请问ChIP-seq differential enrichment - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 请问ChIP-seq differential enrichment

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c*********t 发帖数: 340	1 想请问一下现在做ChIP-seq differential enrichment analysis一般都是用什么样的 pipeline啊，非常感谢能回答的牛牛们：）
t*d 发帖数: 1290	2 Nat Protoc. 2011 Dec 15;7(1):45-61. doi: 10.1038/nprot.2011.420. A computational pipeline for comparative ChIP-seq analyses. Bardet AF, He Q, Zeitlinger J, Stark A. 【在 c*********t 的大作中提到】 : 想请问一下现在做ChIP-seq differential enrichment analysis一般都是用什么样的 : pipeline啊，非常感谢能回答的牛牛们：）
h****n 发帖数: 2552	3 bowtie-homer 这个貌似用的人最多
d****7 发帖数: 109	4 macs或者macs2都行，用一个chip当control,另一个当chip，然后peak call HOMER也非常好，里面有个功能getdifferentialpeaks，或者一样，用一个chip当 control，另一个当chip，设一个fold change值（默认是 4-fold），用findpeak功能做peak call 【在 c*********t 的大作中提到】 : 想请问一下现在做ChIP-seq differential enrichment analysis一般都是用什么样的 : pipeline啊，非常感谢能回答的牛牛们：）

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