c**a
发帖数: 94 | 1 有个dose-response curve 做出来是这个样子. 黑色curve是orthosteric agnoist的
dose-response curve. 其他是加了一个不同浓度的小分子. 这些浓度的小分子自己没
有任何作用. 所有curve的EC50 差不太多, 2-3倍之内. 这是不是allosteric
modulator? | l**********1
发帖数: 5204 | 2 RE LZ
pls let
y axis pls also use log value
then plot new figure then compare to below article:
Coats WS et al. (1991)
An engineered liver glycogen phosphorylase with AMP allosteric activation.
J Biol Chem. 266: 16113-9.
its pp16116 Fig. 5
PubMed web link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1874749
or alternatively full text pdf link:
http://docencia.izt.uam.mx/ljpf/biolmol1pg/material_adicional/a | T****O
发帖数: 407 | 3 能否提供直接读出数据图？百分比转换后有时会造成某些错觉。
这张图给我的第一印象是，该实验设计不够强壮，很容易出现假阳性。比如最上面那条
曲线实际上说明本实验对该小分子的效果没有足够的区分度。
另一个问题是，三个小分子曲线都无法“归零”。最低至数十个pM，效果仍然惊人。要
么你把浓度稀释到fM再做一次，要么这个实验本身不适合验证这些小分子或这个效应。
【在 c**a 的大作中提到】
: 有个dose-response curve 做出来是这个样子. 黑色curve是orthosteric agnoist的
: dose-response curve. 其他是加了一个不同浓度的小分子. 这些浓度的小分子自己没
: 有任何作用. 所有curve的EC50 差不太多, 2-3倍之内. 这是不是allosteric
: modulator?
| j********i
发帖数: 143 | 4 在没有orthosteric agnoist或orthosteric agnoist很低的条件下, 这个compound看来
直接激活受体in a dose dependent manner.可能是个direcet agonist.如果EC50也降
低的话, 不排除还有比较弱的allosteric effect.
【在 c**a 的大作中提到】
: 有个dose-response curve 做出来是这个样子. 黑色curve是orthosteric agnoist的
: dose-response curve. 其他是加了一个不同浓度的小分子. 这些浓度的小分子自己没
: 有任何作用. 所有curve的EC50 差不太多, 2-3倍之内. 这是不是allosteric
: modulator?
| b******y
发帖数: 627 | 5 I would like to see a dose-response curve of the small molecule as well. | b******y
发帖数: 627 | 6 In addition, if you re-analyze the compound-treated curves by subtracting
the basal activity, can you reproduce the black curve?
Is Maximum activity used for normalization the same for all four curves or
each curve has its own? Looks like the latter. | c**a
发帖数: 94 | 7 版上这么多大侠,谢谢各位的分析. 可能开始解释有误. 这个图每条curve都是
orthosteric agonist的dose-response curve, 完全相同的浓度梯度和条件. 但是3条
彩色的curve是叠加了compound的curve, 不同颜色表示不同浓度, 但是在同一个curve
下,compound的浓度是一样的. 回头查了一下以前的数据,似乎在这些浓度下,compound
自己有弱效果. 所以这个结果有可能是效果叠加的结果. 没法说明到底是不是
allosteric modulation. 是这样吧.
撇开这个图. 从头想想. 我有个compound, 与receptor的 binding affinity 是几十个
nM级. radiolabel的competition assay, 看上去几乎80-90% replace orthosteric
agonist. 问题是,测了compound自己所有的下游信号, 几乎都是negative,或者是uM级
的potency. 而且没有任何antagonism. 不懂这个东西到底在干什么. 简单的sticky吗?
另外, 在不确定binding site的情况下,怎么区别antagonist 和 negative allosteric
modulator? | c**a
发帖数: 94 | 8 它自己有弱agonism, 但是貌似不改变 orthosteric agonist 的EC50
【在 j********i 的大作中提到】
: 在没有orthosteric agnoist或orthosteric agnoist很低的条件下, 这个compound看来
: 直接激活受体in a dose dependent manner.可能是个direcet agonist.如果EC50也降
: 低的话, 不排除还有比较弱的allosteric effect.
| c**a
发帖数: 94 | 9 Y 变成log之后做什么样的analysis?
【在 l**********1 的大作中提到】
: RE LZ
: pls let
: y axis pls also use log value
: then plot new figure then compare to below article:
: Coats WS et al. (1991)
: An engineered liver glycogen phosphorylase with AMP allosteric activation.
: J Biol Chem. 266: 16113-9.
: its pp16116 Fig. 5
: PubMed web link:
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1874749
| b******y
发帖数: 627 | 10 What is Maximum stimulation? Since the first points of all three colored
curve have non-zero stimulation, in which I assume there is no or negligible
orthosteric agonist, my conclusion is that the compound is an agonist as
far as stimulation is concerned.
Now that the compound has quite high affinity to the receptor, can you
saturate the receptor with the compound and see whether orthosteric agonist
still has extra stimulation? If so, the compound is a positive allosteric
modulator as far as stimulation is concerned. If not, the compound is high
affinity competitive agonist with orthosteric agonist.
These don't help explaining undetectable downstream effects, though. | | | c**a
发帖数: 94 | 11 potency在 uM 级别, 低浓度基本没有效果,到10uM 差不多70%的效果, 所以图不是个S
型, 是个U型的右半边.
【在 b******y 的大作中提到】
: I would like to see a dose-response curve of the small molecule as well.
| c**a
发帖数: 94 | 12 试过, orthosteric agonist 浓度下 加小分子, 效果不叠加
negligible
agonist
【在 b******y 的大作中提到】
: What is Maximum stimulation? Since the first points of all three colored
: curve have non-zero stimulation, in which I assume there is no or negligible
: orthosteric agonist, my conclusion is that the compound is an agonist as
: far as stimulation is concerned.
: Now that the compound has quite high affinity to the receptor, can you
: saturate the receptor with the compound and see whether orthosteric agonist
: still has extra stimulation? If so, the compound is a positive allosteric
: modulator as far as stimulation is concerned. If not, the compound is high
: affinity competitive agonist with orthosteric agonist.
: These don't help explaining undetectable downstream effects, though.
| c**a
发帖数: 94 | 13 谢谢, 这个实验得重新设计一下.
但是试过同样的othosteric agonist curve,减小小分子浓度, 曲线基本与不加重合.
【在 T****O 的大作中提到】
: 能否提供直接读出数据图？百分比转换后有时会造成某些错觉。
: 这张图给我的第一印象是，该实验设计不够强壮，很容易出现假阳性。比如最上面那条
: 曲线实际上说明本实验对该小分子的效果没有足够的区分度。
: 另一个问题是，三个小分子曲线都无法“归零”。最低至数十个pM，效果仍然惊人。要
: 么你把浓度稀释到fM再做一次，要么这个实验本身不适合验证这些小分子或这个效应。
| l**********1
发帖数: 5204 | 14 not 大侠 but 小虾米
>在不确定binding site的情况下,怎么区别antagonist 和 negative allosteric
modulator?
sometimes even antagonistic actions are biased.
pls refer pituitary gonadotropin follicle stimulating hormone (FSH) and its
receptor actions by ADX61623 compound as A negative allosteric modulator
References:
Dias JA et al. (2011)
A negative allosteric modulator demonstrates biased antagonism of the
follicle stimulating hormone receptor.
Mol Cell Endocrinol. 333: 143-50.
PubMed link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21184806
its Fig, 1 C
版上这么多大侠,谢谢各位的分析. 可能开始解释有误. 这个图每条curve都是
orthosteric agonist的dose-response curve, 完全相同的浓度梯度和条件. 但是3条
彩色的curve是叠加了compound的curve, 不同颜色表示不同浓度, 但是在同一个curve
下,compound的浓度是一样的. 回头查了一下以前的数据,似乎在这些浓度下,compound
自己有弱效果. 所以这个结果有可能是效果叠加的结果. 没法说明到底是不是
allosteric modulation. 是这样吧.
撇开这个图. 从头想想. 我有个compound, 与receptor的 binding affinity 是几十个
nM级. radiolabel的competition assay, 看上去几乎80-90% replace orthosteric
agonist. 问题是,测了compound自己所有的下游信号, 几乎都是negative,或者是uM级
的potency. 而且没有任何antagonism. 不懂这个东西到底在干什么. 简单的sticky吗?
另外, 在不确定binding site的情况下,怎么区别antagonist 和 negative allosteric
modulator?
【在 c**a 的大作中提到】
: 版上这么多大侠,谢谢各位的分析. 可能开始解释有误. 这个图每条curve都是
: orthosteric agonist的dose-response curve, 完全相同的浓度梯度和条件. 但是3条
: 彩色的curve是叠加了compound的curve, 不同颜色表示不同浓度, 但是在同一个curve
: 下,compound的浓度是一样的. 回头查了一下以前的数据,似乎在这些浓度下,compound
: 自己有弱效果. 所以这个结果有可能是效果叠加的结果. 没法说明到底是不是
: allosteric modulation. 是这样吧.
: 撇开这个图. 从头想想. 我有个compound, 与receptor的 binding affinity 是几十个
: nM级. radiolabel的competition assay, 看上去几乎80-90% replace orthosteric
: agonist. 问题是,测了compound自己所有的下游信号, 几乎都是negative,或者是uM级
: 的potency. 而且没有任何antagonism. 不懂这个东西到底在干什么. 简单的sticky吗?
| l**********1
发帖数: 5204 | 15 楼主的酶反应动力学的方程推导能力强的话
自己可以假设allosteric activator 理论模型 包括how many binding sites
然后模拟 allosteric activator
modules curve 再和你的In vitro wet assay 图 curve 匹配下
就可以了
这是理论物理生化酶动力学的常见做法
再不明白 站内PM matrix 下 your any EM address, here sent you
PDF file shown how to do that task.
【在 c**a 的大作中提到】
: Y 变成log之后做什么样的analysis?
| c**a
发帖数: 94 | 16 今天重做了个assay, 图做出来跟这个是一样一样的啊
its
【在 l**********1 的大作中提到】
: not 大侠 but 小虾米
: >在不确定binding site的情况下,怎么区别antagonist 和 negative allosteric
: modulator?
: sometimes even antagonistic actions are biased.
: pls refer pituitary gonadotropin follicle stimulating hormone (FSH) and its
: receptor actions by ADX61623 compound as A negative allosteric modulator
: References:
: Dias JA et al. (2011)
: A negative allosteric modulator demonstrates biased antagonism of the
: follicle stimulating hormone receptor.
| c**a
发帖数: 94 | 17 这个图,如果做nonlinear fit的时候share both bottom and top, 就可以做出一个教
科书上讲PAM 和NAM的经典图,但是理论上能不能share both bottom and top 呢?
its
【在 l**********1 的大作中提到】
: not 大侠 but 小虾米
: >在不确定binding site的情况下,怎么区别antagonist 和 negative allosteric
: modulator?
: sometimes even antagonistic actions are biased.
: pls refer pituitary gonadotropin follicle stimulating hormone (FSH) and its
: receptor actions by ADX61623 compound as A negative allosteric modulator
: References:
: Dias JA et al. (2011)
: A negative allosteric modulator demonstrates biased antagonism of the
: follicle stimulating hormone receptor.
| l**********1
发帖数: 5204 | 18 pls try Monte Carlo Markov Chain Stochastic simulation
因为目前的技术无法在deterministic 纳米反应酶动力学 确定 PAM or NAM or even
both.
One reference:
Trzaskowski B et al. (2012)
Action of molecular switches in GPCRs--theoretical and experimental studies.
Curr Med Chem. 19: 1090-109.
PubMed link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22300046
Ps:
具体啥叫 Markov Chain model
pls 考古本版 下
发信人: kdfox11 (狂奔的蜗牛), 信区: Biology
标 题: Re: 感慨一下数学/物理 和 生物 合作之难
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 3 14:21:33 2012, 美东)
如果你想用马尔可夫过程来表示因果关系，也很简单，就是P（A->B) = 0.5 but P(B->
A) = 0 ;
这个意思就是说 从event A 到 B 的概率是 0.5（这个数字是随意取的）但是从B到A的
概率为0，也就是说A为因，B为果。
在现实生活中，你可能观察到两个独立的事件，假设你不知道这二者之间有什么因果关
系，
如果 P（A->B)>>P(B->A), 也可以理解成A为因的可能性更大。
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31725907_0_2.html | l**********1
发帖数: 5204 | 19 PAM or NAM 需要用针对上游和下游的targets 不同的agonist or antagonist
进一步测试的
具体麻烦 参考一综述
Coddou C et al. (2011)
Activation and regulation of purinergic P2X receptor channels.
Pharmacol Rev. 63: 641-83.
PubMed link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21737531
its contents likes
>The term cooperativity is frequently
used to describe the magnitude of an allosteric
effect, which could be either positive or negative, leading
to up- or down-regulation of receptor function.
and
>A common aspect of P2XRs is their
regulation by essential trace metals. The nature of trace
metal actions (positive or negative) depends on the subtype
of receptor and species differences.
【在 c**a 的大作中提到】
: 这个图,如果做nonlinear fit的时候share both bottom and top, 就可以做出一个教
: 科书上讲PAM 和NAM的经典图,但是理论上能不能share both bottom and top 呢?
:
: its
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