g****y
发帖数: 101 | 1 大家好,
我有一个课题是通过抑制一个oncogene的功能来治疗这个基因突变（Gain of function
）引起的癌症（T cell leukemia），之前通过molecular docking从NCI 筛选小分子化
合物来抑制蛋白与蛋白的相互作用，做的不是很理想。
最近想通过SiRNA或者ShRNA抑制这个基因的表达，最终目的是为了能在体内有效的特异
地抑制肿瘤细胞里这个oncogene的表达，从而可以选择性的杀死肿瘤细胞。对这个领域
不是很熟悉，读了一些文献之后上来寻求大家的帮助，
预见的可能问题及解决方法：
1：SiRNA 或者ShRNA的特异性：
SiRNA 或者ShRNA可能会非特异的抑制其它基因的表达，可以通过仔细选择SiRNA 或者
ShRNA的序列(避免同源序列)来降低非特异抑制，请问大家还有什么办法来提高特异性
吗？
2：体外合成的SiRNA在体内容易被降解：
通过对SiRNA进行一定的修饰可以提高稳定性，但是我觉得通过病毒介导表达ShRNA 可
能是一个更好的办法，因为这个是由基因突变（Gain of function）产生的疾病，体外
合成的SiRNA不能永久的抑制基因表达。
3：病毒载体的安全性：
有的病毒载体（retro, lentivirus）会整合基因组，从而可能破坏一些重要基因的表
达而引起一些副作用。所以我打算选用相对安全的AAV载体。
4：AAV载体的靶向问题，
AAV载体通过静脉注射到小鼠，高效地感染肝脏之类的器官，但是对于血液系统的感染
效率相对低。可以在病毒的Capsid上插入表达一段能特异识别T细胞的蛋白（我还不知
道什么蛋白）来提高T细胞的感染效率。
5：ShRNA能否特异的抑制肿瘤细胞里面的癌基因的表达。
因为目前没有病毒载体能特异的感染T细胞，所以进行基因治疗的时候带有ShRNA的病毒
也会感染正常细胞并且抑制这个基因在正常细胞里面的表达，所以我打算用一个T cell
specific promoter 来控制ShRNA的表达，这样虽然其它细胞也能被感染，但是ShRNA
并不表达。
简单的说，我想用AAV携带ShRNA来抑制T cell leukemia 里面的oncogene 的表达，从
而治疗这个基因引起的癌症，可行吗？
目前这个实验还处于思考阶段，不知道可行性怎样，欢迎大家批评和建议。 |
w***a
发帖数: 4361 | 2 如果目的就是灌水的话，这种project做做也没问题。
真要治病，我看还是算了吧。
function
【在 g****y 的大作中提到】
: 大家好,
: 我有一个课题是通过抑制一个oncogene的功能来治疗这个基因突变（Gain of function
: ）引起的癌症（T cell leukemia），之前通过molecular docking从NCI 筛选小分子化
: 合物来抑制蛋白与蛋白的相互作用，做的不是很理想。
: 最近想通过SiRNA或者ShRNA抑制这个基因的表达，最终目的是为了能在体内有效的特异
: 地抑制肿瘤细胞里这个oncogene的表达，从而可以选择性的杀死肿瘤细胞。对这个领域
: 不是很熟悉，读了一些文献之后上来寻求大家的帮助，
: 预见的可能问题及解决方法：
: 1：SiRNA 或者ShRNA的特异性：
: SiRNA 或者ShRNA可能会非特异的抑制其它基因的表达，可以通过仔细选择SiRNA 或者
|
m****m
发帖数: 4741 | 3 the off-target effect of shRNA might be a big concern |
g****y
发帖数: 101 | 4 谢谢评论, 我也觉得ShRNA的特异性是一个很大的问题, 不过目前有一些文献说可以
optimized siRNA design来提高或者解决特异性的问题(当然这些文章可能就是wdgca所
说的灌水文章,赫赫).
考虑到很多药物都有off-target effect, 或者说目前的治疗手段(如化疗)会有大的副
作用, 对于癌症病人来说, 很多时候是存活时间长短的问题, 如果一种手段能把存活期
由一年延伸到5-10年的话,这种手段还是有一定价值的.
回到我的project, 如果我optimized shRNA design, 并且把ShRNA 连到 T Cell
specific promoter 后面, 那就可以把off-target effect限制在T细胞(大部分都是
leukemia)里面, 这样是不是可以提高这个实验设计的可行性呢? |
C*****h
发帖数: 926 | 5 No, using virus to deliver shRNAs to T cells is not a viable option.
You can never have enough viruses to infect human cells.
function
【在 g****y 的大作中提到】
: 大家好,
: 我有一个课题是通过抑制一个oncogene的功能来治疗这个基因突变（Gain of function
: ）引起的癌症（T cell leukemia），之前通过molecular docking从NCI 筛选小分子化
: 合物来抑制蛋白与蛋白的相互作用，做的不是很理想。
: 最近想通过SiRNA或者ShRNA抑制这个基因的表达，最终目的是为了能在体内有效的特异
: 地抑制肿瘤细胞里这个oncogene的表达，从而可以选择性的杀死肿瘤细胞。对这个领域
: 不是很熟悉，读了一些文献之后上来寻求大家的帮助，
: 预见的可能问题及解决方法：
: 1：SiRNA 或者ShRNA的特异性：
: SiRNA 或者ShRNA可能会非特异的抑制其它基因的表达，可以通过仔细选择SiRNA 或者
|
C*****h
发帖数: 926 | 6 You may want to try some ligands that are specific to T cell receptors to
deliver drugs.
function
【在 g****y 的大作中提到】
: 大家好,
: 我有一个课题是通过抑制一个oncogene的功能来治疗这个基因突变（Gain of function
: ）引起的癌症（T cell leukemia），之前通过molecular docking从NCI 筛选小分子化
: 合物来抑制蛋白与蛋白的相互作用，做的不是很理想。
: 最近想通过SiRNA或者ShRNA抑制这个基因的表达，最终目的是为了能在体内有效的特异
: 地抑制肿瘤细胞里这个oncogene的表达，从而可以选择性的杀死肿瘤细胞。对这个领域
: 不是很熟悉，读了一些文献之后上来寻求大家的帮助，
: 预见的可能问题及解决方法：
: 1：SiRNA 或者ShRNA的特异性：
: SiRNA 或者ShRNA可能会非特异的抑制其它基因的表达，可以通过仔细选择SiRNA 或者
|
g****y
发帖数: 101 | 7 To Carwash: Thank you very much for comment
I can't agree more with you about the low efficiency in infecting the T
cells in vivo with virus. That is why I mentioned the potential problem 4(
AAV载体的靶向问题).
As you suggested, we could modify the virus caspid, for example, mutate the
liver cell recognition sequence and express a chimeric protein combining the
AAV capsid protein and the T cell ligand so that we can increase the
infection efficiency in T cells.
Do you think this approach works?
Here are some related papers:
A high-capacity, capsid-modified hybrid adenovirus/adeno-associated virus
vector for stable transduction of human hematopoietic cells. J Virol. 2002
Feb;76(3):1135-43.
Development of novel cell surface CD34-targeted recombinant adenoassociated
virus vectors for gene therapy. Hum Gene Ther. 1998 Sep 1;9(13):1929-37. |
t*d
发帖数: 1290 | 8 是不是肝癌通过这种方法治疗更好？
4：AAV载体的靶向问题，
AAV载体通过静脉注射到小鼠，高效地感染肝脏之类的器官，但是对于血液系统的感染
效率相对低。可以在病毒的Capsid上插入表达一段能特异识别T细胞的蛋白（我还不知
道什么蛋白）来提高T细胞的感染效率。
【在 g****y 的大作中提到】
: To Carwash: Thank you very much for comment
: I can't agree more with you about the low efficiency in infecting the T
: cells in vivo with virus. That is why I mentioned the potential problem 4(
: AAV载体的靶向问题).
: As you suggested, we could modify the virus caspid, for example, mutate the
: liver cell recognition sequence and express a chimeric protein combining the
: AAV capsid protein and the T cell ligand so that we can increase the
: infection efficiency in T cells.
: Do you think this approach works?
: Here are some related papers:
|
C*****h
发帖数: 926 | 9 我知道日本有一家公司，他们用一种脂质体，上面经过修饰加工，
带有T cell receptor的ligand，脂质体里面包埋逆转录病毒的RNA。
脂质体把RNA送到T cells里面，再逆转录，整合到genome
the
the
【在 g****y 的大作中提到】
: To Carwash: Thank you very much for comment
: I can't agree more with you about the low efficiency in infecting the T
: cells in vivo with virus. That is why I mentioned the potential problem 4(
: AAV载体的靶向问题).
: As you suggested, we could modify the virus caspid, for example, mutate the
: liver cell recognition sequence and express a chimeric protein combining the
: AAV capsid protein and the T cell ligand so that we can increase the
: infection efficiency in T cells.
: Do you think this approach works?
: Here are some related papers:
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t*d
发帖数: 1290 | 10 off-target effect 是关键问题。如你所说，所有癌症治疗手段都有副作用。问题是副
作用是不是在可承受范围内。每个现在市面上的药都花了大钱从无数先导物里面筛出来
的。如果你能塞出一个副作用在可受范围内的 siRNA，就发财了。
看上去 siRNA 比化学小分子更容易被 rationally des
igned。可是目前 siRNA 这个
领域还没有这样成功的例子。也许只是时间问题？
【在 g****y 的大作中提到】
: 谢谢评论, 我也觉得ShRNA的特异性是一个很大的问题, 不过目前有一些文献说可以
: optimized siRNA design来提高或者解决特异性的问题(当然这些文章可能就是wdgca所
: 说的灌水文章,赫赫).
: 考虑到很多药物都有off-target effect, 或者说目前的治疗手段(如化疗)会有大的副
: 作用, 对于癌症病人来说, 很多时候是存活时间长短的问题, 如果一种手段能把存活期
: 由一年延伸到5-10年的话,这种手段还是有一定价值的.
: 回到我的project, 如果我optimized shRNA design, 并且把ShRNA 连到 T Cell
: specific promoter 后面, 那就可以把off-target effect限制在T细胞(大部分都是
: leukemia)里面, 这样是不是可以提高这个实验设计的可行性呢?
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g****y
发帖数: 101 | 11 谢谢, 能告诉我这家公司的信息吗?
【在 C*****h 的大作中提到】
: 我知道日本有一家公司，他们用一种脂质体，上面经过修饰加工，
: 带有T cell receptor的ligand，脂质体里面包埋逆转录病毒的RNA。
: 脂质体把RNA送到T cells里面，再逆转录，整合到genome
:
: the
: the
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g****y
发帖数: 101 | 12 To Ttd:
肝癌通过这种方法治疗应该会更好,当然也会面临特异性的问题,
我也觉得SiRNA比小分子化合物更靠铺, 今年AACR的时候和一个药厂的前辈聊天的时候
说到我在筛选小分子化合物来抑制蛋白蛋白之间的相互作用, 前辈直接说这种project
灌水可行, 都是做药物研发不可靠. 我也觉得是这样的,毕竟蛋白质作用的surface比较
大, 小分子药物的特异性不够高.
至于SiRNA的副作用在能不能在可受范围内,这个无法预测, 只有在优化SiRNA的设计并
且提高T细胞的感染效率后去试了才知道. |
C*****h
发帖数: 926 | 13 takeda.com
【在 g****y 的大作中提到】
: 谢谢, 能告诉我这家公司的信息吗?
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g****y
发帖数: 101 | 14 Thanks,
【在 C*****h 的大作中提到】
: takeda.com
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c***3
发帖数: 251 | 15 这个我感兴趣，我做siRNA efficacy predition的。
当然从某种角度来说也算是灌水文章，毕竟计算也就是一个概率游戏，不可能得到100%
肯定的结果。
有兴趣可以聊聊 |
h***e
发帖数: 20195 | 16 non viral siRNA delivery体系不少, in vitro silencing efficacy 到95%以上的也
有一些，上临床的也有1－2个，好像没成功
主要现在最大的问题是liver accumulation和毒性
function
【在 g****y 的大作中提到】
: 大家好,
: 我有一个课题是通过抑制一个oncogene的功能来治疗这个基因突变（Gain of function
: ）引起的癌症（T cell leukemia），之前通过molecular docking从NCI 筛选小分子化
: 合物来抑制蛋白与蛋白的相互作用，做的不是很理想。
: 最近想通过SiRNA或者ShRNA抑制这个基因的表达，最终目的是为了能在体内有效的特异
: 地抑制肿瘤细胞里这个oncogene的表达，从而可以选择性的杀死肿瘤细胞。对这个领域
: 不是很熟悉，读了一些文献之后上来寻求大家的帮助，
: 预见的可能问题及解决方法：
: 1：SiRNA 或者ShRNA的特异性：
: SiRNA 或者ShRNA可能会非特异的抑制其它基因的表达，可以通过仔细选择SiRNA 或者
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g****y
发帖数: 101 | 17 谢谢，我当然有兴趣了，能不能告诉我siRNA efficacy predition是怎么做的吗？ 通
过Blast? 我看有一些文献为了筛选specific的SiRNA, 设计好几个不同的SiRNA去处理
细胞, 然后做Microarray去看这些SiRNA的调控的基因，通过对比来看特异性，不过我
觉得这个好像也不是很可靠，毕竟Microarray里表达量下降的基因很多，我们也不知道
哪些基因是直接由SiRNA抑制的
100%
【在 c***3 的大作中提到】
: 这个我感兴趣，我做siRNA efficacy predition的。
: 当然从某种角度来说也算是灌水文章，毕竟计算也就是一个概率游戏，不可能得到100%
: 肯定的结果。
: 有兴趣可以聊聊
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g****y
发帖数: 101 | 18 liver accumulation 可能是因为liver有清除外来异物的功能吧， 我打算用的病毒也
是在liver有很高的感染效率，所以我打算突变掉病毒capsid的肝脏识别序列并替换成T
cell ligand， 希望这样能提高感染T细胞的效率， 不知道这种设想可不可行， 赫赫
【在 h***e 的大作中提到】
: non viral siRNA delivery体系不少, in vitro silencing efficacy 到95%以上的也
: 有一些，上临床的也有1－2个，好像没成功
: 主要现在最大的问题是liver accumulation和毒性
:
: function
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h***e
发帖数: 20195 | 19 病毒这块我不懂，非病毒的体系没有这么简单，很多GENE DELIVERY的体系体外确实很
好，就是卡在liver 这步
成T
【在 g****y 的大作中提到】
: liver accumulation 可能是因为liver有清除外来异物的功能吧， 我打算用的病毒也
: 是在liver有很高的感染效率，所以我打算突变掉病毒capsid的肝脏识别序列并替换成T
: cell ligand， 希望这样能提高感染T细胞的效率， 不知道这种设想可不可行， 赫赫
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g****y
发帖数: 101 | 20 hehe, 这么说治疗肝癌还是比较可行的了，无论病毒还是非病毒，deliver到肝脏都是
小事一桩阿 |
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h***e
发帖数: 20195 | 21 ANYWAY，现在CANCER THERAPY的最新方向不是SIRNA了，发好文章没问题，拿FUNDING问
题多多
function
【在 g****y 的大作中提到】
: 大家好,
: 我有一个课题是通过抑制一个oncogene的功能来治疗这个基因突变（Gain of function
: ）引起的癌症（T cell leukemia），之前通过molecular docking从NCI 筛选小分子化
: 合物来抑制蛋白与蛋白的相互作用，做的不是很理想。
: 最近想通过SiRNA或者ShRNA抑制这个基因的表达，最终目的是为了能在体内有效的特异
: 地抑制肿瘤细胞里这个oncogene的表达，从而可以选择性的杀死肿瘤细胞。对这个领域
: 不是很熟悉，读了一些文献之后上来寻求大家的帮助，
: 预见的可能问题及解决方法：
: 1：SiRNA 或者ShRNA的特异性：
: SiRNA 或者ShRNA可能会非特异的抑制其它基因的表达，可以通过仔细选择SiRNA 或者
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h***e
发帖数: 20195 | 22 对，如果没转移扩散的话
【在 g****y 的大作中提到】
: hehe, 这么说治疗肝癌还是比较可行的了，无论病毒还是非病毒，deliver到肝脏都是
: 小事一桩阿
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g****y
发帖数: 101 | 23 现在CANCER THERAPY的最新方向是什么？ Immunotherapy? 赫赫，感觉SiRNA都还没有
成为过CANCER THERAPY的重要方向就已经被淘汰了？如果能发好文章也行啊， 有好文
章才有可能拿funding阿，呵呵，题外话了 |
d*p
发帖数: 534 | 24 siRNA 还是一个不错的方向，毒性和specific delivery是药界的共同的问题，也是
siRNA目前最大障碍了，不过对肝脏疾病我觉得还是很有用的。 |
s*******t
发帖数: 7746 | 25 SiRNA is NOT specific.
use Morpholinos oligos (made by Gene Tools,LLC, http://www.gene-tools.com/). It is antisense oligo with high specificity, stable in the cells (can not degraded by RNAase or DNAase or Proteinase etc). I have used Morpholinos in cell culture and mouse. Work really well. |
C*****h
发帖数: 926 | 26 Antisense oligos are not specific either.
【在 s*******t 的大作中提到】
: SiRNA is NOT specific.
: use Morpholinos oligos (made by Gene Tools,LLC, http://www.gene-tools.com/). It is antisense oligo with high specificity, stable in the cells (can not degraded by RNAase or DNAase or Proteinase etc). I have used Morpholinos in cell culture and mouse. Work really well.
|
s*******t
发帖数: 7746 | 27 Not completely true. A well designed antisense oligo along with proper
controls, antisense oligo can be specific.
【在 C*****h 的大作中提到】
: Antisense oligos are not specific either.
|
C*****h
发帖数: 926 | 28 So can be RNAi
【在 s*******t 的大作中提到】
: Not completely true. A well designed antisense oligo along with proper
: controls, antisense oligo can be specific.
|
C**S
发帖数: 522 | 29 同问，现在新方向是什么啊？为灌水做准备。
【在 h***e 的大作中提到】
: ANYWAY，现在CANCER THERAPY的最新方向不是SIRNA了，发好文章没问题，拿FUNDING问
: 题多多
:
: function
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