s*********i
发帖数: 53 | 1 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。（但是reference？？？？）
另外，Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
大家帮忙看看！！多谢~~~ |
z*******a
发帖数: 175 | 2 又来一sunnyweiwei。
我猜呀，是sunnyday的人气闹的吧。
来一大胆假设，有那末一天，sunnyday呢，贡献过大，功高震主，得一斩立决，就再也没有sunny啥啥的出没了。
然后呢 sunney xie同志受了惊吓，更名换姓，摇身一变成园丁，学Frederick Sanger的啦，很没创意。
sunnyweiwei 呀，听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba，老师说，两点成一线，三点成一面，是公理，不须
证明。小朋友想啊，哇老师厉害，什么都知道。
后来呢，得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1＋1＝2，因而zhugeceba糊涂了好一阵。
此处略除一万字。
再..........再后来呢，学习进化论，感觉有意思，来美，上教会，教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑，－－－更糊涂
啦。
一而再，再而三。
zhugeceba就改名糊涂一世啦
头像是谁呀？拜托赐教 |
d****7
发帖数: 109 | 3 书里都是那么说的，具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
-dna只是理论上的，如果你看最早的那篇发明ChIP的文章，文章里说，在in vitro的情
况下，formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction，但是却不能
crosslink TF-DNA （他们似乎只测试了lacz）。
另外，modENCODE的Julie Ahringer跟我们说，她和Steven Henikoff都觉得
formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna，而大家在做ChIP的时候，只是将
nucleosome crosslink到DNA上，然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了，间接
的crosslink到DNA上。
对于reverse crosslink，只是习惯性的加热overnight。
formaldehyde的浓度，大家用的差别还是挺大的，有些人用1%，有些人用1.5%，有些人
室温crosslink，有些人37度，有些人在formaldehyde之前还用其他crosslinker(e.g.
EGS, DSG, DMA)，然后reverse crosslink基本上都是65度overnight。
。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
（但是reference？？？？）
后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
【在 s*********i 的大作中提到】
: 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
: 另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。（但是reference？？？？）
: 另外，Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
: 大家帮忙看看！！多谢~~~
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s*********i
发帖数: 53 | 4 太高深了，看不懂哎。
不过还是要谢谢你，
头像是画。
也没有sunny啥啥的出没了。
Sanger的啦，很没创意。
一线，三点成一面，是公理，不须
针对进化论耐心替我洗脑，－－－更糊涂
【在 z*******a 的大作中提到】
: 又来一sunnyweiwei。
: 我猜呀，是sunnyday的人气闹的吧。
: 来一大胆假设，有那末一天，sunnyday呢，贡献过大，功高震主，得一斩立决，就再也没有sunny啥啥的出没了。
: 然后呢 sunney xie同志受了惊吓，更名换姓，摇身一变成园丁，学Frederick Sanger的啦，很没创意。
: sunnyweiwei 呀，听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba，老师说，两点成一线，三点成一面，是公理，不须
: 证明。小朋友想啊，哇老师厉害，什么都知道。
: 后来呢，得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1＋1＝2，因而zhugeceba糊涂了好一阵。
: 此处略除一万字。
: 再..........再后来呢，学习进化论，感觉有意思，来美，上教会，教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑，－－－更糊涂
: 啦。
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s*********i
发帖数: 53 | 5 多谢！
我还看到有人在做reverse crosslink的那步加盐，不知道是什么作用。。
因为实验室木有人做ChIP要自己学，所以好多都不懂。。
protein
【在 d****7 的大作中提到】
: 书里都是那么说的，具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
: -dna只是理论上的，如果你看最早的那篇发明ChIP的文章，文章里说，在in vitro的情
: 况下，formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction，但是却不能
: crosslink TF-DNA （他们似乎只测试了lacz）。
: 另外，modENCODE的Julie Ahringer跟我们说，她和Steven Henikoff都觉得
: formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna，而大家在做ChIP的时候，只是将
: nucleosome crosslink到DNA上，然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了，间接
: 的crosslink到DNA上。
: 对于reverse crosslink，只是习惯性的加热overnight。
: formaldehyde的浓度，大家用的差别还是挺大的，有些人用1%，有些人用1.5%，有些人
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t*d
发帖数: 1290 | 6 不带这么吓人的。敢情 ChIP 是个比中国房地产还大的 bubble。
protein
【在 d****7 的大作中提到】
: 书里都是那么说的，具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
: -dna只是理论上的，如果你看最早的那篇发明ChIP的文章，文章里说，在in vitro的情
: 况下，formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction，但是却不能
: crosslink TF-DNA （他们似乎只测试了lacz）。
: 另外，modENCODE的Julie Ahringer跟我们说，她和Steven Henikoff都觉得
: formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna，而大家在做ChIP的时候，只是将
: nucleosome crosslink到DNA上，然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了，间接
: 的crosslink到DNA上。
: 对于reverse crosslink，只是习惯性的加热overnight。
: formaldehyde的浓度，大家用的差别还是挺大的，有些人用1%，有些人用1.5%，有些人
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m******i
发帖数: 73 | 7 check this paper.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20178313
the -CH2- is weak for the crosslink induced by formaldehyde.
。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
（但是reference？？？？）
后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
【在 s*********i 的大作中提到】
: 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
: 另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。（但是reference？？？？）
: 另外，Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
: 大家帮忙看看！！多谢~~~
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s*********i
发帖数: 53 | 8 谢谢啊 :)
【在 m******i 的大作中提到】
: check this paper.
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20178313
: the -CH2- is weak for the crosslink induced by formaldehyde.
:
: 。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
: ，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
: （但是reference？？？？）
: 后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
: 想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
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