m***u 发帖数: 39 | 1 想看看TCGA database里miR-21在Breast cancer中的表达量的变化,有哪一个软件可以
做?现在可以download下来,但是不会分析啊??有没有同行说说。谢拉 |
N******n 发帖数: 3003 | 2 可以下载所有的data下来看看,没有特别的软件。 |
R****n 发帖数: 708 | 3 my simple R code. Try to read the basic R, and you should be able to get it
in a few weeks.
setwd("C:/Users/meng09/Downloads/BRCA/BCGSC__IlluminaHiSeq_miRNASeq/Level_3")
lst<-list.files()
exprtable<-c()
Nam<-c()
for (f in lst) {
temp<-read.delim(f)
Nam<-c(Nam,as.character(temp[1,"barcode"]))
exprtable<-cbind(exprtable,temp[,"reads_per_million_miRNA_mapped"])
}
exprtable[1:5,1:5]
exprs<-as.data.frame(exprtable)
samp<-Nam
probe<-as.character(temp[,"miRNA_ID"])
names(exprs)<-samp
rownames(exprs)<-probe
#two tables with sample names
miRtable<-as.data.frame(cbind(substring(samp,1,16),t(exprs)))
Clintable<-read.delim("C:/Users/meng09/Downloads/BRCA/BCGSC__IlluminaHiSeq_
miRNASeq/biospecimen_sample_brca.txt")
#match two matrix
MG<-merge(Clintable,miRtable,by.x="bcr_sample_barcode",by.y="V1")
names(MG)
miR<-MG[,20:1065]
CN<-MG[,"sample_type"]
【在 m***u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 想看看TCGA database里miR-21在Breast cancer中的表达量的变化,有哪一个软件可以 : 做?现在可以download下来,但是不会分析啊??有没有同行说说。谢拉
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m***u 发帖数: 39 | |
n******e 发帖数: 110 | 5 想下载TCGA原始测序data,可看了说明说是得PI申请。是不是申请都能够批呢?上次看
到TCGA的人做报告说是所有breast cancer的数据都可以下载,没有限制了。有谁知道
给说说?谢谢!
【在 N******n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 可以下载所有的data下来看看,没有特别的软件。
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l***y 发帖数: 4671 | 6 过来人说,可以申请得到,但得扒一层皮。
【在 n******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 想下载TCGA原始测序data,可看了说明说是得PI申请。是不是申请都能够批呢?上次看 : 到TCGA的人做报告说是所有breast cancer的数据都可以下载,没有限制了。有谁知道 : 给说说?谢谢!
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x******m 发帖数: 736 | 7 帮人帮到底,好歹写成一个function吧。呵呵
it
3")
【在 R****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : my simple R code. Try to read the basic R, and you should be able to get it : in a few weeks. : setwd("C:/Users/meng09/Downloads/BRCA/BCGSC__IlluminaHiSeq_miRNASeq/Level_3") : lst<-list.files() : exprtable<-c() : Nam<-c() : for (f in lst) { : temp<-read.delim(f) : Nam<-c(Nam,as.character(temp[1,"barcode"])) : exprtable<-cbind(exprtable,temp[,"reads_per_million_miRNA_mapped"])
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S*********s 发帖数: 304 | 8 不会编程的直接去这里查吧。
http://www.cbioportal.org/public-portal/
【在 m***u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 想看看TCGA database里miR-21在Breast cancer中的表达量的变化,有哪一个软件可以 : 做?现在可以download下来,但是不会分析啊??有没有同行说说。谢拉
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R****n 发帖数: 708 | 9 no limitation now. you can do what ever you want, but asking for a
permission from TCGA before publication. Breast cancer has around 500
patients.
https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/
【在 n******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 想下载TCGA原始测序data,可看了说明说是得PI申请。是不是申请都能够批呢?上次看 : 到TCGA的人做报告说是所有breast cancer的数据都可以下载,没有限制了。有谁知道 : 给说说?谢谢!
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R****n 发帖数: 708 | 10 其实code我都有,也有过这个想法,就是太忙了,平时凑和一下过去了。
【在 x******m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 帮人帮到底,好歹写成一个function吧。呵呵 : : it : 3")
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i*e 发帖数: 352 | 11 zkss, 具体怎么个扒一层皮法?
【在 l***y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 过来人说,可以申请得到,但得扒一层皮。
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