请教一个3D structure的问题？ - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 请教一个3D structure的问题？

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z********i 发帖数: 610	1 不是做结构的，特向版上结构大拿请教。在一个分辨率为1.85 Å的结构中，如果两个amino acid之间的距离为2.7 angstrom，比如一个是K,另一个是E，这两个aa 之间能相互作用来稳定蛋白的三级结构吗？多谢了先
s*******e 发帖数: 1010	2 如果K的侧链氨基和E的侧链羧基距离是2.7A，能具有相互作用。
z********i 发帖数: 610	3 多谢。我还有一个问题请教。如果tyrosine的-OH和R的侧链氨基是5.5A，那么tyrosine 被磷酸化以后，他们之间能相互在用吗？因为手上有个蛋白能磷酸化激活，但是不知道机制，它的晶体结构已知，所以我想看看是不是dimerization激活它。 Thanks
C*******e 发帖数: 4348	4 不知道你具体的问题不过可以试试profunc http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/ProFunc/ 输入pdb code或者上传pdb文件会做一系列自动分析还有一个可以尝试的是PDBe PISA http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html 会计算溶液中稳定的oligomer stage什么的

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