e****p
发帖数: 354 | 1 俺对BIOINFO之前是一点不通，但老板要做SNP ARRAY，刚自学R一个月，哪位达人知道
如何做LOWESS normalization，有没有什么R code或者例子可以套。。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 2 R code package:
Earlier
sma package:
FTP//ftp.auckland.ac.nz/pub/software/CRAN/doc/packages/sma.pdf
//www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/Docs/Papers/springer02.Rnw
//statwww.epfl.ch/davison/teaching/Microarrays/lab/normalization_eda.html
later
limma package
//bioconductor.org/packages/2.6/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf
//rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/limma/html/loessfit.html
ps: now almost using limma
please go to
//www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/marray/inst/doc/
marrayNorm.pdf
//stat-www.berkeley.edu/users/sandrine/Docs/Papers/springer02.pdf
PPT slide show:
//classes.soe.ucsc.edu/bme210/Winter04/lectures/Bio210w04-Lect06b-ComputationalNormalization.pdf
【在 e****p 的大作中提到】
: 俺对BIOINFO之前是一点不通，但老板要做SNP ARRAY，刚自学R一个月，哪位达人知道
: 如何做LOWESS normalization，有没有什么R code或者例子可以套。。
|
e****p
发帖数: 354 | |
l**********1
发帖数: 5204 | 4 De rien
NB:
Not stuff Niu but only met them before you just.
【在 e****p 的大作中提到】
: lotkaeuler11 牛！
: 非常感谢!!!
|
l**********1
发帖数: 5204 | 5 >不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
PACKAGE，或一步步的教材之类的
please go to:
//www.stat.berkeley.edu/users/statlabs/software.html
>我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
做LOWESS，不知道，你有什么高见，
not stuff 高见
but you can try this one lumi package:
//www.bioconductor.org/packages/2.8/bioc/vignettes/lumi/inst/doc/lumi.pdf
or 2011 Edinburgh Univ PhD thesis which used lumi package:
//www.era.lib.ed.ac.uk/handle/1842/5541
full text link:
//www.era.lib.ed.ac.uk/bitstream/1842/5541/2/Brown2011.pdf
NB: if you are satisfied with today's my reply. BAOZI one please
transfer to my mitbbs financial account. W-e-i-b-i 10
RE:
寄信人: eudrup (I am weak, don't kill me)
标 题: 问候
发信站: 未名空间 (Wed Mar 7 19:42:02 2012)
来 源: 76.98.
你好，非常感谢你的关于LOWESS的回复。
我看了你的一些内容，对方法上理解很有帮助，但具体操作改写CODE对我来说还是有难
度，一些别人写复杂一些的CODE我看不太懂，不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
PACKAGE，或一步步的教材之类的，而且我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
做LOWESS，不知道，你有什么高见，请指教，谢谢！ |
l**********1
发帖数: 5204 | 6 Continue:
please refer below figure:
cited from upper floor that pdf E book:
its pp9
The S4 method plot can produce the quality control plots of LumiBatch
object. The quality control plots includes: the density plot (Figure 4), box
plot
(Figure ??), pairwise scatter plot between microarrays (Figure 6) or pair
scatter
plot with smoothing (Figure 7)
【在 l**********1 的大作中提到】
: >不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
: PACKAGE，或一步步的教材之类的
: please go to:
: //www.stat.berkeley.edu/users/statlabs/software.html
: >我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
: 些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
: 做LOWESS，不知道，你有什么高见，
: not stuff 高见
: but you can try this one lumi package:
: //www.bioconductor.org/packages/2.8/bioc/vignettes/lumi/inst/doc/lumi.pdf
|
l**********1
发帖数: 5204 | 7 BAOZI three got
Merci.
and
For your next ask if you had,
you are welcome always.
【在 e****p 的大作中提到】
: lotkaeuler11 牛！
: 非常感谢!!!
|
e****p
发帖数: 354 | 8 俺对BIOINFO之前是一点不通，但老板要做SNP ARRAY，刚自学R一个月，哪位达人知道
如何做LOWESS normalization，有没有什么R code或者例子可以套。。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 R code package:
Earlier
sma package:
FTP//ftp.auckland.ac.nz/pub/software/CRAN/doc/packages/sma.pdf
//www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/Docs/Papers/springer02.Rnw
//statwww.epfl.ch/davison/teaching/Microarrays/lab/normalization_eda.html
later
limma package
//bioconductor.org/packages/2.6/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf
//rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/limma/html/loessfit.html
ps: now almost using limma
please go to
//www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/marray/inst/doc/
marrayNorm.pdf
//stat-www.berkeley.edu/users/sandrine/Docs/Papers/springer02.pdf
PPT slide show:
//classes.soe.ucsc.edu/bme210/Winter04/lectures/Bio210w04-Lect06b-ComputationalNormalization.pdf
【在 e****p 的大作中提到】
: 俺对BIOINFO之前是一点不通，但老板要做SNP ARRAY，刚自学R一个月，哪位达人知道
: 如何做LOWESS normalization，有没有什么R code或者例子可以套。。
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e****p
发帖数: 354 | 10 lotkaeuler11 牛！
非常感谢!!! |
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发帖数: 5204 | 11 De rien
NB:
Not stuff Niu but only met them before you just.
【在 e****p 的大作中提到】
: lotkaeuler11 牛！
: 非常感谢!!!
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发帖数: 5204 | 12 >不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
PACKAGE，或一步步的教材之类的
please go to:
//www.stat.berkeley.edu/users/statlabs/software.html
>我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
做LOWESS，不知道，你有什么高见，
not stuff 高见
but you can try this one lumi package:
//www.bioconductor.org/packages/2.8/bioc/vignettes/lumi/inst/doc/lumi.pdf
or 2011 Edinburgh Univ PhD thesis which used lumi package:
//www.era.lib.ed.ac.uk/handle/1842/5541
full text link:
//www.era.lib.ed.ac.uk/bitstream/1842/5541/2/Brown2011.pdf
NB: if you are satisfied with today's my reply. BAOZI one please
transfer to my mitbbs financial account. W-e-i-b-i 10
RE:
寄信人: eudrup (I am weak, don't kill me)
标 题: 问候
发信站: 未名空间 (Wed Mar 7 19:42:02 2012)
来 源: 76.98.
你好，非常感谢你的关于LOWESS的回复。
我看了你的一些内容，对方法上理解很有帮助，但具体操作改写CODE对我来说还是有难
度，一些别人写复杂一些的CODE我看不太懂，不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
PACKAGE，或一步步的教材之类的，而且我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
做LOWESS，不知道，你有什么高见，请指教，谢谢！ |
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发帖数: 5204 | 13 Continue:
please refer below figure:
cited from upper floor that pdf E book:
its pp9
The S4 method plot can produce the quality control plots of LumiBatch
object. The quality control plots includes: the density plot (Figure 4), box
plot
(Figure ??), pairwise scatter plot between microarrays (Figure 6) or pair
scatter
plot with smoothing (Figure 7)
【在 l**********1 的大作中提到】
: >不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
: PACKAGE，或一步步的教材之类的
: please go to:
: //www.stat.berkeley.edu/users/statlabs/software.html
: >我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
: 些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
: 做LOWESS，不知道，你有什么高见，
: not stuff 高见
: but you can try this one lumi package:
: //www.bioconductor.org/packages/2.8/bioc/vignettes/lumi/inst/doc/lumi.pdf
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【在 e****p 的大作中提到】
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y**********n
发帖数: 478 | 15 library(LPE)
lowess.normalize(x,y) |
