i*********0
发帖数: 915 | 1 请看看那个bcl6 gene那一行.
为什么ko以后,表达在mRNA水平上会upregulate. |
s******y
发帖数: 28562 | 2 他们是用什么材料来测这个的？
如果是用胚胎，那可能是被胎盘污染了
【在 i*********0 的大作中提到】
: 请看看那个bcl6 gene那一行.
: 为什么ko以后,表达在mRNA水平上会upregulate.
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B******o
发帖数: 496 | 3 是怎样的KO呢。一般KO去掉个exon啥的只是蛋白没了，mRNA当然在啊
记得哪里见到过，细胞内如果有反馈机制的话自然会试图提高mRNA的transcription。
这没啥不正常吧
【在 i*********0 的大作中提到】
: 请看看那个bcl6 gene那一行.
: 为什么ko以后,表达在mRNA水平上会upregulate.
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s******y
发帖数: 28562 | 4 哦！你说的是更正确的原因！如果那个microarray 里面用的probe 不是被
KO 的地方的话，的确会出现你说的那种现象！
【在 B******o 的大作中提到】
: 是怎样的KO呢。一般KO去掉个exon啥的只是蛋白没了，mRNA当然在啊
: 记得哪里见到过，细胞内如果有反馈机制的话自然会试图提高mRNA的transcription。
: 这没啥不正常吧
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d******u
发帖数: 178 | 5 即使只是truncate部分exon，KO一般会导致mRNA表达不稳定，如果有truncated
protein表达的话，KO是不成功的。
上面情况最可能的解释是：那个probe also detects other Bcl6 family members。查
一查那个probe的序列，然后看看Bcl6 family的同源性。 |
j****x
发帖数: 1704 | 6
一般设计KO的时候都会考虑这个因素，不大可能保留truncated protein的表达，一般
就是无关序列很快有stop codon终止。
目前对于一般商业化的chip，如果出现你说的这种非特异性，这个芯片基本也就不要卖
了。
【在 d******u 的大作中提到】
: 即使只是truncate部分exon，KO一般会导致mRNA表达不稳定，如果有truncated
: protein表达的话，KO是不成功的。
: 上面情况最可能的解释是：那个probe also detects other Bcl6 family members。查
: 一查那个probe的序列，然后看看Bcl6 family的同源性。
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h********n
发帖数: 4079 | 7 就我自己用的KO老鼠, exon 4 deletion --> reading frame shift ---> early
termination. 我用realtime-PCR测过这个gene的mRNA的每个exon, 除了切掉那个确实
是0以外, 其它exon的量都没有变化.
【在 d******u 的大作中提到】
: 即使只是truncate部分exon，KO一般会导致mRNA表达不稳定，如果有truncated
: protein表达的话，KO是不成功的。
: 上面情况最可能的解释是：那个probe also detects other Bcl6 family members。查
: 一查那个probe的序列，然后看看Bcl6 family的同源性。
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