c**a
发帖数: 94 | 1 A图是一个已知的antagonist, antagonist浓度不同,4条曲线是拮抗不同浓度的已知
agonist, 0.5uM, 1uM, 3uM, 5uM. B图是一个新化合物,搞不清楚机制, 但是同样的实
验, 做出来的4条曲线明显和已知那个拮抗剂不同.
问题是B图的antagonist是个allosteric modulator吗, 怎么证明? 这两个图可以转化
成 Schild regression plot 吗, 怎么转化? | s******c
发帖数: 331 | 2 schild regression plot是比较老的方法了，这两个图里做的competition binding
curves是比较现代的用来发表的东西，你为什么要转化？
就这个图来说，B很可能是negative allosteric modulator，因为competition curve
达到的plateau跟你用的agonist有关，说明B不是competitive binding。如果B是
competitive binding，理论上当B达到足够的浓度应该会完全compete掉agonists从而
最后的plateau完全是B的效果，如同A一样，agonist-independent，现在B的
competition curves plateau是agonist-dependent，说明B是non-competitive
binding。
当然，证明一个compound是allosteric ligand是复杂的，一个实验不够，往往需要多
个实验去从各个方面证明。就你贴的这个结果，很多问题，首先agonists应该不是
radioactive的，可能是fluorescent agonists，所以signal window很小，即便有
error bars，在pharmacology world里面也是会被鄙视的:) 另外这些agonists的
dissociation rates，incubation的时间，你用的receptor source都会影响结果从而
造成non-competitive binding的假象。
Allosteric compounds以及bitopic compounds是现在drug discovery and
development里很火的一个方向，大家做的方法五花八门，争议也很多，不过一个被
wildly accepted的说法是如果你能证明一个compound（例如你图里的B）可以change
the dynamics of the orthosteric ligands，例如改变association/dissociation
rate，或者change efficacy，例如synergically enhance agonist-induced
signaling （只是针对positive allosteric modulator), 那就很convincing，当然这
些都不是简单的ligand binding assays可以做的。
【在 c**a 的大作中提到】
: A图是一个已知的antagonist, antagonist浓度不同,4条曲线是拮抗不同浓度的已知
: agonist, 0.5uM, 1uM, 3uM, 5uM. B图是一个新化合物,搞不清楚机制, 但是同样的实
: 验, 做出来的4条曲线明显和已知那个拮抗剂不同.
: 问题是B图的antagonist是个allosteric modulator吗, 怎么证明? 这两个图可以转化
: 成 Schild regression plot 吗, 怎么转化?
| c**a
发帖数: 94 | 3 谢谢指点,一针见血. 这两个图是用brain tissue做的, 如果用一般的细胞, 信号就不
止这么点了, 大概是4-6倍. 但是问题是,细胞做这个同样的实验, B也能把agonist
compete到最低点, 只是IC50不同. 不知道怎么解释这个现象. 我觉得这是个NAM, 但是
不知道什么才是最有说服力的实验. 你说的改变agonist dissociation实验怎么做?
还有一个问题是, 这个agonist是个endogenouse peptide, 跟已知的合成的小分子
agonist位点很可能不一样(根据文献). 这个peptide agonist 有两个问题, 一个是如
果做shift agonist curve的话(用不同浓度的PAM), 在脑组织里不好做, 因为它的
curve没有plateau, 没法算alpha值. 另一个就是它在浓度高的时候不specific, 也就
是为什么它不plateau. 所以难道我们只能用细胞证明它是PAM 吗? 还有peptide
dissociation怎么做, 要H3标记的吗?
curve
【在 s******c 的大作中提到】
: schild regression plot是比较老的方法了，这两个图里做的competition binding
: curves是比较现代的用来发表的东西，你为什么要转化？
: 就这个图来说，B很可能是negative allosteric modulator，因为competition curve
: 达到的plateau跟你用的agonist有关，说明B不是competitive binding。如果B是
: competitive binding，理论上当B达到足够的浓度应该会完全compete掉agonists从而
: 最后的plateau完全是B的效果，如同A一样，agonist-independent，现在B的
: competition curves plateau是agonist-dependent，说明B是non-competitive
: binding。
: 当然，证明一个compound是allosteric ligand是复杂的，一个实验不够，往往需要多
: 个实验去从各个方面证明。就你贴的这个结果，很多问题，首先agonists应该不是
| l***y
发帖数: 4671 | 4 tissue 啊。。。会不会 dynamics 和 kinetics 的作用重合到一起去了？cell line
上可以更好地得到 pd 的信息，而 pk 的信息需要做个标记测量一下？
【在 c**a 的大作中提到】
: 谢谢指点,一针见血. 这两个图是用brain tissue做的, 如果用一般的细胞, 信号就不
: 止这么点了, 大概是4-6倍. 但是问题是,细胞做这个同样的实验, B也能把agonist
: compete到最低点, 只是IC50不同. 不知道怎么解释这个现象. 我觉得这是个NAM, 但是
: 不知道什么才是最有说服力的实验. 你说的改变agonist dissociation实验怎么做?
: 还有一个问题是, 这个agonist是个endogenouse peptide, 跟已知的合成的小分子
: agonist位点很可能不一样(根据文献). 这个peptide agonist 有两个问题, 一个是如
: 果做shift agonist curve的话(用不同浓度的PAM), 在脑组织里不好做, 因为它的
: curve没有plateau, 没法算alpha值. 另一个就是它在浓度高的时候不specific, 也就
: 是为什么它不plateau. 所以难道我们只能用细胞证明它是PAM 吗? 还有peptide
: dissociation怎么做, 要H3标记的吗?
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