T****i
发帖数: 15191 | 1 现在生物学研究花钱很多，而突破很少，很大的原因是滥用技术进步。很多方向，we
do it, just because we can。比如耗钱的几个方向：large scale，
high throughput （象genomic, GWAS一类的用arrays或next gen等技术的方向，还有
最近出现的metabolomics); large scale, low throughput （象mouse ENU-induced
mutatgenesis，genome wide knockouts)。其实有些项目根本不应该上。象KOMP，要把
每个基因都KO一下，毫无必要。谁研究到什么，就去自己做好了。做了这么个
consortium，以后还要维护，KOMP2要把很多KO ES cell 都做injection。产生的老鼠
要characterize 各种表型，包括各种生理指标。我觉得更无必要。收益跟投资不成正
比。
前一段，很多人建议了KOMP2要做的老鼠，有不少人提出几十个基因。如果一个人对那
么多都感兴趣，说明他不知道哪个重要。我只提了几个与我的项目直接相关的。而且除
了我和少数几个人写了justification，大多数就是把跟自己领域有关的或可能有关的
都列上了。这是试错法的高级形式啊。实际上是思想的懒惰。不过我也是受益者，所以
我也不好说太多。
投资是有机会成本的。用在上述方面的太多了，很多潜在的可能有重大突破的方向就会
被减甚至被砍。 |
P**l
发帖数: 3722 | |
g********n
发帖数: 4054 | |
m******5
发帖数: 1383 | 4 komp很好啊， 让人可以没有心理负担地发阴性结果
【在 T****i 的大作中提到】
: 现在生物学研究花钱很多，而突破很少，很大的原因是滥用技术进步。很多方向，we
: do it, just because we can。比如耗钱的几个方向：large scale，
: high throughput （象genomic, GWAS一类的用arrays或next gen等技术的方向，还有
: 最近出现的metabolomics); large scale, low throughput （象mouse ENU-induced
: mutatgenesis，genome wide knockouts)。其实有些项目根本不应该上。象KOMP，要把
: 每个基因都KO一下，毫无必要。谁研究到什么，就去自己做好了。做了这么个
: consortium，以后还要维护，KOMP2要把很多KO ES cell 都做injection。产生的老鼠
: 要characterize 各种表型，包括各种生理指标。我觉得更无必要。收益跟投资不成正
: 比。
: 前一段，很多人建议了KOMP2要做的老鼠，有不少人提出几十个基因。如果一个人对那
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T****i
发帖数: 15191 | 5 攻关是往深里挖坑，而现在滥用技术是挖很多很浅的坑。只不过以前技术不发达时，用
铁锹挖，现在改用铲车了。就像开采石油一样，有技术你是可以到处挖坑，但你先搞清
楚有多大可能有油再挖好不好。
【在 g********n 的大作中提到】
: 这个在中国叫＂攻关＂！
: 莫畏难哦.
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X***n
发帖数: 366 | 6
【在 T****i 的大作中提到】
: 现在生物学研究花钱很多，而突破很少，很大的原因是滥用技术进步。很多方向，we
: do it, just because we can。比如耗钱的几个方向：large scale，
: high throughput （象genomic, GWAS一类的用arrays或next gen等技术的方向，还有
: 最近出现的metabolomics); large scale, low throughput （象mouse ENU-induced
: mutatgenesis，genome wide knockouts)。其实有些项目根本不应该上。象KOMP，要把
: 每个基因都KO一下，毫无必要。谁研究到什么，就去自己做好了。做了这么个
: consortium，以后还要维护，KOMP2要把很多KO ES cell 都做injection。产生的老鼠
: 要characterize 各种表型，包括各种生理指标。我觉得更无必要。收益跟投资不成正
: 比。
: 前一段，很多人建议了KOMP2要做的老鼠，有不少人提出几十个基因。如果一个人对那
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X***n
发帖数: 366 | 7 技术成熟后，scale up每个基因的边际成本趋近于0. 投资你从哪步算起？从germline-
competent C57BJ/6N的ES cell line算起还是再往前推？再说，没有现在的基础设施建
设，将来多个基因协同作用如何characterize?
现在生物学研究花钱很多，突破少，是因为人家做A我做B的太多了。技术发展本身很快
，是好事。生命问题的复杂性使得对技术进步的需求近乎无止境。而技术进步将大大拉
大两极分化，与其抱怨技术滥用，不如登高望远。
【在 T****i 的大作中提到】
: 现在生物学研究花钱很多，而突破很少，很大的原因是滥用技术进步。很多方向，we
: do it, just because we can。比如耗钱的几个方向：large scale，
: high throughput （象genomic, GWAS一类的用arrays或next gen等技术的方向，还有
: 最近出现的metabolomics); large scale, low throughput （象mouse ENU-induced
: mutatgenesis，genome wide knockouts)。其实有些项目根本不应该上。象KOMP，要把
: 每个基因都KO一下，毫无必要。谁研究到什么，就去自己做好了。做了这么个
: consortium，以后还要维护，KOMP2要把很多KO ES cell 都做injection。产生的老鼠
: 要characterize 各种表型，包括各种生理指标。我觉得更无必要。收益跟投资不成正
: 比。
: 前一段，很多人建议了KOMP2要做的老鼠，有不少人提出几十个基因。如果一个人对那
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T****i
发帖数: 15191 | 8 不说别的，ES cell clone screen, microinjection, 养老鼠，phenotyping，这些减
到一定程度成本不能再少。
还有，告诉你个秘密，就是C57BJ/6N 可能有重大问题，某些基因的mutation 导致的
phenotype 使得用B6N做的KO老鼠对某些领域的研究基本没用。不过我不能细说。NIH正
在研究这个问题，这两年你会看到文章的。以前某领域不少用B6N发的文章，基本都废
了。
至于多个基因协调，靠这类方法，还是只能找找correlation，看看表面现象。还有，
多个基因协调作用要看具体情况。Gene network这种概念非常笼统。你要找的话，很多
基因都可以联系到一起，用不同interaction，比如epistasis, physical interaction
，expression control，post transcriptional and postranslational regulation等
等。但如果不能定量或不把量化信息放进network，就没多少prediction power。比如
physical interaction, Kd=1μM 和 Kd=0.01μM 能一样吗？这个大家都知道差别很大
，但象 Kd=0.2μM 和 Kd＝0.8μM的怎么算？Jonathan Weissman 很多年前在yeast 里
搞了个 whole genome epistasis 研究，产生了很多gene network。很多年过去了，他
后续的工作是靠这个network发现了一两个新gene 的功能，但同时别人靠传统方法也找
到了这些基因的功能啊。所以说，这种large scale high throughput的研究，需要更
多理论研究配合，提高prediction power才有意义。所以我认为，研究多个基因协调，
传统方法可以解决非数量性的问题，而数量性的问题，需要新思维。最近的一些建数学
模型的努力就是一个方向。
germline-
【在 X***n 的大作中提到】
: 技术成熟后，scale up每个基因的边际成本趋近于0. 投资你从哪步算起？从germline-
: competent C57BJ/6N的ES cell line算起还是再往前推？再说，没有现在的基础设施建
: 设，将来多个基因协同作用如何characterize?
: 现在生物学研究花钱很多，突破少，是因为人家做A我做B的太多了。技术发展本身很快
: ，是好事。生命问题的复杂性使得对技术进步的需求近乎无止境。而技术进步将大大拉
: 大两极分化，与其抱怨技术滥用，不如登高望远。
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d***y
发帖数: 8107 | |
T****i
发帖数: 15191 | 10 这个行业都这样了，还大把大把的年轻人要往火坑里跳呢。
【在 d***y 的大作中提到】
: 所以，lz坚持每天劝退吧，呵呵……
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c****n
发帖数: 21367 | 11 what if...
多个基因才能决定一个宏观性态，一个一个KO看到的现象表型是不稳定的
那无论多高的throughput，也赶不上问题复杂度的combinatorial increase啊
【在 T****i 的大作中提到】
: 现在生物学研究花钱很多，而突破很少，很大的原因是滥用技术进步。很多方向，we
: do it, just because we can。比如耗钱的几个方向：large scale，
: high throughput （象genomic, GWAS一类的用arrays或next gen等技术的方向，还有
: 最近出现的metabolomics); large scale, low throughput （象mouse ENU-induced
: mutatgenesis，genome wide knockouts)。其实有些项目根本不应该上。象KOMP，要把
: 每个基因都KO一下，毫无必要。谁研究到什么，就去自己做好了。做了这么个
: consortium，以后还要维护，KOMP2要把很多KO ES cell 都做injection。产生的老鼠
: 要characterize 各种表型，包括各种生理指标。我觉得更无必要。收益跟投资不成正
: 比。
: 前一段，很多人建议了KOMP2要做的老鼠，有不少人提出几十个基因。如果一个人对那
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d***y
发帖数: 8107 | 12 话说哪个行业才是好行业呢？……
【在 T****i 的大作中提到】
: 这个行业都这样了，还大把大把的年轻人要往火坑里跳呢。
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b******n
发帖数: 4225 | 13 对于新一代坑王的这个帖子我还是赞成的
看到science一篇文章，一大牛先在yeast建立一个mutant library
然后两两cross，得到一个double mutant library
极其晕
做这么多不知道接下来能干什么？triple mutant library?
interaction
【在 T****i 的大作中提到】
: 不说别的，ES cell clone screen, microinjection, 养老鼠，phenotyping，这些减
: 到一定程度成本不能再少。
: 还有，告诉你个秘密，就是C57BJ/6N 可能有重大问题，某些基因的mutation 导致的
: phenotype 使得用B6N做的KO老鼠对某些领域的研究基本没用。不过我不能细说。NIH正
: 在研究这个问题，这两年你会看到文章的。以前某领域不少用B6N发的文章，基本都废
: 了。
: 至于多个基因协调，靠这类方法，还是只能找找correlation，看看表面现象。还有，
: 多个基因协调作用要看具体情况。Gene network这种概念非常笼统。你要找的话，很多
: 基因都可以联系到一起，用不同interaction，比如epistasis, physical interaction
: ，expression control，post transcriptional and postranslational regulation等
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Q****1
发帖数: 69 | 14 做完A再做A+，然后A++。。。，繁衍出来的弟子做A++++。以前大学一个国家实验室，
竟然把一个溶菌酶作了30多年，有屁用。
germline-
【在 X***n 的大作中提到】
: 技术成熟后，scale up每个基因的边际成本趋近于0. 投资你从哪步算起？从germline-
: competent C57BJ/6N的ES cell line算起还是再往前推？再说，没有现在的基础设施建
: 设，将来多个基因协同作用如何characterize?
: 现在生物学研究花钱很多，突破少，是因为人家做A我做B的太多了。技术发展本身很快
: ，是好事。生命问题的复杂性使得对技术进步的需求近乎无止境。而技术进步将大大拉
: 大两极分化，与其抱怨技术滥用，不如登高望远。
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s******s
发帖数: 13035 | 15 是做synthetic lethal么？我当年就想过搞个screen的方法，不过
没搞出来。现在大家还是做selection, 都靠robot
【在 b******n 的大作中提到】
: 对于新一代坑王的这个帖子我还是赞成的
: 看到science一篇文章，一大牛先在yeast建立一个mutant library
: 然后两两cross，得到一个double mutant library
: 极其晕
: 做这么多不知道接下来能干什么？triple mutant library?
:
: interaction
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b******n
发帖数: 4225 | 16 就是这个啊，Synthetic lethal反应了一个genetical interaction
不是像酵母双杂交的physical interaction
这里我就说一个缺陷
他们依赖的parent strain，就是一株，
微生物的diversity那可是相当可观（毕竟自然才是最伟大的遗传学家）
所谓同一个species里的不同isolate或者strain基因组差别能达到10%
（所以有的人还说在微生物中species概念靠不住了，炒作pan-genome概念）
于是有的基因的表型在某一个parental strain中通过knockout是永远看不出的
最简单的原因是需要一个partner，而这个partner在用这个parental strain中就没有
【在 s******s 的大作中提到】
: 是做synthetic lethal么？我当年就想过搞个screen的方法，不过
: 没搞出来。现在大家还是做selection, 都靠robot
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F******p
发帖数: 2099 | 17 system biology的一帮人和国内的忽悠院士有得一拼，都是自己整个巨大的lab,烧巨多
的钱，出些读了也白读的CNS paper。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 18 P=NP or not
当前数学界最看中的七个世纪难题:
千僖难题之一：P （多项式算法）问题对NP（非多项式算法）问题
http://www.mitbbs.com/article_t1/Military/37491767_0_6.html
109th floor
得到答案前 涩么都是浮云:
//www.uccs.edu/~bprinari/Papers/MCM54p2087.pdf
【在 F******p 的大作中提到】
: system biology的一帮人和国内的忽悠院士有得一拼，都是自己整个巨大的lab,烧巨多
: 的钱，出些读了也白读的CNS paper。
|
l**********1
发帖数: 5204 | 19 Next Generation Biology
离不开
数论或群论 黎曼空间拓扑几何学在系统生物计算数学中的Data Mining cutting edge
approaches etc 的突破以后带来的量子计算系统的应用 我指加密解密运算几万年的Turing Ssytem
进化到运算几天就能解决的哥德巴赫猜想得到证明后的加密解密计算系统
please refer
[回复]
[ 158 ]
发信人: SwalOlow (飞燕), 信区: Military
标 题: Re: 从哥德巴赫猜想谈民主
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Mar 24 21:18:24 2012, 美东)
我理解的他的意思是这样的，首先，现有的一种常见加密过程是基于把大奇数分解成素数乘积的难度：任给两个素数很
容易相乘，知道乘积和其中一个之后也很容易求出另一个，但两个都不知道的情况下做分解以现有算法需要几万年；而
如果哥德巴赫猜想得到证明，或许可以用类似的原理加密（把大偶数分解成素数之和的难度更大）
http://www.mitbbs.com/article_t1/Military/37491767_0_8.html
or
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/15852903.html
夸克粒子亚原子亚分子显微镜系统的出现
可能利用低温可控核聚变的微小化 同步加速夸克粒子代替电子显微镜的电子的下一代夸克显微镜技术的出现
【在 d***y 的大作中提到】
: 话说哪个行业才是好行业呢？……
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l**********1
发帖数: 5204 | 20 Agree with LZ this opinion.
附加一句
那些个技术都是量变的技术
至于质变的比如 E=mc^2的理论引发的核物理技术的实用化
↓
核裂变原子弹的成功 1945 May
↓
核聚变氢弹的成功
↓
核裂变电站时代的兴起和结束
↓
低温可控核聚变核反应堆
这些个在生物领域没有看到哪怕一例吧
即使有了DNA structure PCR 都是量变的技术
【在 l**********1 的大作中提到】
: P=NP or not
: 当前数学界最看中的七个世纪难题:
: 千僖难题之一：P （多项式算法）问题对NP（非多项式算法）问题
: http://www.mitbbs.com/article_t1/Military/37491767_0_6.html
: 109th floor
: 得到答案前 涩么都是浮云:
: //www.uccs.edu/~bprinari/Papers/MCM54p2087.pdf
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D*a
发帖数: 6830 | 21 那些你看不上的文章，在你挑各个公司的anti protein ABC antibody等的时候不也挺
有用的。
如果生物学什么结果都能predict了，那还做实验干嘛。
好的实验设计不是每次都能做出来预期结果，而是做出来的结果跟预期相比，不管符合
不符合都能指导下一步的探索。 |
b******s
发帖数: 1089 | 22 但是实际上对那些方向有潜在的突破，从整个science领域看，很多人都有各自不同的
观点。
提前预测很多时候很难，甚至不可能。
【在 T****i 的大作中提到】
: 现在生物学研究花钱很多，而突破很少，很大的原因是滥用技术进步。很多方向，we
: do it, just because we can。比如耗钱的几个方向：large scale，
: high throughput （象genomic, GWAS一类的用arrays或next gen等技术的方向，还有
: 最近出现的metabolomics); large scale, low throughput （象mouse ENU-induced
: mutatgenesis，genome wide knockouts)。其实有些项目根本不应该上。象KOMP，要把
: 每个基因都KO一下，毫无必要。谁研究到什么，就去自己做好了。做了这么个
: consortium，以后还要维护，KOMP2要把很多KO ES cell 都做injection。产生的老鼠
: 要characterize 各种表型，包括各种生理指标。我觉得更无必要。收益跟投资不成正
: 比。
: 前一段，很多人建议了KOMP2要做的老鼠，有不少人提出几十个基因。如果一个人对那
|
D*a
发帖数: 6830 | 23 最近听到有人在发展等离子汽化秸秆技术。温度足够高直接变成可燃气体。环保而且利
用率高。这个貌似已经商业推广了。
聚变裂变应用也不光是原子弹和发电站，很多很多其他学科和商业应用。
【在 l**********1 的大作中提到】
: Agree with LZ this opinion.
: 附加一句
: 那些个技术都是量变的技术
: 至于质变的比如 E=mc^2的理论引发的核物理技术的实用化
: ↓
: 核裂变原子弹的成功 1945 May
: ↓
: 核聚变氢弹的成功
: ↓
: 核裂变电站时代的兴起和结束
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l**********1
发帖数: 5204 | 24 Sure.
Superconductor work progresses for Iter
21 March 2012
//www.world-nuclear-news.org/NN_Superconductor_work_progresses_for_ITER_
210312a.html
//www.iter.org/fr/accueil
【在 D*a 的大作中提到】
: 最近听到有人在发展等离子汽化秸秆技术。温度足够高直接变成可燃气体。环保而且利
: 用率高。这个貌似已经商业推广了。
: 聚变裂变应用也不光是原子弹和发电站，很多很多其他学科和商业应用。
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