【请教】Ribsome binding site 软件 - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 【请教】Ribsome binding site 软件

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w********a 发帖数: 324	1 有什么比较好用的软件或者网上的程序，可以分析bacteria 的Ribsome binding site sequence？？看网上说有一个叫RBSFinder，但是现在好像下不到了。有人可以share一下吗？谢谢
H*******i 发帖数: 196	2 去salis lab主页 software
w********a 发帖数: 324	3 我说的是我输入一个sequence，然后看哪一段是可能的RBS。这个软件好像是design RBS？？可以实现我需要的功能吗？【在 H*******i 的大作中提到】 : 去salis lab主页 software
H*******i 发帖数: 196	4 很多序列都可以有binding活性大体上就是互补序列，比如e coli的AGGAGGA。一般RBS都在ATG上游6bp左右，再远的rbs活性是指数下降的。距离15bp-20bp只有1/100 到1/1000的活性。 salis的工作是可以在某些情况下计算translation相对起始速率（evaluate和Predict: Operon Expression？后面那个我没用过），不够你的要求么？
h**********r 发帖数: 671	5 可以把基因组分析统计一下，看一下规律。应该是和16rRNA的一小段区域是互补的。

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