m*n
发帖数: 695 | 1 新手， 刚刚做SNP ，试验做完了， 一个基因我做了13 个primers （13 个SNP位点）,
共有400 个样本， 有对照组和疾病组。该怎样分析这些数据呢？ 一头雾水，不知
从和下手。 请高手指点！
谢谢！！！ |
d********0
发帖数: 534 | 2 很easy啊，你把正常与对照做genotype与allele的对比就行了啊
看你的13个SNP中，哪个是致病SNP啊
不过你对照与病例组加起来才400例，可信度上就要差些了 |
m*n
发帖数: 695 | 3 非常感谢您的指点！ 用什么软件做啊？ 我老板让我用haploview 的软件分析， 我不
知道该如何分析。
能否再具体指点下?
再次感谢！！！
【在 d********0 的大作中提到】
: 很easy啊，你把正常与对照做genotype与allele的对比就行了啊
: 看你的13个SNP中，哪个是致病SNP啊
: 不过你对照与病例组加起来才400例，可信度上就要差些了
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d********0
发帖数: 534 | 4 用haploview目的就是做个LD analysis，得出D'与r2的两个值，这个软件很小，你可以
用自己的数据，也可以联网用网络数据库的数据，不过说实话我原来用xp电脑，联网算
很慢，这些东东你自己上网学学吧
就关键是你比较一下对照与病人组的SNP，查出哪几个SNP与疾病有关联，这样OK了
多读文献，别人帮你只能在大面上帮一帮
【在 m*n 的大作中提到】
: 非常感谢您的指点！ 用什么软件做啊？ 我老板让我用haploview 的软件分析， 我不
: 知道该如何分析。
: 能否再具体指点下?
: 再次感谢！！！
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m*n
发帖数: 695 | 5 非常感谢您的建议！
【在 d********0 的大作中提到】
: 用haploview目的就是做个LD analysis，得出D'与r2的两个值，这个软件很小，你可以
: 用自己的数据，也可以联网用网络数据库的数据，不过说实话我原来用xp电脑，联网算
: 很慢，这些东东你自己上网学学吧
: 就关键是你比较一下对照与病人组的SNP，查出哪几个SNP与疾病有关联，这样OK了
: 多读文献，别人帮你只能在大面上帮一帮
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u*********1
发帖数: 2518 | 6 Sanger sequencing的话得到的都是.ab1的文件吧
其实我一直有个问题，如何把.ab1 file转化成fasta/fastq格式然后可以按照ＮＧＳ的
方法来做？
如果只找比如罕见突变，我自己用的program叫novoSNP,觉得还不错
如果要看ＬＤ啥的，估计就是那个broad的haploview吧，我自己也没做过，不确定
）,
【在 m*n 的大作中提到】
: 新手， 刚刚做SNP ，试验做完了， 一个基因我做了13 个primers （13 个SNP位点）,
: 共有400 个样本， 有对照组和疾病组。该怎样分析这些数据呢？ 一头雾水，不知
: 从和下手。 请高手指点！
: 谢谢！！！
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m*n
发帖数: 695 | 7 非常感谢！！！
【在 u*********1 的大作中提到】
: Sanger sequencing的话得到的都是.ab1的文件吧
: 其实我一直有个问题，如何把.ab1 file转化成fasta/fastq格式然后可以按照ＮＧＳ的
: 方法来做？
: 如果只找比如罕见突变，我自己用的program叫novoSNP,觉得还不错
: 如果要看ＬＤ啥的，估计就是那个broad的haploview吧，我自己也没做过，不确定
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: ）,
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