b******n
发帖数: 4225 | 1 的弟子了
2012的ASM年会上听了讲座，这个故事老早就听说了，不过第一次看到他present
牛人（或者疯子）Richard Lenski现在已经将E.coli传了55,000代来研究进化
牛人弟子重复其中大概从30,000到35,000代中一个性状的出现
也就是重复传了5000代E.coli |
a***r
发帖数: 58 | |
P******r
发帖数: 966 | 3 高中生绰绰有余了。
【在 b******n 的大作中提到】
: 的弟子了
: 2012的ASM年会上听了讲座，这个故事老早就听说了，不过第一次看到他present
: 牛人（或者疯子）Richard Lenski现在已经将E.coli传了55,000代来研究进化
: 牛人弟子重复其中大概从30,000到35,000代中一个性状的出现
: 也就是重复传了5000代E.coli
|
D*a
发帖数: 6830 | |
k****o
发帖数: 589 | 5 生物果然是体力活
不过图片里不是国人或三哥倒是有些意外。 |
F*Q
发帖数: 3259 | 6 他们那种工作有第三方的验证么？如果缺乏独立的验证，是不是可能成为皇帝的新衣一
样？
【在 b******n 的大作中提到】
: 的弟子了
: 2012的ASM年会上听了讲座，这个故事老早就听说了，不过第一次看到他present
: 牛人（或者疯子）Richard Lenski现在已经将E.coli传了55,000代来研究进化
: 牛人弟子重复其中大概从30,000到35,000代中一个性状的出现
: 也就是重复传了5000代E.coli
|
C**S
发帖数: 522 | 7 按doubling time 30分钟算，理论上5000代也就100天。
【在 b******n 的大作中提到】
: 的弟子了
: 2012的ASM年会上听了讲座，这个故事老早就听说了，不过第一次看到他present
: 牛人（或者疯子）Richard Lenski现在已经将E.coli传了55,000代来研究进化
: 牛人弟子重复其中大概从30,000到35,000代中一个性状的出现
: 也就是重复传了5000代E.coli
|
n********k
发帖数: 2818 | 8 Holy cow, I need to know more of the story....That's my dream experiment
with Yeast, and looking for a postdoc at the time, I was talking about this
7 ys ago with David Kingsley at a developmental biology meeting
【在 b******n 的大作中提到】
: 的弟子了
: 2012的ASM年会上听了讲座，这个故事老早就听说了，不过第一次看到他present
: 牛人（或者疯子）Richard Lenski现在已经将E.coli传了55,000代来研究进化
: 牛人弟子重复其中大概从30,000到35,000代中一个性状的出现
: 也就是重复传了5000代E.coli
|
O******e
发帖数: 4845 | 9 David Kingsley ....
this
【在 n********k 的大作中提到】
: Holy cow, I need to know more of the story....That's my dream experiment
: with Yeast, and looking for a postdoc at the time, I was talking about this
: 7 ys ago with David Kingsley at a developmental biology meeting
|
I***a
发帖数: 13467 | 10 Maybe All This
by Wislawa Szymborska
Maybe all this
is happening in some lab?
Under one lamp by day
and billions by night?
Maybe we're experimental generations?
Poured from one vial to the next,
shaken in test tubes,
not scrutinized by eyes alone,
each of us separately
plucked up by tweezers in the end?
Or maybe it's more like this:
No interference?
The changes occur on their own
according to plan?
The graph's needle slowly etches
its predictable zigzags?
Maybe thus far we aren't of much interest?
The control monitors aren't usually plugged in?
Only for wars, preferably large ones,
for the odd ascent above our clump of Earth,
for major migrations from point A to B?
Maybe just the opposite:
They've got a taste for trivia up there?
Look! on the big screen a little girl
is sewing a button on her sleeve.
The radar shrieks,
the staff comes at a run.
What a darling little being
with its tiny heart beating inside it!
How sweet, its solemn
threading of the needle!
Someone cries enraptured:
Get the Boss,
tell him he's got to see this for himself!
Translated, from the Polish, by Stanislaw Baranczak and Clare Cavanagh |
|
|
n********k
发帖数: 2818 | 11 Yes, any problem! .we talked at a desk in a hallroom for over an hour. In
between several cows pass by including Gail Martin who wanted to chat with
him, I felt so good about it..it was a best time the last year I was in
graduate school, reading all kind of stuff and having all kind of crazy
ideas--P knows how that goes:)); Eventually Gail interrupted us saying she
had to talk to him briefly and then we talked on until 11pm like that the
door was closing down...It was all great experience; He is so smart and
seems so nice and mentoring...but I wasn't quite ready and never ends up to
apply to his lab though...
【在 O******e 的大作中提到】
: David Kingsley ....
:
: this
|
n********k
发帖数: 2818 | 12 BTW, I like this a lot from his lab and tried to ask my boss to do it for 6
ys and eventually she started this year...I will try to do it in my own
group if I could
http://kingsley.stanford.edu/BOTW_excel.html
A great collection of topics
to
【在 n********k 的大作中提到】
: Yes, any problem! .we talked at a desk in a hallroom for over an hour. In
: between several cows pass by including Gail Martin who wanted to chat with
: him, I felt so good about it..it was a best time the last year I was in
: graduate school, reading all kind of stuff and having all kind of crazy
: ideas--P knows how that goes:)); Eventually Gail interrupted us saying she
: had to talk to him briefly and then we talked on until 11pm like that the
: door was closing down...It was all great experience; He is so smart and
: seems so nice and mentoring...but I wasn't quite ready and never ends up to
: apply to his lab though...
|
O******e
发帖数: 4845 | 13 No. He is good. Great, actually.
He should be the best postdoc they'd ever had ....
to
【在 n********k 的大作中提到】
: Yes, any problem! .we talked at a desk in a hallroom for over an hour. In
: between several cows pass by including Gail Martin who wanted to chat with
: him, I felt so good about it..it was a best time the last year I was in
: graduate school, reading all kind of stuff and having all kind of crazy
: ideas--P knows how that goes:)); Eventually Gail interrupted us saying she
: had to talk to him briefly and then we talked on until 11pm like that the
: door was closing down...It was all great experience; He is so smart and
: seems so nice and mentoring...but I wasn't quite ready and never ends up to
: apply to his lab though...
|
n********k
发帖数: 2818 | 14 So he was trained with Neal Copeland? Using today's standard, David wouldn't
even be able to get an interview with such poor records from his postdoc
training up to his AP year:)
【在 O******e 的大作中提到】
: No. He is good. Great, actually.
: He should be the best postdoc they'd ever had ....
:
: to
|
O******e
发帖数: 4845 | 15 Yes, he was their postdoc. Back then, everything was different.
I wish I could be half as good as he is ....
't
【在 n********k 的大作中提到】
: So he was trained with Neal Copeland? Using today's standard, David wouldn't
: even be able to get an interview with such poor records from his postdoc
: training up to his AP year:)
|
a***y
发帖数: 19743 | 16 哦？几周前才听他讲过了。
【在 b******n 的大作中提到】
: 的弟子了
: 2012的ASM年会上听了讲座，这个故事老早就听说了，不过第一次看到他present
: 牛人（或者疯子）Richard Lenski现在已经将E.coli传了55,000代来研究进化
: 牛人弟子重复其中大概从30,000到35,000代中一个性状的出现
: 也就是重复传了5000代E.coli
|
b******n
发帖数: 4225 | 17 一天按6代算的，呵呵
【在 C**S 的大作中提到】
: 按doubling time 30分钟算，理论上5000代也就100天。
|
b******n
发帖数: 4225 | 18 不知道你的想法是啥，不过Richard Lenski现在跟人合作做电子生命的进化
也就是在计算机上模拟生物进化
this
【在 n********k 的大作中提到】
: Holy cow, I need to know more of the story....That's my dream experiment
: with Yeast, and looking for a postdoc at the time, I was talking about this
: 7 ys ago with David Kingsley at a developmental biology meeting
|
b******n
发帖数: 4225 | 19 呵呵，现在Zachary Blount是那种功成名就的感觉了
到处开会宣传自己的成就了
其实这文章2008年就发到PNAS了
【在 a***y 的大作中提到】
: 哦？几周前才听他讲过了。
|
n********k
发帖数: 2818 | 20 I was thinking with yeast, can we direct evolution with or without
selection pressure, can epigenetics eventually stablize and become genetic..
.电子生命的进化, how?
BTW, do you have the paper link for the above mentioned study, or it is
still going?
【在 b******n 的大作中提到】
: 不知道你的想法是啥，不过Richard Lenski现在跟人合作做电子生命的进化
: 也就是在计算机上模拟生物进化
:
: this
|
|
|
b******n
发帖数: 4225 | 21 http://myxo.css.msu.edu/ResearchInterests.html
http://myxo.css.msu.edu/Publications.html
..
【在 n********k 的大作中提到】
: I was thinking with yeast, can we direct evolution with or without
: selection pressure, can epigenetics eventually stablize and become genetic..
: .电子生命的进化, how?
: BTW, do you have the paper link for the above mentioned study, or it is
: still going?
|
f**u
发帖数: 346 | 22 不是很理解你为什么会像在yeast里面重复这个试验。
Lenski是从1980年代末期开始的传代，每天一传，风雨无阻。
这种long term lab evolution最近似乎热起来了，我知道有用果蝇做的，结果挺有意
思。
果蝇跟细菌最大的不同是他是二倍体有性生殖，这个对进化的影响太大了。
所以用果蝇在做一次又很大意义。我觉得你如果用yeast再做一遍，意义恐怕有限。
当然如果坚持五年，一片Nature文章估计还是肯定的。
还有我觉得这样的实验很可能有人在搞了。
this
【在 n********k 的大作中提到】
: Holy cow, I need to know more of the story....That's my dream experiment
: with Yeast, and looking for a postdoc at the time, I was talking about this
: 7 ys ago with David Kingsley at a developmental biology meeting
|
n********k
发帖数: 2818 | 23 那时候我对这压根不懂（现在也不是很懂），就是什么都看，然后问逮住猛想，那种闭
门造册的搞法，还真想出了不少，但上网一查，90%有人做，或者正在进行是，包括
NANO金烧死癌症细胞，包括预测肿瘤细胞抗性产生（两年之后看见那个CELL文章很是让
我激动，还有一个关于miRNA的上调作用，也是一年之后看到ＳＣＩＥＮＣＥ文章），
进化这个也是其中之一，不过我的当时想的搞法与他这个是又出别的，我还想TEST一下
，包括压力选择，包括NOISE EXPANSION等等吧，找博后那一年读了巨多东西，而且又
是很短时间内，我基本上把TOP学校，HHMI等网站看了个遍，所以脑子一团浆，IDEA也
是互撞，也就产生了一些还不错的想法，其实挺还念那段日子。david 愿意同我谈那么
久，肯定也有这方面原因，当时的想法就是一定要做大，脑子里充满了荒谬的想法，我
面试对我老板说，如果我要是到你这只发PNAS一类的文章，我是不会考虑来了（PNAS是
我老板博后最好的文章，当时）。后来搞得有点像我面试她了，不过最后因为一个很
CRAZY幼稚的IDEA来了这里，几年没机会碰，但等有机会，才发现是一个无解的问题，
至少目前，问题是个大问题，本版也讨论过，在转录方向上也算是一个HOLY GRAIL了！
当时就觉得做出来，一辈子就是条牛了，不成想全世界人都在想呢，幼齿啊。幸亏结局
来这也不是很差，老板整体上海过的去。
【在 f**u 的大作中提到】
: 不是很理解你为什么会像在yeast里面重复这个试验。
: Lenski是从1980年代末期开始的传代，每天一传，风雨无阻。
: 这种long term lab evolution最近似乎热起来了，我知道有用果蝇做的，结果挺有意
: 思。
: 果蝇跟细菌最大的不同是他是二倍体有性生殖，这个对进化的影响太大了。
: 所以用果蝇在做一次又很大意义。我觉得你如果用yeast再做一遍，意义恐怕有限。
: 当然如果坚持五年，一片Nature文章估计还是肯定的。
: 还有我觉得这样的实验很可能有人在搞了。
:
: this
|
b******n
发帖数: 4225 | 24 其实到了博后阶段，一般都是想法多得自己都没法做完
所以开会的时候一个mentor说的话我觉得很有意思
就是要学会怎么让比你聪明的人work for you
，
【在 n********k 的大作中提到】
: 那时候我对这压根不懂（现在也不是很懂），就是什么都看，然后问逮住猛想，那种闭
: 门造册的搞法，还真想出了不少，但上网一查，90%有人做，或者正在进行是，包括
: NANO金烧死癌症细胞，包括预测肿瘤细胞抗性产生（两年之后看见那个CELL文章很是让
: 我激动，还有一个关于miRNA的上调作用，也是一年之后看到ＳＣＩＥＮＣＥ文章），
: 进化这个也是其中之一，不过我的当时想的搞法与他这个是又出别的，我还想TEST一下
: ，包括压力选择，包括NOISE EXPANSION等等吧，找博后那一年读了巨多东西，而且又
: 是很短时间内，我基本上把TOP学校，HHMI等网站看了个遍，所以脑子一团浆，IDEA也
: 是互撞，也就产生了一些还不错的想法，其实挺还念那段日子。david 愿意同我谈那么
: 久，肯定也有这方面原因，当时的想法就是一定要做大，脑子里充满了荒谬的想法，我
: 面试对我老板说，如果我要是到你这只发PNAS一类的文章，我是不会考虑来了（PNAS是
|
n********k
发帖数: 2818 | 25 比较不容易，但是的确有操作性，尤其是有本科生或学生多，老板又不够HANDSOn的实
验室，除了头两年，我其实也是一直都有自己的技术员什么的。不过还是有自己的实验
室比较好，能放开手脚干。。。博后有太多各种各样的顾虑。。。
【在 b******n 的大作中提到】
: 其实到了博后阶段，一般都是想法多得自己都没法做完
: 所以开会的时候一个mentor说的话我觉得很有意思
: 就是要学会怎么让比你聪明的人work for you
:
: ，
|
n******7
发帖数: 12463 | 26 ...
我是没有这个耐心了
要我做我最多做一些实验 采集一些数据 来拟合参数 突变，重组率什么的
然后就让电脑模拟了，想怎么搞都可以，还方便trace back |
f**u
发帖数: 346 | 27 看来不少人都经历过idea满脑子费的阶段。
不过你提到yeast做long term evolution，我倒是觉得可以比较有性和无性生殖。
yeast这两种都有，这个如果可以做并行对比的话应该可以得到不少的有意思的结果。
，
【在 n********k 的大作中提到】
: 那时候我对这压根不懂（现在也不是很懂），就是什么都看，然后问逮住猛想，那种闭
: 门造册的搞法，还真想出了不少，但上网一查，90%有人做，或者正在进行是，包括
: NANO金烧死癌症细胞，包括预测肿瘤细胞抗性产生（两年之后看见那个CELL文章很是让
: 我激动，还有一个关于miRNA的上调作用，也是一年之后看到ＳＣＩＥＮＣＥ文章），
: 进化这个也是其中之一，不过我的当时想的搞法与他这个是又出别的，我还想TEST一下
: ，包括压力选择，包括NOISE EXPANSION等等吧，找博后那一年读了巨多东西，而且又
: 是很短时间内，我基本上把TOP学校，HHMI等网站看了个遍，所以脑子一团浆，IDEA也
: 是互撞，也就产生了一些还不错的想法，其实挺还念那段日子。david 愿意同我谈那么
: 久，肯定也有这方面原因，当时的想法就是一定要做大，脑子里充满了荒谬的想法，我
: 面试对我老板说，如果我要是到你这只发PNAS一类的文章，我是不会考虑来了（PNAS是
|
c**********r
发帖数: 2372 | |
n********k
发帖数: 2818 | 29 是呀，所以才叫Idea is cheap...关键是对于自己的可操性！
恩，这个得能较好控制有性或无形才行，不是很懂YEAST的说。
其实，YEAST倒是个大规模做AGING可能机制的不错的体系，听过一个讲座，SEATTLE的
那个，巨牛X，发展了很简单但又及巨操作性的体系，不过一开始的工作真是巨无脑工
作量巨大，整天显微镜下抓排细胞，看分裂无数代，能做这种实验的人都是牛人，都真
的有点VISION和STUPIDITY。文章不知道发了没，不知道有没有人开始在FIBROBLAST等
上坐不！
【在 f**u 的大作中提到】
: 看来不少人都经历过idea满脑子费的阶段。
: 不过你提到yeast做long term evolution，我倒是觉得可以比较有性和无性生殖。
: yeast这两种都有，这个如果可以做并行对比的话应该可以得到不少的有意思的结果。
:
: ，
|
b******n
发帖数: 4225 | 30 对的，要想出来的是在自己能实现的范围内最有意义的工作
可操作性以及significance都很重要
【在 n********k 的大作中提到】
: 是呀，所以才叫Idea is cheap...关键是对于自己的可操性！
: 恩，这个得能较好控制有性或无形才行，不是很懂YEAST的说。
: 其实，YEAST倒是个大规模做AGING可能机制的不错的体系，听过一个讲座，SEATTLE的
: 那个，巨牛X，发展了很简单但又及巨操作性的体系，不过一开始的工作真是巨无脑工
: 作量巨大，整天显微镜下抓排细胞，看分裂无数代，能做这种实验的人都是牛人，都真
: 的有点VISION和STUPIDITY。文章不知道发了没，不知道有没有人开始在FIBROBLAST等
: 上坐不！
|
|
|
k****o
发帖数: 589 | 31 做这样的实验从经济角度来看花销多大？一个RO1水平的经费能不能撑住？ |
l**********1
发帖数: 5204 | 32 if originally omitted below attached figure shown right pathway
then no way can bet below report:
Levy SF et al.(2012)
Bet hedging in yeast by heterogeneous, age-correlated expression of a stress
protectant.
PLoS Biol. 10: e1001325.
Abstract
Genetically identical cells grown in the same culture display striking cell-
to-cell heterogeneity in gene expression and other traits. A crucial
challenge is to understand how much of this heterogeneity reflects the noise
tolerance of a robust system and how much serves a biological function. In
bacteria, stochastic gene expression results in cell-to-cell heterogeneity
that might serve as a bet-hedging mechanism, allowing a few cells to survive
through an antimicrobial treatment while others perish. Despite its
clinical importance, the molecular mechanisms underlying bet hedging remain
unclear. Here, we investigate the mechanisms of bet hedging in Saccharomyces
cerevisiae using a new high-throughput microscopy assay that monitors
variable protein expression, morphology, growth rate, and survival outcomes
of tens of thousands of yeast microcolonies simultaneously. We find that
clonal populations display broad distributions of growth rates and that slow
growth predicts resistance to heat killing in a probabalistic manner. We
identify several gene products that are likely to play a role in bet hedging
and confirm that Tsl1, a trehalose-synthesis regulator, is an important
component of this resistance. Tsl1 abundance correlates with growth rate and
replicative age and predicts survival. Our results suggest that yeast bet
hedging results from multiple epigenetic growth states determined by a
combination of stochastic and deterministic factors.
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22589700
ps: attached figure from
Strohman RC (1997)
The coming Kuhnian revolution in biology.
Nat Biotechnol. 15: 194-200.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9062910
//bialystocker.net/files/kuhn.pdf
---
[ 30 ]
发信人: bulletin (bulletin), 信区: Biology
标 题: Re: 见到了传说中的牛人
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jun 22 13:33:22 2012, 美东)
对的，要想出来的是在自己能实现的范围内最有意义的工作
可操作性以及significance都很重要
【在 n********k 的大作中提到】
: 是呀，所以才叫Idea is cheap...关键是对于自己的可操性！
: 恩，这个得能较好控制有性或无形才行，不是很懂YEAST的说。
: 其实，YEAST倒是个大规模做AGING可能机制的不错的体系，听过一个讲座，SEATTLE的
: 那个，巨牛X，发展了很简单但又及巨操作性的体系，不过一开始的工作真是巨无脑工
: 作量巨大，整天显微镜下抓排细胞，看分裂无数代，能做这种实验的人都是牛人，都真
: 的有点VISION和STUPIDITY。文章不知道发了没，不知道有没有人开始在FIBROBLAST等
: 上坐不！
|
u**********d
发帖数: 573 | 33 真爽，不用杀老鼠。
【在 b******n 的大作中提到】
: 的弟子了
: 2012的ASM年会上听了讲座，这个故事老早就听说了，不过第一次看到他present
: 牛人（或者疯子）Richard Lenski现在已经将E.coli传了55,000代来研究进化
: 牛人弟子重复其中大概从30,000到35,000代中一个性状的出现
: 也就是重复传了5000代E.coli
|
y**s
发帖数: 6809 | 34 啊，我也去了asm....
【在 b******n 的大作中提到】
: 的弟子了
: 2012的ASM年会上听了讲座，这个故事老早就听说了，不过第一次看到他present
: 牛人（或者疯子）Richard Lenski现在已经将E.coli传了55,000代来研究进化
: 牛人弟子重复其中大概从30,000到35,000代中一个性状的出现
: 也就是重复传了5000代E.coli
|
