B*D
发帖数: 5016 | 1 偶尔在水木的国计学版面看到这些讨论
转载过来，我感到有些偏颇，是否有明显错误？
“从生物博士充斥药厂和FDA，反过来对临床医学提规范以后
医学进展越来越慢，烧钱越来越多，NIH上世纪提出的目标，
到今天听起来还个个都像神话。
问题的根源在于生物学花了太多力气试图从微观层面上重构生物体。
这个方法对于复杂系统是注定事倍功半的。于是就烧了很多纳税人的钱，
却始终拿不出成果，博士越堆越多，却没有多少工业应用，只能堆博后。
更糟糕的是博后多了，要吃饭啊，就不得不向外扩张，试图用错误
的方法论和故事会一样的结论（比如测到哪个部分神经元在
某种行为模式下兴奋，就发CNS说xxx部分负责yyy行为）来影响能赚钱
的行业，比如制药，医疗，环境等等。搞得现在鸡飞狗跳，乌烟瘴气。
生物学一天不改变其根本的研究方法，把system bio做扎实，做认真了，
替换掉现在的micro bench+story making成为基本研究模式，生物
行业的人就还要继续痛苦下去，就还要继续发现oncogene之类的伪成果，
就还要继续靠污染其他行业来求生存。”
可以这么说吧。现代的分子生物学很多工作是近似黑客debug的艺术。找到一个黑盒（生
物）它有bug（缺陷或某种不同的表型），然后逐渐缩小其编码中关键部分的怀疑，最后
找到bug所在。或者是人为引入一些bit的改变（knock in, knock out等）或者是大规模
的随机改变（比如诱导微生物的突变种）或者是插入一个模块来override其功能（分子
生物学上太多了）
我说的问题关键就是holism vs. reduction，你描述的就是典型的reduction。
而对于complex system，用reduction = 错误。:) |
B*D
发帖数: 5016 | 2 对于一个复杂系统，微观层面的因果联系是没有意义的（或者不说这么绝对
，是不能用来推导宏观行为的）
比如说pathway network的研究，我们就假设今天的技术牛逼了，可以把
所有基因的表达通路完全搞清楚，且假设我们能制造任意药物分子注入到
人体的任何部位。请问你，我们能制造出药到病除的药物吗？
请看如下一个例子
我们知道电阻R和电压电流的关系，V=IR。现在给你一个一百亿各种阻值的
电阻复杂互联的网络，网络图给你，并允许你用任意手段添加或者删除电阻
请问，我指定两个端点输入一个特定的V值，希望在另外两个指定的端点之
间得到一个特定的I值，你能帮我做到吗？ :)
请问，假如你知道了全部的pathway network，再给你一个药物分
子，
你能得知这个分子对人体宏观的作用吗？肯定得不到“全部”作用。运气好
能得到一些具备我们所希望的效果的分子。然后依赖临床n期反馈，对
吧。:)
可惜啊，绝大部分分子一临床，就什么都没了，99%连老鼠身上都出不来效
果，对吧。即使弄出来的，临床过了，应用几年，实验基数大了之后也发现有巨大副作
用。这使得生物医学研究烧钱烧到吐血，但是效率很低。于是我们自我安慰--这是赌博
，这是学费。
其实不是这样的，赌博也要讲究方法。科学能解释为什么会出现上述现象。
科学研究告诉我们，stiff input to a complex system leads to random
and spreaded output. 什么意思呢？就是说一个复杂系统对于你给的很尖
锐的，很特别很强烈的输入，几乎肯定不会给出一个同样很尖锐的输出，而是会这里那
里很随机的四处乱响应。
对应到药物研究上，你搞单分子药，无论是小分子还是大分子，对于人体都
是非常stiff的输入。首先你就很难搞中想要的那个效果--比如降血压，比如缓解颅内
压力。其次，即使搞中了想要的那个效果，往往会伴随很多副作用。这是可以预测的。
你想要副作用小的集中于期望效果的输出，那输入必须是个很广谱的很复杂
的玩意儿。至少是个宏观层面的东西。当然这也很难找，但起码必须知道合成分子类药
物的“副作用”为何会大，对吧。
我一点都不排斥微观研究，但是要科学的搞。比如说，对免疫系统，包括抗
体抗原的研究都是很伟大的，但这个东西几百年一遇。更多的疾病治疗，还是需要从宏
观手段找机会。比如通过对大腿上血管的按压，治疗心血管狭窄。这一类研究完全应该
成为主流，而不是烧钱去烧pathway，更不应该把注意力集中在什么translational
research上。青霉素能治病之后100年我们才知道它为嘛有点用，至今还不知道它为嘛
那么大副作用。 |
B*D
发帖数: 5016 | 3 科学就是不能编故事，无论什么方法。没有问题做/暂时做不出来有意义的
问题，就别写proposal，别写paper。至少在NSF里面是这么做的。控制论这个领域牛逼
吧？从二战以来，基本上人类的航空航天信号处理系统工程啥的，都是靠它撑着的。现
在做不出问题了，砍了，整个大方向去掉。
我最讨厌生物研究的就是编故事。明明只有点简单的表达，非说要攻克癌症
最后全人类欢呼20年，发现是场骗局。 |
s********n
发帖数: 2939 | 4 青霉素能治病之后100年我们才知道它为嘛有点用，至今还不知道它为嘛
那么大副作用.
??? |
p*****m
发帖数: 7030 | 5 这个家伙肯定学的不是生物 因此说到生物学就有点鬼扯的意思（青霉素有“那么大副作
用”？他确定是地球上的青霉素么。。） 当然他讨论复杂系统的事儿我觉得还有点道理
我觉得把生物体类比成一个单调的复杂系统 然后简单的说还原论不work,这是很机械的
思维。生物体是很复杂，最终的理解可能确实离不开整体论。但是就我们已经知道的，
生物体的各个构成单元绝对不是equally involved的，有极其核心的，也有从属的，（
从简单LoF就能看到区别）。因此在没有对生物体的系统彻底了解并建模之前仍然有很多
很多可能能够了解其中比较核心的一部分，并且根据这部分信息构建知识体系，制造药
物。
举个例子，我们目前对很多病毒在人类细胞内部的生活史，尤其是休眠状态的生活史，
理解很粗浅，但是这不妨碍我们根据病毒的独特属性（比如说需要特定受体进入细胞，
比如说有些需要逆转录酶，blabla），设计药物抗病毒，并且有相当不错的效果（当然
随着知识深入有改进的巨大空间）。我们对系统疾病的理解更加粗浅（比如糖尿病，比
如高血脂），但是现有的知识仍然可以给我们可以使用的药物，而不需要等到一切水落
石出
说的宽泛一点，知道万有引力之前，天文学家早就开始用星体运动编排日历，安排生产
活动了；知道周期表之前，化学家也早就开始合成改造各种各样的天然物质了。理论和
实际操作在这里都是相辅相成，互相促进的关系。我没有看到说在前者不完备之前就不
能进行后者，或者前者不完备的时候认为前者毫无意义 这样的指责。
【在 B*D 的大作中提到】
: 对于一个复杂系统，微观层面的因果联系是没有意义的（或者不说这么绝对
: ，是不能用来推导宏观行为的）
: 比如说pathway network的研究，我们就假设今天的技术牛逼了，可以把
: 所有基因的表达通路完全搞清楚，且假设我们能制造任意药物分子注入到
: 人体的任何部位。请问你，我们能制造出药到病除的药物吗？
: 请看如下一个例子
: 我们知道电阻R和电压电流的关系，V=IR。现在给你一个一百亿各种阻值的
: 电阻复杂互联的网络，网络图给你，并允许你用任意手段添加或者删除电阻
: 请问，我指定两个端点输入一个特定的V值，希望在另外两个指定的端点之
: 间得到一个特定的I值，你能帮我做到吗？ :)
|
w***u
发帖数: 17713 | 6 研究复杂系统，必须得从小而孤立的东西着眼。一片树叶飘落大地，多了空气阻力和琢
磨不定的风的影响，你非要搞个所谓的系统力学全部一起研究，搞几千年都不会有结果
的，万有引力和牛三定律先搞出来再说吧。 |
B*D
发帖数: 5016 | 7 这个似乎不对，微观的东西不一定能还原正确的宏观图景
西方经济学是一个典型的例子
【在 w***u 的大作中提到】
: 研究复杂系统，必须得从小而孤立的东西着眼。一片树叶飘落大地，多了空气阻力和琢
: 磨不定的风的影响，你非要搞个所谓的系统力学全部一起研究，搞几千年都不会有结果
: 的，万有引力和牛三定律先搞出来再说吧。
|
p*****m
发帖数: 7030 | 8 再加一句 整体论的一个问题是大多数时候我们没有合适的工具（哪怕仅仅是数学工具）
来研究，因此搞整体论的很多到最后其实就跟伪科学没什么区别，因为提不出在局部上
可以验证的假说。
中医就是一个例子
【在 B*D 的大作中提到】
: 这个似乎不对，微观的东西不一定能还原正确的宏观图景
: 西方经济学是一个典型的例子
|
w***u
发帖数: 17713 | 9 经济学微观的东西搞清楚了吗？我看还早。
即使微观的东西全搞出来，现在离研究系统还早得很，就举刚才的牛顿力学的例子，其
实现在连三体问题都不容易解出。牛顿力学多简单而坚实的架构，具体的到复杂系统现
在还是两眼一抹黑，工程上经验公式简化模型一堆，但是我们能拒绝牛顿力学吗？或者
说牛顿力学对于研究真实世界力学系统用处很小吗？
【在 B*D 的大作中提到】
: 这个似乎不对，微观的东西不一定能还原正确的宏观图景
: 西方经济学是一个典型的例子
|
B*D
发帖数: 5016 | 10 我感觉好像是这样，听说不少学科的一些问题都卡在乘性系统这里的
那个发文者的意思我理解基本就是如果没有合适的研究乘性系统的工具
那么对这个系统的探索就该完全停止下来，不要浪费时间人力和金钱
具）
【在 p*****m 的大作中提到】
: 再加一句 整体论的一个问题是大多数时候我们没有合适的工具（哪怕仅仅是数学工具）
: 来研究，因此搞整体论的很多到最后其实就跟伪科学没什么区别，因为提不出在局部上
: 可以验证的假说。
: 中医就是一个例子
|
|
|
p*****m
发帖数: 7030 | 11 他这个观点不值一驳 过去人类科学几百年的进步，99.99999%可能都建立在还原论基础
上 照他的思路全世界都应该先去研究数学 复杂性理论出来以前不应该搞任何自然科学
。。
【在 B*D 的大作中提到】
: 我感觉好像是这样，听说不少学科的一些问题都卡在乘性系统这里的
: 那个发文者的意思我理解基本就是如果没有合适的研究乘性系统的工具
: 那么对这个系统的探索就该完全停止下来，不要浪费时间人力和金钱
:
: 具）
|
v*****s
发帖数: 20290 | 12 我觉得还是有道理的，现在对复杂系统的研究基本属于炼金术还不如的水平，没啥搞头。
【在 B*D 的大作中提到】
: 我感觉好像是这样，听说不少学科的一些问题都卡在乘性系统这里的
: 那个发文者的意思我理解基本就是如果没有合适的研究乘性系统的工具
: 那么对这个系统的探索就该完全停止下来，不要浪费时间人力和金钱
:
: 具）
|
v*****s
发帖数: 20290 | 13 经济学对微观的东西基本研究清楚了，至少理论框架没问题，剩下的部分主要是因为人的非理性，这个不好搞，也未必能算经济学的范围。
现在的问题不是有了牛三，要搞复杂系统。而是大家都在托勒密的模型上加本轮，已经快到加无可加的地步了。
【在 w***u 的大作中提到】
: 经济学微观的东西搞清楚了吗？我看还早。
: 即使微观的东西全搞出来，现在离研究系统还早得很，就举刚才的牛顿力学的例子，其
: 实现在连三体问题都不容易解出。牛顿力学多简单而坚实的架构，具体的到复杂系统现
: 在还是两眼一抹黑，工程上经验公式简化模型一堆，但是我们能拒绝牛顿力学吗？或者
: 说牛顿力学对于研究真实世界力学系统用处很小吗？
|
D*a
发帖数: 6830 | 14 青霉素是搞宏观搞出来的么？
我看从青霉素得出的结论是应该号召实验人员培养细菌不用超净台，用完了的培养皿乱
扔才是。 |
p*****m
发帖数: 7030 | 15 感觉这个作者的意思 是说搞出宏观的理论之前，应该像搞青霉素一样瞎猫死耗子就行
不要浪费钱去研究具体的机制问题 搞了也白搞
要我说句题外话 这个理论就跟中国现在一党专制人心不古 在推翻tg，把人民彻底进行
思想启蒙之前，在中国做的任何事情都是错的没意义的（或者是为了个人名利的）是一
个意思。我怎么又说回饶毅的事儿上了？lol。。
【在 D*a 的大作中提到】
: 青霉素是搞宏观搞出来的么？
: 我看从青霉素得出的结论是应该号召实验人员培养细菌不用超净台，用完了的培养皿乱
: 扔才是。
|
P****d
发帖数: 564 | 16 学习一下姚文元哈，这里最大的问题是影射斑竹。
果......
【在 B*D 的大作中提到】
: 我感觉好像是这样，听说不少学科的一些问题都卡在乘性系统这里的
: 那个发文者的意思我理解基本就是如果没有合适的研究乘性系统的工具
: 那么对这个系统的探索就该完全停止下来，不要浪费时间人力和金钱
:
: 具）
|
O******e
发帖数: 4845 | 17 呵呵，那种观点典型的不懂装懂乱下结论
【在 p*****m 的大作中提到】
: 他这个观点不值一驳 过去人类科学几百年的进步，99.99999%可能都建立在还原论基础
: 上 照他的思路全世界都应该先去研究数学 复杂性理论出来以前不应该搞任何自然科学
: 。。
|
O******e
发帖数: 4845 | 18 ^_^，你真是陷进去出不来了
话说你要回国，不会就去投靠他吧
行
【在 p*****m 的大作中提到】
: 感觉这个作者的意思 是说搞出宏观的理论之前，应该像搞青霉素一样瞎猫死耗子就行
: 不要浪费钱去研究具体的机制问题 搞了也白搞
: 要我说句题外话 这个理论就跟中国现在一党专制人心不古 在推翻tg，把人民彻底进行
: 思想启蒙之前，在中国做的任何事情都是错的没意义的（或者是为了个人名利的）是一
: 个意思。我怎么又说回饶毅的事儿上了？lol。。
|
d***e
发帖数: 1215 | 19 想起以前在公司里做过的几个project.基本的重要影响因素还不明了前，就上一大堆费
时费力的DOE，做了三年无数DOE，花了差不多十个米，还是毫无头绪。最后这个
project被砍掉了。后来在做收尾擦屁股的活的时候，发现了一些以往不知道的重要参
数，过去的DOE因为缺乏对这些重要参数的control，所以结果都是毫无头绪。 |
w***u
发帖数: 17713 | 20 生物就这个难题大，别说比物理，离化学能控制分离因素都差远了。
【在 d***e 的大作中提到】
: 想起以前在公司里做过的几个project.基本的重要影响因素还不明了前，就上一大堆费
: 时费力的DOE，做了三年无数DOE，花了差不多十个米，还是毫无头绪。最后这个
: project被砍掉了。后来在做收尾擦屁股的活的时候，发现了一些以往不知道的重要参
: 数，过去的DOE因为缺乏对这些重要参数的control，所以结果都是毫无头绪。
|
|
|
h*****n
发帖数: 5 | 21 没想到国计学版还讨论这些问题～～
我认为这些抱怨都是有道理的，即使有偏颇，也是次要的。
但是单纯地提出要用“整体论”去代替“还原论”，也太过简单粗暴，现阶段谈这个还是有鬼扯的感觉。
我认为，倒是“还原论”自身在生物学当中的应用出了问题。生物学家们没有找到合适的用来“还原”的方法。
首先生物学家还是要学习系统科学的一些思想和方法，然后再来改进生物学中的思路，包括实验设计不能再用那些“敲除—插入”的简单逻辑…… |
h********n
发帖数: 4079 | 22 我觉得生物学家都知道这些局限, 但没有什么办法做所谓的"整体"研究.
还是有鬼扯的感觉。
适的用来“还原”的方法。
，包括实验设计不能再用那些“敲除—插入”的简单逻辑……
【在 h*****n 的大作中提到】
: 没想到国计学版还讨论这些问题～～
: 我认为这些抱怨都是有道理的，即使有偏颇，也是次要的。
: 但是单纯地提出要用“整体论”去代替“还原论”，也太过简单粗暴，现阶段谈这个还是有鬼扯的感觉。
: 我认为，倒是“还原论”自身在生物学当中的应用出了问题。生物学家们没有找到合适的用来“还原”的方法。
: 首先生物学家还是要学习系统科学的一些思想和方法，然后再来改进生物学中的思路，包括实验设计不能再用那些“敲除—插入”的简单逻辑……
|
b****r
发帖数: 17995 | |
t****a
发帖数: 1212 | 24 生物研究还在收集数据的阶段，就好比望远镜出来之前的天文学家。没有广谱的，足够
的数据无法归纳出普适性的理论，所以现阶段的主要任务之一，是造望远镜。等数据积
累到一定阶段，各个子领域的归纳做到一定阶段，就等牛顿这样的人诞生，来给一个统
一的解释。 |
t****a
发帖数: 1212 | 25 生物研究还在收集数据的阶段，就好比望远镜出来之前的天文学家。没有广谱的，足够
的数据无法归纳出普适性的理论，所以现阶段的主要任务之一，是造望远镜。等数据积
累到一定阶段，各个子领域的归纳做到一定阶段，就等牛顿这样的人诞生，来给一个统
一的解释。 |
i*****g
发帖数: 11893 | 26 我觉得生物学家都知道这些局限, 但没有什么办法做所谓的"整体"研究.
还是有鬼扯的感觉。
【在 h*****n 的大作中提到】
: 没想到国计学版还讨论这些问题～～
: 我认为这些抱怨都是有道理的，即使有偏颇，也是次要的。
: 但是单纯地提出要用“整体论”去代替“还原论”，也太过简单粗暴，现阶段谈这个还是有鬼扯的感觉。
: 我认为，倒是“还原论”自身在生物学当中的应用出了问题。生物学家们没有找到合适的用来“还原”的方法。
: 首先生物学家还是要学习系统科学的一些思想和方法，然后再来改进生物学中的思路，包括实验设计不能再用那些“敲除—插入”的简单逻辑……
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B*D
发帖数: 5016 | 27 偶尔在水木的国计学版面看到这些讨论
转载过来，我感到有些偏颇，是否有明显错误？
“从生物博士充斥药厂和FDA，反过来对临床医学提规范以后
医学进展越来越慢，烧钱越来越多，NIH上世纪提出的目标，
到今天听起来还个个都像神话。
问题的根源在于生物学花了太多力气试图从微观层面上重构生物体。
这个方法对于复杂系统是注定事倍功半的。于是就烧了很多纳税人的钱，
却始终拿不出成果，博士越堆越多，却没有多少工业应用，只能堆博后。
更糟糕的是博后多了，要吃饭啊，就不得不向外扩张，试图用错误
的方法论和故事会一样的结论（比如测到哪个部分神经元在
某种行为模式下兴奋，就发CNS说xxx部分负责yyy行为）来影响能赚钱
的行业，比如制药，医疗，环境等等。搞得现在鸡飞狗跳，乌烟瘴气。
生物学一天不改变其根本的研究方法，把system bio做扎实，做认真了，
替换掉现在的micro bench+story making成为基本研究模式，生物
行业的人就还要继续痛苦下去，就还要继续发现oncogene之类的伪成果，
就还要继续靠污染其他行业来求生存。”
可以这么说吧。现代的分子生物学很多工作是近似黑客debug的艺术。找到一个黑盒（生
物）它有bug（缺陷或某种不同的表型），然后逐渐缩小其编码中关键部分的怀疑，最后
找到bug所在。或者是人为引入一些bit的改变（knock in, knock out等）或者是大规模
的随机改变（比如诱导微生物的突变种）或者是插入一个模块来override其功能（分子
生物学上太多了）
我说的问题关键就是holism vs. reduction，你描述的就是典型的reduction。
而对于complex system，用reduction = 错误。:) |
B*D
发帖数: 5016 | 28 对于一个复杂系统，微观层面的因果联系是没有意义的（或者不说这么绝对
，是不能用来推导宏观行为的）
比如说pathway network的研究，我们就假设今天的技术牛逼了，可以把
所有基因的表达通路完全搞清楚，且假设我们能制造任意药物分子注入到
人体的任何部位。请问你，我们能制造出药到病除的药物吗？
请看如下一个例子
我们知道电阻R和电压电流的关系，V=IR。现在给你一个一百亿各种阻值的
电阻复杂互联的网络，网络图给你，并允许你用任意手段添加或者删除电阻
请问，我指定两个端点输入一个特定的V值，希望在另外两个指定的端点之
间得到一个特定的I值，你能帮我做到吗？ :)
请问，假如你知道了全部的pathway network，再给你一个药物分
子，
你能得知这个分子对人体宏观的作用吗？肯定得不到“全部”作用。运气好
能得到一些具备我们所希望的效果的分子。然后依赖临床n期反馈，对
吧。:)
可惜啊，绝大部分分子一临床，就什么都没了，99%连老鼠身上都出不来效
果，对吧。即使弄出来的，临床过了，应用几年，实验基数大了之后也发现有巨大副作
用。这使得生物医学研究烧钱烧到吐血，但是效率很低。于是我们自我安慰--这是赌博
，这是学费。
其实不是这样的，赌博也要讲究方法。科学能解释为什么会出现上述现象。
科学研究告诉我们，stiff input to a complex system leads to random
and spreaded output. 什么意思呢？就是说一个复杂系统对于你给的很尖
锐的，很特别很强烈的输入，几乎肯定不会给出一个同样很尖锐的输出，而是会这里那
里很随机的四处乱响应。
对应到药物研究上，你搞单分子药，无论是小分子还是大分子，对于人体都
是非常stiff的输入。首先你就很难搞中想要的那个效果--比如降血压，比如缓解颅内
压力。其次，即使搞中了想要的那个效果，往往会伴随很多副作用。这是可以预测的。
你想要副作用小的集中于期望效果的输出，那输入必须是个很广谱的很复杂
的玩意儿。至少是个宏观层面的东西。当然这也很难找，但起码必须知道合成分子类药
物的“副作用”为何会大，对吧。
我一点都不排斥微观研究，但是要科学的搞。比如说，对免疫系统，包括抗
体抗原的研究都是很伟大的，但这个东西几百年一遇。更多的疾病治疗，还是需要从宏
观手段找机会。比如通过对大腿上血管的按压，治疗心血管狭窄。这一类研究完全应该
成为主流，而不是烧钱去烧pathway，更不应该把注意力集中在什么translational
research上。青霉素能治病之后100年我们才知道它为嘛有点用，至今还不知道它为嘛
那么大副作用。 |
B*D
发帖数: 5016 | 29 科学就是不能编故事，无论什么方法。没有问题做/暂时做不出来有意义的
问题，就别写proposal，别写paper。至少在NSF里面是这么做的。控制论这个领域牛逼
吧？从二战以来，基本上人类的航空航天信号处理系统工程啥的，都是靠它撑着的。现
在做不出问题了，砍了，整个大方向去掉。
我最讨厌生物研究的就是编故事。明明只有点简单的表达，非说要攻克癌症
最后全人类欢呼20年，发现是场骗局。 |
s********n
发帖数: 2939 | 30 青霉素能治病之后100年我们才知道它为嘛有点用，至今还不知道它为嘛
那么大副作用.
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p*****m
发帖数: 7030 | 31 这个家伙肯定学的不是生物 因此说到生物学就有点鬼扯的意思（青霉素有“那么大副作
用”？他确定是地球上的青霉素么。。） 当然他讨论复杂系统的事儿我觉得还有点道理
我觉得把生物体类比成一个单调的复杂系统 然后简单的说还原论不work,这是很机械的
思维。生物体是很复杂，最终的理解可能确实离不开整体论。但是就我们已经知道的，
生物体的各个构成单元绝对不是equally involved的，有极其核心的，也有从属的，（
从简单LoF就能看到区别）。因此在没有对生物体的系统彻底了解并建模之前仍然有很多
很多可能能够了解其中比较核心的一部分，并且根据这部分信息构建知识体系，制造药
物。
举个例子，我们目前对很多病毒在人类细胞内部的生活史，尤其是休眠状态的生活史，
理解很粗浅，但是这不妨碍我们根据病毒的独特属性（比如说需要特定受体进入细胞，
比如说有些需要逆转录酶，blabla），设计药物抗病毒，并且有相当不错的效果（当然
随着知识深入有改进的巨大空间）。我们对系统疾病的理解更加粗浅（比如糖尿病，比
如高血脂），但是现有的知识仍然可以给我们可以使用的药物，而不需要等到一切水落
石出
说的宽泛一点，知道万有引力之前，天文学家早就开始用星体运动编排日历，安排生产
活动了；知道周期表之前，化学家也早就开始合成改造各种各样的天然物质了。理论和
实际操作在这里都是相辅相成，互相促进的关系。我没有看到说在前者不完备之前就不
能进行后者，或者前者不完备的时候认为前者毫无意义 这样的指责。
【在 B*D 的大作中提到】
: 对于一个复杂系统，微观层面的因果联系是没有意义的（或者不说这么绝对
: ，是不能用来推导宏观行为的）
: 比如说pathway network的研究，我们就假设今天的技术牛逼了，可以把
: 所有基因的表达通路完全搞清楚，且假设我们能制造任意药物分子注入到
: 人体的任何部位。请问你，我们能制造出药到病除的药物吗？
: 请看如下一个例子
: 我们知道电阻R和电压电流的关系，V=IR。现在给你一个一百亿各种阻值的
: 电阻复杂互联的网络，网络图给你，并允许你用任意手段添加或者删除电阻
: 请问，我指定两个端点输入一个特定的V值，希望在另外两个指定的端点之
: 间得到一个特定的I值，你能帮我做到吗？ :)
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w***u
发帖数: 17713 | 32 研究复杂系统，必须得从小而孤立的东西着眼。一片树叶飘落大地，多了空气阻力和琢
磨不定的风的影响，你非要搞个所谓的系统力学全部一起研究，搞几千年都不会有结果
的，万有引力和牛三定律先搞出来再说吧。 |
B*D
发帖数: 5016 | 33 这个似乎不对，微观的东西不一定能还原正确的宏观图景
西方经济学是一个典型的例子
【在 w***u 的大作中提到】
: 研究复杂系统，必须得从小而孤立的东西着眼。一片树叶飘落大地，多了空气阻力和琢
: 磨不定的风的影响，你非要搞个所谓的系统力学全部一起研究，搞几千年都不会有结果
: 的，万有引力和牛三定律先搞出来再说吧。
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p*****m
发帖数: 7030 | 34 再加一句 整体论的一个问题是大多数时候我们没有合适的工具（哪怕仅仅是数学工具）
来研究，因此搞整体论的很多到最后其实就跟伪科学没什么区别，因为提不出在局部上
可以验证的假说。
中医就是一个例子
【在 B*D 的大作中提到】
: 这个似乎不对，微观的东西不一定能还原正确的宏观图景
: 西方经济学是一个典型的例子
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w***u
发帖数: 17713 | 35 经济学微观的东西搞清楚了吗？我看还早。
即使微观的东西全搞出来，现在离研究系统还早得很，就举刚才的牛顿力学的例子，其
实现在连三体问题都不容易解出。牛顿力学多简单而坚实的架构，具体的到复杂系统现
在还是两眼一抹黑，工程上经验公式简化模型一堆，但是我们能拒绝牛顿力学吗？或者
说牛顿力学对于研究真实世界力学系统用处很小吗？
【在 B*D 的大作中提到】
: 这个似乎不对，微观的东西不一定能还原正确的宏观图景
: 西方经济学是一个典型的例子
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B*D
发帖数: 5016 | 36 我感觉好像是这样，听说不少学科的一些问题都卡在乘性系统这里的
那个发文者的意思我理解基本就是如果没有合适的研究乘性系统的工具
那么对这个系统的探索就该完全停止下来，不要浪费时间人力和金钱
具）
【在 p*****m 的大作中提到】
: 再加一句 整体论的一个问题是大多数时候我们没有合适的工具（哪怕仅仅是数学工具）
: 来研究，因此搞整体论的很多到最后其实就跟伪科学没什么区别，因为提不出在局部上
: 可以验证的假说。
: 中医就是一个例子
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p*****m
发帖数: 7030 | 37 他这个观点不值一驳 过去人类科学几百年的进步，99.99999%可能都建立在还原论基础
上 照他的思路全世界都应该先去研究数学 复杂性理论出来以前不应该搞任何自然科学
。。
【在 B*D 的大作中提到】
: 我感觉好像是这样，听说不少学科的一些问题都卡在乘性系统这里的
: 那个发文者的意思我理解基本就是如果没有合适的研究乘性系统的工具
: 那么对这个系统的探索就该完全停止下来，不要浪费时间人力和金钱
:
: 具）
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v*****s
发帖数: 20290 | 38 我觉得还是有道理的，现在对复杂系统的研究基本属于炼金术还不如的水平，没啥搞头。
【在 B*D 的大作中提到】
: 我感觉好像是这样，听说不少学科的一些问题都卡在乘性系统这里的
: 那个发文者的意思我理解基本就是如果没有合适的研究乘性系统的工具
: 那么对这个系统的探索就该完全停止下来，不要浪费时间人力和金钱
:
: 具）
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v*****s
发帖数: 20290 | 39 经济学对微观的东西基本研究清楚了，至少理论框架没问题，剩下的部分主要是因为人的非理性，这个不好搞，也未必能算经济学的范围。
现在的问题不是有了牛三，要搞复杂系统。而是大家都在托勒密的模型上加本轮，已经快到加无可加的地步了。
【在 w***u 的大作中提到】
: 经济学微观的东西搞清楚了吗？我看还早。
: 即使微观的东西全搞出来，现在离研究系统还早得很，就举刚才的牛顿力学的例子，其
: 实现在连三体问题都不容易解出。牛顿力学多简单而坚实的架构，具体的到复杂系统现
: 在还是两眼一抹黑，工程上经验公式简化模型一堆，但是我们能拒绝牛顿力学吗？或者
: 说牛顿力学对于研究真实世界力学系统用处很小吗？
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D*a
发帖数: 6830 | 40 青霉素是搞宏观搞出来的么？
我看从青霉素得出的结论是应该号召实验人员培养细菌不用超净台，用完了的培养皿乱
扔才是。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 41 感觉这个作者的意思 是说搞出宏观的理论之前，应该像搞青霉素一样瞎猫死耗子就行
不要浪费钱去研究具体的机制问题 搞了也白搞
要我说句题外话 这个理论就跟中国现在一党专制人心不古 在推翻tg，把人民彻底进行
思想启蒙之前，在中国做的任何事情都是错的没意义的（或者是为了个人名利的）是一
个意思。我怎么又说回饶毅的事儿上了？lol。。
【在 D*a 的大作中提到】
: 青霉素是搞宏观搞出来的么？
: 我看从青霉素得出的结论是应该号召实验人员培养细菌不用超净台，用完了的培养皿乱
: 扔才是。
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P****d
发帖数: 564 | 42 学习一下姚文元哈，这里最大的问题是影射斑竹。
果......
【在 B*D 的大作中提到】
: 我感觉好像是这样，听说不少学科的一些问题都卡在乘性系统这里的
: 那个发文者的意思我理解基本就是如果没有合适的研究乘性系统的工具
: 那么对这个系统的探索就该完全停止下来，不要浪费时间人力和金钱
:
: 具）
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O******e
发帖数: 4845 | 43 呵呵，那种观点典型的不懂装懂乱下结论
【在 p*****m 的大作中提到】
: 他这个观点不值一驳 过去人类科学几百年的进步，99.99999%可能都建立在还原论基础
: 上 照他的思路全世界都应该先去研究数学 复杂性理论出来以前不应该搞任何自然科学
: 。。
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O******e
发帖数: 4845 | 44 ^_^，你真是陷进去出不来了
话说你要回国，不会就去投靠他吧
行
【在 p*****m 的大作中提到】
: 感觉这个作者的意思 是说搞出宏观的理论之前，应该像搞青霉素一样瞎猫死耗子就行
: 不要浪费钱去研究具体的机制问题 搞了也白搞
: 要我说句题外话 这个理论就跟中国现在一党专制人心不古 在推翻tg，把人民彻底进行
: 思想启蒙之前，在中国做的任何事情都是错的没意义的（或者是为了个人名利的）是一
: 个意思。我怎么又说回饶毅的事儿上了？lol。。
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d***e
发帖数: 1215 | 45 想起以前在公司里做过的几个project.基本的重要影响因素还不明了前，就上一大堆费
时费力的DOE，做了三年无数DOE，花了差不多十个米，还是毫无头绪。最后这个
project被砍掉了。后来在做收尾擦屁股的活的时候，发现了一些以往不知道的重要参
数，过去的DOE因为缺乏对这些重要参数的control，所以结果都是毫无头绪。 |
w***u
发帖数: 17713 | 46 生物就这个难题大，别说比物理，离化学能控制分离因素都差远了。
【在 d***e 的大作中提到】
: 想起以前在公司里做过的几个project.基本的重要影响因素还不明了前，就上一大堆费
: 时费力的DOE，做了三年无数DOE，花了差不多十个米，还是毫无头绪。最后这个
: project被砍掉了。后来在做收尾擦屁股的活的时候，发现了一些以往不知道的重要参
: 数，过去的DOE因为缺乏对这些重要参数的control，所以结果都是毫无头绪。
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h*****n
发帖数: 5 | 47 没想到国计学版还讨论这些问题～～
我认为这些抱怨都是有道理的，即使有偏颇，也是次要的。
但是单纯地提出要用“整体论”去代替“还原论”，也太过简单粗暴，现阶段谈这个还是有鬼扯的感觉。
我认为，倒是“还原论”自身在生物学当中的应用出了问题。生物学家们没有找到合适的用来“还原”的方法。
首先生物学家还是要学习系统科学的一些思想和方法，然后再来改进生物学中的思路，包括实验设计不能再用那些“敲除—插入”的简单逻辑…… |
h********n
发帖数: 4079 | 48 我觉得生物学家都知道这些局限, 但没有什么办法做所谓的"整体"研究.
还是有鬼扯的感觉。
适的用来“还原”的方法。
，包括实验设计不能再用那些“敲除—插入”的简单逻辑……
【在 h*****n 的大作中提到】
: 没想到国计学版还讨论这些问题～～
: 我认为这些抱怨都是有道理的，即使有偏颇，也是次要的。
: 但是单纯地提出要用“整体论”去代替“还原论”，也太过简单粗暴，现阶段谈这个还是有鬼扯的感觉。
: 我认为，倒是“还原论”自身在生物学当中的应用出了问题。生物学家们没有找到合适的用来“还原”的方法。
: 首先生物学家还是要学习系统科学的一些思想和方法，然后再来改进生物学中的思路，包括实验设计不能再用那些“敲除—插入”的简单逻辑……
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b****r
发帖数: 17995 | |
t****a
发帖数: 1212 | 50 生物研究还在收集数据的阶段，就好比望远镜出来之前的天文学家。没有广谱的，足够
的数据无法归纳出普适性的理论，所以现阶段的主要任务之一，是造望远镜。等数据积
累到一定阶段，各个子领域的归纳做到一定阶段，就等牛顿这样的人诞生，来给一个统
一的解释。 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 51 我觉得生物学家都知道这些局限, 但没有什么办法做所谓的"整体"研究.
还是有鬼扯的感觉。
【在 h*****n 的大作中提到】
: 没想到国计学版还讨论这些问题～～
: 我认为这些抱怨都是有道理的，即使有偏颇，也是次要的。
: 但是单纯地提出要用“整体论”去代替“还原论”，也太过简单粗暴，现阶段谈这个还是有鬼扯的感觉。
: 我认为，倒是“还原论”自身在生物学当中的应用出了问题。生物学家们没有找到合适的用来“还原”的方法。
: 首先生物学家还是要学习系统科学的一些思想和方法，然后再来改进生物学中的思路，包括实验设计不能再用那些“敲除—插入”的简单逻辑……
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B*D
发帖数: 5016 | 52 我本来以为下面的这段看法是外行偏颇的言论
从上面的讨论看来,原来是切中要害的说
如果偶拿着4万多工钱,老板还敢让偶加班,周末来,对我说什么度假是坏习惯的话
我早就拍桌子让他/她去go and fuck yourself 了
Quote
"从生物博士充斥药厂和FDA，反过来对临床医学提规范以后
医学进展越来越慢，烧钱越来越多，NIH上世纪提出的目标，
到今天听起来还个个都像神话。
问题的根源在于生物学花了太多力气试图从微观层面上重构生物体。
这个方法对于复杂系统是注定事倍功半的。于是就烧了很多纳税人的钱，
却始终拿不出成果，博士越堆越多，却没有多少工业应用，只能堆博后。
更糟糕的是博后多了，要吃饭啊，就不得不向外扩张，试图用错误
的方法论和故事会一样的结论（比如测到哪个部分神经元在
某种行为模式下兴奋，就发CNS说xxx部分负责yyy行为）来影响能赚钱
的行业，比如制药，医疗，环境等等。搞得现在鸡飞狗跳，乌烟瘴气。
生物学一天不改变其根本的研究方法，把system bio做扎实，做认真了，
替换掉现在的micro bench+story making成为基本研究模式，生物
行业的人就还要继续痛苦下去，就还要继续发现oncogene之类的伪成果，
就还要继续靠污染其他行业来求生存。” |
n******7
发帖数: 12463 | 53 你跟htscorpion 什么关系？
另外，我觉得现在所谓的system biology，好多也是搞笑的研究，混混funding和paper而已，搞得
我没有一点激情了
【在 i*****g 的大作中提到】
: 我觉得生物学家都知道这些局限, 但没有什么办法做所谓的"整体"研究.
:
: 还是有鬼扯的感觉。
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D*a
发帖数: 6830 | 54 以前还认为全基因组测序就万事大吉了呢。
现在又搞出来个systems biology |
A********2
发帖数: 107 | 55 现在测序太简单了，关键是多数基因的功能还不清楚，更不要说基因之间的相互作用，
测序的速度太快，功能研究明显跟不上 |
r****t
发帖数: 10904 | 56 这么天真，装嫩？
【在 D*a 的大作中提到】
: 以前还认为全基因组测序就万事大吉了呢。
: 现在又搞出来个systems biology
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l**********1
发帖数: 5204 | 57 Dua 原本就是罗莉吧
不用装啥嫩的
【在 r****t 的大作中提到】
: 这么天真，装嫩？
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l**********1
发帖数: 5204 | 58 1948 Systems Biology born by its father:
Nicolas Rashevsky
Mathematical Biophysics:Physico-Mathematical Foundations of Biology. Univ.
of Chicago Press. : Chicago Press, 1938/1948 (2nd ed.).
2004 Journal of the History of Biology 37: 333– paper link:
//www.uvm.edu/~pdodds/files/papers/others/2004/abraham2004a.pdf
【在 D*a 的大作中提到】
: 以前还认为全基因组测序就万事大吉了呢。
: 现在又搞出来个systems biology
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D*a
发帖数: 6830 | 59 ＝.＝
你们业内人士当然觉得不是新概念。我说得业内人士是生物之内再细分的。
但是当年全基因组测序在社会上不就是炒得跟大力丸似的。
【在 l**********1 的大作中提到】
: Dua 原本就是罗莉吧
: 不用装啥嫩的
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