x******a
发帖数: 143 | 1 Drosophila, 有几个candidate genes，想预测3UTR 上的miRNA targets。试了几个
program（miranda，pita）但是结果都很大不同，而且用script run出来的和网页上现
成的也不一样。自己跑script 给出来的结果很多，不知道什么是合适的cut off。我主
要想比较sister species的difference，所以不想强调conservation。
不知道有没有大侠有没有经验，指点我一下，我没有任何mirna的经验，只是在狂读
paper。
还有就是想看gonad tissues的miRNA profile，好结合起来predict这几个基因是ovary
/testis-specific express) 上可能的functional targets。没有找到现成的文章，找
到了一些sra上的illumina data，modencode的还有没有发表文章吧。我只是相看看表
达水平，试了miRExpress，最后一步怎么都不没法让它work，其它的程序好像看起来很
麻烦，主要目的都是novel miRNA discovery， 要先map到genome上去，不知道有没有
简单的程序只是分析看已知miRNA表达的呢。
多谢多谢～ |
l**********1
发帖数: 5204 | 2 用David
//david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
把Drosophila, 几个candidate genes Illumina probeID 转换成 Affymetrix ID
then try piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene expression data
FTP//ftp.aarnet.edu.au/pub/bioconductor/packages/2.8/Drosophila_melanogaster.html
Reference link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20022248
key description:
>
Selective Production of 3’-UTR-Directed piRNAs
from Gonadal mRNAs
We next assayed the relationship of piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene expression data from OSS cells (this study)
and
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19541914
more please go to
//www.bio.brandeis.edu/laulab/Pubs_protocols.html
>Protocols
>
Small RNA Library Construction for Illumina GAII platform.
>
Quick Q-column Chromatography Isolation of Argonaute and Piwi Complexes.
ovary
【在 x******a 的大作中提到】
: Drosophila, 有几个candidate genes，想预测3UTR 上的miRNA targets。试了几个
: program（miranda，pita）但是结果都很大不同，而且用script run出来的和网页上现
: 成的也不一样。自己跑script 给出来的结果很多，不知道什么是合适的cut off。我主
: 要想比较sister species的difference，所以不想强调conservation。
: 不知道有没有大侠有没有经验，指点我一下，我没有任何mirna的经验，只是在狂读
: paper。
: 还有就是想看gonad tissues的miRNA profile，好结合起来predict这几个基因是ovary
: /testis-specific express) 上可能的functional targets。没有找到现成的文章，找
: 到了一些sra上的illumina data，modencode的还有没有发表文章吧。我只是相看看表
: 达水平，试了miRExpress，最后一步怎么都不没法让它work，其它的程序好像看起来很
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x******a
发帖数: 143 | 3 太感激了！！我研究研究怎么弄去
melanogaster.html
【在 l**********1 的大作中提到】
: 用David
: //david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
: 把Drosophila, 几个candidate genes Illumina probeID 转换成 Affymetrix ID
: then try piRNA-producing transcripts
: with Affymetrix gene expression data
: FTP//ftp.aarnet.edu.au/pub/bioconductor/packages/2.8/Drosophila_melanogaster.html
: Reference link:
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20022248
: key description:
: >
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l**********1
发帖数: 5204 | 4 De rien.
【在 x******a 的大作中提到】
: 太感激了！！我研究研究怎么弄去
:
: melanogaster.html
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