能上分，有做diagnosis，有做prognosis
: 从性质上，有内源性的（某些酶啊），有体外合成的蛋白，有合成的化合物
: 从用法上，有口服的，有静脉注射的
: 从检测上，有用imaging (PET, MRI, ultrasound)，有生化方面的检测
: 如此粗略看看，取决于你的模型和治疗方法，biomarker是有很多不同的影响和局限，
: 可以扯很多了。
: 怎么validate，我想可能就是从体外->细胞/生化->动物模型->人
: 大家可以讨论一下。如果楼主可以提供更具体一点的信息就更方便深入一点讨论了
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R****n
发帖数: 708 | 5 我当时回答第一个问题时候就说，我需要两个group,一个control一个patient.老板说
我们没有control什么的。你说的phase II and III估算是不是说通过survial rate,
hazard ratio之类的计算某种药物的效果
marker
【在 s******y 的大作中提到】
: 他似乎是在考你对大局的掌握度呢。
: 这些问题，并不一定需要特定答案，甚至也没有标准答案。
: 对于第一个问题，可以从理论上回答，任何一个marker, 只要它能在如下任何一个方面
: 有理论上的作用，那就是有作用的：风险预测，诊断，定位，治疗，后期诊断。
: 至于clincial significance, 这个应该有相应的方式来估算理论值。对于实际上的作
: 用，
: 可以通过phase II, III 里的病人数据来估算。
: 第二个问题，另外一个同学已经讲得很好了，另外我想添加的一点是很多marker是在
: 疾病模式动物上作出来的，有时候直接跳到实际病人的数据上进行核实，证明那个marker
: 确实和具体的病有关系，然后才作一系列的具体核实
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y***i
发帖数: 11639 | 6 Good.
"很多marker是在疾病模式动物上作出来的" ----- Really? Any sample?
marker
【在 s******y 的大作中提到】
: 他似乎是在考你对大局的掌握度呢。
: 这些问题，并不一定需要特定答案，甚至也没有标准答案。
: 对于第一个问题，可以从理论上回答，任何一个marker, 只要它能在如下任何一个方面
: 有理论上的作用，那就是有作用的：风险预测，诊断，定位，治疗，后期诊断。
: 至于clincial significance, 这个应该有相应的方式来估算理论值。对于实际上的作
: 用，
: 可以通过phase II, III 里的病人数据来估算。
: 第二个问题，另外一个同学已经讲得很好了，另外我想添加的一点是很多marker是在
: 疾病模式动物上作出来的，有时候直接跳到实际病人的数据上进行核实，证明那个marker
: 确实和具体的病有关系，然后才作一系列的具体核实
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s******y
发帖数: 28562 | 7
差不多就是这个意思。
【在 R****n 的大作中提到】
: 我当时回答第一个问题时候就说，我需要两个group,一个control一个patient.老板说
: 我们没有control什么的。你说的phase II and III估算是不是说通过survial rate,
: hazard ratio之类的计算某种药物的效果
:
: marker
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s*****0
发帖数: 357 | 8 You don't necessarily need a control group. From patients, you will obtain
Marker+ and Marker- groups. Basically you will examine the drug response
differentiation between these two groups.
Google SNP/Marker + sensitivity, specificity, PPV, NPV and odds ratio to see
whether these concepts help you understand your interviewer's first
question.
【在 R****n 的大作中提到】
: 我当时回答第一个问题时候就说，我需要两个group,一个control一个patient.老板说
: 我们没有control什么的。你说的phase II and III估算是不是说通过survial rate,
: hazard ratio之类的计算某种药物的效果
:
: marker
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s*****0
发帖数: 357 | 9 I think she is meant to say "gene" instead of a particular marker. E.g., ADH
clusters from Drosophila.
【在 y***i 的大作中提到】
: Good.
: "很多marker是在疾病模式动物上作出来的" ----- Really? Any sample?
:
: marker
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s******y
发帖数: 28562 | 10
这个。。。难道这个不是大部分生物研究的模式么？
因为要在实验室的动物里产生可重复的疾病表性不容易，一般人就是偷懒的用一个
什么KO or KI老鼠来代表某个疾病模型在此之上来测试一些marker
【在 y***i 的大作中提到】
: Good.
: "很多marker是在疾病模式动物上作出来的" ----- Really? Any sample?
:
: marker
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O******e
发帖数: 4845 | 11 也不能说是偷懒吧。那是没有办法的办法，因为一般疾病都是贼多因素造成的，一个一个
模拟起来，至少现阶段还是太难。
【在 s******y 的大作中提到】
:
: 这个。。。难道这个不是大部分生物研究的模式么？
: 因为要在实验室的动物里产生可重复的疾病表性不容易，一般人就是偷懒的用一个
: 什么KO or KI老鼠来代表某个疾病模型在此之上来测试一些marker
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R****n
发帖数: 708 | 12 能不能给个link介绍些term和统计计算。我不是学医，这些东西一点都不知道。谢谢
see
【在 s*****0 的大作中提到】
: You don't necessarily need a control group. From patients, you will obtain
: Marker+ and Marker- groups. Basically you will examine the drug response
: differentiation between these two groups.
: Google SNP/Marker + sensitivity, specificity, PPV, NPV and odds ratio to see
: whether these concepts help you understand your interviewer's first
: question.
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s******y
发帖数: 28562 | 13 另外，去做博士后就是为了学习的。
如果有什么东西你真的不懂的话，就诚恳的说你以前做的是另外一些角度的事情，
对他问的东西不是很熟悉，但是你非常乐意去学习。
我觉得一般老板不会指望你一开始就什么都懂，但是会看重你的基础，和学习能力。
我不知道他让你看那些东西是否就是考你的学习能力。但是有一点是：学习能力有很多
种。自学是一种，直接和老板谈话把答案套出来也是一种，当然，上网来问别人也是一
种。
哈哈哈
【在 R****n 的大作中提到】
: MD老板面试后，发给我两篇关于biomarker的guideline,一个是讲整个biomarker领域从
: sample preparation,standardize analytical method and communication between
: different research groups.另一篇是说biomarker report怎么写的.看完之后也没什
: 么感觉。
: 老板问两个问题一个是如何评价一个marker对于病人treatment的影响？如果有一个
: marker怎么validate? 结果哑口无言。以前只是在意用什么方法检测，这两个问题问的
: 我一点想法都没有。牛人给说说思路吧，是不是一些统计方面的比较么？
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s******y
发帖数: 28562 | 14 呵呵，那当然是这样没错。
我自己就是做这种东西的（用KO老鼠来装病），所以要装着谦虚一点嘛~~~
一个
【在 O******e 的大作中提到】
: 也不能说是偷懒吧。那是没有办法的办法，因为一般疾病都是贼多因素造成的，一个一个
: 模拟起来，至少现阶段还是太难。
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R****n
发帖数: 708 | 15 对阿，博士做东西都很局限的，只有那领域的人才非常了解，有时候说两句话提出一个
正确的方向去学习，就会快很多啊
【在 s******y 的大作中提到】
: 另外，去做博士后就是为了学习的。
: 如果有什么东西你真的不懂的话，就诚恳的说你以前做的是另外一些角度的事情，
: 对他问的东西不是很熟悉，但是你非常乐意去学习。
: 我觉得一般老板不会指望你一开始就什么都懂，但是会看重你的基础，和学习能力。
: 我不知道他让你看那些东西是否就是考你的学习能力。但是有一点是：学习能力有很多
: 种。自学是一种，直接和老板谈话把答案套出来也是一种，当然，上网来问别人也是一
: 种。
: 哈哈哈
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n***w
发帖数: 2405 | |
s*****0
发帖数: 357 | 17 http://www.oncoprof.net/Generale2000/g05_Marqueurs/gb05_mb03.html
In the Table 1, you will see both control and patient groups. But if you
replace "Cancer patients" with "Drug response patients" and replace "Healthy
subjects" with "Non-response/Disease progress patients", you will just need
the patient treatment group.
Enjoy.
【在 R****n 的大作中提到】
: 能不能给个link介绍些term和统计计算。我不是学医，这些东西一点都不知道。谢谢
:
: see
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R****n
发帖数: 708 | 18 Many many thanks to you!
Healthy
need
【在 s*****0 的大作中提到】
: http://www.oncoprof.net/Generale2000/g05_Marqueurs/gb05_mb03.html
: In the Table 1, you will see both control and patient groups. But if you
: replace "Cancer patients" with "Drug response patients" and replace "Healthy
: subjects" with "Non-response/Disease progress patients", you will just need
: the patient treatment group.
: Enjoy.
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s******y
发帖数: 28562 | 19 Ft. MD : Medical Doctor
【在 n***w 的大作中提到】
: 妈的老板？
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L****r
发帖数: 333 | 20 Validation
比如你有2组数据（Healthy vs.Patient), 然后建立模型，这个marker可以用来将这2
组数据分开，就是我们讲的显著差异，但它对未知样品是否也能起作用呢？这就是
validation. |
R****n
发帖数: 708 | 21 如果只是对病人呢？比如说我们有10marker对100个病人检测，可能病人受到的therapy
不同。我要分析每个marker是不是能够作为确定有效therapy的方法。这些marker是作
为互相独立的分析，还是非独立分析？
2
【在 L****r 的大作中提到】
: Validation
: 比如你有2组数据（Healthy vs.Patient), 然后建立模型，这个marker可以用来将这2
: 组数据分开，就是我们讲的显著差异，但它对未知样品是否也能起作用呢？这就是
: validation.
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