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Biology版 - 请教:什么软件可以把两个肽连起来,然后进行结构优化
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y*****3
发帖数: 5
1
有两个已知序列的肽片段A,B,一个linker C。我想通过同源模拟将两个肽片段的结构
弄出来,然后不知道通过什么软件可以将两个肽通过linker连起来成为A-C-B或者 B-C-
A。两个肽都含有大约110氨基酸。
本打算直接将A-C-B或者 B-C-A进行序列比对,同源模拟,但是发现这样的结果造成A,B
中的a螺旋,beta-折叠位置不一样,这是不是说明这样的做法相对于上面不科学。
谢谢!
l**********1
发帖数: 5204
2
LZ can try this OSPERY soft,
cited:
OSPREY is a suite of programs for computational structure-based protein
design.
web link:
http://www.cs.duke.edu/donaldlab/osprey.php
or
http://www.cs.duke.edu/donaldlab/software.php
from
http://kinemage.biochem.duke.edu/
original hint was from
http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=software/software_links/ana
or
http://www.utoronto.ca/zhanglab/links.html

C-
,B

【在 y*****3 的大作中提到】
: 有两个已知序列的肽片段A,B,一个linker C。我想通过同源模拟将两个肽片段的结构
: 弄出来,然后不知道通过什么软件可以将两个肽通过linker连起来成为A-C-B或者 B-C-
: A。两个肽都含有大约110氨基酸。
: 本打算直接将A-C-B或者 B-C-A进行序列比对,同源模拟,但是发现这样的结果造成A,B
: 中的a螺旋,beta-折叠位置不一样,这是不是说明这样的做法相对于上面不科学。
: 谢谢!

E******g
发帖数: 170
3
取决于你的蛋白的大小,以及linker是不是多肽
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