j****x
发帖数: 1704 | 1 需要选取10-15个house keeping gene做amplicon resequencing，理想的应该是单拷贝
、非家族性的基因。请教在哪里/通过何种方式可以比较容易的确认呢？ |
s******y
发帖数: 28562 | 2 人体里大部分基因都是双拷贝的吧？除非是Y 染色体上的。
【在 j****x 的大作中提到】
: 需要选取10-15个house keeping gene做amplicon resequencing，理想的应该是单拷贝
: 、非家族性的基因。请教在哪里/通过何种方式可以比较容易的确认呢？
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s******s
发帖数: 13035 | 3 还有公的x染色体，呵呵呵
人体里大部分基因都是双拷贝的吧？除非是Y 染色体上的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 人体里大部分基因都是双拷贝的吧？除非是Y 染色体上的。
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j****x
发帖数: 1704 | 4 呵呵，所谓single copy gene自然是针对单倍体基因组而言了吧，否则注释gene locus
的时候不是得标两个chromesome，两个start/end bp，啥都得双份啦
house keeping gene是不是很多都有duplication/gene family，或者pseudogene什么
，希望能避免这些相似序列对PCR的影响。
谢谢！
【在 s******y 的大作中提到】
: 人体里大部分基因都是双拷贝的吧？除非是Y 染色体上的。
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A******y
发帖数: 2041 | 5 Just because you have multiple copies of the same protein, does not mean all
the mRNA are they same. For example, histone H4 has 14 different alleles (
I think) for exactly the same protein all with different mRNA. You can
actually RT-PCR them all independently.
locus
【在 j****x 的大作中提到】
: 呵呵，所谓single copy gene自然是针对单倍体基因组而言了吧，否则注释gene locus
: 的时候不是得标两个chromesome，两个start/end bp，啥都得双份啦
: house keeping gene是不是很多都有duplication/gene family，或者pseudogene什么
: ，希望能避免这些相似序列对PCR的影响。
: 谢谢！
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s******y
发帖数: 28562 | 6 哇靠，这14个版本的histone H4 完全都是synonmous codon, 氨基酸序列一抹一样么？
如果是的话真是让人大开眼界啊！
all
(
【在 A******y 的大作中提到】
: Just because you have multiple copies of the same protein, does not mean all
: the mRNA are they same. For example, histone H4 has 14 different alleles (
: I think) for exactly the same protein all with different mRNA. You can
: actually RT-PCR them all independently.
:
: locus
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Z******5
发帖数: 435 | 7
【在 s******y 的大作中提到】
: 哇靠，这14个版本的histone H4 完全都是synonmous codon, 氨基酸序列一抹一样么？
: 如果是的话真是让人大开眼界啊！
:
: all
: (
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p**********t
发帖数: 2636 | 8 不说是动物还是植物，哪个taxonomic group怎么知道？
【在 j****x 的大作中提到】
: 需要选取10-15个house keeping gene做amplicon resequencing，理想的应该是单拷贝
: 、非家族性的基因。请教在哪里/通过何种方式可以比较容易的确认呢？
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b****r
发帖数: 17995 | 9 呵呵难得碰到你不了解的玩意。这种基因挺多啊
segmental duplication里面的基因们基本上就是这种了
当然不见得每个氨基酸都完全一样。就连一个人的两个allele之间都不一定一模一样嘛
回到楼主的问题，我不知道有人留意到过没，最常用的house keeping基因之一，beta
actin，除了自己，在基因组里还有起码超过10个没有外显子的假基因，我估计是因为
beta actin的mRNA浓度太高，碰巧被逆转录病毒给搞回基因组了。这样的话，如果你企
图用常用的跨内含子的引物来排除cDNA里genomic DNA的干扰，对于beta actin来说可
能造成很大的误差。只有5‘UTR的位置比较容易设计这种跨外显子的beta actin特异引
物。我看过很多人的文章，包括一些CNS牛文，都没有注意这一点
【在 s******y 的大作中提到】
: 哇靠，这14个版本的histone H4 完全都是synonmous codon, 氨基酸序列一抹一样么？
: 如果是的话真是让人大开眼界啊！
:
: all
: (
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A******y
发帖数: 2041 | 10 If you are using RT-PCR, please use multiple house-keeping genes. In
addition, if you input same amount of total mRNA (or cDNA), the Ct value
should be the same, or your house-keeping is been affected by the induced
condition. |
s******y
发帖数: 28562 | 11 呵呵，我不知道的东西多了。我上这个网站的一个动力就是听你们讲一些我不知道的东
西。
你说的那个actin 假基因，有没有人留心看过他们的5'-UTR and 3'-UTR? 因为假如是
体内自身的actin mRNA 不小心搭了病毒的车被转回去的话，应该在UTR 区域也和那个
真的actin类似吧？
beta
【在 b****r 的大作中提到】
: 呵呵难得碰到你不了解的玩意。这种基因挺多啊
: segmental duplication里面的基因们基本上就是这种了
: 当然不见得每个氨基酸都完全一样。就连一个人的两个allele之间都不一定一模一样嘛
: 回到楼主的问题，我不知道有人留意到过没，最常用的house keeping基因之一，beta
: actin，除了自己，在基因组里还有起码超过10个没有外显子的假基因，我估计是因为
: beta actin的mRNA浓度太高，碰巧被逆转录病毒给搞回基因组了。这样的话，如果你企
: 图用常用的跨内含子的引物来排除cDNA里genomic DNA的干扰，对于beta actin来说可
: 能造成很大的误差。只有5‘UTR的位置比较容易设计这种跨外显子的beta actin特异引
: 物。我看过很多人的文章，包括一些CNS牛文，都没有注意这一点
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s******y
发帖数: 28562 | 12 谢谢指教！
【在 Z******5 的大作中提到】
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l**********1
发帖数: 5204 | 13 hidden markov chain model stochastic simulation
可能要用到
pls refer
Gilchrist DA et al. (2010).
Pausing of RNA polymerase II disrupts DNA-specified nucleosome organization
to enable precise gene regulation.
Cell. 143: 540-51.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21074046
and
Boettiger AN et al. (2011).
Transcriptional regulation: effects of promoter proximal pausing on speed,
synchrony and reliability.
PLoS Comput Biol.7: e1001136.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21589887
【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵，我不知道的东西多了。我上这个网站的一个动力就是听你们讲一些我不知道的东
: 西。
: 你说的那个actin 假基因，有没有人留心看过他们的5'-UTR and 3'-UTR? 因为假如是
: 体内自身的actin mRNA 不小心搭了病毒的车被转回去的话，应该在UTR 区域也和那个
: 真的actin类似吧？
:
: beta
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b****r
发帖数: 17995 | 14 那不一定啊
actin 这种基因的coding区的序列肯定是进化压力极大，几千万年都不一定变一点，
UTR的话，我们祖先的和我们现在的区别可能就大了。而被转回去的那些copy，那应该
是几千万年来多次发生逆转录的结果，早年转回去的那些UTR区很可能是面目全非的
【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵，我不知道的东西多了。我上这个网站的一个动力就是听你们讲一些我不知道的东
: 西。
: 你说的那个actin 假基因，有没有人留心看过他们的5'-UTR and 3'-UTR? 因为假如是
: 体内自身的actin mRNA 不小心搭了病毒的车被转回去的话，应该在UTR 区域也和那个
: 真的actin类似吧？
:
: beta
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