o**4
发帖数: 35028 | 1 我用feng zhang实验室的网站设计的结果如下：
http://crispr.mit.edu/job/9989720016962422
all guides
scored by inverse likelihood of offtarget binding
mouse over for details ... hide legend
high quality guide
mid quality guide
low quality guide
score sequence
Guide #1 68 AGCTGTAGCATTTTCTAACT TGG
Guide #2 62 AGCTACAAACTTTAAGACAA AGG
Guide #1 44 TTACTTTCTGAAAATCATCT TGG
Guide #3 43 TTAAGCTTTCTATTGTTTGT CGG
Guide #5 40 TTTGCCTGAACAACTTAAAG AGG
Guide #4 31 CAGAAAGTAAAACTAAAAGT TGG
Guide #3 20 CTATCCTCTTTAAGTTGTTC AGG
基本上都是20bp+UGG的结构，
然后要是order oligo的话，序列应该是咋样的呢？
需要带上后面的UGG吗？
然后克隆的话，是应该克隆岛pX330上吗？
谢谢 |
g*********s
发帖数: 350 | |
c****g
发帖数: 93 | 3 你有空发文没空看Feng的网页么？一切信息都在那里。 |
o**4
发帖数: 35028 | 4 看了啊，似乎是不用加吧，
但是网页上没有说的很明确
【在 c****g 的大作中提到】
: 你有空发文没空看Feng的网页么？一切信息都在那里。
|
r********s
发帖数: 149 | 5 不用加，20bp加上4bp overhang.cloned into pX330
有没有人知道那些数字是什么意思？数字越大越specific or more efficient?
【在 o**4 的大作中提到】
: 看了啊，似乎是不用加吧，
: 但是网页上没有说的很明确
|
o**4
发帖数: 35028 | 6 好像是off target的可能性越小吧
【在 r********s 的大作中提到】
: 不用加，20bp加上4bp overhang.cloned into pX330
: 有没有人知道那些数字是什么意思？数字越大越specific or more efficient?
|
o**4
发帖数: 35028 | 7 我用feng zhang实验室的网站设计的结果如下：
http://crispr.mit.edu/job/9989720016962422
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Guide #1 68 AGCTGTAGCATTTTCTAACT TGG
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Guide #3 20 CTATCCTCTTTAAGTTGTTC AGG
基本上都是20bp+UGG的结构，
然后要是order oligo的话，序列应该是咋样的呢？
需要带上后面的UGG吗？
然后克隆的话，是应该克隆岛pX330上吗？
谢谢 |
g*********s
发帖数: 350 | |
c****g
发帖数: 93 | 9 你有空发文没空看Feng的网页么？一切信息都在那里。 |
o**4
发帖数: 35028 | 10 看了啊，似乎是不用加吧，
但是网页上没有说的很明确
【在 c****g 的大作中提到】
: 你有空发文没空看Feng的网页么？一切信息都在那里。
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o**4
发帖数: 35028 | 11 好像是off target的可能性越小吧
【在 r********s 的大作中提到】
: 不用加，20bp加上4bp overhang.cloned into pX330
: 有没有人知道那些数字是什么意思？数字越大越specific or more efficient?
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c****g
发帖数: 93 | |
f*****f
发帖数: 195 | 13 不用加，oligo 20bp两侧加上载体对应酶切位点，可以连接上就行。Feng Zhang
nature protocol也有介绍。
【在 o**4 的大作中提到】
: 看了啊，似乎是不用加吧，
: 但是网页上没有说的很明确
|
m******o
发帖数: 8504 | 14 我就是用的这个
[在 flyskyf (flyskyf) 的大作中提到：]
：不用加，oligo 20bp两侧加上载体对应酶切位点，可以连接上就行。Feng Zhang
：nature protocol也有介绍。
：........... |
v********e
发帖数: 1597 | 15 给我个email我把怎么设计和构建的protocol发给你，我用的pSpCas9-BB 和pLenti-
CRIPSR V2, addgene 有，适用于这个protocol |
l***s
发帖数: 841 | 16 可以试试这个新发表的网站： http://crispr.wustl.edu. 对绝大多数基因已经都设计好了，直接用就行了。
【在 o**4 的大作中提到】
: 我用feng zhang实验室的网站设计的结果如下：
: http://crispr.mit.edu/job/9989720016962422
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O**********a
发帖数: 317 | |
