n**8
发帖数: 221 | 1 想查一个基因在果蝇中在不同条件（温度，食物， 或者其他stress等等）下表达的情
况。查了NCBI 的GEO profiles， 也查了flybase的expression data（包括了
modEncode的数据）。
请问： 1.）还有其他的数据库我可以用么？
2.）Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”，显示了各
种处理条件下的profile：
extended cold, 4-day adult
cold shock, 4-day adult
heat shock, 4-day adult
Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3
Cadmium 50 mM 12 hrs, larvae L3
Cadmium 50 mM 48 hrs, 4-day adult
Cadmium 100 mM 48 hrs, 4-day adult
Copper 0.5 mM 12 hrs, larvae L3
Copper 15 mM 48 hrs, 4-day adult
Zinc 5 mM 12 hrs, larvae L3
Zinc 4.5 mM 48 hrs, 4-day adult
Ethanol 2.5% 3 hrs, larvae L3
Ethanol 5% 3 hrs, larvae L3
Ethanol 10% 3 hrs, larvae L3
Caffeine 1.5 mg/ml 4 hrs, larvae L3
Caffeine 2.5 mg/ml 48 hrs, 4-day adult
Caffeine 25 mg/ml 48 hrs, 4-day adult
Paraquat 5 mM 48 hrs, 4-day adult
Paraquat 10 mM 48 hrs, 4-day adult
Rotenone 2 μg 12 hrs, larvae L3
Rotenone 8 μg 12 hrs, larvae L3
可是我觉得好像这些处理都没有比较合理的对照 （正常培养条件，不加或者mock处理
的profile）， 比方说，很难下结论说cold shock 或者 heat shock 提高、降低了X基
因的表达。最多只能说cold shock 跟heat shock时的表达水平不一样。
本人菜鸟，请版上的大侠指点指点！
不甚感激！ | w***a
发帖数: 432 | | n**8
发帖数: 221 | 3 多谢回复！
因为不确认，所以上来发贴问一下。。。大侠如有答案请指点指点
（当然，用什么样的对照可能取决于要回答什么样的问题） | s********o
发帖数: 91 | 4 你这是不是两个问题啊？
先说正常对照组，在flybase上面还有development的gene expression profile，上面
列有
adult male 01day
adult male 05day
adult male 30day
adult female 01day
adult female 05day
adult female 30day
之类。
因为数据表达方式和Treatment expression data的一样，应该可以直接比较。
要说不同treatment对基因表达的影响，单看这个表我觉得都不能说明，只能说在不同
条件下表达量产生了变化，不能说这些不同条件就是表达变化的直接原因。
不知道有没有解决你的问题
【在 n**8 的大作中提到】
: 想查一个基因在果蝇中在不同条件（温度，食物， 或者其他stress等等）下表达的情
: 况。查了NCBI 的GEO profiles， 也查了flybase的expression data（包括了
: modEncode的数据）。
: 请问： 1.）还有其他的数据库我可以用么？
: 2.）Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”，显示了各
: 种处理条件下的profile：
: extended cold, 4-day adult
: cold shock, 4-day adult
: heat shock, 4-day adult
: Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3
| n**8
发帖数: 221 | 5 多谢回复！
1.)这个当然不能说这些不同条件就是表达变化的"直接"原因。但是说检测这些
treatment对某基因表达是否有影响应该是可以的吧。 我想查找的是在某种条件下某基
因的表达是如何变化的（上调还是下降）， 这好像需要一个基本的对照。
2.）development的gene expression profile 取的是day1, day5, day30 adults,而
treatment组是day 4 adult （好像性别不详。。。？），这个好像不能直接比较。 | n**8
发帖数: 221 | 6 可惜实验室不做果蝇，手头没有材料，要不然自己做个qRT-PCR测一下就行了 | l*n
发帖数: 529 | 7 那啥，你确定没有对照么？为什么这些profile会被发出来，是因为有人试图考察个中
treatment的效果，不然花钱单把treatment的profile做出来有何用？印象中，任何和
gene expr有关的研究都是上传的一个data set而不是单个profile，最起码要搞几个重
复来保证能做统计吧？
【在 n**8 的大作中提到】
: 想查一个基因在果蝇中在不同条件（温度，食物， 或者其他stress等等）下表达的情
: 况。查了NCBI 的GEO profiles， 也查了flybase的expression data（包括了
: modEncode的数据）。
: 请问： 1.）还有其他的数据库我可以用么？
: 2.）Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”，显示了各
: 种处理条件下的profile：
: extended cold, 4-day adult
: cold shock, 4-day adult
: heat shock, 4-day adult
: Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3
| n**8
发帖数: 221 | 8 多谢回复。
这也是我疑惑的地方。点了所有链接，好像没有找到对照。。。本人菜鸟，对
bioinformatics, database什么的不了解， 所以来问问对flybase熟悉的大侠。。 |
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