请教：什么软件可以把两个肽连起来，然后进行结构优化 - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 请教：什么软件可以把两个肽连起来，然后进行结构优化

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y*****3 发帖数: 5	1 有两个已知序列的肽片段A,B，一个linker C。我想通过同源模拟将两个肽片段的结构弄出来，然后不知道通过什么软件可以将两个肽通过linker连起来成为A-C-B或者 B-C- A。两个肽都含有大约110氨基酸。本打算直接将A-C-B或者 B-C-A进行序列比对，同源模拟，但是发现这样的结果造成A,B 中的a螺旋，beta-折叠位置不一样，这是不是说明这样的做法相对于上面不科学。谢谢！
l**********1 发帖数: 5204	2 LZ can try this OSPERY soft, cited: OSPREY is a suite of programs for computational structure-based protein design. web link: http://www.cs.duke.edu/donaldlab/osprey.php or http://www.cs.duke.edu/donaldlab/software.php from http://kinemage.biochem.duke.edu/ original hint was from http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=software/software_links/ana or http://www.utoronto.ca/zhanglab/links.html C- ,B 【在 y*****3 的大作中提到】 : 有两个已知序列的肽片段A,B，一个linker C。我想通过同源模拟将两个肽片段的结构 : 弄出来，然后不知道通过什么软件可以将两个肽通过linker连起来成为A-C-B或者 B-C- : A。两个肽都含有大约110氨基酸。 : 本打算直接将A-C-B或者 B-C-A进行序列比对，同源模拟，但是发现这样的结果造成A,B : 中的a螺旋，beta-折叠位置不一样，这是不是说明这样的做法相对于上面不科学。 : 谢谢！
E******g 发帖数: 170	3 取决于你的蛋白的大小，以及linker是不是多肽

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