m*n 发帖数: 695 | 1 新手, 刚刚做SNP ,试验做完了, 一个基因我做了13 个primers (13 个SNP位点),
共有400 个样本, 有对照组和疾病组。该怎样分析这些数据呢? 一头雾水,不知
从和下手。 请高手指点!
谢谢!!! |
d********0 发帖数: 534 | 2 很easy啊,你把正常与对照做genotype与allele的对比就行了啊
看你的13个SNP中,哪个是致病SNP啊
不过你对照与病例组加起来才400例,可信度上就要差些了 |
m*n 发帖数: 695 | 3 非常感谢您的指点! 用什么软件做啊? 我老板让我用haploview 的软件分析, 我不
知道该如何分析。
能否再具体指点下?
再次感谢!!!
【在 d********0 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 很easy啊,你把正常与对照做genotype与allele的对比就行了啊 : 看你的13个SNP中,哪个是致病SNP啊 : 不过你对照与病例组加起来才400例,可信度上就要差些了
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d********0 发帖数: 534 | 4 用haploview目的就是做个LD analysis,得出D'与r2的两个值,这个软件很小,你可以
用自己的数据,也可以联网用网络数据库的数据,不过说实话我原来用xp电脑,联网算
很慢,这些东东你自己上网学学吧
就关键是你比较一下对照与病人组的SNP,查出哪几个SNP与疾病有关联,这样OK了
多读文献,别人帮你只能在大面上帮一帮
【在 m*n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 非常感谢您的指点! 用什么软件做啊? 我老板让我用haploview 的软件分析, 我不 : 知道该如何分析。 : 能否再具体指点下? : 再次感谢!!!
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m*n 发帖数: 695 | 5 非常感谢您的建议!
【在 d********0 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 用haploview目的就是做个LD analysis,得出D'与r2的两个值,这个软件很小,你可以 : 用自己的数据,也可以联网用网络数据库的数据,不过说实话我原来用xp电脑,联网算 : 很慢,这些东东你自己上网学学吧 : 就关键是你比较一下对照与病人组的SNP,查出哪几个SNP与疾病有关联,这样OK了 : 多读文献,别人帮你只能在大面上帮一帮
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u*********1 发帖数: 2518 | 6 Sanger sequencing的话得到的都是.ab1的文件吧
其实我一直有个问题,如何把.ab1 file转化成fasta/fastq格式然后可以按照NGS的
方法来做?
如果只找比如罕见突变,我自己用的program叫novoSNP,觉得还不错
如果要看LD啥的,估计就是那个broad的haploview吧,我自己也没做过,不确定
),
【在 m*n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 新手, 刚刚做SNP ,试验做完了, 一个基因我做了13 个primers (13 个SNP位点), : 共有400 个样本, 有对照组和疾病组。该怎样分析这些数据呢? 一头雾水,不知 : 从和下手。 请高手指点! : 谢谢!!!
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m*n 发帖数: 695 | 7 非常感谢!!!
【在 u*********1 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Sanger sequencing的话得到的都是.ab1的文件吧 : 其实我一直有个问题,如何把.ab1 file转化成fasta/fastq格式然后可以按照NGS的 : 方法来做? : 如果只找比如罕见突变,我自己用的program叫novoSNP,觉得还不错 : 如果要看LD啥的,估计就是那个broad的haploview吧,我自己也没做过,不确定 : : ),
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