o**4
发帖数: 35028 | 1 我手头的芯片数据有几万个基因的，
我现在想挑出200个gene的数据进行分析，
一个个挑太费时间了，有没有快速的办法？
O(∩_∩)O谢谢 |
j****x
发帖数: 1704 | 2 问题问得太外行了。。。
【在 o**4 的大作中提到】
: 我手头的芯片数据有几万个基因的，
: 我现在想挑出200个gene的数据进行分析，
: 一个个挑太费时间了，有没有快速的办法？
: O(∩_∩)O谢谢
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d***y
发帖数: 8536 | 3 你凭什么挑出200个？ 还是随机挑出200个？ array的数据，有时候很难看出好结果来
的。大规模的分析反而有些用处。 |
d*******e
发帖数: 1649 | 4 当然是挑出部分基因看了，几万个基因一起看只能看一团麻点。“大规模的分析”最后
还是着落在一小撮基因上。
【在 d***y 的大作中提到】
: 你凭什么挑出200个？ 还是随机挑出200个？ array的数据，有时候很难看出好结果来
: 的。大规模的分析反而有些用处。
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o**4
发帖数: 35028 | 5 我是想看某一部分基因的表达情况，
怎么样抽出这一部分基因再做分析呢？
【在 d***y 的大作中提到】
: 你凭什么挑出200个？ 还是随机挑出200个？ array的数据，有时候很难看出好结果来
: 的。大规模的分析反而有些用处。
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o**4
发帖数: 35028 | 6 我主要是看特定的200个基因的 表达情况
【在 d*******e 的大作中提到】
: 当然是挑出部分基因看了，几万个基因一起看只能看一团麻点。“大规模的分析”最后
: 还是着落在一小撮基因上。
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A*****n
发帖数: 243 | 7 现在的数据是什么格式的？
你已经装了什么软件？
你有没有编程的基础？
这都决定了该用什么方法．比如有GeneSpring的话就很简单了。
【在 o**4 的大作中提到】
: 我手头的芯片数据有几万个基因的，
: 我现在想挑出200个gene的数据进行分析，
: 一个个挑太费时间了，有没有快速的办法？
: O(∩_∩)O谢谢
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l***y
发帖数: 4671 | 8 从你问问题的方式看，最快速的办法就是找个 bioinformatics 的组合做。
【在 o**4 的大作中提到】
: 我手头的芯片数据有几万个基因的，
: 我现在想挑出200个gene的数据进行分析，
: 一个个挑太费时间了，有没有快速的办法？
: O(∩_∩)O谢谢
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U********S
发帖数: 1896 | 9 Bonferroni p adjust, rank... DEG多的话要减少数量是很容易的，相应的假阴性也增
加。 |
U********S
发帖数: 1896 | 10
如果已经有要观察的基因, 直接把这些基因的数据调出来不就行了? 这样的话还不如用
pcr base的方法比如TLDA，pcrarray，敏感性比array要高得多。
【在 o**4 的大作中提到】
: 我是想看某一部分基因的表达情况，
: 怎么样抽出这一部分基因再做分析呢？
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o**4
发帖数: 35028 | 11 我就是用下载的芯片数据分析我的200个基因的表达，
我毫无编程基础，只好用excel一个个来弄，太费时间了
【在 U********S 的大作中提到】
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: 如果已经有要观察的基因, 直接把这些基因的数据调出来不就行了? 这样的话还不如用
: pcr base的方法比如TLDA，pcrarray，敏感性比array要高得多。
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y******e
发帖数: 277 | |
U********S
发帖数: 1896 | 13 学点R/bioconduct。光是调数据的话用access也行，不过做不了normalization，数据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。
【在 o**4 的大作中提到】
: 我就是用下载的芯片数据分析我的200个基因的表达，
: 我毫无编程基础，只好用excel一个个来弄，太费时间了
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m*****i
发帖数: 29 | 14 Use vlookup function in excel. |
t*d
发帖数: 1290 | 15 USE the "Advanced Filter" function. You can find it at menu "Data" -> "
Filter".
It is not easy to me to tell how to use the function here. Ask someone
knowing it around you. |
d*******e
发帖数: 1649 | 16 我假定你下载的是pre-processed data，而不是原始数据。这样excel可以直接打开。
在excel里面有批量查找的命令，你可以自己去google。
但是找出来200个以后怎么办，简单的统计excel也可以做，取决于你的需要。
【在 o**4 的大作中提到】
: 我就是用下载的芯片数据分析我的200个基因的表达，
: 我毫无编程基础，只好用excel一个个来弄，太费时间了
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s*********y
发帖数: 1189 | 17 外行的问一下：这个用 python 能算吗？还是非得用R？
据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都
做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。
【在 U********S 的大作中提到】
: 学点R/bioconduct。光是调数据的话用access也行，不过做不了normalization，数据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。
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U********S
发帖数: 1896 | 18 python不熟悉。
R的好处在于本身就是一个统计软件包，bionconduct收集了大量基于R用于
bioinfomatics的scripts, 使用的人可以注重于解决生物学问题而不是编程。如果常用
的统计都要自己写code的话恐怕不太实用。
【在 s*********y 的大作中提到】
: 外行的问一下：这个用 python 能算吗？还是非得用R？
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: 据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都
: 做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。
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o**4
发帖数: 35028 | 19 GEO里下载的已经normalized的data，
我试试excel的批量找的功能吧，
谢谢
据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都
做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。
【在 U********S 的大作中提到】
: 学点R/bioconduct。光是调数据的话用access也行，不过做不了normalization，数据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。
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m**b
发帖数: 617 | |
