X******n
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h********n
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t**l
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l******a
发帖数: 3339 | 4 。。。恕我愚昧
这篇文章为啥能发science？赶脚就是研发了一种听起来很nb的理论，但是没有任何
real example （都是discussion）来证明他的实际效果，也就是说并没有证明理论的
现实指导意义啊。。。
【在 X******n 的大作中提到】
: http://www.sciencemag.org/content/343/6171/1242782.full.pdf
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d*****r
发帖数: 2583 | 5 kao...
你好歹把摘要贴出来，我这种看不到全文的都不知道paper题目是什么。
【在 X******n 的大作中提到】
: http://www.sciencemag.org/content/343/6171/1242782.full.pdf
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d*****n
发帖数: 166 | 6 我看见positive feedback和bistablility就头大了。
【在 l******a 的大作中提到】
: 。。。恕我愚昧
: 这篇文章为啥能发science？赶脚就是研发了一种听起来很nb的理论，但是没有任何
: real example （都是discussion）来证明他的实际效果，也就是说并没有证明理论的
: 现实指导意义啊。。。
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n********k
发帖数: 2818 | 7 这个领域目前就是这样，他的文章将来肯定不少都是错的，但不影响他是领域大牛和先
行者的地位，也包括我对他们的尊重。我作为一个hardcore wet lab experimentist,
也正在学习和进入这个领域，希望3-5年后我也能玩一玩哈； 不回国的话，肯定不敢这
样做哈：）
【在 l******a 的大作中提到】
: 。。。恕我愚昧
: 这篇文章为啥能发science？赶脚就是研发了一种听起来很nb的理论，但是没有任何
: real example （都是discussion）来证明他的实际效果，也就是说并没有证明理论的
: 现实指导意义啊。。。
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d*****r
发帖数: 2583 | 8 我就等着有生之年可以看到Wendell Lim把生物学变成数学或者物理学。
实在不行，至少也要变成化学。
【在 n********k 的大作中提到】
: 这个领域目前就是这样，他的文章将来肯定不少都是错的，但不影响他是领域大牛和先
: 行者的地位，也包括我对他们的尊重。我作为一个hardcore wet lab experimentist,
: 也正在学习和进入这个领域，希望3-5年后我也能玩一玩哈； 不回国的话，肯定不敢这
: 样做哈：）
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g*****p
发帖数: 451 | 9 他的数学背景远远达不到你的期望吧？
现在系统生物学的人好像没有以前蹦得欢了
炒概念没成绩总是要过气的
现在搞系统生物学的有点像搞数学的半罐子水混不下去了遮遮掩掩的说是弄经济学的
反倒不如搞理论物理的直截了当的说我们也是“搞数学”的这么光明正大
【在 d*****r 的大作中提到】
: 我就等着有生之年可以看到Wendell Lim把生物学变成数学或者物理学。
: 实在不行，至少也要变成化学。
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d*****r
发帖数: 2583 | 10 挺好的，这个东西本来就不需要那么多人搞，跟风投机来的最好都赶快撤出去。
把生物系统化是一个很艰难很长期也没什么效果的事情，人海战术也没什么用。
世界上最多有5个实验室做就够了，这样可能希望还大一点。
这个领域现在还不到谈数学理论的时候，还在做基础建设，生物的方法搞出来再说，
所以也不需要什么高深数学背景，Wendell Lim这样脚踏实地最好。
【在 g*****p 的大作中提到】
: 他的数学背景远远达不到你的期望吧？
: 现在系统生物学的人好像没有以前蹦得欢了
: 炒概念没成绩总是要过气的
: 现在搞系统生物学的有点像搞数学的半罐子水混不下去了遮遮掩掩的说是弄经济学的
: 反倒不如搞理论物理的直截了当的说我们也是“搞数学”的这么光明正大
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w***r
发帖数: 709 | 11 车展里的概念车
science小编拿来装B充门面的
不知道皇帝是光着吗？
【在 l******a 的大作中提到】
: 。。。恕我愚昧
: 这篇文章为啥能发science？赶脚就是研发了一种听起来很nb的理论，但是没有任何
: real example （都是discussion）来证明他的实际效果，也就是说并没有证明理论的
: 现实指导意义啊。。。
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b******s
发帖数: 1089 | 12 我真的很有兴趣。。。你是怎么进入这个领域的？
看来我真的要回去抱你大腿了。
【在 n********k 的大作中提到】
: 这个领域目前就是这样，他的文章将来肯定不少都是错的，但不影响他是领域大牛和先
: 行者的地位，也包括我对他们的尊重。我作为一个hardcore wet lab experimentist,
: 也正在学习和进入这个领域，希望3-5年后我也能玩一玩哈； 不回国的话，肯定不敢这
: 样做哈：）
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n********k
发帖数: 2818 | 13 目前还在摸索中啊，自己都不知道在做什么要做什么怎么做呢：））， 就是定了心要
走这条路，一开始先整一些我们可以整的半吊子的东西，比如说最近我们准备整个各种
干细胞的PATHWAYs之间的互调动态和整合，还有一个把大规模活细胞工作站单细胞的东
西与分子机制和数学MODEL与干细胞命运决定进行结合，都是一些我自己都说不明白的
东西哈：）（中国做这种东东的人屈指可数，我一直准备招一个数学背景的做ＮＥＵＲ
ＡＬ ＮＥＴＷＯＲＫ的计算生物学的博士来，但由于她的背景，比较难进哈），离
LIM的东西还远着呢，但是我是定了心要把系统与传统结合的了，要把数理和工程的理
念全面引人我自己组里的干细胞和发育工作中来，其实也是历史的回归，在分子生物学
兴起以前，很多人在这样的路子上走呢。
【在 b******s 的大作中提到】
: 我真的很有兴趣。。。你是怎么进入这个领域的？
: 看来我真的要回去抱你大腿了。
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b******k
发帖数: 2321 | 14 话说有个我觉得特别牛X然后不明觉厉的地方就是你们几位、包括你、云彩、河马，回国
以后工作真的是横跨几个领域的风生水起，这个本事真是太难得。。我只会在自己一亩
三分地里面瞎搞搞
【在 n********k 的大作中提到】
: 目前还在摸索中啊，自己都不知道在做什么要做什么怎么做呢：））， 就是定了心要
: 走这条路，一开始先整一些我们可以整的半吊子的东西，比如说最近我们准备整个各种
: 干细胞的PATHWAYs之间的互调动态和整合，还有一个把大规模活细胞工作站单细胞的东
: 西与分子机制和数学MODEL与干细胞命运决定进行结合，都是一些我自己都说不明白的
: 东西哈：）（中国做这种东东的人屈指可数，我一直准备招一个数学背景的做ＮＥＵＲ
: ＡＬ ＮＥＴＷＯＲＫ的计算生物学的博士来，但由于她的背景，比较难进哈），离
: LIM的东西还远着呢，但是我是定了心要把系统与传统结合的了，要把数理和工程的理
: 念全面引人我自己组里的干细胞和发育工作中来，其实也是历史的回归，在分子生物学
: 兴起以前，很多人在这样的路子上走呢。
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b******s
发帖数: 1089 | 15 听起来很有趣。LIM的东西我不太懂。但是看起来也就是构建一些容易检测的系统，然
后结合模型。怎么就搞出那么多CNS呢？
我现在做的东西都是很传统的细胞分子发育，但是跟你一样，我也很想把系统生物，计
算生物和合成生物学的方法融合进我的研究。现在还不知道怎么入手。
以后多向你请教！
【在 n********k 的大作中提到】
: 目前还在摸索中啊，自己都不知道在做什么要做什么怎么做呢：））， 就是定了心要
: 走这条路，一开始先整一些我们可以整的半吊子的东西，比如说最近我们准备整个各种
: 干细胞的PATHWAYs之间的互调动态和整合，还有一个把大规模活细胞工作站单细胞的东
: 西与分子机制和数学MODEL与干细胞命运决定进行结合，都是一些我自己都说不明白的
: 东西哈：）（中国做这种东东的人屈指可数，我一直准备招一个数学背景的做ＮＥＵＲ
: ＡＬ ＮＥＴＷＯＲＫ的计算生物学的博士来，但由于她的背景，比较难进哈），离
: LIM的东西还远着呢，但是我是定了心要把系统与传统结合的了，要把数理和工程的理
: 念全面引人我自己组里的干细胞和发育工作中来，其实也是历史的回归，在分子生物学
: 兴起以前，很多人在这样的路子上走呢。
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n********k
发帖数: 2818 | 16 河马不说了，牛在基因；云彩那是一沓糊涂啊，基本已经出头了！我就自己瞎整，这些
都还在受精期呢，能整成什么样，我自己都没谱，所以你应该对我说的是，拖家带口的
你瞎整个什么劲呀，转眼我回来要两年了！好在我这边一个好哥们和领导都还比较挺我
吧，屎运还可以。我现在的想法就是，弄杂了，我就去给云彩，你和河马做技术员。云
彩搞得那东东我绝对有兴趣，我现在想整个和他们那个大计划对接的课题，我和云彩的
合作将会越来越多。你那边大家以后也要多走动哈，也回到脑子里整整吧。河马不跟我
们玩的说（比较远啊）
回国
【在 b******k 的大作中提到】
: 话说有个我觉得特别牛X然后不明觉厉的地方就是你们几位、包括你、云彩、河马，回国
: 以后工作真的是横跨几个领域的风生水起，这个本事真是太难得。。我只会在自己一亩
: 三分地里面瞎搞搞
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b******k
发帖数: 2321 | 17 佩服你们的热情 呵呵 整吧 有这么好的机会一定能整出有意思的东西的
我现在对pure science没那么强的热情了。。就想维持好自己的一亩三分地，然后往in
dustry/business上发展
【在 n********k 的大作中提到】
: 河马不说了，牛在基因；云彩那是一沓糊涂啊，基本已经出头了！我就自己瞎整，这些
: 都还在受精期呢，能整成什么样，我自己都没谱，所以你应该对我说的是，拖家带口的
: 你瞎整个什么劲呀，转眼我回来要两年了！好在我这边一个好哥们和领导都还比较挺我
: 吧，屎运还可以。我现在的想法就是，弄杂了，我就去给云彩，你和河马做技术员。云
: 彩搞得那东东我绝对有兴趣，我现在想整个和他们那个大计划对接的课题，我和云彩的
: 合作将会越来越多。你那边大家以后也要多走动哈，也回到脑子里整整吧。河马不跟我
: 们玩的说（比较远啊）
:
: 回国
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n********k
发帖数: 2818 | 18 如果还没有，抽时间读一些COMPLEX SYSTEMS和合成生物学方面的东东吧。不能理解为
什么合成生物学是系统生物学的人就是还完全没有入门的，懂了也不一定入门了哈：）
。
只要你想，你留心，你肯定搞得定，你的才华又哪是师兄能企及的呀！
【在 b******s 的大作中提到】
: 听起来很有趣。LIM的东西我不太懂。但是看起来也就是构建一些容易检测的系统，然
: 后结合模型。怎么就搞出那么多CNS呢？
: 我现在做的东西都是很传统的细胞分子发育，但是跟你一样，我也很想把系统生物，计
: 算生物和合成生物学的方法融合进我的研究。现在还不知道怎么入手。
: 以后多向你请教！
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s******a
发帖数: 472 | 19 我怎么感觉合成生物学和系统生物学还是两个概念，一个是侧重创造（engineer），另
一个侧重理解（reverse-engineer）。不过相辅相成，所以好些牛人脚踩两只船。
【在 n********k 的大作中提到】
: 如果还没有，抽时间读一些COMPLEX SYSTEMS和合成生物学方面的东东吧。不能理解为
: 什么合成生物学是系统生物学的人就是还完全没有入门的，懂了也不一定入门了哈：）
: 。
: 只要你想，你留心，你肯定搞得定，你的才华又哪是师兄能企及的呀！
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l**********1
发帖数: 5204 | 20 那是 不然十年后 还持bookmark的一亩三分地 PI 小心实验室关门哈
NIH R01 NSFC 早晚得学ERC PhD 后14年起 不搞一亩三分地以外的
multi disciplines, communities and programmes. Features:
Project type: Collaborative Project
No any public fudning opportunities:
pls check,
ERC Consolidator Grants
Aimed at researchers of any nationality with 7-12 years of experience since
PhD completion and a promising scientific career
The research must be carried out in a public or private research centre (
host institution) located in a Member State or Associate State.
Aid: grants up to |
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w***r
发帖数: 709 | 21 re
不过这些人还算脑力劳动，大多数生物领域只靠手就够了，因为套路已经成型了
【在 g*****p 的大作中提到】
: 他的数学背景远远达不到你的期望吧？
: 现在系统生物学的人好像没有以前蹦得欢了
: 炒概念没成绩总是要过气的
: 现在搞系统生物学的有点像搞数学的半罐子水混不下去了遮遮掩掩的说是弄经济学的
: 反倒不如搞理论物理的直截了当的说我们也是“搞数学”的这么光明正大
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p*****u
发帖数: 191 | 22 当年刚刚进实验室的时候，啥都不懂，莽撞地问老师这种feedback的想法和问题。结果
老师说我还没有真正进入科研，说我不能只想着地球围着太阳转，月亮绕着地球转的问
题，科研应该做到一个小点上去。
7年了... ... |
d*****r
发帖数: 2583 | 23 kao..这么说起来，我就更窄啦。。你们BCG至少横跨整个行业的项目都可以做，我最多
折腾一下几个model.
回国
【在 b******k 的大作中提到】
: 话说有个我觉得特别牛X然后不明觉厉的地方就是你们几位、包括你、云彩、河马，回国
: 以后工作真的是横跨几个领域的风生水起，这个本事真是太难得。。我只会在自己一亩
: 三分地里面瞎搞搞
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d*****r
发帖数: 2583 | 24 我还是有热情的，我现在先model一下financial system, 以后再回头去model biology
system.
in
【在 b******k 的大作中提到】
: 佩服你们的热情 呵呵 整吧 有这么好的机会一定能整出有意思的东西的
: 我现在对pure science没那么强的热情了。。就想维持好自己的一亩三分地，然后往in
: dustry/business上发展
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X******n
发帖数: 914 | 25
biology
【在 d*****r 的大作中提到】
: 我还是有热情的，我现在先model一下financial system, 以后再回头去model biology
: system.
:
: in
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e****s
发帖数: 1125 | 26 这篇文章估计不好懂慢慢读。
我对Lim是非常欣赏的。现在做的方向也是读了他几篇MAPK方面的文章后，受启发，开
始的。
他有些CNS是非常Solid的生化，信号传导方面的工作。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 27 Sure, either Economic Behav or biochemical networks both
used voltera equations..
pls check,
Guimera R et al., (2006).
The real communication network behind the formal chart: Community
structure in organizations.
J Economic Behav & Organiz 61: 653-667
it was Reference No. 230
from one 2010 PhD dissertation,
Computational approaches to the modelling of topological and dynamical
aspects of biochemical networks.
or Ref. No. 215,
Goel, N et al., (1971).
On the Volterra and Other Non-Linear Models of Interacting Populations.
Academic Press.
more pls go to
http://repositori.upf.edu/handle/10230/12339
or
>
http://www.tdx.cat/handle/10803/7224
or PDF direct link:
//www.tdx.cat/bitstream/handle/10803/7224/talgl.pdf?sequence=1
biology
【在 d*****r 的大作中提到】
: 我还是有热情的，我现在先model一下financial system, 以后再回头去model biology
: system.
:
: in
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g*********5
发帖数: 2533 | 28 Introduction:
Cells that simultaneously secrete and sense the same signaling molecule are
ubiquitous. Bacteria sense a quorum by secreting and sensing an autoinducer;
T cells induce a monoclonal
immune response by secreting and sensing a cytokine; and epithelial cells
can become cancerous through misregulated secreting and sensing of a growth
factor. Many of these cells use the same core signaling-circuit motif to
realize a diverse repertoire of biological functions. The full range of
functions that the “secrete-and-sense” circuit motif can achieve,
and the design principles underlying its functional fl exibility, remain
poorly understood.
Methods:
We constructed a synthetic secrete-and-sense circuit motif in budding yeast
that enabled
the yeast to secrete and sense the mating pheromone. We systematically
altered key parameters of
the circuit—secretion rate, receptor abundance, positive feedback
linking sensing with secretion, and
signal degradation—to reveal how they enabled various cellular
behaviors. Through single-cell measurements, we assessed the degree to which
a secrete-and-sense cell responded to its own secreted signal (self-
communication) versus the signal secreted by its neighbors (neighbor
communication) to
achieve diverse cellular behaviors.
Results:
We show that the core secrete-and-sense circuit motif can precisely tune the
cell’s “sociability”—the cell’s degree of self-
versus neighbor communication—using one molecule and receptor
pair. At the extremes, the circuit enables purely social behaviors (e.g.,
quorum sensing) in which
cells mainly use neighbor communication, or purely asocial behaviors (e.g.,
epidermal growth factor signaling in epithelial cells) in which cells mainly
use self-communication, commonly referred to as “autocrine signaling.&
#148; Crucially, we uncover rich behaviors that rely on simultaneous self-
and neighbor communication, including some that have been observed in nature
but whose mechanistic origins have been unclear. For example, positive
feedback that links sensing with secretion can yield a bistable behavior in
which all cells in the population act as an ensemble to be either quiescent
or maximally activated. Incorporation of an active signal degradation
enables bimodal activation, in which the different proportions of the
population bifurcate into distinct activation states, with the ratio of the
two states determined by simultaneous self- and neighbor communication. This
behavior explains how isogenic cells can differentiate into distinct states
with defi ned ratios.
Discussion:
We integrate simple models, single-cell measurements, and a bottom-up
synthetic biology approach to reveal a range of population-level behaviors
that arise from the core secrete-and-sense circuit motif. We determine how
the intracellular circuit elements result in distinct classes of self- and
neighbor communication, and in turn leads to various population-level
behaviors. Our work reveals “phase diagrams” that summarize the
relationship between the circuit architecture and different phases of
population-level behaviors for the secrete-and- sense circuit. Our fi rst-
principles approach may be generalized to reveal relationships between the
structures of other fundamental cell-signaling circuits and the
multicellular behaviors that they enable. |
t****r
发帖数: 66 | 29 Wendell 要是脚踏实地，就没人不是脚踏实地了。看来你还没进入领域，对几个
leading scholar的reputation不是很了解。
【在 d*****r 的大作中提到】
: 挺好的，这个东西本来就不需要那么多人搞，跟风投机来的最好都赶快撤出去。
: 把生物系统化是一个很艰难很长期也没什么效果的事情，人海战术也没什么用。
: 世界上最多有5个实验室做就够了，这样可能希望还大一点。
: 这个领域现在还不到谈数学理论的时候，还在做基础建设，生物的方法搞出来再说，
: 所以也不需要什么高深数学背景，Wendell Lim这样脚踏实地最好。
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t****r
发帖数: 66 | 30 他的背景是纯生化，那几篇Ste5的生化文章还是挺solid，其他的，嘿嘿。。。
Michael Elowitz以后肯定能进NAS，Wendell可就够呛了。
【在 e****s 的大作中提到】
: 这篇文章估计不好懂慢慢读。
: 我对Lim是非常欣赏的。现在做的方向也是读了他几篇MAPK方面的文章后，受启发，开
: 始的。
: 他有些CNS是非常Solid的生化，信号传导方面的工作。
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O******e
发帖数: 4845 | 31 横跨几个领域，是短期给自己找主攻方向呢，还是长期战略？一直这么干，好像有悖于
大多数科学家的成功模式哈
回国
【在 b******k 的大作中提到】
: 话说有个我觉得特别牛X然后不明觉厉的地方就是你们几位、包括你、云彩、河马，回国
: 以后工作真的是横跨几个领域的风生水起，这个本事真是太难得。。我只会在自己一亩
: 三分地里面瞎搞搞
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O******e
发帖数: 4845 | 32 ^_^那你可以拿两个炸药奖拉
biology
【在 d*****r 的大作中提到】
: 我还是有热情的，我现在先model一下financial system, 以后再回头去model biology
: system.
:
: in
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d*****r
发帖数: 2583 | 33 当然是找主攻方向。长期也行，只要有一个内在的连续性和一致性就好了。
比如同样的方法可以研究神经系统，也可以研究免疫系统。
【在 O******e 的大作中提到】
: 横跨几个领域，是短期给自己找主攻方向呢，还是长期战略？一直这么干，好像有悖于
: 大多数科学家的成功模式哈
:
: 回国
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d*****r
发帖数: 2583 | 34 努力小康就好了。。
【在 O******e 的大作中提到】
: ^_^那你可以拿两个炸药奖拉
:
: biology
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O******e
发帖数: 4845 | 35 我最近也在挣扎着想以后究竟大方向要做什么。现在手上的课题没啥大意思，发发文章
而已，缺少真正的创新。想想要是一直这么平淡做科研，没劲啊。
【在 d*****r 的大作中提到】
: 当然是找主攻方向。长期也行，只要有一个内在的连续性和一致性就好了。
: 比如同样的方法可以研究神经系统，也可以研究免疫系统。
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d*****r
发帖数: 2583 | 36 真正的创新挺难的。光为了创新也不行，还要真的能做出有意义的东西出来。
眼界宽一些总是好一些。我也不知道大方向在哪里，我现在就多磨炼一下
数学和计算的方法，以后随时可以回来生物做。
【在 O******e 的大作中提到】
: 我最近也在挣扎着想以后究竟大方向要做什么。现在手上的课题没啥大意思，发发文章
: 而已，缺少真正的创新。想想要是一直这么平淡做科研，没劲啊。
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O******e
发帖数: 4845 | 37 计算方法很重要，虽然我觉得用数学来研究生物还比较遥远。
【在 d*****r 的大作中提到】
: 真正的创新挺难的。光为了创新也不行，还要真的能做出有意义的东西出来。
: 眼界宽一些总是好一些。我也不知道大方向在哪里，我现在就多磨炼一下
: 数学和计算的方法，以后随时可以回来生物做。
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