L**o
发帖数: 15 | 1 版上有没有做T细胞发育的？本人新手，第一次发帖求助。
我现在有个小课题，phenotype挺明显，但是和前期的结果似乎是矛盾的，大家帮忙看
看呢。
我做了一个CD4细胞特异性的某个基因KO的小鼠，先是想看看该基因条件性KO后对CD4 T
细胞的分化有没有影响，于是就分了Naive T, 分别用不同CD4 T亚型的分化条件体外
诱导分化，发现促进了向某一个亚型的分化，和WT小鼠相比，该亚型的特异性细胞因子
升高了1倍，其他亚型则没有变化。
同时又试着在naive T上overexpress该基因，结果发现向该亚型的分化几乎完全被抑制
。然后做了一个microarray，确实是显著的影响了相关的基因。总的说来前期这些结果
非常不错，影响很明显，而且是某一T细胞亚型特异性的。
之后做了EAE模型，依照前面的结果，理论上KO小鼠发病要更严重一些，但是重复了好
几遍，都是KO小鼠EAE的发病被显著抑制了。并且KO小鼠的CNS里的CD4+细胞数降低，
Foxp3+细胞比例也降低。
手上目前只有这些，大家觉得应该再做些什么实验来讲圆这个故事呢？
先谢谢了。 |
c**********n
发帖数: 177 | |
L**o
发帖数: 15 | 3 不是17，能展开说说不？我外行，谢谢啦
【在 c**********n 的大作中提到】
: 如果你说的该亚型不是Th17就挺好圆的吧。。
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s*******5
发帖数: 403 | 4 n
T
【在 L**o 的大作中提到】
: 版上有没有做T细胞发育的？本人新手，第一次发帖求助。
: 我现在有个小课题，phenotype挺明显，但是和前期的结果似乎是矛盾的，大家帮忙看
: 看呢。
: 我做了一个CD4细胞特异性的某个基因KO的小鼠，先是想看看该基因条件性KO后对CD4 T
: 细胞的分化有没有影响，于是就分了Naive T, 分别用不同CD4 T亚型的分化条件体外
: 诱导分化，发现促进了向某一个亚型的分化，和WT小鼠相比，该亚型的特异性细胞因子
: 升高了1倍，其他亚型则没有变化。
: 同时又试着在naive T上overexpress该基因，结果发现向该亚型的分化几乎完全被抑制
: 。然后做了一个microarray，确实是显著的影响了相关的基因。总的说来前期这些结果
: 非常不错，影响很明显，而且是某一T细胞亚型特异性的。
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C*******9
发帖数: 8 | 5 敢问您说的矛盾指的是 ko EAE 发病抑制跟foxp3 降低之间吗？ |
l******3
发帖数: 25 | 6 我觉得应该更倾向于相信in vivo的数据，既然KO小鼠不发病，且CNS里CD4+细胞绝对数
降低，那么这就是一个promising的现象，可以围绕这个来开展实验。
至于体外分化的结果， 我觉得除非敲掉的是t-bet，gata3这种基因，否则很难有很显
著的差异，我认识一个人做Th17，他体外分化后测Il17，有时候好一点大概是30% vs
40%， 有时候差一点就基本没差别了，最后还是照样发NI，关键是in vivo的差异很明
显。
仅供参考。
另外，就是感觉这几年这种题材的文章越来越难发NI这种级别的杂志了，基本没有
novelty了，大家觉得呢？ |
r******g
发帖数: 600 | 7 完全支持楼上的想法～
给楼主一点儿我的看法
1. 1X 2X protocol都试一下，看看能不能做出来什么expected results （KO more
severe），这样最好了
2. 考虑到study的novelty，建议楼主先把那个cytokine减低一倍的数据放在一边！ 先
把EAE实验完善，因为你应该相信in vivo的数据，这样更容易build story！ 广泛的读
EAE的paper，比较microarray数据，研究一下有没有可能是别的gene被up or down-
regulated！！ To be honest, 一个cytokine production变化一倍，其实不算一个非
常drastic的difference！
3. 如果有可能，把EAE in vivo的细胞sort出来做microarray。 把in vitro的数据留
着，看以后能不能再写一个story
4. 广泛读paper，看看哪些in vivo实验里面，相关gene或者cytokine变化 correlate
to your microarray data，然后去做那些in vivo model，看有没有收获
5. institue内 合作，看各种autoimmune和infection的model 能不能有phenotype
这可能是楼主build career的机会啊～
最后说一句，
真他妈羡慕楼主，想想自己，实验project垃圾，屁都做不出来，实验室又没有经费，
买个antibody要跟老板求半天，整天还要跟各个公司的rep写email，要free sample来
trial，好不容易做出来一点点有意思的结果，苦于找不到合适的动物模型，老板又怕
花钱breed 那些老鼠，真是不知道哪天才能毕业了～
楼主加油！ |
L**o
发帖数: 15 | 8 谢谢大家的回复啊，受益匪浅。
那我就先把重点放在动物模型上，把之前的EAE再重复一下，然后我再试试transfer的
EAE模型，分别转Th1，Th17试试看。
是啊，现在这种paper很难投很牛的杂志了，如果最后能投JEM就很好了。 |
c**********n
发帖数: 177 | 9 1. 目前看来导致EAE发病的CD4 T亚型是Th17吧（领域里的文章都把EAE的发病和Th17放
一起）。
2. Overexpress该基因导致Th17细胞数上调，然后你的神秘亚型被suppress。
3. KO该基因以后，你的神秘亚型细胞数上调，Th17被suppress。所以in vivo EAE发病
被抑制。
其实CD4亚型之间的竞争与平衡是个很好玩的领域吧。
以上都是猜测，但是故事这么圆和你做的三个实验并没有矛盾。希望楼主能有更
conclusive的实验来支持或者反对这个故事。 |
