M********r
发帖数: 142 | 1 请问，我做Gene expression之后，得到两万多基因的表达值；如果FDR设定0.05之后，
还剩300多。
打算做GSEA，和别人的KD数据比较，那是用FDR filter之后的300多基因，还是直接把
全部基因都导入到GSEA软件里面让GSEA filter？
谢谢！ |
W***o
发帖数: 6519 | 2 all genes imported to GSEA for cluster/pathway analysis.
【在 M********r 的大作中提到】
: 请问，我做Gene expression之后，得到两万多基因的表达值；如果FDR设定0.05之后，
: 还剩300多。
: 打算做GSEA，和别人的KD数据比较，那是用FDR filter之后的300多基因，还是直接把
: 全部基因都导入到GSEA软件里面让GSEA filter？
: 谢谢！
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M********r
发帖数: 142 | 3 太感谢了。FDR过滤后的做，为什么不可以？
还一个问题。我经常遇到1001 error，就是None of the gene sets that you
specified passed the size threshold.
我同事说可能是下载用来比较用的别人的gene set里面包含的基因太少。但是我看了一
下，里面有200多个基因。
也不是 gene identifiers 没设置对，我试了false和ture，都不行。
这是怎么回事？
能设置Min/Max size parameter吗？该怎么设置？
谢谢！！
【在 W***o 的大作中提到】
: all genes imported to GSEA for cluster/pathway analysis.
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W***o
发帖数: 6519 | 4 I usually write code to run GSEA in terminal. I can copy you my settings
later.
【在 M********r 的大作中提到】
: 太感谢了。FDR过滤后的做，为什么不可以？
: 还一个问题。我经常遇到1001 error，就是None of the gene sets that you
: specified passed the size threshold.
: 我同事说可能是下载用来比较用的别人的gene set里面包含的基因太少。但是我看了一
: 下，里面有200多个基因。
: 也不是 gene identifiers 没设置对，我试了false和ture，都不行。
: 这是怎么回事？
: 能设置Min/Max size parameter吗？该怎么设置？
: 谢谢！！
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M********r
发帖数: 142 | 5 能否看看你的settings呢？
多谢了
【在 W***o 的大作中提到】
: I usually write code to run GSEA in terminal. I can copy you my settings
: later.
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x*****d
发帖数: 704 | 6
检查一下你的.chip文件。有时候会出现probe id对不上号的问题。
【在 M********r 的大作中提到】
: 太感谢了。FDR过滤后的做，为什么不可以？
: 还一个问题。我经常遇到1001 error，就是None of the gene sets that you
: specified passed the size threshold.
: 我同事说可能是下载用来比较用的别人的gene set里面包含的基因太少。但是我看了一
: 下，里面有200多个基因。
: 也不是 gene identifiers 没设置对，我试了false和ture，都不行。
: 这是怎么回事？
: 能设置Min/Max size parameter吗？该怎么设置？
: 谢谢！！
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M********r
发帖数: 142 | 7 太感谢了，我的问题解决了。就是ID号对不上造成的，重新生成文件就全匹配上了
【在 x*****d 的大作中提到】
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: 检查一下你的.chip文件。有时候会出现probe id对不上号的问题。
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