a***y
发帖数: 19743 | 1 在英国的Xiangchao Gan牛啊。
Genetic differences between Arabidopsis thaliana accessions underlie the
plant’s extensive phenotypic variation, and until now these have been
interpreted largely in the context of the annotated reference accession Col-
0. Here we report the sequencing, assembly and annotation of the genomes of
18 natural A. thaliana accessions, and their transcriptomes. When assessed
on the basis of the reference annotation, one-third of protein-coding genes
are predicted to be disrupted in at least one accession. However, re-
annotation of each genome revealed that alternative gene models often
restore coding potential. Gene expression in seedlings differed for nearly
half of expressed genes and was frequently associated with cis variants
within 5 kilobases, as were intron retention alternative splicing events.
Sequence and expression variation is most pronounced in genes that respond
to the biotic environment. Our data further promote evolutionary and
functional studies in A. thaliana, especially the MAGIC genetic reference
population descended from these accessions.
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature1 |
l********7
发帖数: 175 | |
c********b
发帖数: 363 | 3 这个还好，起码有信息。前几个月发的potato genome的nature才搞笑，说是所在的
clade第一个测序的。其实同一个家族的烟草和番茄早就测完公开了，并且质量还好很
多。
Col-
of
assessed
genes
【在 a***y 的大作中提到】
: 在英国的Xiangchao Gan牛啊。
: Genetic differences between Arabidopsis thaliana accessions underlie the
: plant’s extensive phenotypic variation, and until now these have been
: interpreted largely in the context of the annotated reference accession Col-
: 0. Here we report the sequencing, assembly and annotation of the genomes of
: 18 natural A. thaliana accessions, and their transcriptomes. When assessed
: on the basis of the reference annotation, one-third of protein-coding genes
: are predicted to be disrupted in at least one accession. However, re-
: annotation of each genome revealed that alternative gene models often
: restore coding potential. Gene expression in seedlings differed for nearly
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a***y
发帖数: 19743 | 4 番茄的貌似没有彻底完成吧。
【在 c********b 的大作中提到】
: 这个还好，起码有信息。前几个月发的potato genome的nature才搞笑，说是所在的
: clade第一个测序的。其实同一个家族的烟草和番茄早就测完公开了，并且质量还好很
: 多。
:
: Col-
: of
: assessed
: genes
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c********b
发帖数: 363 | 5 番茄在09年12月就公布了version 1的draft,现在都version3了。如果我没记错，土豆
的文章说自己只测了80% 烟草更是好几年前就测完了，因为是公司赞助的，序列不公开
，但是可以买access,这对组装同一家族的土豆基因组总有帮助吧
【在 a***y 的大作中提到】
: 番茄的貌似没有彻底完成吧。
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a***y
发帖数: 19743 | 6 这些亲缘关系已经很远了，对assembly应该没啥帮助。
植物基因组plasticity太大。
除非烟草番茄有很多基因是experimentally verified
或者gene model验证过了
倒是对annotation应该帮助比较大
【在 c********b 的大作中提到】
: 番茄在09年12月就公布了version 1的draft,现在都version3了。如果我没记错，土豆
: 的文章说自己只测了80% 烟草更是好几年前就测完了，因为是公司赞助的，序列不公开
: ，但是可以买access,这对组装同一家族的土豆基因组总有帮助吧
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c********b
发帖数: 363 | 7 番茄和土豆分家近的很，大家都在拼命为番茄基因组做贡献时土豆突然跳出来，还是搞
笑了点。
听说番茄基因组的文章也在准备中，不知最后如何。
不过个人觉得土豆也好，番茄也好，都比arabidopsis更像植物
【在 a***y 的大作中提到】
: 这些亲缘关系已经很远了，对assembly应该没啥帮助。
: 植物基因组plasticity太大。
: 除非烟草番茄有很多基因是experimentally verified
: 或者gene model验证过了
: 倒是对annotation应该帮助比较大
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a***y
发帖数: 19743 | 8 Arabidopsis怎么不是植物呢？只是不是作物而已。
测序草莓也不错。草莓还算也许可以做个模式生物。
土豆貌似不是很好用来做实验。烟草和番茄都要好一些。
【在 c********b 的大作中提到】
: 番茄和土豆分家近的很，大家都在拼命为番茄基因组做贡献时土豆突然跳出来，还是搞
: 笑了点。
: 听说番茄基因组的文章也在准备中，不知最后如何。
: 不过个人觉得土豆也好，番茄也好，都比arabidopsis更像植物
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c********b
发帖数: 363 | 9 我听说的版本是100个个体col-0,看多态性。
有不少生态学者说不该叫生态型，而是可以上升到不同种的高度，静观发展趋势
【在 l********7 的大作中提到】
: 不是测了96个吗？最后要测所有的生态型。
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c********b
发帖数: 363 | 10 早期还没确定它模式生物地位的时候（80年代末90年代初），不少人写文章笑话
arabidopsis不是植物，很多病毒不能侵染导致不能用来研究很多植物和病毒的互作，
很多次级代谢产物和果实发育的pathway不能研究，当然，这也是笑谈而已
【在 a***y 的大作中提到】
: Arabidopsis怎么不是植物呢？只是不是作物而已。
: 测序草莓也不错。草莓还算也许可以做个模式生物。
: 土豆貌似不是很好用来做实验。烟草和番茄都要好一些。
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a***y
发帖数: 19743 | 11 恩。其实感觉Arabidopsis还是很有用的。
【在 c********b 的大作中提到】
: 早期还没确定它模式生物地位的时候（80年代末90年代初），不少人写文章笑话
: arabidopsis不是植物，很多病毒不能侵染导致不能用来研究很多植物和病毒的互作，
: 很多次级代谢产物和果实发育的pathway不能研究，当然，这也是笑谈而已
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c********b
发帖数: 363 | 12 其实土豆还挺好做的，有人发现土豆能长出来是因为叶子里面sense光周期和温度的变
化而生成特殊的rna运输到根部附近刺激土豆块茎的生长，是研究rna长程运输的好
model。
到是蕃茄转基因太难了，很多工作深入不了。
【在 a***y 的大作中提到】
: Arabidopsis怎么不是植物呢？只是不是作物而已。
: 测序草莓也不错。草莓还算也许可以做个模式生物。
: 土豆貌似不是很好用来做实验。烟草和番茄都要好一些。
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P****d
发帖数: 564 | 13 科普一下？
【在 a***y 的大作中提到】
: 恩。其实感觉Arabidopsis还是很有用的。
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a***y
发帖数: 19743 | 14 是吗，很难转吗？听说UCDavis有转基因中心，给vector，和多少美元，他们就帮你转
进去。
【在 c********b 的大作中提到】
: 其实土豆还挺好做的，有人发现土豆能长出来是因为叶子里面sense光周期和温度的变
: 化而生成特殊的rna运输到根部附近刺激土豆块茎的生长，是研究rna长程运输的好
: model。
: 到是蕃茄转基因太难了，很多工作深入不了。
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a***y
发帖数: 19743 | 15 好养，不占空间，有果实，多年生草本，据说基因组还不算大
野生草莓到现在的草莓的变化也是可以研究的
【在 P****d 的大作中提到】
: 科普一下？
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P****d
发帖数: 564 | 16 谢谢！generation time多久啊？
另外，果实的发育起源有几种呀？草莓为什么籽长在外面？
【在 a***y 的大作中提到】
: 好养，不占空间，有果实，多年生草本，据说基因组还不算大
: 野生草莓到现在的草莓的变化也是可以研究的
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a***y
发帖数: 19743 | 17 不知道，没做过……
感觉做草莓也比做Arabidopsis更容易进工业界。
不过草莓作为模式植物好像还没有真的起步啦。
【在 P****d 的大作中提到】
: 谢谢！generation time多久啊？
: 另外，果实的发育起源有几种呀？草莓为什么籽长在外面？
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p*****m
发帖数: 7030 | 18 呃 草莓那个 不是果实 是花托吧
【在 P****d 的大作中提到】
: 谢谢！generation time多久啊？
: 另外，果实的发育起源有几种呀？草莓为什么籽长在外面？
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P****d
发帖数: 564 | 19 是这样子啊。俺的植物学全还给初中老师了。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 呃 草莓那个 不是果实 是花托吧
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p*****m
发帖数: 7030 | |
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s******y
发帖数: 28562 | 21 查了一下，好像你是对的。呵呵。
话说回来，那么草莓下面那个托盘状的东西是什么呀？
【在 p*****m 的大作中提到】
: 知之为知之 不知google之 哈哈
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p*****m
发帖数: 7030 | 22 没觉得有托盘状啊 不就是几片叶子么 那就应该是萼片吧？长在花托外面 当然这个是
我瞎猜了
【在 s******y 的大作中提到】
: 查了一下，好像你是对的。呵呵。
: 话说回来，那么草莓下面那个托盘状的东西是什么呀？
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s****t
发帖数: 461 | 23 虽然这种工作没有太多的创新成分, 但是毕竟对research community还是很有用的。
要是不能发一片好一点的paper,这种tedious dirty work就更没有人愿意做了。
not every nature/science paper is the same anyway.
Col-
of
assessed
genes
【在 a***y 的大作中提到】
: 在英国的Xiangchao Gan牛啊。
: Genetic differences between Arabidopsis thaliana accessions underlie the
: plant’s extensive phenotypic variation, and until now these have been
: interpreted largely in the context of the annotated reference accession Col-
: 0. Here we report the sequencing, assembly and annotation of the genomes of
: 18 natural A. thaliana accessions, and their transcriptomes. When assessed
: on the basis of the reference annotation, one-third of protein-coding genes
: are predicted to be disrupted in at least one accession. However, re-
: annotation of each genome revealed that alternative gene models often
: restore coding potential. Gene expression in seedlings differed for nearly
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c********b
发帖数: 363 | 24 很难啊，农杆菌一泡就死了。要特定品种才好转一些。那个中心的服务我用过，但是现
在已经不对外开放了。而且用了寄回来的植物后我们温室出现大面积的white fly,打电
话去complain他们也不承认，系里老板们好险要禁止我种这些转基因。我比较背运，因
为表型是很少或基本不结果，现在还要经常杀虫和无性繁殖。
【在 a***y 的大作中提到】
: 是吗，很难转吗？听说UCDavis有转基因中心，给vector，和多少美元，他们就帮你转
: 进去。
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c********b
发帖数: 363 | 25 欧洲很多人做啊
【在 a***y 的大作中提到】
: 不知道，没做过……
: 感觉做草莓也比做Arabidopsis更容易进工业界。
: 不过草莓作为模式植物好像还没有真的起步啦。
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c********b
发帖数: 363 | 26 反正连花都是变态叶 ： ）
我也猜是萼片,不是做植物生理或者园艺的话一般都不记得这些了。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 没觉得有托盘状啊 不就是几片叶子么 那就应该是萼片吧？长在花托外面 当然这个是
: 我瞎猜了
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A*******e
发帖数: 284 | 27 arabidopsis不是有个1001计划吗？ 测1001个ecotype，进行得如何了？ 当初的遗传鼻
祖们选择arabidopsis， 那真是挑了好东西，如果没有arabidopsis这么做作为模式植
物的优点，现在的植物学这块绝对没有现在的成就 |
s******y
发帖数: 28562 | 28 我好像上学的时候就没有搞明白到底什么是花托，以及它和花序，花柄又有什么区别
按说明，花托是花柄顶端的膨大部分，然后花托上面应该顶着萼片才对是吧？
那么为什么萼片长在草莓下面而不是上面？这个空间顺序不是反了么？
【在 c********b 的大作中提到】
: 反正连花都是变态叶 ： ）
: 我也猜是萼片,不是做植物生理或者园艺的话一般都不记得这些了。
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p*****m
发帖数: 7030 | 29 那几片叶子到底是在草莓下面还是上面很难说 得去发育早期切了片看。。
【在 s******y 的大作中提到】
: 我好像上学的时候就没有搞明白到底什么是花托，以及它和花序，花柄又有什么区别
: 按说明，花托是花柄顶端的膨大部分，然后花托上面应该顶着萼片才对是吧？
: 那么为什么萼片长在草莓下面而不是上面？这个空间顺序不是反了么？
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c********b
发帖数: 363 | 30 汗,我国内还在植物发育实验室混过,完全不记得了.
只是好像现在不强调花托了.一般说peduncle就ok了.至于花托,应该有点receptacle的
意思,那个其实在单花里面和子房位置接近,是子房下部的外周.
至于草莓这种聚合果,我就完全不知道了.
要是有专业的欢饮来指正啊,我是常年被老板笑不懂植物解剖的,以前还发给我一本书要
我回去看.
【在 s******y 的大作中提到】
: 我好像上学的时候就没有搞明白到底什么是花托，以及它和花序，花柄又有什么区别
: 按说明，花托是花柄顶端的膨大部分，然后花托上面应该顶着萼片才对是吧？
: 那么为什么萼片长在草莓下面而不是上面？这个空间顺序不是反了么？
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A*******e
发帖数: 284 | 31 花柄很容易知道是啥吧，就是花的柄呗，跟叶的柄一样的，花结构通过这边柄状物连接
在植物体上，这个柄状物就是花柄。花托是连接花柄和整个花结构的东东，比花柄粗一
点矮很多，像个矮冬瓜。花托上面的结构才是真正的花结构，从外到内分四轮，由大名
鼎鼎的ABC model来控制，最外面是绿色萼片，然后花瓣，再是雄蕊，再是雌蕊，所以
萼片在草莓下面吧。一般的花横切都有这四轮结构。 不知道草莓的结构，虽然吃草莓
无数，惭愧，从来图着嘴巴快活没有仔细看过。外面那个绿色应该是萼片，雄蕊雌蕊不
知道是不是埋在里面。 以上纯属臆想，不保证正确性。 |
a***y
发帖数: 19743 | 32 要用对它毒性小的农杆菌吧
【在 c********b 的大作中提到】
: 很难啊，农杆菌一泡就死了。要特定品种才好转一些。那个中心的服务我用过，但是现
: 在已经不对外开放了。而且用了寄回来的植物后我们温室出现大面积的white fly,打电
: 话去complain他们也不承认，系里老板们好险要禁止我种这些转基因。我比较背运，因
: 为表型是很少或基本不结果，现在还要经常杀虫和无性繁殖。
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s******y
发帖数: 28562 | 33 对了，我土土的问一个问题啊，这个拟南芥能吃么？怎么看着跟那个中学
语文里面的荠菜差不多似的？
Col-
of
assessed
genes
【在 a***y 的大作中提到】
: 在英国的Xiangchao Gan牛啊。
: Genetic differences between Arabidopsis thaliana accessions underlie the
: plant’s extensive phenotypic variation, and until now these have been
: interpreted largely in the context of the annotated reference accession Col-
: 0. Here we report the sequencing, assembly and annotation of the genomes of
: 18 natural A. thaliana accessions, and their transcriptomes. When assessed
: on the basis of the reference annotation, one-third of protein-coding genes
: are predicted to be disrupted in at least one accession. However, re-
: annotation of each genome revealed that alternative gene models often
: restore coding potential. Gene expression in seedlings differed for nearly
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c********b
发帖数: 363 | 34 无毒,能吃.问题是你爱吃这个吗?它和花菜亲缘关系很近的.
【在 s******y 的大作中提到】
: 对了，我土土的问一个问题啊，这个拟南芥能吃么？怎么看着跟那个中学
: 语文里面的荠菜差不多似的？
:
: Col-
: of
: assessed
: genes
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p*****m
发帖数: 7030 | 35 拟南芥很韧吧感觉 不好吃 我好像嚼过的
对了，我土土的问一个问题啊，这个拟南芥能吃么？怎么看着跟那个中学
语文里面的荠菜差不多似的？
Col-
of
assessed
genes
【在 s******y 的大作中提到】
: 对了，我土土的问一个问题啊，这个拟南芥能吃么？怎么看着跟那个中学
: 语文里面的荠菜差不多似的？
:
: Col-
: of
: assessed
: genes
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c********b
发帖数: 363 | 36 一般农杆菌对cultivated番茄毒性都很大,我知道有一个菌种相对好些,但是效率又不行
.一般植物转基因都是泡泡叶子,我看到的番茄的protocol是泡子叶......
一般菌种调整浓度应该也可以.烟草怎么泡都行,benthamiana的话要求什么108 colony/
ml的浓度,每次做我都郁闷死了.估计番茄调调浓度泡叶子也ok,只是,这不是很难吗.
【在 a***y 的大作中提到】
: 要用对它毒性小的农杆菌吧
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s******y
发帖数: 28562 | 37 如果味道和荠菜，苦菜差不多的话，那么我应该会喜欢吃的。
用开水一烫，然后加上各种调味料和蒜末拌一拌，应该味道不错。
【在 c********b 的大作中提到】
: 无毒,能吃.问题是你爱吃这个吗?它和花菜亲缘关系很近的.
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a***y
发帖数: 19743 | 38 自己要点种子养来吃吃看吧。
【在 s******y 的大作中提到】
: 如果味道和荠菜，苦菜差不多的话，那么我应该会喜欢吃的。
: 用开水一烫，然后加上各种调味料和蒜末拌一拌，应该味道不错。
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c********b
发帖数: 363 | 39 我不推荐Col-0 ecotype的,太单薄了,种点Ler的,看着肉肉的,应该口感好点.
【在 a***y 的大作中提到】
: 自己要点种子养来吃吃看吧。
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a***y
发帖数: 19743 | 40 short day
很多Ecotype叶子都可以蛮大的。
【在 c********b 的大作中提到】
: 我不推荐Col-0 ecotype的,太单薄了,种点Ler的,看着肉肉的,应该口感好点.
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c********b
发帖数: 363 | 41 you are right.
不过不是怕太老了Sunnyday MM不喜欢吃吗
【在 a***y 的大作中提到】
: short day
: 很多Ecotype叶子都可以蛮大的。
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K****a
发帖数: 161 | 42 我有转了贝塔胡萝卜素的，可以包饺子吃
【在 c********b 的大作中提到】
: you are right.
: 不过不是怕太老了Sunnyday MM不喜欢吃吗
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n****0
发帖数: 696 | 43 土豆是不是很难stable transform啊？ |
n****0
发帖数: 696 | 44 土豆是不是很难stable transform啊？ |
c********b
发帖数: 363 | 45 我老板的朋友做土豆，总是说土豆很好转，我不知道转了有没有是否stable的问题。。。
【在 n****0 的大作中提到】
: 土豆是不是很难stable transform啊？
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