m***u
发帖数: 39 | 1 想看看TCGA database里miR-21在Breast cancer中的表达量的变化，有哪一个软件可以
做？现在可以download下来，但是不会分析啊？？有没有同行说说。谢拉 |
N******n
发帖数: 3003 | 2 可以下载所有的data下来看看，没有特别的软件。 |
R****n
发帖数: 708 | 3 my simple R code. Try to read the basic R, and you should be able to get it
in a few weeks.
setwd("C:/Users/meng09/Downloads/BRCA/BCGSC__IlluminaHiSeq_miRNASeq/Level_3")
lst<-list.files()
exprtable<-c()
Nam<-c()
for (f in lst) {
temp<-read.delim(f)
Nam<-c(Nam,as.character(temp[1,"barcode"]))
exprtable<-cbind(exprtable,temp[,"reads_per_million_miRNA_mapped"])
}
exprtable[1:5,1:5]
exprs<-as.data.frame(exprtable)
samp<-Nam
probe<-as.character(temp[,"miRNA_ID"])
names(exprs)<-samp
rownames(exprs)<-probe
#two tables with sample names
miRtable<-as.data.frame(cbind(substring(samp,1,16),t(exprs)))
Clintable<-read.delim("C:/Users/meng09/Downloads/BRCA/BCGSC__IlluminaHiSeq_
miRNASeq/biospecimen_sample_brca.txt")
#match two matrix
MG<-merge(Clintable,miRtable,by.x="bcr_sample_barcode",by.y="V1")
names(MG)
miR<-MG[,20:1065]
CN<-MG[,"sample_type"]
【在 m***u 的大作中提到】
: 想看看TCGA database里miR-21在Breast cancer中的表达量的变化，有哪一个软件可以
: 做？现在可以download下来，但是不会分析啊？？有没有同行说说。谢拉
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m***u
发帖数: 39 | |
n******e
发帖数: 110 | 5 想下载TCGA原始测序data，可看了说明说是得PI申请。是不是申请都能够批呢？上次看
到TCGA的人做报告说是所有breast cancer的数据都可以下载，没有限制了。有谁知道
给说说？谢谢！
【在 N******n 的大作中提到】
: 可以下载所有的data下来看看，没有特别的软件。
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l***y
发帖数: 4671 | 6 过来人说，可以申请得到，但得扒一层皮。
【在 n******e 的大作中提到】
: 想下载TCGA原始测序data，可看了说明说是得PI申请。是不是申请都能够批呢？上次看
: 到TCGA的人做报告说是所有breast cancer的数据都可以下载，没有限制了。有谁知道
: 给说说？谢谢！
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x******m
发帖数: 736 | 7 帮人帮到底，好歹写成一个function吧。呵呵
it
3")
【在 R****n 的大作中提到】
: my simple R code. Try to read the basic R, and you should be able to get it
: in a few weeks.
: setwd("C:/Users/meng09/Downloads/BRCA/BCGSC__IlluminaHiSeq_miRNASeq/Level_3")
: lst<-list.files()
: exprtable<-c()
: Nam<-c()
: for (f in lst) {
: temp<-read.delim(f)
: Nam<-c(Nam,as.character(temp[1,"barcode"]))
: exprtable<-cbind(exprtable,temp[,"reads_per_million_miRNA_mapped"])
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S*********s
发帖数: 304 | 8 不会编程的直接去这里查吧。
http://www.cbioportal.org/public-portal/
【在 m***u 的大作中提到】
: 想看看TCGA database里miR-21在Breast cancer中的表达量的变化，有哪一个软件可以
: 做？现在可以download下来，但是不会分析啊？？有没有同行说说。谢拉
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R****n
发帖数: 708 | 9 no limitation now. you can do what ever you want, but asking for a
permission from TCGA before publication. Breast cancer has around 500
patients.
https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/
【在 n******e 的大作中提到】
: 想下载TCGA原始测序data，可看了说明说是得PI申请。是不是申请都能够批呢？上次看
: 到TCGA的人做报告说是所有breast cancer的数据都可以下载，没有限制了。有谁知道
: 给说说？谢谢！
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R****n
发帖数: 708 | 10 其实code我都有，也有过这个想法，就是太忙了，平时凑和一下过去了。
【在 x******m 的大作中提到】
: 帮人帮到底，好歹写成一个function吧。呵呵
:
: it
: 3")
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i*e
发帖数: 352 | 11 zkss, 具体怎么个扒一层皮法？
【在 l***y 的大作中提到】
: 过来人说，可以申请得到，但得扒一层皮。
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