j*****4
发帖数: 43 | 1 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
背景，诚心向大虾们求教～ 不胜感激～～～ |
b****r
发帖数: 17995 | |
l**********1
发帖数: 5204 | 3 C elegans RNA-binding proteins (RBPs) POS-1 and GLD-1 both proteins
recognize the glp-1 3' untranslated region (UTR) through adjacent,
overlapping binding sites and that POS-1 binding excludes GLD-1 binding.
PMID 23034181
by Farley BM et al.
POS-1 and GLD-1 repress glp-1 translation through a conserved binding-site
cluster. (2012).
Mol Biol Cell. 23: 4473-83.
web link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23034181
【在 j*****4 的大作中提到】
: 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
: kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
: mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
: 子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
: polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
: 构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
: 背景，诚心向大虾们求教～ 不胜感激～～～
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b****r
发帖数: 17995 | 4 你这是UTR,LZ的都基因下游几十K了
那我也举个不一定恰当的例子吧，比如IGF2下游若干Kb的CpG island （IC1）就影响
IGF2的表达
【在 l**********1 的大作中提到】
: C elegans RNA-binding proteins (RBPs) POS-1 and GLD-1 both proteins
: recognize the glp-1 3' untranslated region (UTR) through adjacent,
: overlapping binding sites and that POS-1 binding excludes GLD-1 binding.
: PMID 23034181
: by Farley BM et al.
: POS-1 and GLD-1 repress glp-1 translation through a conserved binding-site
: cluster. (2012).
: Mol Biol Cell. 23: 4473-83.
: web link:
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23034181
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l**********1
发帖数: 5204 | 5 how about COL4A1 ?
PMID 22253229
Assadian S et al.
p53 inhibits angiogenesis by inducing the production of Arresten. (2012).
Cancer Res. 72: 1270-9.
cited
p53 directly activated transcription of the COL4A1 gene by binding to an
enhancer region 26 kbp downstream of its 3' end
PubMed link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22253229
【在 b****r 的大作中提到】
: 你这是UTR,LZ的都基因下游几十K了
: 那我也举个不一定恰当的例子吧，比如IGF2下游若干Kb的CpG island （IC1）就影响
: IGF2的表达
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g*******r
发帖数: 129 | 6 I think you should look into microRNA-based regulation. |
M*P
发帖数: 6456 | 7 去查查high c之类的数据库八，应该是染色体结构相关。
【在 j*****4 的大作中提到】
: 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
: kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
: mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
: 子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
: polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
: 构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
: 背景，诚心向大虾们求教～ 不胜感激～～～
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s******s
发帖数: 13035 | 8 我觉得你考虑这些东西之前，先去看看你这个cell的genome browser这个位置有没有表
达，比如你这个基因，其他基因，ncRNA等等。当然，你说的这些都有可能
【在 j*****4 的大作中提到】
: 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
: kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
: mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
: 子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
: polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
: 构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
: 背景，诚心向大虾们求教～ 不胜感激～～～
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s******y
发帖数: 28562 | 9 也有可能是间接关系啊。比方说那个区域其实影响的是另外一个蛋白（或者RNA)，然后
通过那个蛋白(or RNA)来影响你感兴趣的基因。
【在 j*****4 的大作中提到】
: 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
: kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
: mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
: 子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
: polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
: 构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
: 背景，诚心向大虾们求教～ 不胜感激～～～
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D****g
发帖数: 275 | 10 Here is another possibility.
Controlling long-range genomic interactions at a native locus by targeted
tethering of a looping factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22682246
【在 j*****4 的大作中提到】
: 我们正在研究的一个课题发现一个基因有polymorphism，但离那个基因的3’端有几十
: kb。这个polymorphism与该基因的表达有紧密关系（有些突变会高度上调这个基因的
: mRNA和蛋白水平）。我所知道的polymorphism一般在基因的转录调控区域或外显子内含
: 子之类的，这样的话调控基因的表达比较解释得通。但在距3‘端这么远的
: polymorphism怎么调节基因的mRNA水平我就不知道了。有没有可能是因为DNA的三级结
: 构受到突变的影响？或者是epigenetics的变化引起的？我没有genomic和epigenetic的
: 背景，诚心向大虾们求教～ 不胜感激～～～
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j*****4
发帖数: 43 | 11
这就是有意思的地方，这个多态性在另一个基因的5‘端，可对那个基因的表达却没什
么影响，那个基因也不是转录因子什么的。可能还是与RNA或染色体结构有关。
【在 s******y 的大作中提到】
: 也有可能是间接关系啊。比方说那个区域其实影响的是另外一个蛋白（或者RNA)，然后
: 通过那个蛋白(or RNA)来影响你感兴趣的基因。
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j*****4
发帖数: 43 | 12
这个有点像，谢谢大虾提供的宝贵文献。
【在 l**********1 的大作中提到】
: how about COL4A1 ?
: PMID 22253229
: Assadian S et al.
: p53 inhibits angiogenesis by inducing the production of Arresten. (2012).
: Cancer Res. 72: 1270-9.
: cited
: p53 directly activated transcription of the COL4A1 gene by binding to an
: enhancer region 26 kbp downstream of its 3' end
: PubMed link:
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22253229
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j*****4
发帖数: 43 | 13
有道理，我先去查查看，多谢！！
【在 s******s 的大作中提到】
: 我觉得你考虑这些东西之前，先去看看你这个cell的genome browser这个位置有没有表
: 达，比如你这个基因，其他基因，ncRNA等等。当然，你说的这些都有可能
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l**********1
发帖数: 5204 | 14 De rien
btw, just little shrimp not king lobster
【在 j*****4 的大作中提到】
:
: 有道理，我先去查查看，多谢！！
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