y******e
发帖数: 277 | 1 手上8000多个果蝇基因，有差不多2000个基因在official GO database http://www.geneontology.org/ 里面没有记录，没有任何相关的GO terms。
如果要做GO enrichment analysis，应该怎么处理这2000个基因呐？放着不管的话，对
最后的结果影响应该不小吧。。。 >_<
是不是应该用blast2go先annotate下？
老板不是这行的，也不清楚。跑来请教大家啦 =）
谢谢建议！！！ |
s*********x
发帖数: 1923 | |
A*****n
发帖数: 243 | 3 david应该也不能解决他的问题,因为 没有 注释的还是 没 有
david并 不能够预测功能 ,可 以用 blast2go试着对 果蠅的 全 基因组 作 一下
但是 我觉得不会有 什 么 变化,如果能 用 blast预测出 工能 的 说 不定
都已经有 IEA的 注释了 .
能 議議
【在 s*********x 的大作中提到】
: you can try DAVID
: http://david.abcc.ncifcrf.gov/
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t*d
发帖数: 1290 | 4 做这些 GO enrichment analysis 千万别太较真。结果都是放在文章中花瓶，没有实质
的咚咚，也没有人会和你较真。所以爱怎么做，怎么做。不用 2000 个基因也说得过去
，用 blast2go 分析了 2000 个基因也不一定就更好。
【在 y******e 的大作中提到】
: 手上8000多个果蝇基因，有差不多2000个基因在official GO database http://www.geneontology.org/ 里面没有记录，没有任何相关的GO terms。
: 如果要做GO enrichment analysis，应该怎么处理这2000个基因呐？放着不管的话，对
: 最后的结果影响应该不小吧。。。 >_<
: 是不是应该用blast2go先annotate下？
: 老板不是这行的，也不清楚。跑来请教大家啦 =）
: 谢谢建议！！！
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y***i
发帖数: 11639 | 5 的确是花瓶，不过这么做的话，只要被人看出来一定会较真。我觉得先annotate一下
更得当一点。
，对
【在 t*d 的大作中提到】
: 做这些 GO enrichment analysis 千万别太较真。结果都是放在文章中花瓶，没有实质
: 的咚咚，也没有人会和你较真。所以爱怎么做，怎么做。不用 2000 个基因也说得过去
: ，用 blast2go 分析了 2000 个基因也不一定就更好。
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y***i
发帖数: 11639 | 6 不过8000多个基因做enrichment analysis 或者 David 真的是一点意义都没有了，
果蝇一共才多少基因啊。我觉得不该做。
实质
过去
【在 y***i 的大作中提到】
: 的确是花瓶，不过这么做的话，只要被人看出来一定会较真。我觉得先annotate一下
: 更得当一点。
:
: ，对
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t*d
发帖数: 1290 | 7 这个是可以的。不过在做enrichment analysis的时候，需要把 population 定义为者
8000 －2000 个基因，不能定义为果蝇的所有基因。很多人做 enrichment analysis的
时候都在这里犯了错误。
GO 中也不是所有人的基因都有注释。那些有注释的基因，也大部分没有注释全。大家
都是在凑或着用。所以你在文章中说“we did GO enrichment analysis based on the
~6000 gene with GO annotation", 应该没有人会 argue 这个。
【在 y***i 的大作中提到】
: 不过8000多个基因做enrichment analysis 或者 David 真的是一点意义都没有了，
: 果蝇一共才多少基因啊。我觉得不该做。
:
: 实质
: 过去
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y******e
发帖数: 277 | 8 非常感谢！！！
当初就是用DAVID算了一下，发现有BP annotation的只有6000个基因
所以愁啊愁~~~~
谢谢大家的建议，我就按照ttd大侠说的写了。
再次感谢！！！ |
r****q
发帖数: 22 | 9 If you know R/Bioconductor, you may want to try GAGE. No need to remove
genes or discriminate genes with or without annotation. Different from
hypergeometric test based methods/programs like DAVID, GAGE uses all genes
and requires no pre-selection of differentially expressed (or otherwise
significant) gene list. This strategy frequently leads to more robust and
sensitive analysis results.
The gage package is available with Bioconductor at:
http://bioconductor.org/help/bioc-views/release/bioc/html/gage.html
GAGE method has been published at:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161
【在 y******e 的大作中提到】
: 非常感谢！！！
: 当初就是用DAVID算了一下，发现有BP annotation的只有6000个基因
: 所以愁啊愁~~~~
: 谢谢大家的建议，我就按照ttd大侠说的写了。
: 再次感谢！！！
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