x******a 发帖数: 143 | 1 Drosophila, 有几个candidate genes,想预测3UTR 上的miRNA targets。试了几个
program(miranda,pita)但是结果都很大不同,而且用script run出来的和网页上现
成的也不一样。自己跑script 给出来的结果很多,不知道什么是合适的cut off。我主
要想比较sister species的difference,所以不想强调conservation。
不知道有没有大侠有没有经验,指点我一下,我没有任何mirna的经验,只是在狂读
paper。
还有就是想看gonad tissues的miRNA profile,好结合起来predict这几个基因是ovary
/testis-specific express) 上可能的functional targets。没有找到现成的文章,找
到了一些sra上的illumina data,modencode的还有没有发表文章吧。我只是相看看表
达水平,试了miRExpress,最后一步怎么都不没法让它work,其它的程序好像看起来很
麻烦,主要目的都是novel miRNA discovery, 要先map到genome上去,不知道有没有
简单的程序只是分析看已知miRNA表达的呢。
多谢多谢~ |
l**********1 发帖数: 5204 | 2 用David
//david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
把Drosophila, 几个candidate genes Illumina probeID 转换成 Affymetrix ID
then try piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene expression data
FTP//ftp.aarnet.edu.au/pub/bioconductor/packages/2.8/Drosophila_melanogaster.html
Reference link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20022248
key description:
>
Selective Production of 3’-UTR-Directed piRNAs
from Gonadal mRNAs
We next assayed the relationship of piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene expression data from OSS cells (this study)
and
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19541914
more please go to
//www.bio.brandeis.edu/laulab/Pubs_protocols.html
>Protocols
>
Small RNA Library Construction for Illumina GAII platform.
>
Quick Q-column Chromatography Isolation of Argonaute and Piwi Complexes.
ovary
【在 x******a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Drosophila, 有几个candidate genes,想预测3UTR 上的miRNA targets。试了几个 : program(miranda,pita)但是结果都很大不同,而且用script run出来的和网页上现 : 成的也不一样。自己跑script 给出来的结果很多,不知道什么是合适的cut off。我主 : 要想比较sister species的difference,所以不想强调conservation。 : 不知道有没有大侠有没有经验,指点我一下,我没有任何mirna的经验,只是在狂读 : paper。 : 还有就是想看gonad tissues的miRNA profile,好结合起来predict这几个基因是ovary : /testis-specific express) 上可能的functional targets。没有找到现成的文章,找 : 到了一些sra上的illumina data,modencode的还有没有发表文章吧。我只是相看看表 : 达水平,试了miRExpress,最后一步怎么都不没法让它work,其它的程序好像看起来很
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x******a 发帖数: 143 | 3 太感激了!!我研究研究怎么弄去
melanogaster.html
【在 l**********1 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 用David : //david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp : 把Drosophila, 几个candidate genes Illumina probeID 转换成 Affymetrix ID : then try piRNA-producing transcripts : with Affymetrix gene expression data : FTP//ftp.aarnet.edu.au/pub/bioconductor/packages/2.8/Drosophila_melanogaster.html : Reference link: : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20022248 : key description: : >
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l**********1 发帖数: 5204 | 4 De rien.
【在 x******a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 太感激了!!我研究研究怎么弄去 : : melanogaster.html
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