M**********9
发帖数: 38 | 1 有对照和实验两组老鼠各x只，虽然两组老鼠都有极少数患有A型肿瘤， 但是只有 实验
组中 的n只老鼠患有B型肿瘤。如何
计算n只老鼠患有B型肿瘤的p 值来验证是否有统计学意义？ |
G***y
发帖数: 1082 | 2 Depends on the underlying genetic mechanism. If you have good reason/
evidence to believe cancer A and B are caused by different mutations (in
another word, cancer A and B are independent), I think it is a valid test.
【在 M**********9 的大作中提到】
: 有对照和实验两组老鼠各x只，虽然两组老鼠都有极少数患有A型肿瘤， 但是只有 实验
: 组中 的n只老鼠患有B型肿瘤。如何
: 计算n只老鼠患有B型肿瘤的p 值来验证是否有统计学意义？
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t*d
发帖数: 1290 | 3 try test of proportion.
http://stattrek.com/Lesson5/Proportion.aspx
【在 M**********9 的大作中提到】
: 有对照和实验两组老鼠各x只，虽然两组老鼠都有极少数患有A型肿瘤， 但是只有 实验
: 组中 的n只老鼠患有B型肿瘤。如何
: 计算n只老鼠患有B型肿瘤的p 值来验证是否有统计学意义？
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M**********9
发帖数: 38 | 4 Thank you! But it seems Fisher's exact test is better, as is suggested by
science21 from Statistics信区.
发信人: science21 (science), 信区: Statistics
标 题: Re: 请问如何计算这种情况的p value？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jan 7 00:20:27 2011, 美东)
Fisher exact test
【在 t*d 的大作中提到】
: try test of proportion.
: http://stattrek.com/Lesson5/Proportion.aspx
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s**f
发帖数: 365 | 5 Chi square (need to assume normality) or Fisher's exact
【在 M**********9 的大作中提到】
: 有对照和实验两组老鼠各x只，虽然两组老鼠都有极少数患有A型肿瘤， 但是只有 实验
: 组中 的n只老鼠患有B型肿瘤。如何
: 计算n只老鼠患有B型肿瘤的p 值来验证是否有统计学意义？
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t*d
发帖数: 1290 | 6 好像是这样。
【在 M**********9 的大作中提到】
: Thank you! But it seems Fisher's exact test is better, as is suggested by
: science21 from Statistics信区.
: 发信人: science21 (science), 信区: Statistics
: 标 题: Re: 请问如何计算这种情况的p value？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jan 7 00:20:27 2011, 美东)
: Fisher exact test
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b*****l
发帖数: 9499 | 7 对照组里没有任何老鼠是 B type？另外，A type 在这个问题里有啥意义？A 和 B 两
种间有什么 correlation 么？
【在 M**********9 的大作中提到】
: 有对照和实验两组老鼠各x只，虽然两组老鼠都有极少数患有A型肿瘤， 但是只有 实验
: 组中 的n只老鼠患有B型肿瘤。如何
: 计算n只老鼠患有B型肿瘤的p 值来验证是否有统计学意义？
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c*********t
发帖数: 340 | 8 No, Fisher's Exact test is not necessarily better
The "exact" methods are usually too conservative
a rule of thumb is that if all cells in the contingency table (mice with B
in each group, mice without B in each
group) are greater than 5 then you don't have to use fisher's exact. Chi-sq
is good enough
【在 M**********9 的大作中提到】
: Thank you! But it seems Fisher's exact test is better, as is suggested by
: science21 from Statistics信区.
: 发信人: science21 (science), 信区: Statistics
: 标 题: Re: 请问如何计算这种情况的p value？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jan 7 00:20:27 2011, 美东)
: Fisher exact test
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K****n
发帖数: 5970 | 9 前面说“too conservative”还是很有气势的。后边说"good enough"的感觉又没那么
自信了，哈哈
sq
【在 c*********t 的大作中提到】
: No, Fisher's Exact test is not necessarily better
: The "exact" methods are usually too conservative
: a rule of thumb is that if all cells in the contingency table (mice with B
: in each group, mice without B in each
: group) are greater than 5 then you don't have to use fisher's exact. Chi-sq
: is good enough
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c*********t
发帖数: 340 | 10 哈哈
【在 K****n 的大作中提到】
: 前面说“too conservative”还是很有气势的。后边说"good enough"的感觉又没那么
: 自信了，哈哈
:
: sq
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b****r
发帖数: 17995 | 11 这是经典的Fisher exact适用情况，怎么too conservative啊
B
Chi-sq
【在 c*********t 的大作中提到】
: No, Fisher's Exact test is not necessarily better
: The "exact" methods are usually too conservative
: a rule of thumb is that if all cells in the contingency table (mice with B
: in each group, mice without B in each
: group) are greater than 5 then you don't have to use fisher's exact. Chi-sq
: is good enough
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c*********t
发帖数: 340 | 12 你可以去读一些small sample inference的东西，一般来说Exact method的确是
conservative, 因为bionomial分布是discrete的，所以才会有mid p value这种东东。
fisher exact的经典适用情况就是有任何一个cell小于5 |
M**********9
发帖数: 38 | 13 According to your suggestion, since no control animals develop B type of
tumor (this cell is smaller than 5),
only Fisher's Exact test but not chi square could be used?
【在 c*********t 的大作中提到】
: 你可以去读一些small sample inference的东西，一般来说Exact method的确是
: conservative, 因为bionomial分布是discrete的，所以才会有mid p value这种东东。
: fisher exact的经典适用情况就是有任何一个cell小于5
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