a******g
发帖数: 938 | 1 有没有可能把qPCR引入到NGS读sample的过程？
可能是个很小白的问题。。。希望大侠不吝赐教！！ |
l********e
发帖数: 415 | 2 三个字 不可以
【在 a******g 的大作中提到】
: 有没有可能把qPCR引入到NGS读sample的过程？
: 可能是个很小白的问题。。。希望大侠不吝赐教！！
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b****r
发帖数: 17995 | 3 起码我们系里普遍认为NGS定量比realtime定量更准 |
l********e
发帖数: 415 | 4 证据？
【在 b****r 的大作中提到】
: 起码我们系里普遍认为NGS定量比realtime定量更准
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Z******5
发帖数: 435 | 5 没做过NGS，但是看过一篇cell paper：A Mammalian microRNA Expression Atlas
Based on Small RNA Library Sequencing，再结合一些已有的miRNA文献研究，感觉这
个NGS的数据质量非常高啊。
不清楚NGS那些miRNA的copy数是怎么来的，有没有用内参，用的是什么内参。
反正普通qPCR就用GAPDH，actin之类的做内参貌似不是很靠谱。
现在有一些qPCR array，都会带有结果计算软件，可以从array的分析中自己去选定内
参。
【在 l********e 的大作中提到】
: 证据？
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b****r
发帖数: 17995 | 6 这要去问那些教授们，我还是新手
反正我们实验室现在发临床诊断报告，比如说线粒体heteroplasmic mutation，哪怕2%
以下的low heteroplasmy的重复性都极好，这个是用realtime之类的技术很难做到的，
所以我们才敢报这么低的数字
临床报告的要求比科研应该是高多了，如果病人第二次送一样的标本，或者送到其他地
方重做，跟你的结果差别很大，搞不好吃官司赔个几百万刀
【在 l********e 的大作中提到】
: 证据？
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c**********e
发帖数: 70 | |
l********e
发帖数: 415 | 8 这个只要测到序列就可以肯定了
和定量准确度关系不大吧 又不是说NGS可以定量2%的差异
2%
【在 b****r 的大作中提到】
: 这要去问那些教授们，我还是新手
: 反正我们实验室现在发临床诊断报告，比如说线粒体heteroplasmic mutation，哪怕2%
: 以下的low heteroplasmy的重复性都极好，这个是用realtime之类的技术很难做到的，
: 所以我们才敢报这么低的数字
: 临床报告的要求比科研应该是高多了，如果病人第二次送一样的标本，或者送到其他地
: 方重做，跟你的结果差别很大，搞不好吃官司赔个几百万刀
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a******g
发帖数: 938 | |
b****r
发帖数: 17995 | 10 当然就是说可以定量2%的差异
【在 l********e 的大作中提到】
: 这个只要测到序列就可以肯定了
: 和定量准确度关系不大吧 又不是说NGS可以定量2%的差异
:
: 2%
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l********e
发帖数: 415 | 11 委婉的说法:
... ... 你牛 我败了
负责任的说法:
那是不可能的 NGS我常做
【在 b****r 的大作中提到】
: 当然就是说可以定量2%的差异
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b****r
发帖数: 17995 | 12 我真不牛，我说了我只是刚刚接触，只是教授们的说法
请教你，是说0%和2%不能稳定区分开吗
我们的coverage一般都有3万次，这个也是个因素吧
【在 l********e 的大作中提到】
: 委婉的说法:
: ... ... 你牛 我败了
: 负责任的说法:
: 那是不可能的 NGS我常做
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l********e
发帖数: 415 | 13 看来是我没说清楚 不好意思
0% 和 2%可以
100% 和 102% 不可以
【在 b****r 的大作中提到】
: 我真不牛，我说了我只是刚刚接触，只是教授们的说法
: 请教你，是说0%和2%不能稳定区分开吗
: 我们的coverage一般都有3万次，这个也是个因素吧
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O******e
发帖数: 4845 | 14 我也比较好奇，2%感觉是有点低，不知道具体如何做到如此高的灵敏度
【在 b****r 的大作中提到】
: 我真不牛，我说了我只是刚刚接触，只是教授们的说法
: 请教你，是说0%和2%不能稳定区分开吗
: 我们的coverage一般都有3万次，这个也是个因素吧
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