y***i
发帖数: 11639 | |
h***l
发帖数: 168 | 2 I don't think there is complete sequence available ...
These centromeres are mainly repetitive (major and minor) satellites --
hundreds and thousands of repeats... |
y***i
发帖数: 11639 | 3 有没有什么地方有部分的sequence? 我们实验室需要做probe，所以哪怕是部分
sequence也是有帮助的。
多谢！
【在 h***l 的大作中提到】
: I don't think there is complete sequence available ...
: These centromeres are mainly repetitive (major and minor) satellites --
: hundreds and thousands of repeats...
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h***l
发帖数: 168 | 4 search for major (pericentric) or minor (centromeric) satellite sequences.
Major is 234bp
minor is 120bp |
y***i
发帖数: 11639 | 5 多谢。只找到一篇老paper有chromosome 4的特定序列，其他的都没找到。没找到什
么人研究chromosome specific centromere sequence.
【在 h***l 的大作中提到】
: search for major (pericentric) or minor (centromeric) satellite sequences.
: Major is 234bp
: minor is 120bp
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h***l
发帖数: 168 | 6 人各染色体的centromere重复序列不完全相同，但小鼠所有染色体的centromere基本序
列是相同的，所以很难说有什么chromosome specific centromere sequence （当然由
于目前无法完全测序，也还不是100%确定） |
y***i
发帖数: 11639 | 7 今天刚知道我需要找的是人的centromere序列或者位置（那哥们昨天说错了）。
1. 知道怎么找么？
2. 或者有什么地方可以找到？昨天有人给我一段mysql找老鼠的centromere
mysql --user=genome --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -N -e "show tables;"
mm9 \
| grep _gap | \
while read T; do mysql --user=genome --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -N
-e "select * from $T" mm9; done \
| sort -k8 | cut -f2- | head -24
我把mmp替换成hg19但没有结果出来，看来格式不同。你知不知道怎么改一下？
多谢。学到了些东西。
【在 h***l 的大作中提到】
: 人各染色体的centromere重复序列不完全相同，但小鼠所有染色体的centromere基本序
: 列是相同的，所以很难说有什么chromosome specific centromere sequence （当然由
: 于目前无法完全测序，也还不是100%确定）
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h***l
发帖数: 168 | 8 still very repetitive --
check K. H. Andy Choo 's papers |
