A***a
发帖数: 255 | 1 做了个deep-seq，想把所有的protein coding genes分析一下，看看targets 有没有规
律。帮我做bioinformatics分析的人给了我一个bed 格式的文件，有人知道怎样做GO分
析吗？有没有web-based的软件我可以把我的文件上载然后分析的？谢谢！ |
n***g
发帖数: 5027 | |
j*p
发帖数: 411 | 3 bed格式，如果是peaks，可以试试GREAT：
http://great.stanford.edu/
【在 A***a 的大作中提到】
: 做了个deep-seq，想把所有的protein coding genes分析一下，看看targets 有没有规
: 律。帮我做bioinformatics分析的人给了我一个bed 格式的文件，有人知道怎样做GO分
: 析吗？有没有web-based的软件我可以把我的文件上载然后分析的？谢谢！
|
A***a
发帖数: 255 | 4 多谢楼上两位的帮忙，我是新手，不知道怎样发包子，也不知道自己有没有包子可发，
多担待！ |
E****n
发帖数: 664 | 5 哪里有这个的使用说明么？输入的list是什么file啊。。
【在 n***g 的大作中提到】
: DAVID
: http://david.abcc.ncifcrf.gov/
|
j*p
发帖数: 411 | 6 input file is just a list of genes,
Gene symbol, Gene ID, Refseq ID, AffyID 等等等等,都可以.
不需要说明,试试就知道很简单了
【在 E****n 的大作中提到】
: 哪里有这个的使用说明么？输入的list是什么file啊。。
|
F*****d
发帖数: 23 | 7 DAVID is a good tool.
Another online tool is citrome,
http://cistrome.org/ap/
choose Gene Expression->Conduct Go. For a list of input genes, this tool
uses R/BioC packages (GO, GOstats) to identify over represented GO terms |
E****n
发帖数: 664 | 8 恩，果然简单，duoxie!!!
【在 j*p 的大作中提到】
: input file is just a list of genes,
: Gene symbol, Gene ID, Refseq ID, AffyID 等等等等,都可以.
: 不需要说明,试试就知道很简单了
|
