w******e
发帖数: 1187 | 1 Monoclonal antibodies isolated without screening by analyzing the variable-
gene repertoire of plasma
http://www.nature.com/nbt/journal/v28/n9/full/nbt.1673.html
感觉concept很不新吧。本质上都是evolution，强者dominate gene pool。
过去测序能力有限，所以要做多个round的selection，让强者的percentage提高
到一定程度才能看出来，现在一个round之后就有可能。这个concept同样使用
于各种display（小声说我一同事就在做类似的东西，不过稍微更fancy一点点），
selex，etc。
当然其实业内人应该知道，caveat也不少。比如starting library的size肯定
很小，估计最多10^9，不然sequencing的结果很可能不够显著。考虑到找到
best binder的几率跟pool size成正比，其实是大问题。另外每个unique
sequence的copy数要一致，除了target interaction造成的选择压之外其他
条件要对所有sequence一视同仁才能不引进bias（很不容易），最后的最后，
一个round就要结果，随机性的影响也很大。
当然这里都是从理论的角度考虑，实践上，这篇paper是不是克服了重要的
技术难题？或者有很高的应用价值？这些就不是我能判断的了。请达人评点
一下吧？ |
l*********1
发帖数: 351 | 2 两三个月前扫了一眼，也没觉得有多有趣。其实原理很明显。唯一值得称到的是一步
evolution＋NGS，快速得到高亲和力的抗体。时间上较传统的方法更具优势。存在的问题么，是不是所有的作用都是加合性质的，有没有可能存在negative synergy？
不过NGS＋protein engineering似乎能成为一个卖点，Pluckthun最近也应该会出那么片文章应用NGS提高GPCR表达水平的文章。 |
w******e
发帖数: 1187 | 3 很奇怪为什么microdroplet HT platform为什么还没有成型。我还是最看好这个的
前景，直接测最终产物，不必依赖进化选择压。
话说不是gene expression level跟protein level的关系很复杂的吗？用NGS做
protein engineering的童鞋们真的都默认gene expression 高->protein level
高->适应性高吗？
问题么，是不是所有的作用都是加合性质的，有没有可能存在negative synergy？
么片文章应用NGS提高GPCR表达水平的文章。
【在 l*********1 的大作中提到】
: 两三个月前扫了一眼，也没觉得有多有趣。其实原理很明显。唯一值得称到的是一步
: evolution＋NGS，快速得到高亲和力的抗体。时间上较传统的方法更具优势。存在的问题么，是不是所有的作用都是加合性质的，有没有可能存在negative synergy？
: 不过NGS＋protein engineering似乎能成为一个卖点，Pluckthun最近也应该会出那么片文章应用NGS提高GPCR表达水平的文章。
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s******a
发帖数: 252 | 4 Total antibody production is proportional to number of producing B cells,
and making antibody dominates the gene expression of those cells. The
correlation btw antibody mRNAs and proteins in a cell population does exist. |
