i******2
发帖数: 96 | 1 看这 Bioinformatics 今后似乎会有更大的出路，想转到这个方面，请问怎么转过去最
好？ 本人没有一点经验，想自学不知如何下手。去学4 年under 的课吗？不太现实。
或者去念个master?
有过来人指教吗？ |
l**********1
发帖数: 5204 | 2 dmso 缓慢冷冻到液氮温度 300Y later 快速解冻后 用那会的大脑matrix transfer
technology 10 min 搞定 cs or bioinformatics PhD memory and neuron actions
materials plus N GB memory transfer to your brain (high possibility) |
e*******o
发帖数: 4654 | 3 小弟班门弄斧。
入门：编程perl 或者python.我建议你先学点Python的编程知识。这个其实很简单。然
后利用很多现有的工具，你就可以处理很多问题。不少号称搞生物信息学的停留在这个
层面。
Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for
Biological Data
下载链接：
http://goo.gl/U8vaV
我是学的Perl，所以我并没学过这个书，我看了目录大致涵盖了基本内容。 |
e*******o
发帖数: 4654 | 4
transfer
Your algorithm is better now, keep it nice to others, please.
【在 l**********1 的大作中提到】
: dmso 缓慢冷冻到液氮温度 300Y later 快速解冻后 用那会的大脑matrix transfer
: technology 10 min 搞定 cs or bioinformatics PhD memory and neuron actions
: materials plus N GB memory transfer to your brain (high possibility)
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N******n
发帖数: 3003 | 5 a very good book
3x
20Using
【在 e*******o 的大作中提到】
: 小弟班门弄斧。
: 入门：编程perl 或者python.我建议你先学点Python的编程知识。这个其实很简单。然
: 后利用很多现有的工具，你就可以处理很多问题。不少号称搞生物信息学的停留在这个
: 层面。
: Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for
: Biological Data
: 下载链接：
: http://goo.gl/U8vaV
: 我是学的Perl，所以我并没学过这个书，我看了目录大致涵盖了基本内容。
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s******a
发帖数: 252 | 6 Get a masters in less than 2 years. Focus on R/Bioconductor and next-gen
sequencing.
You can learn other things after you jump to your first job.
Read this article:
Establishing a Successful Bioinformatics Core Facility Team
http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
and read many job ads to see what your first job would be. |
i******2
发帖数: 96 | |
z*****a
发帖数: 1214 | 8 我目前正在转的过程中
找了一个做core facility director的PI，给PI做实验（老鼠实验，分子生物学方面的
实验），也做NGS的数据处理，同时跟着core facility新成立的computational unit里
的头学习，一边做一边学。
入门的时候学习Perl/Python/各种工具是好的，但感觉要真正在这个领域找到decent
pay的位置，还是要补算法/machine learning等方面的知识。另外编程方面也建议学
Java。
新手的粗浅认识，不知道大牛们怎么看。 |
i******2
发帖数: 96 | 9 Thanks for the suggestion and book.
20Using
【在 e*******o 的大作中提到】
: 小弟班门弄斧。
: 入门：编程perl 或者python.我建议你先学点Python的编程知识。这个其实很简单。然
: 后利用很多现有的工具，你就可以处理很多问题。不少号称搞生物信息学的停留在这个
: 层面。
: Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for
: Biological Data
: 下载链接：
: http://goo.gl/U8vaV
: 我是学的Perl，所以我并没学过这个书，我看了目录大致涵盖了基本内容。
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y***j
发帖数: 11235 | 10 这行现在流行用啥？bioinfo的后狗一般要求什么语言呢？
我自学过python，很早学过好像跟着官网某文档学过一边，然后前一两年无聊又过了一
遍learn python the hard way。但是基本没怎么用过。
现在做一些NGS的wet实验，自己分析，R上的包用的比较顺手，而且平常分析数据和作
图也用得上，所以现在R比较熟悉。
biopython和bioconductor比起来有啥优势？快？容易和别的整合？包多？biopython是
不是必须的？地下还有个大姐说要学java？这个一定么自己看过一点点书，但是感觉
java好像不是我的菜。
另外需要修什么课么？修过基本的生统，还有研究生水平专门的一门linear
regression，现在在修CS的data mining，如果明年还没毕业，准备再修个machine
learning。感觉线性代数是个缺陷，自学过，但是很不扎实，准备暑假到社区大学业余
修一下（生统和CS课老板出钱就不错了，线性代数这么数学的课，不太好意思让老板出
钱了）。
还有啥课比较必须么？
20Using
【在 e*******o 的大作中提到】
: 小弟班门弄斧。
: 入门：编程perl 或者python.我建议你先学点Python的编程知识。这个其实很简单。然
: 后利用很多现有的工具，你就可以处理很多问题。不少号称搞生物信息学的停留在这个
: 层面。
: Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for
: Biological Data
: 下载链接：
: http://goo.gl/U8vaV
: 我是学的Perl，所以我并没学过这个书，我看了目录大致涵盖了基本内容。
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N******n
发帖数: 3003 | 11 python 主要做些数据库处理。比如一个大的数据包，R可能就打不开，只能用python读
一部分。
如果你是给wetlab服务和数据分析，也够了。
但是，要自己能发文章，还有有新的算法，要求就很高，至少很多数学，信号系统，优
化，和一些计算机的概念。
【在 y***j 的大作中提到】
: 这行现在流行用啥？bioinfo的后狗一般要求什么语言呢？
: 我自学过python，很早学过好像跟着官网某文档学过一边，然后前一两年无聊又过了一
: 遍learn python the hard way。但是基本没怎么用过。
: 现在做一些NGS的wet实验，自己分析，R上的包用的比较顺手，而且平常分析数据和作
: 图也用得上，所以现在R比较熟悉。
: biopython和bioconductor比起来有啥优势？快？容易和别的整合？包多？biopython是
: 不是必须的？地下还有个大姐说要学java？这个一定么自己看过一点点书，但是感觉
: java好像不是我的菜。
: 另外需要修什么课么？修过基本的生统，还有研究生水平专门的一门linear
: regression，现在在修CS的data mining，如果明年还没毕业，准备再修个machine
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e*******o
发帖数: 4654 | 12
我看了不少招人的广告，Perl/Python/R 也有C++ 。这个不重要。
biopython和bioconductor我都没用过。：）
如果用别人的代码，有现成模块，我只是用，能解决问题，语言无所谓；如果自己写，
我自己选，除了作图(R)，我用Python。
Java, C++ 之类的主要是用在速度比较关键的地方。比如Blast（C/C++)。
搞数据就是玩矩阵，大学的时候不知道有什么用，完全为了考试，现在有点小后悔。
我不清楚Data mining 和 Machine Learning的区别，感觉好乱。要学的东西太多了。
还是等大牛回答。如果你有机会选，当然不要错过。
【在 y***j 的大作中提到】
: 这行现在流行用啥？bioinfo的后狗一般要求什么语言呢？
: 我自学过python，很早学过好像跟着官网某文档学过一边，然后前一两年无聊又过了一
: 遍learn python the hard way。但是基本没怎么用过。
: 现在做一些NGS的wet实验，自己分析，R上的包用的比较顺手，而且平常分析数据和作
: 图也用得上，所以现在R比较熟悉。
: biopython和bioconductor比起来有啥优势？快？容易和别的整合？包多？biopython是
: 不是必须的？地下还有个大姐说要学java？这个一定么自己看过一点点书，但是感觉
: java好像不是我的菜。
: 另外需要修什么课么？修过基本的生统，还有研究生水平专门的一门linear
: regression，现在在修CS的data mining，如果明年还没毕业，准备再修个machine
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l**********n
发帖数: 8443 | |
y***j
发帖数: 11235 | 14 那还好，您说的那部分python的应用应该很快上手。
“至少很多数学，信号系统，优化，和一些计算机的概念。”大概有那些方面？感觉自
己修的课加上自学其实统计方面差不多够了，至少比一般CS背景的强很多，就算不够，
需要的时候也能比较迅速上手。数学方面最大缺陷没有专门学过线性代数，自己学的终
究不扎实。另外微积分忘得太多了，当时第一次看ODE，1分钟就能看懂，2分钟会自己
写（主要因为写方程还算是生物学范畴，把生物问题换成数学语言），但是真正解起来
就完全不行了，再加上PDE，DDE，也是会写，不会解。CS方面基本瞎来，凭着小聪明，
会好几种语言，但是都是野路子。
感觉现在主要是两个大方向。
一个方向大部分都是数学或者CS背景的，纯做理论，弄网上的现成数据库分析。有空跟
别的实验室合作一下，帮忙分析分析数据。
另外一个大方向，学生物的多一些，搞应用更多点儿，主要用现成的工具，小改动一下
，例如原来做RNAseq只做coding的，小改一下看看non-coding的序列，其实也没啥技术
含量，你说的不少wetlab在召的生统博后都干这些吧。
现在想法是，找个做NGS的wetlab，做些实验，但是主要做数据分析，然后一边后狗，
一边修课，估计学位是不想再拿了，把知识水平争取2-3年第一轮博后的时候混成一般
bioinformatics甚至CS的MS水平，然后是不是基本就可以脱离做wet实验苦海？
【在 N******n 的大作中提到】
: python 主要做些数据库处理。比如一个大的数据包，R可能就打不开，只能用python读
: 一部分。
: 如果你是给wetlab服务和数据分析，也够了。
: 但是，要自己能发文章，还有有新的算法，要求就很高，至少很多数学，信号系统，优
: 化，和一些计算机的概念。
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N******n
发帖数: 3003 | 15 ODE 不是很懂，biomedical engineering里面做疾病模型，或者进化模型里面很多。
cs方面用的很多data mining的知识，比如，graphic theory, bayesian modeling.
不过能发方法学的文章，难度就很大了。
【在 y***j 的大作中提到】
: 那还好，您说的那部分python的应用应该很快上手。
: “至少很多数学，信号系统，优化，和一些计算机的概念。”大概有那些方面？感觉自
: 己修的课加上自学其实统计方面差不多够了，至少比一般CS背景的强很多，就算不够，
: 需要的时候也能比较迅速上手。数学方面最大缺陷没有专门学过线性代数，自己学的终
: 究不扎实。另外微积分忘得太多了，当时第一次看ODE，1分钟就能看懂，2分钟会自己
: 写（主要因为写方程还算是生物学范畴，把生物问题换成数学语言），但是真正解起来
: 就完全不行了，再加上PDE，DDE，也是会写，不会解。CS方面基本瞎来，凭着小聪明，
: 会好几种语言，但是都是野路子。
: 感觉现在主要是两个大方向。
: 一个方向大部分都是数学或者CS背景的，纯做理论，弄网上的现成数据库分析。有空跟
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y***j
发帖数: 11235 | 16 生物信息领域里，大部分PI，主要是靠什么吃饭呢?
发方法学的文章？把其他领域方法直接用到生物？做工具，例如做个数据库啥的？跟别
人一起申大funding然后做数据分析那部分？
【在 N******n 的大作中提到】
: ODE 不是很懂，biomedical engineering里面做疾病模型，或者进化模型里面很多。
: cs方面用的很多data mining的知识，比如，graphic theory, bayesian modeling.
: 不过能发方法学的文章，难度就很大了。
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N******n
发帖数: 3003 | 17 做到最后都是data mining and data integration
大牛： Michel Jordan 已经很多他的学生，Eric Xing 都是graphic theory在生物上
面的应用。
【在 y***j 的大作中提到】
: 生物信息领域里，大部分PI，主要是靠什么吃饭呢?
: 发方法学的文章？把其他领域方法直接用到生物？做工具，例如做个数据库啥的？跟别
: 人一起申大funding然后做数据分析那部分？
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y***j
发帖数: 11235 | 18 Eric Xing挺有意思，双PhD
【在 N******n 的大作中提到】
: 做到最后都是data mining and data integration
: 大牛： Michel Jordan 已经很多他的学生，Eric Xing 都是graphic theory在生物上
: 面的应用。
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C*******e
发帖数: 4348 | 19 歪一下楼
纯感想
前两天一个纯CS背景现在做Bioinfo薄厚的朋友刚发了一作N |
K****n
发帖数: 5970 | 20 wtf 一把年纪了别折腾technology了。我哥们儿清华自动化系毕业开了一个IT公司自任
CEO多年，今年再问，已经去安徽一个砖厂烧砖去了，还问我要不要入伙。true story
还是倒点儿货吧，卖卖试剂不行么，国际生意，一步到位，明年校友聚会就可以给学弟
做presentation了。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 21 >再加上PDE，DDE，也是会写，不会解
please try master how to use Mathworks/Matlab coding for 解 those PDE DDE or
martrix PDE DDE
【在 y***j 的大作中提到】
: 那还好，您说的那部分python的应用应该很快上手。
: “至少很多数学，信号系统，优化，和一些计算机的概念。”大概有那些方面？感觉自
: 己修的课加上自学其实统计方面差不多够了，至少比一般CS背景的强很多，就算不够，
: 需要的时候也能比较迅速上手。数学方面最大缺陷没有专门学过线性代数，自己学的终
: 究不扎实。另外微积分忘得太多了，当时第一次看ODE，1分钟就能看懂，2分钟会自己
: 写（主要因为写方程还算是生物学范畴，把生物问题换成数学语言），但是真正解起来
: 就完全不行了，再加上PDE，DDE，也是会写，不会解。CS方面基本瞎来，凭着小聪明，
: 会好几种语言，但是都是野路子。
: 感觉现在主要是两个大方向。
: 一个方向大部分都是数学或者CS背景的，纯做理论，弄网上的现成数据库分析。有空跟
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i******2
发帖数: 96 | 22 大家说说这bioinformatics 以后在 health care （比如医院系统）应用如何，貌似今
后都可以把NGS 在病人身上用了。诊断和治疗都可以personalized 了。不一定总在学
校混。 |
z**********i
发帖数: 12276 | 23 跟生物贴边的，都太辛苦了。有这毅力，学计算机吧。
3思。
【在 i******2 的大作中提到】
: 大家说说这bioinformatics 以后在 health care （比如医院系统）应用如何，貌似今
: 后都可以把NGS 在病人身上用了。诊断和治疗都可以personalized 了。不一定总在学
: 校混。
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s******a
发帖数: 252 | 24 BioPython can never catch up with Bioconductor. R is the most practical tool
for most bioinformatics tasks.
It's really hard to manage R code beyond a few hundred lines, while Python
is enterprise-ready, e.g. Google App Engine. Java is not necessarily fast.
Python with C libraries can be very fast.
IMHO, it becomes a different game if you wanna be good at programming.
【在 y***j 的大作中提到】
: 这行现在流行用啥？bioinfo的后狗一般要求什么语言呢？
: 我自学过python，很早学过好像跟着官网某文档学过一边，然后前一两年无聊又过了一
: 遍learn python the hard way。但是基本没怎么用过。
: 现在做一些NGS的wet实验，自己分析，R上的包用的比较顺手，而且平常分析数据和作
: 图也用得上，所以现在R比较熟悉。
: biopython和bioconductor比起来有啥优势？快？容易和别的整合？包多？biopython是
: 不是必须的？地下还有个大姐说要学java？这个一定么自己看过一点点书，但是感觉
: java好像不是我的菜。
: 另外需要修什么课么？修过基本的生统，还有研究生水平专门的一门linear
: regression，现在在修CS的data mining，如果明年还没毕业，准备再修个machine
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u*********1
发帖数: 2518 | 25 我弱弱的说下我的看法
作为一个初学的菜鸟，也就是熟悉linux系统，bash code，写一点简单的python来
process那些很大规模的sequencing数据
其实很多东西都已经搭建好了。都是跑现成的program，大量的时间还是花在如何优化
parameter上；选择最optimal的program
真正的好的工作还是需要很好的生物学的素材。。。有的计算机的systems biology的
paper做的好fancy，但其实很脱离实际的生物学应用
我有点纳闷的是，我好像都没怎么用到R。。。除了简单的统计的需要绘图的。。
当然要做到高层，还是需要方法上原创，就需要很好的计算机和数学的知识，尤其data
mining，linear regression，甚至probability。。但问题是，作为非计算出身的人
，我们去看那些一大厚本的书觉得找不到头绪。。所以只能是边做project边学零星的
数学知识。。但又觉得自己心里没底，毕竟不是科班出身
【在 i******2 的大作中提到】
: 看这 Bioinformatics 今后似乎会有更大的出路，想转到这个方面，请问怎么转过去最
: 好？ 本人没有一点经验，想自学不知如何下手。去学4 年under 的课吗？不太现实。
: 或者去念个master?
: 有过来人指教吗？
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l*********s
发帖数: 5409 | 26 re, a degree in stats is very helpful.
data
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我弱弱的说下我的看法
: 作为一个初学的菜鸟，也就是熟悉linux系统，bash code，写一点简单的python来
: process那些很大规模的sequencing数据
: 其实很多东西都已经搭建好了。都是跑现成的program，大量的时间还是花在如何优化
: parameter上；选择最optimal的program
: 真正的好的工作还是需要很好的生物学的素材。。。有的计算机的systems biology的
: paper做的好fancy，但其实很脱离实际的生物学应用
: 我有点纳闷的是，我好像都没怎么用到R。。。除了简单的统计的需要绘图的。。
: 当然要做到高层，还是需要方法上原创，就需要很好的计算机和数学的知识，尤其data
: mining，linear regression，甚至probability。。但问题是，作为非计算出身的人
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y***j
发帖数: 11235 | 27 但是我认识的统计MS大部分都是准备去工业界赚钱的（当然MS就是以就业为目的），学
得东西都挺实用的，毕业的project一般也就弄堆data，非常程序化的分析一下，很多
是帮助临床试验设计和分析的，没啥创新能力，对方法建立帮助不大。
昨天晚上看了些大牛的CV，我觉得不管生物信息还是系统生物学啥的搞方法真要搞到高
端，CS，STAT或者EE的phd水平还是需要的。
生物背景未来估计还是做omics的半干半湿的PI，或者大牛已经干到一定水平，申个巨
型funding，手下几个CS背景的小老板。
【在 l*********s 的大作中提到】
: re, a degree in stats is very helpful.
:
: data
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