j***w
发帖数: 938 | 1 实验遇到困难了，试了很多方法没解决，现在真心求教。是这样的，一个交配功能基因
在其他所有的真菌上都存在而且已经被克隆出来了。但是在我研究的这个属类还没人能
做出来，主要是这个基因差异太大，我用最邻近种设计了简并引物也没PCR出来任何有
相关的东西。
有没有人做过，在不知道这个基因序列的情况下得到这个基因序列呢？
我现在的想法是：在这个基因的上下游找更保守的别的基因序列设计出简并引物，然后
PCR以及NDA walking 等方式。不知道可不可行？还有没有其他更好的方法？
多谢了！ |
m******5
发帖数: 1383 | 2 这情况做个southern first
【在 j***w 的大作中提到】
: 实验遇到困难了，试了很多方法没解决，现在真心求教。是这样的，一个交配功能基因
: 在其他所有的真菌上都存在而且已经被克隆出来了。但是在我研究的这个属类还没人能
: 做出来，主要是这个基因差异太大，我用最邻近种设计了简并引物也没PCR出来任何有
: 相关的东西。
: 有没有人做过，在不知道这个基因序列的情况下得到这个基因序列呢？
: 我现在的想法是：在这个基因的上下游找更保守的别的基因序列设计出简并引物，然后
: PCR以及NDA walking 等方式。不知道可不可行？还有没有其他更好的方法？
: 多谢了！
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h*****n
发帖数: 2023 | |
m******5
发帖数: 1383 | 4 楼主的问题是不知道要订哪个bac吧
【在 h*****n 的大作中提到】
: 用BAC 做PCR
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w*****n
发帖数: 107 | 5 can you clone by function/complementation?
if the gene mutation in a known species can lead to a phenotype, you can
prepare a cDNA library from your species, and then introduce your cDNA
library into the mutant to identify the cDNAs that can rescue the phenotype. |
b******n
发帖数: 4225 | 6 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
月工资）
拿到contig之后都不用gap closure
直接用已知的真菌交配功能基因去blast
这个策略基本上能搞定
不要以为是高射炮打蚊子
基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章
【在 j***w 的大作中提到】
: 实验遇到困难了，试了很多方法没解决，现在真心求教。是这样的，一个交配功能基因
: 在其他所有的真菌上都存在而且已经被克隆出来了。但是在我研究的这个属类还没人能
: 做出来，主要是这个基因差异太大，我用最邻近种设计了简并引物也没PCR出来任何有
: 相关的东西。
: 有没有人做过，在不知道这个基因序列的情况下得到这个基因序列呢？
: 我现在的想法是：在这个基因的上下游找更保守的别的基因序列设计出简并引物，然后
: PCR以及NDA walking 等方式。不知道可不可行？还有没有其他更好的方法？
: 多谢了！
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b******n
发帖数: 4225 | 7 在真菌中操作估计比在E.coli中效率低太多了
phenotype.
【在 w*****n 的大作中提到】
: can you clone by function/complementation?
: if the gene mutation in a known species can lead to a phenotype, you can
: prepare a cDNA library from your species, and then introduce your cDNA
: library into the mutant to identify the cDNAs that can rescue the phenotype.
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t****p
发帖数: 1504 | 8 nod。
花那么多时间折腾的钱，不如这个实惠。
【在 b******n 的大作中提到】
: 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
: 月工资）
: 拿到contig之后都不用gap closure
: 直接用已知的真菌交配功能基因去blast
: 这个策略基本上能搞定
: 不要以为是高射炮打蚊子
: 基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章
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m******5
发帖数: 1383 | 9 很酷，学到了
【在 b******n 的大作中提到】
: 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
: 月工资）
: 拿到contig之后都不用gap closure
: 直接用已知的真菌交配功能基因去blast
: 这个策略基本上能搞定
: 不要以为是高射炮打蚊子
: 基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章
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s******s
发帖数: 13035 | 10 nice.
btw, 如果有facility的话就更便宜了，听说我们系是library+seq也就800不到，
不知道是指那台机器，不过就算gaII也够了
【在 b******n 的大作中提到】
: 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
: 月工资）
: 拿到contig之后都不用gap closure
: 直接用已知的真菌交配功能基因去blast
: 这个策略基本上能搞定
: 不要以为是高射炮打蚊子
: 基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章
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d********m
发帖数: 3662 | 11 LS几位说的很好啊，这年头，用genomic walking克隆未知基因效率太低了，以前用这
种方法花3年克隆出几个基因，研究下功能，发个牛文章了。
现在就算花一年PCR克隆出来也不值啊，老板也不太乐意接受的。直接测序吧 |
s****l
发帖数: 10462 | 12 这样测个序一片文章，基因克隆出来一片文章，那也太过分了吧。
【在 b******n 的大作中提到】
: 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
: 月工资）
: 拿到contig之后都不用gap closure
: 直接用已知的真菌交配功能基因去blast
: 这个策略基本上能搞定
: 不要以为是高射炮打蚊子
: 基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章
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j***w
发帖数: 938 | 13 真菌全序列测序这么便宜？如果是真的可以考虑叫老板联合其他老板申请funding来做。
其实研究这个菌的人还听多的，不知道为啥至今没有全序列，我原来也想过，以为很贵
就没考虑。
谢谢
【在 b******n 的大作中提到】
: 如果时间更重要，直接花一笔钱去全基因组测序（估计6000美刀左右，也就是博后两个
: 月工资）
: 拿到contig之后都不用gap closure
: 直接用已知的真菌交配功能基因去blast
: 这个策略基本上能搞定
: 不要以为是高射炮打蚊子
: 基因组测序一篇文章，克隆基因一篇文章
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s******s
发帖数: 13035 | 14 给你设计pcr做引物那就很便宜啦，如果构建基因组序列那要贵点
做。
【在 j***w 的大作中提到】
: 真菌全序列测序这么便宜？如果是真的可以考虑叫老板联合其他老板申请funding来做。
: 其实研究这个菌的人还听多的，不知道为啥至今没有全序列，我原来也想过，以为很贵
: 就没考虑。
: 谢谢
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