w******e 发帖数: 1187 | 1 又来请教了:话说我用filter binding assay测我aptamer pool跟target
protein的kd,测出的signal最高只有upper limit(probe不加protein不过
filter直接加到scintillation vial里的读数)的20%。。。虽说protein
理论上可能有一部分被wash off吧,但80% loss也太离谱了吧。。。但
signal确实是plateau了,能fit出kd来(还挺好hiahia)。
请问牛人这种现象可能正常吗?btw我根本没敢多洗,加了mixture之后就
洗了1次1ml,不过neg control挺低的了。 |
w******e 发帖数: 1187 | 2 ding
【在 w******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 又来请教了:话说我用filter binding assay测我aptamer pool跟target : protein的kd,测出的signal最高只有upper limit(probe不加protein不过 : filter直接加到scintillation vial里的读数)的20%。。。虽说protein : 理论上可能有一部分被wash off吧,但80% loss也太离谱了吧。。。但 : signal确实是plateau了,能fit出kd来(还挺好hiahia)。 : 请问牛人这种现象可能正常吗?btw我根本没敢多洗,加了mixture之后就 : 洗了1次1ml,不过neg control挺低的了。
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a****o 发帖数: 1786 | 3 I think it is normal. Since you use pool, not all mmbers can bind to your
protein. if only 20% of the pool are real aptamers, it fit the result very
well. Even with real defined aptamer, you may not get 100% binding. RNA
aptamers can form different structures, maybe only one or a few of them bind
to your target.
【在 w******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 又来请教了:话说我用filter binding assay测我aptamer pool跟target : protein的kd,测出的signal最高只有upper limit(probe不加protein不过 : filter直接加到scintillation vial里的读数)的20%。。。虽说protein : 理论上可能有一部分被wash off吧,但80% loss也太离谱了吧。。。但 : signal确实是plateau了,能fit出kd来(还挺好hiahia)。 : 请问牛人这种现象可能正常吗?btw我根本没敢多洗,加了mixture之后就 : 洗了1次1ml,不过neg control挺低的了。
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w******e 发帖数: 1187 | 4 thanks a lot! Now I'm relieved:)
bind
【在 a****o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : I think it is normal. Since you use pool, not all mmbers can bind to your : protein. if only 20% of the pool are real aptamers, it fit the result very : well. Even with real defined aptamer, you may not get 100% binding. RNA : aptamers can form different structures, maybe only one or a few of them bind : to your target.
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