W********w
发帖数: 771 | 1 我是做细胞生物学的， 不大大看遗传学方面的杂志。 但最近发现一个基因的特定SNP
跟癌症有关联， OddsRatio为2左右， 病人量<300. 知道这个不是主要疾病调控基因，
但可能是独立的Predictor。 分子机制还没有做完， 但想先把这部分先写一篇短的
Report 或Letter之类的先发了。 不知有啥杂志收这类文章？ 我知道Nature Genetics
可以， 但我这文章显然上不了那档次。 请建议。 |
n********t
发帖数: 1079 | 2 怎么发现的？有没有独立的cohort来validate？ |
W********w
发帖数: 771 | 3 从机制反推的， 但机制没做完。 2 cohorts 能validate。 |
n********t
发帖数: 1079 | 4 Targeted screen? AJHG估计有点难，发面向那个病的专门刊物吧。另外你们能说
明的最多就是association，想成为predictor，2的OR估计没戏，普通人群的
prediction rule大概是全部neg，还是放在一起发比较容易上好的杂志。 |
W********w
发帖数: 771 | 5 是的， 就是association。 比AJHG低的有吗？只想先发文章申请Funding， 因为做机
制要好久。 |
n********t
发帖数: 1079 | 6 最快的：Plos ONE，不过估计你老板看不上
【在 W********w 的大作中提到】
: 是的， 就是association。 比AJHG低的有吗？只想先发文章申请Funding， 因为做机
: 制要好久。
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W********w
发帖数: 771 | 7 Plos ONE有SCI吗？ 补充一点： 这个SNP跟疾病发生相关， 但于疾病进展不相关。 |
n********t
发帖数: 1079 | 8 应该是吧，去年他们的IF貌似4.5左右
【在 W********w 的大作中提到】
: Plos ONE有SCI吗？ 补充一点： 这个SNP跟疾病发生相关， 但于疾病进展不相关。
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b****r
发帖数: 17995 | 9 这个看Odds ratio有鸟用啊，这个要看P到底多少。
adjusted for multiple comparison 后不significant的话，估计也就是个2，3分的杂
志。如果不改变氨基酸，分数就更低了，可能1，2分
如果significant，可以考虑投你这个病最高分的临床杂志，一般发得比较快，据说临
床医生也比较喜欢引用
纯genetics的杂志估计对你的方法学会很picky的，临床杂志的那些审稿人反正不太懂
，可能容易发些 |
h******y
发帖数: 1374 | |
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n********t
发帖数: 1079 | 11 不significant就不用发了，发出来都丢人。不过他们是targeted screen，应该没啥问
题。
还有一种可能是他老板是牛人，或者认识一个可以拉来署名的牛人，那就去牛人灌水的
自留地：PNAS
改变AA？这个太难了，基本上screen出来的都不是Exon里的SNP。如果是validated
missense/nonsense，抱着这个蛋白追击，实验结果漂亮的话能上CNS。
【在 b****r 的大作中提到】
: 这个看Odds ratio有鸟用啊，这个要看P到底多少。
: adjusted for multiple comparison 后不significant的话，估计也就是个2，3分的杂
: 志。如果不改变氨基酸，分数就更低了，可能1，2分
: 如果significant，可以考虑投你这个病最高分的临床杂志，一般发得比较快，据说临
: 床医生也比较喜欢引用
: 纯genetics的杂志估计对你的方法学会很picky的，临床杂志的那些审稿人反正不太懂
: ，可能容易发些
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b****r
发帖数: 17995 | 12 有啥丢人的,多一篇文章为啥不多
你要是非15分以上不发,每年灌n篇的牛人,当我没说
【在 n********t 的大作中提到】
: 不significant就不用发了，发出来都丢人。不过他们是targeted screen，应该没啥问
: 题。
: 还有一种可能是他老板是牛人，或者认识一个可以拉来署名的牛人，那就去牛人灌水的
: 自留地：PNAS
: 改变AA？这个太难了，基本上screen出来的都不是Exon里的SNP。如果是validated
: missense/nonsense，抱着这个蛋白追击，实验结果漂亮的话能上CNS。
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n********t
发帖数: 1079 | 13 不significant这篇文章啥scientific ground都没有，还发啥？统计尽管是忽悠，但是
连这都忽悠不过去还是算了，估计Plos ONE的reviewer都会砍
【在 b****r 的大作中提到】
: 有啥丢人的,多一篇文章为啥不多
: 你要是非15分以上不发,每年灌n篇的牛人,当我没说
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n******7
发帖数: 12463 | 14 common variance 很难有很强的effect,这也是GWAS方法的缺陷
【在 n********t 的大作中提到】
: 不significant这篇文章啥scientific ground都没有，还发啥？统计尽管是忽悠，但是
: 连这都忽悠不过去还是算了，估计Plos ONE的reviewer都会砍
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n********t
发帖数: 1079 | 15 GWAS的假设就是common variants with low effect，象那个AMD paper那样能找到
coding change的是撞大运（其实他们也不是直接screen到那个AA的change）。
【在 n******7 的大作中提到】
: common variance 很难有很强的effect,这也是GWAS方法的缺陷
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b****r
发帖数: 17995 | 16 看来你确实是牛人,plos one已经是你的底线,啊哈哈
不过遗传方面negative 的结果很多都能发,我就发了不少,哈哈,paper不嫌多啊
【在 n********t 的大作中提到】
: 不significant这篇文章啥scientific ground都没有，还发啥？统计尽管是忽悠，但是
: 连这都忽悠不过去还是算了，估计Plos ONE的reviewer都会砍
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M*****n
发帖数: 16729 | |
W********w
发帖数: 771 | 18 P=0.03 associated with tumor onset, but odds ratio is not very gread. 改变氨
基酸的, 也改变蛋白生化特性， 但细胞机制还未明， 不想等那么久， 觉得不是疾病
的主要调控基因，老板也非大牛，我做的也非他的领域， 即使弄明白了， 也发不了太
高的杂志。 关键是我要给自己找Funding。
【在 b****r 的大作中提到】
: 这个看Odds ratio有鸟用啊，这个要看P到底多少。
: adjusted for multiple comparison 后不significant的话，估计也就是个2，3分的杂
: 志。如果不改变氨基酸，分数就更低了，可能1，2分
: 如果significant，可以考虑投你这个病最高分的临床杂志，一般发得比较快，据说临
: 床医生也比较喜欢引用
: 纯genetics的杂志估计对你的方法学会很picky的，临床杂志的那些审稿人反正不太懂
: ，可能容易发些
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O******e
发帖数: 4845 | 19 I would limit the number of such low-profile papers. This might hurt you in
the
long run.
【在 b****r 的大作中提到】
: 看来你确实是牛人,plos one已经是你的底线,啊哈哈
: 不过遗传方面negative 的结果很多都能发,我就发了不少,哈哈,paper不嫌多啊
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W********w
发帖数: 771 | 20 还有在正常人群中（150）， 三种基因型符合Hardy–Weinberg equilibrium， 但在癌
症患者（300）中不符合， 这说明啥问题， 影响发文章吗？ |
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A*****n
发帖数: 243 | 21 作了几个SNP得到p-value 0.03？。如果是genome scan的话，这个p-value也太差了。
SNP
是主要疾病调控基因，
Genetics
equilibrium， 但在癌症患者（300）中不符合， 这说明啥问题， 影响发文章吗。
【在 W********w 的大作中提到】
: 我是做细胞生物学的， 不大大看遗传学方面的杂志。 但最近发现一个基因的特定SNP
: 跟癌症有关联， OddsRatio为2左右， 病人量<300. 知道这个不是主要疾病调控基因，
: 但可能是独立的Predictor。 分子机制还没有做完， 但想先把这部分先写一篇短的
: Report 或Letter之类的先发了。 不知有啥杂志收这类文章？ 我知道Nature Genetics
: 可以， 但我这文章显然上不了那档次。 请建议。
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b****r
发帖数: 17995 | 22 正常人群里符合就行了
另外你这三百个人是同一个ethnicity吗？
你的P=0.03是adjusted for multiple comparison之后吗？还是就是raw P-value？ 这
两者区别
可大了，不能打马虎眼
【在 W********w 的大作中提到】
: 还有在正常人群中（150）， 三种基因型符合Hardy–Weinberg equilibrium， 但在癌
: 症患者（300）中不符合， 这说明啥问题， 影响发文章吗？
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W********w
发帖数: 771 | 23 One SNP, compare 300 patients to 150 healthy.
【在 A*****n 的大作中提到】
: 作了几个SNP得到p-value 0.03？。如果是genome scan的话，这个p-value也太差了。
:
: SNP
: 是主要疾病调控基因，
: Genetics
: equilibrium， 但在癌症患者（300）中不符合， 这说明啥问题， 影响发文章吗。
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W********w
发帖数: 771 | 24 病人和对照都白人。P值是chi square. 请原谅我的无知，你说的Adjusted after
multiple comparison 是怎样算的？ 能
展开说说吗，我不大接触复杂的统计和遗传。
【在 b****r 的大作中提到】
: 正常人群里符合就行了
: 另外你这三百个人是同一个ethnicity吗？
: 你的P=0.03是adjusted for multiple comparison之后吗？还是就是raw P-value？ 这
: 两者区别
: 可大了，不能打马虎眼
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s******s
发帖数: 13035 | 25 你是根据理论就比了这个SNP，还是比了好多SNP，只有这个
significant.
【在 W********w 的大作中提到】
: 病人和对照都白人。P值是chi square. 请原谅我的无知，你说的Adjusted after
: multiple comparison 是怎样算的？ 能
: 展开说说吗，我不大接触复杂的统计和遗传。
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b****r
发帖数: 17995 | 26 你们真的只做了一个改变氨基酸的SNP？i don't know if the reviewers gonna buy
that
绝大多数目前的类似实验都是比一个基因里的若干SNP甚至若干基因里的若干SNP
你能解释一下为什么你们决定如此大规模研究这个SNP？看看你能不能说服我。我还是
审过不少类
似文章的
【在 W********w 的大作中提到】
: One SNP, compare 300 patients to 150 healthy.
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W********w
发帖数: 771 | 27 谢谢大家的分享， 听你们一点拨， 胜过Google和看Paper无数。 那我就展开说说这个
project的历史和结果， 看看能不能说服你们这些专家， 并请推荐合适的杂志。
前面说过， 我是做蛋白化学和细胞生物学的。 我做的一个癌症相关蛋白质能够结合某
一体内代谢物，结构已阐明（不是我做的）， 我比较了一下结构和dSNP Database发现
这个蛋白有个变意SNP所编码的氨基酸能够决定蛋白结合底物的flexibility (基于结构
的猜想， 需要用NMR做动态分析）。自己用小规模病例测了一下， 确认了SNP。本着无
知者无畏的精神， 在开会时跟两家有Sample的Lab谈合作测定这个SNP， 当然经过千苦
万难， 此处不表。 最后测了大约150个正常人群， 1000个良性肿瘤， 和300个癌症。
都是白人。 正常人群中， 基因型符合Hardy–Weinberg equilibrium， 但在其它两
个人群中不符合。良性肿瘤比正常人群， Minor Allele p=0.01, odds 近2； 癌症比
正常人群，Minor Allele p=0.03, odds 近2；癌症比良性肿瘤，无显著差异。 更重要
的是， 在良性肿瘤人群中，Minor Allele 跟 肿瘤的个数呈正相关（p=0.002). 所以
我得出结论是Minor Allele 跟 肿瘤的发生（onset)相关（不管是群体还是个体），
但跟疾病发展(progression)无关. 不知能让大家信服吗。
因为做机制要等好久， 准备先发篇小文。请推荐杂志。 另外我对统计不精。 我用的
是chi-square, 不知符不符和业界要求。请不吝赐教， 我接受任何建议。 |
s*****0
发帖数: 357 | 28 把三组人群的一些baseline characteristic 比如年龄，性别，抽烟（如果是肺癌之类
), 饮食（如果食道癌之类）等
等做个Anova, 看看除了你的snp以外有无其它诱发因素，最后把都significant的
factor 试试fit logistic model, 看看其
中snp的相对贡献。
你的study不是replicative而是exploratory, 不用拘泥于adjusted p, 只是最后得出
结论时要有所保留。文章还是投跟
该疾病相关的杂志，能被接受的可能性很大，毕竟你的study size 不小。如果能把机
理搞明白，并且在另一个
cohort上复制你的multivariate model以及单个snp的significance,下一篇直接上
nature genetics.
【在 W********w 的大作中提到】
: 谢谢大家的分享， 听你们一点拨， 胜过Google和看Paper无数。 那我就展开说说这个
: project的历史和结果， 看看能不能说服你们这些专家， 并请推荐合适的杂志。
: 前面说过， 我是做蛋白化学和细胞生物学的。 我做的一个癌症相关蛋白质能够结合某
: 一体内代谢物，结构已阐明（不是我做的）， 我比较了一下结构和dSNP Database发现
: 这个蛋白有个变意SNP所编码的氨基酸能够决定蛋白结合底物的flexibility (基于结构
: 的猜想， 需要用NMR做动态分析）。自己用小规模病例测了一下， 确认了SNP。本着无
: 知者无畏的精神， 在开会时跟两家有Sample的Lab谈合作测定这个SNP， 当然经过千苦
: 万难， 此处不表。 最后测了大约150个正常人群， 1000个良性肿瘤， 和300个癌症。
: 都是白人。 正常人群中， 基因型符合Hardy–Weinberg equilibrium， 但在其它两
: 个人群中不符合。良性肿瘤比正常人群， Minor Allele p=0.01, odds 近2； 癌症比
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W********w
发帖数: 771 | 29 谢谢！
【在 s*****0 的大作中提到】
: 把三组人群的一些baseline characteristic 比如年龄，性别，抽烟（如果是肺癌之类
: ), 饮食（如果食道癌之类）等
: 等做个Anova, 看看除了你的snp以外有无其它诱发因素，最后把都significant的
: factor 试试fit logistic model, 看看其
: 中snp的相对贡献。
: 你的study不是replicative而是exploratory, 不用拘泥于adjusted p, 只是最后得出
: 结论时要有所保留。文章还是投跟
: 该疾病相关的杂志，能被接受的可能性很大，毕竟你的study size 不小。如果能把机
: 理搞明白，并且在另一个
: cohort上复制你的multivariate model以及单个snp的significance,下一篇直接上
|
O******e
发帖数: 4845 | 30 我想你已经在细胞里面表达过这个mutant protein了，有没有发现任何表型？相关的
活性有没有大的变化？
光你现在有的数据，分量有点小。建议还是把后续功能实验做完了再发吧。
【在 W********w 的大作中提到】
: 谢谢大家的分享， 听你们一点拨， 胜过Google和看Paper无数。 那我就展开说说这个
: project的历史和结果， 看看能不能说服你们这些专家， 并请推荐合适的杂志。
: 前面说过， 我是做蛋白化学和细胞生物学的。 我做的一个癌症相关蛋白质能够结合某
: 一体内代谢物，结构已阐明（不是我做的）， 我比较了一下结构和dSNP Database发现
: 这个蛋白有个变意SNP所编码的氨基酸能够决定蛋白结合底物的flexibility (基于结构
: 的猜想， 需要用NMR做动态分析）。自己用小规模病例测了一下， 确认了SNP。本着无
: 知者无畏的精神， 在开会时跟两家有Sample的Lab谈合作测定这个SNP， 当然经过千苦
: 万难， 此处不表。 最后测了大约150个正常人群， 1000个良性肿瘤， 和300个癌症。
: 都是白人。 正常人群中， 基因型符合Hardy–Weinberg equilibrium， 但在其它两
: 个人群中不符合。良性肿瘤比正常人群， Minor Allele p=0.01, odds 近2； 癌症比
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g*********d
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W********w
发帖数: 771 | |
g*********d
发帖数: 233 | 33 check and see if they have the same SNP done
1. GWAS has more than 1000 samples
http://grants.nih.gov/grants/gwas/
2. 1000 genome project has good coverage
http://www.1000genomes.org/ |
c*******n
发帖数: 300 | 34 单独的snp比较难发，现在的gwas太多了。最好做到halpotype.
另外你做了什么假设,additive, dominant, recessive or others?
有没有adjust other factors?
SNP
是主要疾病调控基因，
Genetics
【在 W********w 的大作中提到】
: 我是做细胞生物学的， 不大大看遗传学方面的杂志。 但最近发现一个基因的特定SNP
: 跟癌症有关联， OddsRatio为2左右， 病人量<300. 知道这个不是主要疾病调控基因，
: 但可能是独立的Predictor。 分子机制还没有做完， 但想先把这部分先写一篇短的
: Report 或Letter之类的先发了。 不知有啥杂志收这类文章？ 我知道Nature Genetics
: 可以， 但我这文章显然上不了那档次。 请建议。
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