j****x
发帖数: 1704 | 1 同事之前收到别人给寄过来的质粒，已经是大提好了的。送测序公司简单测了一个反应
，匹配。
后来同事基于这个质粒又构建了其他几个衍生，测序据说也都啥没问题。后来再做酶切
时，顺便点了个质粒对照，结果问题来了。
单酶切，双酶切，片段大小都正确。单单这个未酶切的质粒对照，不是正常超螺旋质粒
应有的迁移速率快于线形片段的情形，反而显示条带还显著大于单酶切后的线形片段。
（质粒大小6.5kb，正常的超螺旋结构约3.5-4kb,而该未切质粒显示8kb）
同事今天找我讨论，想了半天没法解释。从来没遇到这种情况，确切地说很少做质粒对
照，单双酶切正确就完了。没想到还有这种情况，怎么解释？ |
j****x
发帖数: 1704 | |
b****r
发帖数: 17995 | 3 不太懂，是不是可能是多个环的套叠，或者是gDNA的污染
我也碰过类似情况，直接无视了 |
g***j
发帖数: 40861 | |
s****t
发帖数: 461 | 5 looks more like open-circle plasmid (nicked). |
j****x
发帖数: 1704 | 6 我们也想到过可能是dimer或者双环套叠，因为迁移速率刚好是超螺旋质粒的2倍，但是
不太懂这个在复制过程中是怎么形成的，而且条带很单一很纯，如果是套叠感觉应该是
mixture才对。
nicked plasmid可能性也不大，首先是新置备的质粒，而且胶上也能在主带后看到微弱
的nicked条带。如果主带是nicked plasmid，大小也不对（和其他衍生质粒的nicked
条带对不上）。
gDNA的污染可以排除，因为可以被完美的酶切鉴定。
确实很奇怪，有谁也遇到过类似情况吗？感觉双环套叠的可能性最大，能解释一切现象
，但是不明白怎么形成的。 |
