r********7 发帖数: 229 | 1 最近一期Sci Transl Med中Carrier Testing for Severe Childhood Recessive
Diseases by Next-Generation Sequencing报道用NGS检测448 severe
recessive childhood diseases。结果发现NGS的sensitivity和specificity都很
好(用array的方法验证);平均每sample有 2.8个突变;还发现之前文献中报
道的与疾病相关的突变不对或不全...
http://stm.sciencemag.org/content/3/65/65ra4.full
小弟看了很感兴趣,有几个问题请教大侠们
文章中用的是Illumina GAIIx (SOLiD辅助)来检测,如果用454的机器来测序,
效果会如何?根据dfbb以前的牛文
http://mitbbs.com/article_t1/Biology/31375537_0_1.html
454可以测的序列更长(500 vs 50 of Illumina),不过出错率高些。但是如果可
以deep sequencing (每一个序列coverage都好几十次),好像测序短,有出错
率等问题都可以解决。小弟瞎琢磨,是不是这样呢?
最后就是如果把NGS用在商业的基因检测中,那些指标是比较重要的呢?小弟觉
得按重要程度:
准确率 >测序长度> 花费>(per machine and per sample)>turnaround速
度> 文库制备难易度
大侠们如何看呢?先谢谢了! |
w******y 发帖数: 8040 | 2 454除了在微生物基因组测序中还有应用外, 已经淡出二代市场了
by design最适合医学测序的目前是刚推出ion torrent
【在 r********7 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 最近一期Sci Transl Med中Carrier Testing for Severe Childhood Recessive : Diseases by Next-Generation Sequencing报道用NGS检测448 severe : recessive childhood diseases。结果发现NGS的sensitivity和specificity都很 : 好(用array的方法验证);平均每sample有 2.8个突变;还发现之前文献中报 : 道的与疾病相关的突变不对或不全... : http://stm.sciencemag.org/content/3/65/65ra4.full : 小弟看了很感兴趣,有几个问题请教大侠们 : 文章中用的是Illumina GAIIx (SOLiD辅助)来检测,如果用454的机器来测序, : 效果会如何?根据dfbb以前的牛文 : http://mitbbs.com/article_t1/Biology/31375537_0_1.html
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s******s 发帖数: 13035 | 3 哪个啥,illumina有了个MiSeq吧。Ion torrent还是新产品,没啥优势,
这个就看芯片工厂给不给力,大概第二代第三代芯片出来以后能有点优势,
given别人都不进步
【在 w******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 454除了在微生物基因组测序中还有应用外, 已经淡出二代市场了 : by design最适合医学测序的目前是刚推出ion torrent
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s******s 发帖数: 13035 | 4 刚想到了一个很evil的idea, Ion Torrent不会来派人暗杀我吧。
他们的model就是低价机器,然后用靠芯片赚钱,这个有没有象黑心
的打印机厂卖墨盒啊?如果谁能想办法回收墨盒,咳咳,我是说回
收芯片,放在机器里把上面nucleotide都洗掉,理论上应该可以再
用吧?然后估计Ion要设计最后一个读出以后冲进毁灭性酸buffer,
然后再有计算机高手讨论怎么hack ION的系统skip某个cycle等等。。。
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 哪个啥,illumina有了个MiSeq吧。Ion torrent还是新产品,没啥优势, : 这个就看芯片工厂给不给力,大概第二代第三代芯片出来以后能有点优势, : given别人都不进步
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m***T 发帖数: 11058 | 5 454的机器read length长是没错,但throughput低,再考虑你提到的错误率高需要
extra coverage的话,成本可想而知。所以除非对read length要求高难度的某些
applications,其它方面它是处于绝对劣势。而它的read length优势现在正面临三代
技术的强有力的挑战,所以它是位置是最尴尬的。
Ion目前看从技术上还没有什么优势(read length目前还只有100bp,而且throughput低
),不知道有了lifetech做为后盾提供人力、物力和财力,会不会在短期内有所突破就
不好估计了。对于IVD产品,可靠性、可重复性、速度、成本(包括初始及running)是
最重要的几项因素。Ion在其中的几方面还是很有优势的。 |
g******w 发帖数: 78 | 6
想起了我的brother打印机,黑呀,太他妈黑了
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 刚想到了一个很evil的idea, Ion Torrent不会来派人暗杀我吧。 : 他们的model就是低价机器,然后用靠芯片赚钱,这个有没有象黑心 : 的打印机厂卖墨盒啊?如果谁能想办法回收墨盒,咳咳,我是说回 : 收芯片,放在机器里把上面nucleotide都洗掉,理论上应该可以再 : 用吧?然后估计Ion要设计最后一个读出以后冲进毁灭性酸buffer, : 然后再有计算机高手讨论怎么hack ION的系统skip某个cycle等等。。。
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m***T 发帖数: 11058 | 7 它当初的定位就是这么说的,technology是它的chip。有专利你是不可能将其hack并商
业化的,玩票性质的hack玩还行,想靠这个evil idea去赚钱恐怕没戏。
【在 s******s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 刚想到了一个很evil的idea, Ion Torrent不会来派人暗杀我吧。 : 他们的model就是低价机器,然后用靠芯片赚钱,这个有没有象黑心 : 的打印机厂卖墨盒啊?如果谁能想办法回收墨盒,咳咳,我是说回 : 收芯片,放在机器里把上面nucleotide都洗掉,理论上应该可以再 : 用吧?然后估计Ion要设计最后一个读出以后冲进毁灭性酸buffer, : 然后再有计算机高手讨论怎么hack ION的系统skip某个cycle等等。。。
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s******s 发帖数: 13035 | 8 专利是限制你改造、变更用途,不妨碍我洗干净recycle。
这样想吧,我就是一家清洁公司,不是倒买倒卖,而是你拿了
用过的来了,我给你洗干净了你可以继续用,我收取清洁费,
和啥专利毫无关系。当然,如果ION最后搞得还要读写一下小
chip啥的,那就没戏了,只能玩票hack或者卖到中国去了
【在 m***T 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 它当初的定位就是这么说的,technology是它的chip。有专利你是不可能将其hack并商 : 业化的,玩票性质的hack玩还行,想靠这个evil idea去赚钱恐怕没戏。
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r********7 发帖数: 229 | |
r********7 发帖数: 229 | 10 得到麦地IT大侠的同意,把和他私下交流的信息发到这里,希望他的指点帮助到更多的
人:
我感觉拿454和Ilumina比,除了read length外,唯一拿得出来的就只有run time了,
但这也部分是因为是throughput低导致的。Cost高,error rate高,throughput低,
procedure复杂等都是它比较致使的缺点。
象Ilumina和SOLiD的short read都有一个很大的问题就是对于highly repetitive的
region没有什么好的办法,主要靠pair-end或mate-pair等双tag的方式来弥补,但并不
能绝对解决问题。所以longer read对于这些region是非常必要的。但因为454和三代技
术尽管read length长,可以更好的解决上面提到的问题,不过两者共同的problem都是
error rate高,所以需要extra的coverage来帮忙。这样一来,cost就会更高而且也抵
消了longer read的优势,还不能完全解决error rate高所带来的所有问题。
一句话,鉴于NGS的现状,别看大多数人看好deep sequencing在临床领域的应用,但它
真正进入临床,必须保证可靠性、可重复性能满足临床的要求,所以它还有很长的路要
走。
上面仅是我个人的观点,仅供参考。
【在 r********7 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 非常感谢几位牛人指点,收益匪浅!
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