A*******e
发帖数: 284 | 1 我在看自己做的一个功能基因的进化问题。 现在有一个超过800个samples的snp data
，包括上游和下游基因的。 上游邻接着它的是一个house keeping基因，这800个
sample里面超过95的house keeping基因都是同一个haplotype。而我自己的基因则是主
要有6个不同的haplotype，这6个加起来超过了95%。 我想请帮看看history上这两个基
因发生了什么，怎么演变的。 |
m******u
发帖数: 12400 | 2 snp用于进化分析是不是很限制于很短时间跨度的进化（演化），特别是同一物种不同
族群的，比如人的起源和迁徙。
我不懂，瞎问一个问题，请别见怪。
我到是有个蛋白，一直想看看它分子进化。真核生物分成5-8个超家族（不同研究者有
不同分类理念，有人认为划分8个，有人认为划成5个，也有人认为划为6个），这个蛋
白只在其中3个中有，其它类中则没有。而且in Oplsthokonts supergroup, which
includes fungi and animals, it is absent within fungi branch; and in
Chromalveolates supergroups, some branches also excluded this proteins.
你有什么见解？觉得怎样分析它的进化？
谢谢。 |
a******n
发帖数: 8 | 3 可以试着先算一下Dn/Ds来分析一下是否受自然选择的作用，是受positive selection
还是negative selection还是neutral的。
【在 m******u 的大作中提到】
: snp用于进化分析是不是很限制于很短时间跨度的进化（演化），特别是同一物种不同
: 族群的，比如人的起源和迁徙。
: 我不懂，瞎问一个问题，请别见怪。
: 我到是有个蛋白，一直想看看它分子进化。真核生物分成5-8个超家族（不同研究者有
: 不同分类理念，有人认为划分8个，有人认为划成5个，也有人认为划为6个），这个蛋
: 白只在其中3个中有，其它类中则没有。而且in Oplsthokonts supergroup, which
: includes fungi and animals, it is absent within fungi branch; and in
: Chromalveolates supergroups, some branches also excluded this proteins.
: 你有什么见解？觉得怎样分析它的进化？
: 谢谢。
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a******n
发帖数: 8 | 4 似乎很多人用coalescence theory在做population水平的分析。 不过我也不懂
population水平的。
也许你可以试一下比较Ｄn/Ｄs，可以简单得出是否受自然选择作用。 还可以分析种
群中基因的杂合度，看是否有显著性差异。
data
【在 A*******e 的大作中提到】
: 我在看自己做的一个功能基因的进化问题。 现在有一个超过800个samples的snp data
: ，包括上游和下游基因的。 上游邻接着它的是一个house keeping基因，这800个
: sample里面超过95的house keeping基因都是同一个haplotype。而我自己的基因则是主
: 要有6个不同的haplotype，这6个加起来超过了95%。 我想请帮看看history上这两个基
: 因发生了什么，怎么演变的。
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m********8
发帖数: 157 | 5 If you know the population phylogeny, then it is easy -- simply mapping
difference onto branches... if you want to reconstruct and compare gene
phylogenies between the two genes using SNP data, you need consult with a
population geneticist -- different data and data quality need different
methods and to be interpreted differently. |
v***r
发帖数: 1046 | 6 what is its function?
draw a species tree, and label the external nodes with absent/present states
of the gene.
【在 m******u 的大作中提到】
: snp用于进化分析是不是很限制于很短时间跨度的进化（演化），特别是同一物种不同
: 族群的，比如人的起源和迁徙。
: 我不懂，瞎问一个问题，请别见怪。
: 我到是有个蛋白，一直想看看它分子进化。真核生物分成5-8个超家族（不同研究者有
: 不同分类理念，有人认为划分8个，有人认为划成5个，也有人认为划为6个），这个蛋
: 白只在其中3个中有，其它类中则没有。而且in Oplsthokonts supergroup, which
: includes fungi and animals, it is absent within fungi branch; and in
: Chromalveolates supergroups, some branches also excluded this proteins.
: 你有什么见解？觉得怎样分析它的进化？
: 谢谢。
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m******u
发帖数: 12400 | 7 有兴趣吗？有兴趣的话，我再多说点。
发信人: valar (和光同尘), 信区: Biology
标 题: Re: 讨论population genetics的问题
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 13 21:28:08 2014, 美东)
what is its function?
draw a species tree, and label the external nodes with absent/present states
of the gene. |
