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Biology版 - 一篇一年半前Nature主刊用错shRNA质粒,引用几十次了。
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唉!要来的质粒被俺弄砸了
完全的外行问一个NGS的问题。。。
同时表达两个shRNA的lentiviral vector
RNAi产品和兼职机会
什么样的质粒可以用来包装成慢病毒?
已经做过稳转的细胞,再做稳转是不是难度很大?
求设计 target sequence 为 25nt --29nt 的质粒shRNA 的工具
大侠们有没有直接转过 pTRIPZ的shRNA 质粒
哪家公司的RNAi有效?
点突变
相关话题的讨论汇总
话题: shrna话题: 质粒话题: nature话题: mirna话题: 文章
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1 (共1页)
j***x
发帖数: 1469
1
我想跟踪这篇文章,因为覆盖了我们的领域,其中的RNA-seq, ChIP-seq 对我们的领
域有不小的帮助。 我想自己合成shRNA, 一blast发现, 质粒是错的,两个基因缩写
一样!!!
这种情况怎么处理?
给Nature写信, 肯定撤稿吧? 因为质粒是错的,敲的是别的东西, 缩写是一样的。
l****b
发帖数: 400
2
是不是retract得看看这个东西是不是占文章的主要部分了。
还有一个问题,那就是用这个错的shRNA居然target gene 的蛋白以及功能都会做出来
被下调了(我suppose他们应该会show这些结果吧)?呵呵。天下文章就是一大忽悠啊。
我还曾经听说有人只给了buffer骗人家说
是抗体,结果几天后漂亮的western blot终究还是做出来的笑话。嘿嘿,我小人之心了
j***x
发帖数: 1469
3
这是个control shRNA质粒,所有的升高,降低都是以这个质粒为基准。

【在 l****b 的大作中提到】
: 是不是retract得看看这个东西是不是占文章的主要部分了。
: 还有一个问题,那就是用这个错的shRNA居然target gene 的蛋白以及功能都会做出来
: 被下调了(我suppose他们应该会show这些结果吧)?呵呵。天下文章就是一大忽悠啊。
: 我还曾经听说有人只给了buffer骗人家说
: 是抗体,结果几天后漂亮的western blot终究还是做出来的笑话。嘿嘿,我小人之心了
: 。

l****b
发帖数: 400
4
真是不看不知道啊,每天都能听到这样的笑话题材人生该会有多轻松。

【在 j***x 的大作中提到】
: 这是个control shRNA质粒,所有的升高,降低都是以这个质粒为基准。
i****e
发帖数: 1527
5
我也遇见过类似的情况,文章发在了CELL上,提及了我们感兴趣的基因,一BLAST发现
是缩写一样的另外的一东东,然后我们给通讯作者写信,过了一段时间,人家回信说.
谢谢,我们说的不错,他们又仔细重新核对了正确基因的表达情况,说不影响他们的结
论。
j***x
发帖数: 1469
6
为什么不直接给board写信,出于什么考虑 ?

【在 i****e 的大作中提到】
: 我也遇见过类似的情况,文章发在了CELL上,提及了我们感兴趣的基因,一BLAST发现
: 是缩写一样的另外的一东东,然后我们给通讯作者写信,过了一段时间,人家回信说.
: 谢谢,我们说的不错,他们又仔细重新核对了正确基因的表达情况,说不影响他们的结
: 论。

i*********0
发帖数: 915
7
不会是TCF7L1和TCF3吧?我到现在都搞不清who是who。
K**4
发帖数: 1015
8
这种情况肯定要给editor写信
无论如何,他们需要撤稿的!!!

【在 j***x 的大作中提到】
: 我想跟踪这篇文章,因为覆盖了我们的领域,其中的RNA-seq, ChIP-seq 对我们的领
: 域有不小的帮助。 我想自己合成shRNA, 一blast发现, 质粒是错的,两个基因缩写
: 一样!!!
: 这种情况怎么处理?
: 给Nature写信, 肯定撤稿吧? 因为质粒是错的,敲的是别的东西, 缩写是一样的。

K**4
发帖数: 1015
9
what a joke!
你应该直接给editor写信

【在 i****e 的大作中提到】
: 我也遇见过类似的情况,文章发在了CELL上,提及了我们感兴趣的基因,一BLAST发现
: 是缩写一样的另外的一东东,然后我们给通讯作者写信,过了一段时间,人家回信说.
: 谢谢,我们说的不错,他们又仔细重新核对了正确基因的表达情况,说不影响他们的结
: 论。

s******y
发帖数: 28562
10
然后他们居然就这么煞有介事的把文章写出来了?

【在 j***x 的大作中提到】
: 我想跟踪这篇文章,因为覆盖了我们的领域,其中的RNA-seq, ChIP-seq 对我们的领
: 域有不小的帮助。 我想自己合成shRNA, 一blast发现, 质粒是错的,两个基因缩写
: 一样!!!
: 这种情况怎么处理?
: 给Nature写信, 肯定撤稿吧? 因为质粒是错的,敲的是别的东西, 缩写是一样的。

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RNAi产品和兼职机会
什么样的质粒可以用来包装成慢病毒?
已经做过稳转的细胞,再做稳转是不是难度很大?
求设计 target sequence 为 25nt --29nt 的质粒shRNA 的工具
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d********m
发帖数: 3662
11
写信必定要实名吧?LZ愿意说不定LZ老板还不愿意呢。
z********e
发帖数: 36
12
TCF7L1=TCF3
TCF7L2=TCF4
The rest two are LEF1 and TCF7

【在 i*********0 的大作中提到】
: 不会是TCF7L1和TCF3吧?我到现在都搞不清who是who。
b*****n
发帖数: 1841
13
足可见生物学命名的问题造成的智力的浪费和紊乱。
不同物种,甚至同一物种的命名都各自为政,不陷进去几个人也才怪呢。+

【在 z********e 的大作中提到】
: TCF7L1=TCF3
: TCF7L2=TCF4
: The rest two are LEF1 and TCF7

s******y
发帖数: 28562
14
关键是质粒都用错了,那么原来的那片文章是怎么个写出来的?那些结果都怎么来的?

【在 b*****n 的大作中提到】
: 足可见生物学命名的问题造成的智力的浪费和紊乱。
: 不同物种,甚至同一物种的命名都各自为政,不陷进去几个人也才怪呢。+

m*****u
发帖数: 15526
15
另一个例子:NFATc1=NFAT2
NFATc2=NFAT1

【在 i*********0 的大作中提到】
: 不会是TCF7L1和TCF3吧?我到现在都搞不清who是who。
s******s
发帖数: 13035
16
人家可以argue没用错,是写materials的人写错了。
看这个质粒的篇幅多大了

【在 s******y 的大作中提到】
: 关键是质粒都用错了,那么原来的那片文章是怎么个写出来的?那些结果都怎么来的?
m*****u
发帖数: 15526
17
哪篇文章?可否给连接瞻仰一下

【在 j***x 的大作中提到】
: 我想跟踪这篇文章,因为覆盖了我们的领域,其中的RNA-seq, ChIP-seq 对我们的领
: 域有不小的帮助。 我想自己合成shRNA, 一blast发现, 质粒是错的,两个基因缩写
: 一样!!!
: 这种情况怎么处理?
: 给Nature写信, 肯定撤稿吧? 因为质粒是错的,敲的是别的东西, 缩写是一样的。

c****n
发帖数: 21367
18
人多,路窄,方向不明,应用没有
不忽悠怎么能活

【在 j***x 的大作中提到】
: 我想跟踪这篇文章,因为覆盖了我们的领域,其中的RNA-seq, ChIP-seq 对我们的领
: 域有不小的帮助。 我想自己合成shRNA, 一blast发现, 质粒是错的,两个基因缩写
: 一样!!!
: 这种情况怎么处理?
: 给Nature写信, 肯定撤稿吧? 因为质粒是错的,敲的是别的东西, 缩写是一样的。

l*******i
发帖数: 153
19
给nature写信,估计也难撤稿。
去年发在cell stem cell上的那篇用miRNA诱导iPS的文章,也发生类似的错误,REX1这
个基因,他们的引物就用错了。正确的应该是ZFP42,结果Blat一看,他们用的引物是
amplify REXO1的。qPCR的内参GAPDH,其引物有一个碱基mismatch。发信过去询问,作
者根本不回应。
c****n
发帖数: 21367
20
这样的作者多了,你们认真做的还有什么发CNS的希望?
你做的再好,也比不过作假的吧
为啥不做个网站来搞
类似于方舟子的新语丝
就专门搞CNS的不可重复的,或者有明确错误的文章

【在 l*******i 的大作中提到】
: 给nature写信,估计也难撤稿。
: 去年发在cell stem cell上的那篇用miRNA诱导iPS的文章,也发生类似的错误,REX1这
: 个基因,他们的引物就用错了。正确的应该是ZFP42,结果Blat一看,他们用的引物是
: amplify REXO1的。qPCR的内参GAPDH,其引物有一个碱基mismatch。发信过去询问,作
: 者根本不回应。

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大侠们有没有直接转过 pTRIPZ的shRNA 质粒
哪家公司的RNAi有效?
点突变
诱导型lentivirus shRNA为何没有产病毒?
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l**********1
发帖数: 5204
21
逼良(PI/lab) 为女昌的CNS bio peer review systems?!!

【在 c****n 的大作中提到】
: 人多,路窄,方向不明,应用没有
: 不忽悠怎么能活

a****d
发帖数: 1919
22
I know someone tested the protocol with or without the miRNA, and found no
difference.

【在 l*******i 的大作中提到】
: 给nature写信,估计也难撤稿。
: 去年发在cell stem cell上的那篇用miRNA诱导iPS的文章,也发生类似的错误,REX1这
: 个基因,他们的引物就用错了。正确的应该是ZFP42,结果Blat一看,他们用的引物是
: amplify REXO1的。qPCR的内参GAPDH,其引物有一个碱基mismatch。发信过去询问,作
: 者根本不回应。

h*****9
发帖数: 4028
23
shRNA或者miRNA的文章很多都是胡扯淡的。没有KO支持,我一般不太相信其结果。
s******y
发帖数: 28562
24
你是说那篇用miRNA诱导iPS的文章?

【在 a****d 的大作中提到】
: I know someone tested the protocol with or without the miRNA, and found no
: difference.

j***x
发帖数: 1469
25
一两个个月后公布结果
s******s
发帖数: 13035
26
我ft一百遍!
当年看到了就想试了。和同事讨论了一下,他先上手了两个月,告诉我做不出来

【在 s******y 的大作中提到】
: 你是说那篇用miRNA诱导iPS的文章?
w********r
发帖数: 1431
27
这个control shRNA是target什么protein的?
如果是target GFP或者LacZ之类的东西,对结论也没啥影响吧。

【在 j***x 的大作中提到】
: 这是个control shRNA质粒,所有的升高,降低都是以这个质粒为基准。
j***x
发帖数: 1469
28
他们以为是target天然情况不存在的蛋白,但序列是target一个存在的蛋白,缩写是一
样的。

【在 w********r 的大作中提到】
: 这个control shRNA是target什么protein的?
: 如果是target GFP或者LacZ之类的东西,对结论也没啥影响吧。

l*******i
发帖数: 153
29
我试了三次,只有一次,得到唯一一个human ES-like的colony,但是传代两次后就分
化了。
那篇文章号称的10%的诱导效率,不知他们怎么算的?

【在 s******s 的大作中提到】
: 我ft一百遍!
: 当年看到了就想试了。和同事讨论了一下,他先上手了两个月,告诉我做不出来

u****e
发帖数: 200
30
别瞎费劲了,你报告的结果要看什么人过问这件事情。大多数情况杂志让作者解释,很
多作者就厚着脸皮说,就算错了也不影响结论。
记得去年几个美国学者发现一篇science造假文章,印度人写的,后来证实根本就没做
试验。一开始人家大学死挺印度人,直到有个学术行为检查机构过问此事。名称忘了。
你要想搞他,费不少劲,现在美国的文章假的也很多,要不怎么很多人搞科研一帆风顺
直到tenure呢。
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翻墙求助pLKO.1-puro shRNA慢病毒包装的问题
mini-prep提取的质粒用于lentivirus制备靠谱么?
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s******s
发帖数: 13035
31
//nod. 就是能够诱导出比较像的,但是maintain不了,而且效率很差

【在 l*******i 的大作中提到】
: 我试了三次,只有一次,得到唯一一个human ES-like的colony,但是传代两次后就分
: 化了。
: 那篇文章号称的10%的诱导效率,不知他们怎么算的?

i*********0
发帖数: 915
32
是那个Upenn的文章么?
我们当年还讨论过,觉得很nb的说。
author list上面还有一个熟人。。。。。

【在 l*******i 的大作中提到】
: 我试了三次,只有一次,得到唯一一个human ES-like的colony,但是传代两次后就分
: 化了。
: 那篇文章号称的10%的诱导效率,不知他们怎么算的?

1 (共1页)
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