W*********n
发帖数: 775 | 1 大家好：
现在已克隆出基因编码区的全长cDNA, 想设计Mophilino片断，就得知道此基因mRNA起
始编码区上游25bp的序列。现在有基因组序列， 可否认为基因组序列中起始编码区上
游的25bp也出现在转录后的mRNA序列中？
5’UTR会不会有Intron?
谢谢！ |
j****x
发帖数: 1704 | 2 5'UTR中间被intro隔断不是稀奇事，另外还要留意可能的altertive splicing
【在 W*********n 的大作中提到】
: 大家好：
: 现在已克隆出基因编码区的全长cDNA, 想设计Mophilino片断，就得知道此基因mRNA起
: 始编码区上游25bp的序列。现在有基因组序列， 可否认为基因组序列中起始编码区上
: 游的25bp也出现在转录后的mRNA序列中？
: 5’UTR会不会有Intron?
: 谢谢！
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W*********n
发帖数: 775 | 3 这个割断也可能出现在mRNA的翻译起始位点上游25bp内吗？您是说5’UTR也可能有“
altertive splicing”？
谢谢！
【在 j****x 的大作中提到】
: 5'UTR中间被intro隔断不是稀奇事，另外还要留意可能的altertive splicing
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j****x
发帖数: 1704 | 4 都有可能啊，splicing位点在起始ATG上游25bp之内也不是啥奇怪的事情吧
话说你研究的是什么物种啊？有基因组序列的话，实验或者“预测”全长mRNA序列应该
还是不难的吧
【在 W*********n 的大作中提到】
: 这个割断也可能出现在mRNA的翻译起始位点上游25bp内吗？您是说5’UTR也可能有“
: altertive splicing”？
: 谢谢！
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W*********n
发帖数: 775 | 5 我做的是一种昆虫（蚊子）。现在刚刚基因组测序完成。实验获得5’UTR应该是用5’
RACE 吧？ 感觉很麻烦。怎么能够用“测序”的方法（应该是用软件处理序列吧？）获
得？ 需要知道转录起始位点上游多少序列？
【在 j****x 的大作中提到】
: 都有可能啊，splicing位点在起始ATG上游25bp之内也不是啥奇怪的事情吧
: 话说你研究的是什么物种啊？有基因组序列的话，实验或者“预测”全长mRNA序列应该
: 还是不难的吧
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j****x
发帖数: 1704 | 6 不用做什么5'RACE, 你只需要知道ATG约上游25bp的序列而不是全长5'UTR序列，不是吗
？那就直接PCR扩增5'端仅仅包含25bp这一段的区域即可。基因组序列都已经知道了，
这又能有什么复杂的？
至于序列分析方法，那就是通过完整的这段基因组序列根据比较基因组学以及相关物种
中的同源基因的已知cDNA序列等等信息，结合gene prediction算法来推断可能的gene
structure和splicing site。但是为了保险起见，谁都会选择做个简单的PCR验证吧。
【在 W*********n 的大作中提到】
: 我做的是一种昆虫（蚊子）。现在刚刚基因组测序完成。实验获得5’UTR应该是用5’
: RACE 吧？ 感觉很麻烦。怎么能够用“测序”的方法（应该是用软件处理序列吧？）获
: 得？ 需要知道转录起始位点上游多少序列？
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W*********n
发帖数: 775 | 7 谢谢！ 我也是这么想。只是觉得可能有牛人能够有软件直接预测出转录其实位点，然
后PCR验证。现在看来预测也很麻繁。那就直接设计几个引物来PCR .
gene
【在 j****x 的大作中提到】
: 不用做什么5'RACE, 你只需要知道ATG约上游25bp的序列而不是全长5'UTR序列，不是吗
: ？那就直接PCR扩增5'端仅仅包含25bp这一段的区域即可。基因组序列都已经知道了，
: 这又能有什么复杂的？
: 至于序列分析方法，那就是通过完整的这段基因组序列根据比较基因组学以及相关物种
: 中的同源基因的已知cDNA序列等等信息，结合gene prediction算法来推断可能的gene
: structure和splicing site。但是为了保险起见，谁都会选择做个简单的PCR验证吧。
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