z****g
发帖数: 972 | 1 想知道yeast所有ORF(>5000个)里面哪些ORF序列含有某些特定的restriction site, 比
如说GGTACC，除了一个一个的查，有没有online工具可以用类似于blast这种方法的？
对了，已经试过yeastgenome.org里面的Annotate Restriction Sites，不工作。 |
b******n
发帖数: 4225 | 2 好像有个pattern search
你可以找找看
【在 z****g 的大作中提到】
: 想知道yeast所有ORF(>5000个)里面哪些ORF序列含有某些特定的restriction site, 比
: 如说GGTACC，除了一个一个的查，有没有online工具可以用类似于blast这种方法的？
: 对了，已经试过yeastgenome.org里面的Annotate Restriction Sites，不工作。
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 楼主
试下这个
//www-personal.umich.edu/~jianghui/seqmap/
from 2012 one paper
Identification of a binding motif specific to HNF4 by comparative analysis
of multiple nuclear receptors
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22383578
and
//bioinformatics.oxfordjournals.org/content/24/20/2395.short
Articles citing this article
Identification of a binding motif specific to HNF4 by comparative analysis
of multiple nuclear receptors
Nucleic Acids Res (2012) 0(2012): gks190v1-gks190
AbstractFull Text (HTML)Full Text (PDF)
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SeqMap - A Tool For Mapping Millions Of Short Sequences To The Genome
Updates
(These are the major updates only, for all revisions, see HISTORY.txt)
Aug 20, 2008 - SeqMap 1.0.8 changed quite a lot to improve user experiences.
more pls go to
//www.stanford.edu/group/wonglab/software.html
or
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31569333.html
11th floor
【在 z****g 的大作中提到】
: 想知道yeast所有ORF(>5000个)里面哪些ORF序列含有某些特定的restriction site, 比
: 如说GGTACC，除了一个一个的查，有没有online工具可以用类似于blast这种方法的？
: 对了，已经试过yeastgenome.org里面的Annotate Restriction Sites，不工作。
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z****g
发帖数: 972 | 4 用你的hint，搞定了。
具体叫Yeast Genome Pattern Matching
http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/PATMATCH/nph-patmatch
可以在ORF里面找。
【在 b******n 的大作中提到】
: 好像有个pattern search
: 你可以找找看
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