m*********D 发帖数: 1727 | 1 看了Zhang Feng的Nature Protocol关于CRISPR的文章,Figure 6里面的ssDNA
template明显的效率比plasmid作template高。文章并没有明确说明哪个template好。
想了一下,ssDNA分子量比plasmid小多了,同样的ug template, ssDNA的分子数肯定多
多了,也许这是一个解释。
我自己在设计HDR template,想两边各一个Kb的homologous arm,中间有60-70bp 的
mutation insertion。这个两kb的DNA准备克隆到一个plasmid里面,sequencing确定
mutation后,就可以用作HDR template了。
想请教的是:需要把这个两Kb的template从plasmid里面酶切出来,gel纯化后再和cas9
plasmid一起co-transfect吗?要作ssDNA太难了一点,还没考虑。:(。
很多年前作过ssDNA的transfection(pUC18?phage-ssDNA纯化的),记得当时发现
ssDNA在真核细胞内不如dsDNA的plasmid稳定呢。不知道dsDNA fragment在细胞内是不
是也象环状的plasmid那么稳定。
多谢! |
r*******y 发帖数: 48 | 2 you just need synthesized ssODN as a template for transfection; it is not
necessary to subclone it into plasmd and then release it. |
m*********D 发帖数: 1727 | 3 我需要突变的区域大了一点,有60-70bp的间隔,所以,不能合成ssDNA.
谢谢!
【在 r*******y 的大作中提到】 : you just need synthesized ssODN as a template for transfection; it is not : necessary to subclone it into plasmd and then release it.
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j******i 发帖数: 939 | 4 不需要切出来。两个plasmid co-transfection即可。需要考虑的就是donor本身不被
cas9切割。 |
Z****7 发帖数: 402 | 5 n
cas9
【在 m*********D 的大作中提到】 : 看了Zhang Feng的Nature Protocol关于CRISPR的文章,Figure 6里面的ssDNA : template明显的效率比plasmid作template高。文章并没有明确说明哪个template好。 : 想了一下,ssDNA分子量比plasmid小多了,同样的ug template, ssDNA的分子数肯定多 : 多了,也许这是一个解释。 : 我自己在设计HDR template,想两边各一个Kb的homologous arm,中间有60-70bp 的 : mutation insertion。这个两kb的DNA准备克隆到一个plasmid里面,sequencing确定 : mutation后,就可以用作HDR template了。 : 想请教的是:需要把这个两Kb的template从plasmid里面酶切出来,gel纯化后再和cas9 : plasmid一起co-transfect吗?要作ssDNA太难了一点,还没考虑。:(。 : 很多年前作过ssDNA的transfection(pUC18?phage-ssDNA纯化的),记得当时发现
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H****S 发帖数: 40 | 6 Just synthesize ss donor with G-block @ IDTdna
2-3kb is easy for G-block synthesis |
m*********D 发帖数: 1727 | 7 谢谢提醒!在考虑把PAM里面的两个GG干掉一个,又不改变amino acid。
【在 j******i 的大作中提到】 : 不需要切出来。两个plasmid co-transfection即可。需要考虑的就是donor本身不被 : cas9切割。
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m*********D 发帖数: 1727 | 8 n=No? 谢谢!
【在 Z****7 的大作中提到】 : n : : cas9
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m*********D 发帖数: 1727 | 9 看了IDT的website,他们的G-block合成,两个arm之间之容许20nt的随机sequence。而
我的有60-70nt。只自己克隆了。:(。
谢谢!
【在 H****S 的大作中提到】 : Just synthesize ss donor with G-block @ IDTdna : 2-3kb is easy for G-block synthesis
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c******d 发帖数: 647 | 10 非行家,不过最近也在做HDR template,
网上关于sgRNA的资源就不说了,但是关于HDR的简直太少
真的是有做的人可能就直接合成ssODN了,可是我想插入比如FP,两边的arm也想1-1.
5kb 长,所以现在也想自己设计plasmid,现在还没做到那步
Zhang的paper说应该linearize donor vector;但我看到别的source说如果用
linearized donor,会增加随机integration的可能,用全plasmid就可以了
cas9
【在 m*********D 的大作中提到】 : 看了Zhang Feng的Nature Protocol关于CRISPR的文章,Figure 6里面的ssDNA : template明显的效率比plasmid作template高。文章并没有明确说明哪个template好。 : 想了一下,ssDNA分子量比plasmid小多了,同样的ug template, ssDNA的分子数肯定多 : 多了,也许这是一个解释。 : 我自己在设计HDR template,想两边各一个Kb的homologous arm,中间有60-70bp 的 : mutation insertion。这个两kb的DNA准备克隆到一个plasmid里面,sequencing确定 : mutation后,就可以用作HDR template了。 : 想请教的是:需要把这个两Kb的template从plasmid里面酶切出来,gel纯化后再和cas9 : plasmid一起co-transfect吗?要作ssDNA太难了一点,还没考虑。:(。 : 很多年前作过ssDNA的transfection(pUC18?phage-ssDNA纯化的),记得当时发现
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s*********y 发帖数: 292 | 11 几个月前第一次做,3Xflag knockin,挑了20个克隆有俩
从那之后knockin就再也没成功过
knockout感觉确实挺好做的
【在 c******d 的大作中提到】 : 非行家,不过最近也在做HDR template, : 网上关于sgRNA的资源就不说了,但是关于HDR的简直太少 : 真的是有做的人可能就直接合成ssODN了,可是我想插入比如FP,两边的arm也想1-1. : 5kb 长,所以现在也想自己设计plasmid,现在还没做到那步 : Zhang的paper说应该linearize donor vector;但我看到别的source说如果用 : linearized donor,会增加随机integration的可能,用全plasmid就可以了 : : cas9
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l***y 发帖数: 638 | 12 HDR插长片段用全plasmid就行,ssODN在人的细胞系里效率很低
【在 c******d 的大作中提到】 : 非行家,不过最近也在做HDR template, : 网上关于sgRNA的资源就不说了,但是关于HDR的简直太少 : 真的是有做的人可能就直接合成ssODN了,可是我想插入比如FP,两边的arm也想1-1. : 5kb 长,所以现在也想自己设计plasmid,现在还没做到那步 : Zhang的paper说应该linearize donor vector;但我看到别的source说如果用 : linearized donor,会增加随机integration的可能,用全plasmid就可以了 : : cas9
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m*********D 发帖数: 1727 | 13 谢谢!我也是钢开始设计,一大堆primer下个礼拜要送出去,所以来这里先请教。
我知道linearized plasmid随机插入genome的拷贝数多,一个点往往是几十拷贝,而环
状plasmid每个插入点是但拷贝的。倒不知道你说的这个插入机会也增加呢。不
linearization还少一步,何乐而不为呢。:)。
Have a good day!
【在 c******d 的大作中提到】 : 非行家,不过最近也在做HDR template, : 网上关于sgRNA的资源就不说了,但是关于HDR的简直太少 : 真的是有做的人可能就直接合成ssODN了,可是我想插入比如FP,两边的arm也想1-1. : 5kb 长,所以现在也想自己设计plasmid,现在还没做到那步 : Zhang的paper说应该linearize donor vector;但我看到别的source说如果用 : linearized donor,会增加随机integration的可能,用全plasmid就可以了 : : cas9
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m*****z 发帖数: 1451 | 14 没有selection marker吗?good luck with your clonal screening
【在 m*********D 的大作中提到】 : 谢谢!我也是钢开始设计,一大堆primer下个礼拜要送出去,所以来这里先请教。 : 我知道linearized plasmid随机插入genome的拷贝数多,一个点往往是几十拷贝,而环 : 状plasmid每个插入点是但拷贝的。倒不知道你说的这个插入机会也增加呢。不 : linearization还少一步,何乐而不为呢。:)。 : Have a good day!
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m*********D 发帖数: 1727 | 15 嘿嘿,准备赌一把。
我这个要mutate的基因是我要用的host cell生长必需的,是一个激素受体。mutant呢
,据说不需要激素也有活性了。所以,就想用没有激素的medium来筛选。希望wt的长不
出来或很慢。
另外,和老板谈了一下,理想状态是两个拷贝都mutate.但一个也能接受。我在想,要
是一个拷贝被knockout,一个被mutate也行。所以,strategy上,我想用两个guide
sequences.两个相距不远,大约是40 bp away。老板让我线赌一把,实在不行,就分两
步,先作stable cell line, 把mutant在这个细胞里表达,然后再来个CRISPR
knockout。
多谢你的指导和建议!这里真不错,都是同行,能相互学很多东西。
【在 m*****z 的大作中提到】 : 没有selection marker吗?good luck with your clonal screening
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c******d 发帖数: 647 | 16 我还有个问题想问你呢,
这个HDR template一般用什么vector backbone呀,还是理论上什么都可以?
哪里可以买到不?
【在 m*********D 的大作中提到】 : 谢谢!我也是钢开始设计,一大堆primer下个礼拜要送出去,所以来这里先请教。 : 我知道linearized plasmid随机插入genome的拷贝数多,一个点往往是几十拷贝,而环 : 状plasmid每个插入点是但拷贝的。倒不知道你说的这个插入机会也增加呢。不 : linearization还少一步,何乐而不为呢。:)。 : Have a good day!
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m*********D 发帖数: 1727 | 17 你这一问,也让我糊涂了。:)。
当年作knockout老鼠的construct的时候都是用pUC18-19,最后是linearized后
electroporation。你这一问,我去查了一下我准备用的vector,是一个mammalian
expression vector,后面有个0.6Kb 的polyA signal,好像是从人的基因来的,这不是
增加了和那个位点的homologous recombination机会么。
咱俩一起问:谁有经验和建议?谢谢!
【在 c******d 的大作中提到】 : 我还有个问题想问你呢, : 这个HDR template一般用什么vector backbone呀,还是理论上什么都可以? : 哪里可以买到不?
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s********r 发帖数: 312 | 18 随便什么backbone都可以,越简单越小越好,最好就是只有ori跟amp这样的
【在 m*********D 的大作中提到】 : 你这一问,也让我糊涂了。:)。 : 当年作knockout老鼠的construct的时候都是用pUC18-19,最后是linearized后 : electroporation。你这一问,我去查了一下我准备用的vector,是一个mammalian : expression vector,后面有个0.6Kb 的polyA signal,好像是从人的基因来的,这不是 : 增加了和那个位点的homologous recombination机会么。 : 咱俩一起问:谁有经验和建议?谢谢!
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c******d 发帖数: 647 | 19 如果我就是想插一个GFP,那一般的EGFP-N1 就可以是吧,这个应该算比较小的了
【在 s********r 的大作中提到】 : 随便什么backbone都可以,越简单越小越好,最好就是只有ori跟amp这样的
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m*********D 发帖数: 1727 | 20 谢谢!刚找了一遍pUC18/19,都十多年没用过了,哪里找得到!还好,试验室好像有一
个自己作的cloning vector,估计是在pUC上多加了几个克隆酶位点,大小差不多(less
than 3kb),应该可以用。
好,genomic region全sequence了,有两个SNP, 在intron region,也就是作HDR的ARMS
上,对整个设计没有影响。primers全送出去了,就等克隆一类。今天把几个要用的酶
买回来就可以过节了。
搞的这么复杂主要是想test我们自己筛选出来的compound。compound在WT上肯定每问题
,这些mutant是现有drug-resistant的病人里找出来的,所以,怀疑是drug-resistant
的机理之一。我要能建好一个细胞系,两个拷贝都突变的话,就把我们的compound往前
推进一大步。一个copy突变,一个不突变,该是病人的真实情况,但两个拷贝之间的表
达不清楚,所以,我要运气好,两个都变成mutant,那就太好了。
【在 s********r 的大作中提到】 : 随便什么backbone都可以,越简单越小越好,最好就是只有ori跟amp这样的
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m*****z 发帖数: 1451 | 21 还是有selection的嘛。不过hdr效率会比indels要低得多,很有可能大部分clones会是
你所谓的knockout
【在 m*********D 的大作中提到】 : 嘿嘿,准备赌一把。 : 我这个要mutate的基因是我要用的host cell生长必需的,是一个激素受体。mutant呢 : ,据说不需要激素也有活性了。所以,就想用没有激素的medium来筛选。希望wt的长不 : 出来或很慢。 : 另外,和老板谈了一下,理想状态是两个拷贝都mutate.但一个也能接受。我在想,要 : 是一个拷贝被knockout,一个被mutate也行。所以,strategy上,我想用两个guide : sequences.两个相距不远,大约是40 bp away。老板让我线赌一把,实在不行,就分两 : 步,先作stable cell line, 把mutant在这个细胞里表达,然后再来个CRISPR : knockout。 : 多谢你的指导和建议!这里真不错,都是同行,能相互学很多东西。
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m*****z 发帖数: 1451 | 22 mutant 会有gain of function吗
less
ARMS
resistant
【在 m*********D 的大作中提到】 : 谢谢!刚找了一遍pUC18/19,都十多年没用过了,哪里找得到!还好,试验室好像有一 : 个自己作的cloning vector,估计是在pUC上多加了几个克隆酶位点,大小差不多(less : than 3kb),应该可以用。 : 好,genomic region全sequence了,有两个SNP, 在intron region,也就是作HDR的ARMS : 上,对整个设计没有影响。primers全送出去了,就等克隆一类。今天把几个要用的酶 : 买回来就可以过节了。 : 搞的这么复杂主要是想test我们自己筛选出来的compound。compound在WT上肯定每问题 : ,这些mutant是现有drug-resistant的病人里找出来的,所以,怀疑是drug-resistant : 的机理之一。我要能建好一个细胞系,两个拷贝都突变的话,就把我们的compound往前 : 推进一大步。一个copy突变,一个不突变,该是病人的真实情况,但两个拷贝之间的表
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m*********D 发帖数: 1727 | 23 按别人的文章,应该是mutant不需要ligand也有活性,还很高。这也是我们设计的:
medium里要没有ligand,WT长不出来或长很慢;mutant正常长。现在还不知道人家data
有多少可靠性。人家也没作细胞生长的试验,只有reporter。我们只能合理推断。
Thanks!
【在 m*****z 的大作中提到】 : mutant 会有gain of function吗 : : less : ARMS : resistant
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