K**4
发帖数: 1015 | 1 很想买本书学习一下 evolution or organismal biology
请问有什么比较经典的吗，
或者可以做教科书的
最好是分子进化相关的？？ |
G***y
发帖数: 1082 | 2 Molecular Evolution by Wen-Hsiung Li is a good one.
【在 K**4 的大作中提到】
: 很想买本书学习一下 evolution or organismal biology
: 请问有什么比较经典的吗，
: 或者可以做教科书的
: 最好是分子进化相关的？？
|
K**4
发帖数: 1015 | 3 和Nei的比，哪一个更好呢？
Molecular Evolution and Phylogenetics [Paperback]
Masatoshi Nei (Author), Sudhir Kumar (Author)
【在 G***y 的大作中提到】
: Molecular Evolution by Wen-Hsiung Li is a good one.
|
G***y
发帖数: 1082 | 4 I haven't read Nei and Kumar's book. Judging from the TOC there seems to be
a heavier emphasis on phylogenetic analysis than Li's.
【在 K**4 的大作中提到】
: 和Nei的比，哪一个更好呢？
: Molecular Evolution and Phylogenetics [Paperback]
: Masatoshi Nei (Author), Sudhir Kumar (Author)
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l**********1
发帖数: 5204 | 5 Here you go
Transformed Cladistics, Taxonomy and Evolution [Hardcover]
N. R. Scott-Ram (Author)
//www.amazon.com/Transformed-Cladistics-Taxonomy-Evolution-Scott-Ram/dp/
0521340861
GoogleBook link:
//books.google.fr/books?hl=fr&lr=&id=dCFf2bb-nWsC&oi=fnd&pg=PP1&dq=
Transformed+Cladistics,+Taxonomy+and+Evolution+N.+R.+Scott-Ram&ots=wQZTEYxfG
-&sig=xqKSZ5Cn0xT3b6GWS96ynNT9tAk#v=onepage&q=Transformed%20Cladistics%2C%
20Taxonomy%20and%20Evolution%20N.%20R.%20Scott-Ram&f=false
or
Panchen, A. L. (1992).
Classification, evolution, and the nature of biology.
//www.amazon.com/Classification-Evolution-Nature-Biology-Panchen/dp/
0521315786
GoogleBook link:
//books.google.fr/books?hl=fr&lr=&id=r-6SFNkjqKAC&oi=fnd&pg=PR11&dq=
Classification,+evolution,+and+the+nature+of+biology&ots=FLxAWlW0kb&sig=
X9LqWq-DBlgOu3cg4zjcOJKqlcc#v=onepage&q=Classification%2C%20evolution%2C%
20and%20the%20nature%20of%20biology&f=false
both were from
参考读物 on one blog:
link:
//dddnibelungen.wordpress.com/category/生命简史/
系统分类志
四月 20, 2012 at 2:16 pm
系统分类志
尼伯龙根·蜗藤
描述脊椎动物的历史，最重要的一件事就是构建出脊椎动物进化的历程。具体一点，就
是我们要搞清楚，历史上存在过的什么生物，它们和现存的生物之间有什么关系，它们
之间如何承传，又如何分化。这在生物学上叫做系统学（systematics）。在传统上，
系统学和分类学（taxonomy）密不可分
达尔文之前的分类学
ignored
Ps.
also plus this ppt online lecture (now conveted to pdf format already)
link:
//petang.cgu.edu.tw/Bioinfomatics/Lecture/Hippo2010/20101107_Phylip.pdf
【在 K**4 的大作中提到】
: 很想买本书学习一下 evolution or organismal biology
: 请问有什么比较经典的吗，
: 或者可以做教科书的
: 最好是分子进化相关的？？
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l**********1
发帖数: 5204 | 6 Cont:
支序分类学和传统进化分类学的分歧
key point:
人是什么动物进化而来的呢？在支序分类学的体系下是没有答案的。我们肯定人和黑猩
猩有一个共同祖先（不然人从哪里来呢）。但是如果你真的找到一种猿（猿A）的化石
，它的位置正好处于黑猩猩和大猩猩之间。你却不能把它称为人和黑猩猩的祖先。按照
支序分类学的做法，就应该在大猩猩和黑猩猩之间在画出一个分支，把猿A加上去，然
后把猿A称为人和黑猩猩共同祖先的姐妹支。假如我们又发现另外一种猿化石（猿B），
比猿A更接近人，我们同理也要再多画上一个分支，猿B也是人和黑猩猩共同祖先的姐妹
支。如此类推。总之，我们知道人和黑猩猩总有一个共同祖先，但是我们永远只能找到
这个共同祖先的姐妹，而找不到这个共同祖先，也永远不指定这个祖先的名字。于是这
个“祖先”，通常被称为骨干物种。意思是可以从这个“骨干”中不断萌发新枝。（注
：在支序分类学中，骨干物种还有另外一个含义，指的是某个分类单位的节点以前的群
类（outgroup）。在不同场合中需要分辨语境。）
尽管在支序分类学发展之初，它和传统进化分类学之间有非常大的冲突，但是后来显示
，绝大部分的冲突都不是本质性的问题。一部分的冲突来源于科学研究的不深入。比如
“篮子”分类的问题的存在，其实最大原因并非分类原则上，而是由于分类学家对这些
物种研究的不深入以及对这个问题的惰性。不可否认，正是因为支序分类学家对绝对支
序原则的追求，推动了对食虫目动物的研究，使得食虫目这个分类单位彻底消失（原先
分在食虫目的动物被分到其他目或者独立成为一目）。但是只要对食虫目的了解深入了
，即便是传统进化分类学也会得出类似结果。另一部分冲突以支序分类学的胜利告终，
比如在分类方法上，传统进化分类学也认同了支序分类学的带权重和极性的多变量分析
方法。
但是，传统进化分类学和支序分类学的还存在一个本质分歧。这牵涉到系统生物学希望
实现的的两个功能——分类和构建进化树——的本质矛盾。它们是不是应该分开处理，
以及以哪个为先。
支序分类学说“不”！它认为构建进化树是第一位的，分类必须严格地反映进化过程和
亲缘关系。所以，在支序分类学中，多系群和并系群是绝对不允许的。于是在支序分类
学的体系中，鸟纲这个单位是不存在的，鸟类应该作为一个并列的单位和鳄鱼等同，这
样鸟类就大约处于“目”这一级的单位。鸟和鳄鱼一起成为一个“超目”，再和蜥蜴和
蛇以及喙头蜥一起的“超目”并列，这两个“超目”就成为一个“亚纲”，再和龟并列
等等。原先鸟纲下的分类单位自然就要向下调整，原先的“目”就只能到“亚目”或者
“超科”或者“科”的层次。由于支序分类学坚持二分法，而且每一个节点都需要赋予
一个名称和单位，所以很快单位就不够用了。于是支序分类学发明了大量前缀，以适应
这个需求。但是显而易见，这种批发前缀的方法是远远赶不上需求。
传统进化分类学说“是”。它认为分类不需要“完全”反映进化的亲缘关系。在考虑亲
缘关系的同时，也要考虑分类作为一个资料存储系统的方便性。在亲缘关系的基础上，
可以把“层次”（grade）作为一个分类的考虑因素。比如鸟，在“层次”上已经和“
其他”爬行动物非常不同了，于是可以继续维持“纲”的地位。也不必在二分法的每个
节点上都命名一个新的单位和级别，一些节点互相间变化不大就可以归入同一级单位。
这样基本上可以维持沿用的体系，也不必要无休止地给各个单位加帽子。另外，由于支
序分类学的分类不稳定（至少目前还是这样），如果完全按照支序分类学的分类方法，
那么整个分类系统也就会经常变动。进化树变化频密一点关系并不太大，但是如果分类
系统变化过于频密，就不利于人们对分类系统的应用了。
如果把古生物牵涉在内，又派生出另外一个争议，这就是如何去称呼“骨干”物种（
basal species 或basal group）和“姐妹”群（sister groups）的问题。我们知道考
虑生物进化历史的时候离不开时间轴。但是在支序图里面，只有亲缘关系，而没有时间
轴的存在。在严格的支序分类学中，没有那种动物是那种动物的祖先之说，只能说那种
动物和那种动物是姐妹支（姐妹关系）。比如在图中，我们只能说丙是甲和乙的共同祖
先的姐妹支，意思是，丙和甲乙的共同祖先拥有同一个祖先，而不能说丙是甲和乙的祖
先。这种说法在很大程度上是有道理而且有必要的，比如在人类和类人猿的支序图中，
人和黑猩猩是姐妹群，而人和黑猩猩的共同祖先又和大猩猩是姐妹群。我们就不能说大
猩猩是人和黑猩猩的祖先，只能说人和黑猩猩的祖先和大猩猩拥有共同的祖先。严格采
用这种说法，就能避免“人是猴子进化来的”或者“猴子是人的祖先”这类流行一时的
错误说法。
但是如果我们问，人是什么动物进化而来的呢？在支序分类学的体系下是没有答案的。
我们肯定人和黑猩猩有一个共同祖先（不然人从哪里来呢）。但是如果你真的找到一种
猿（猿A）的化石，它的位置正好处于黑猩猩和大猩猩之间。你却不能把它称为人和黑
猩猩的祖先。按照支序分类学的做法，就应该在大猩猩和黑猩猩之间在画出一个分支，
把猿A加上去，然后把猿A称为人和黑猩猩共同祖先的姐妹支。假如我们又发现另外一种
猿化石（猿B），比猿A更接近人，我们同理也要再多画上一个分支，猿B也是人和黑猩
猩共同祖先的姐妹支。如此类推。总之，我们知道人和黑猩猩总有一个共同祖先，但是
我们永远只能找到这个共同祖先的姐妹，而找不到这个共同祖先，也永远不指定这个祖
先的名字。于是这个“祖先”，通常被称为骨干物种。意思是可以从这个“骨干”中不
断萌发新枝。（注：在支序分类学中，骨干物种还有另外一个含义，指的是某个分类单
位的节点以前的群类（outgroup）。在不同场合中需要分辨语境。）
这种严格要求，有时会使叙述变得非常繁琐。更加重要的是，在考虑进化机理，从某个
物种从另外一个物种进化出来是一个非常可能发生的事件（尽管没有百分百的例子，因
为没有人在自然界中能真正观察到物种的分化。）比如考虑一种可能的事件，如果某种
鸟A生活在一个海岛上，其中一部分被大风吹到另外一个海岛上，环境和旧海岛的不一
样。如此过了几万年，新海岛上的鸟类发生了变化，形成了新的物种B，与此同时旧海
岛上的鸟类基本没有变化。于是，我们说出现了物种分化。这时，从个体角度看，现在
旧海岛的鸟和现在新海岛的鸟无疑是属于姐妹关系。但是我们也不能否认，现在旧海岛
的鸟和几万年前旧海岛的鸟甚至当时刚刚冲到新海岛的鸟都属于同一个物种。所以从物
种的角度来看，鸟B从鸟A中进化而来是没有问题的。但是在支序分类学中，这种说法是
必须否认的。因为它认为在实践中这种关系无法百分百确证。
总而言之，目前分类系统还处于一种混乱、融合和急剧变化的状态。数量分类学在操作
性上是最好的，但是其哲学与1859年开始建立的主流思想相悖，所以越来越被边缘化，
只有其方法在改造后被广泛应用。支序分类学的原则是对的，但是在本质上和1759年林
奈建立的抽屉式的分类体系格格不入，需要建立一种全新的体系与之相适应。一些人提
出激进的全面废除林奈系统，转而使用一个名为PhyloCode体系，但是这种体系还远远
没有能被接受，这里就不详细讨论了。尽管如此，如果不考虑具体的命名和单位，支序
分类学的原则已经被越来越多科学家接受和实践。传统进化生物学在1950年代之前所用
的方法已经被基本摒弃，但是它的哲学处于数量分类学和支序分类学之间，大致能在原
则和易用方面取得平衡。于是目前还是被教科书最广泛采用的分类方法。
由于本系列属于科普性质，而且重点是描绘出脊椎动物的历史，而不是提供一个分类指
南。所以最重要的是知道历史上出现过什么动物，而不是应当如何去“称呼”这些动物
。于是，我在处理上采用倾向支序分类学的方法。这个表现为：1）尽量少运用门、纲
、目、科等正式的分类单位，通常以类（group）来称呼各个单位。2）尽量使用支序分
类学对姐妹关系的表述。当然，我会尽可能地在必要的时候糅合传统分类学的表述。
//dddnibelungen.wordpress.com/category/生命简史/
wQZTEYxfG
【在 l**********1 的大作中提到】
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: N. R. Scott-Ram (Author)
: //www.amazon.com/Transformed-Cladistics-Taxonomy-Evolution-Scott-Ram/dp/
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: //books.google.fr/books?hl=fr&lr=&id=dCFf2bb-nWsC&oi=fnd&pg=PP1&dq=
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: -&sig=xqKSZ5Cn0xT3b6GWS96ynNT9tAk#v=onepage&q=Transformed%20Cladistics%2C%
: 20Taxonomy%20and%20Evolution%20N.%20R.%20Scott-Ram&f=false
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v***r
发帖数: 1046 | 7 Your listed books are more related to "organismal biology".
Molecular evolution:
Li's book includes more topics and Nei's emphasizes more on methodology,
especially phylogenetics. Felsenstein's inferring phylogeny covers extensive
topics in molecular evolution
Pop Genetics:
Hartl and Clark's book
wQZTEYxfG
【在 l**********1 的大作中提到】
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y*******w
发帖数: 5917 | 8 不过不是生物系的人，可以先读一下物种起源，了解生物研究不能脱离直觉。
【在 K**4 的大作中提到】
: 很想买本书学习一下 evolution or organismal biology
: 请问有什么比较经典的吗，
: 或者可以做教科书的
: 最好是分子进化相关的？？
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 Mark!
extensive
【在 v***r 的大作中提到】
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: Molecular evolution:
: Li's book includes more topics and Nei's emphasizes more on methodology,
: especially phylogenetics. Felsenstein's inferring phylogeny covers extensive
: topics in molecular evolution
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: Hartl and Clark's book
:
: wQZTEYxfG
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K**4
发帖数: 1015 | |
l**********1
发帖数: 5204 | 11 De rien.
【在 K**4 的大作中提到】
: 非常感谢诸位！
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