A***a 发帖数: 255 | 1 做了个deep-seq,想把所有的protein coding genes分析一下,看看targets 有没有规
律。帮我做bioinformatics分析的人给了我一个bed 格式的文件,有人知道怎样做GO分
析吗?有没有web-based的软件我可以把我的文件上载然后分析的?谢谢! |
n***g 发帖数: 5027 | |
j*p 发帖数: 411 | 3 bed格式,如果是peaks,可以试试GREAT:
http://great.stanford.edu/
【在 A***a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 做了个deep-seq,想把所有的protein coding genes分析一下,看看targets 有没有规 : 律。帮我做bioinformatics分析的人给了我一个bed 格式的文件,有人知道怎样做GO分 : 析吗?有没有web-based的软件我可以把我的文件上载然后分析的?谢谢!
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A***a 发帖数: 255 | 4 多谢楼上两位的帮忙,我是新手,不知道怎样发包子,也不知道自己有没有包子可发,
多担待! |
E****n 发帖数: 664 | 5 哪里有这个的使用说明么?输入的list是什么file啊。。
【在 n***g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : DAVID : http://david.abcc.ncifcrf.gov/
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j*p 发帖数: 411 | 6 input file is just a list of genes,
Gene symbol, Gene ID, Refseq ID, AffyID 等等等等,都可以.
不需要说明,试试就知道很简单了
【在 E****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 哪里有这个的使用说明么?输入的list是什么file啊。。
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F*****d 发帖数: 23 | 7 DAVID is a good tool.
Another online tool is citrome,
http://cistrome.org/ap/
choose Gene Expression->Conduct Go. For a list of input genes, this tool
uses R/BioC packages (GO, GOstats) to identify over represented GO terms |
E****n 发帖数: 664 | 8 恩,果然简单,duoxie!!!
【在 j*p 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : input file is just a list of genes, : Gene symbol, Gene ID, Refseq ID, AffyID 等等等等,都可以. : 不需要说明,试试就知道很简单了
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