z****u
发帖数: 1007 | 1 几年前基于inducible Cre的lineage tracing技术的出现对stem cell的研究是关键的
。但并没有很多stem cell 的 in vivo marker被identified出来。比如说liver
tissue,都知道其可以再生，但是它有没有stem cell仍然在争议。更莫提marker了。
endothelium是个快速turn
over的组织，但起在成体内stem cell population的identification仍然未知。
筛选stem cell marker的方式可以有两个途径
第一就是正向的从已知marker出发，比如说通过已知marker筛选出某stem cell
population, 分析其有啥gene 高表达，以此出发建立CreERT transgenic model来确认
新的marker.
对stem cell来说找到marker不是目的，更重要的是这个maker背后的mechanism. 一个
新的marker市时常可以揭示新的regulation mechanism.
第二个途径是逆向寻找，说来就有些盲目了。就是我说的直接筛选那些available Cre
ERT mouse strains.比如那些Brainmap project建立起来上百个CreERT strain based
on enhancer trap. 本意是研究大脑的gene expression map.但也许这些老鼠也会在别
的组织有意外的惊喜呢。 这个真的纯粹靠运气了，而且得看全身各个组织而不是局限
于某个特定器官。我自己做了5，6个strain的检查，有俩个strain有意外发现，一个叫
ETV1的 creERT，意外的发现其在成体的salivary gland有非常特异的表达，文献没有
报道过。 另外一个是在成体的静脉，淋巴endothelium有极其特异的表达。没有任何文
献研究过这个gene.
这就是我很喜欢做这种盲目筛选的原因，每次拿去荧光显微镜下看得时候都会很激动和
期盼，谁知道会有啥意外发现呢。 这些老鼠也不贵，JAX里在cryopreserve前一个
strain才不到300元。 |
m******5
发帖数: 1383 | 2 谢谢分享！
【在 z****u 的大作中提到】
: 几年前基于inducible Cre的lineage tracing技术的出现对stem cell的研究是关键的
: 。但并没有很多stem cell 的 in vivo marker被identified出来。比如说liver
: tissue,都知道其可以再生，但是它有没有stem cell仍然在争议。更莫提marker了。
: endothelium是个快速turn
: over的组织，但起在成体内stem cell population的identification仍然未知。
: 筛选stem cell marker的方式可以有两个途径
: 第一就是正向的从已知marker出发，比如说通过已知marker筛选出某stem cell
: population, 分析其有啥gene 高表达，以此出发建立CreERT transgenic model来确认
: 新的marker.
: 对stem cell来说找到marker不是目的，更重要的是这个maker背后的mechanism. 一个
|
m******5
发帖数: 1383 | 3 不过怎么知道这个基因本身重要，或者是个reliable的marker呢？可能只是transgenic
effect或者transiently activated in response to some other stimuli.
【在 z****u 的大作中提到】
: 几年前基于inducible Cre的lineage tracing技术的出现对stem cell的研究是关键的
: 。但并没有很多stem cell 的 in vivo marker被identified出来。比如说liver
: tissue,都知道其可以再生，但是它有没有stem cell仍然在争议。更莫提marker了。
: endothelium是个快速turn
: over的组织，但起在成体内stem cell population的identification仍然未知。
: 筛选stem cell marker的方式可以有两个途径
: 第一就是正向的从已知marker出发，比如说通过已知marker筛选出某stem cell
: population, 分析其有啥gene 高表达，以此出发建立CreERT transgenic model来确认
: 新的marker.
: 对stem cell来说找到marker不是目的，更重要的是这个maker背后的mechanism. 一个
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z****u
发帖数: 1007 | 4 找到一个marker后能开展研究的方向很多，上下游只是一方面。
除此以外，基于这个CreERT model研究其表达pattern ,Stem cell dynamic本身就很有
意义了。比如说Hans Clevers组做的Lgr5, Lgr6在肠道里的那几篇Nature, Science文
章，就只是研究其表达位置，还有拿confetti reporter来研究其激活后populate gut
epithelium后的方式。对其上下游signal pathway基本没咋研究。
就像你说的，其实很多干细胞marker真的只是凑巧在那里表达，没啥重要的功能意义，
比如NG2，nestin，俩都是最早是在brain里面被拿来标记神经干细胞的，然后做MSC的
发现其标记MSC不错。但这俩的knockout并不会导致啥MSC的功能缺陷。还有Gli1也是。
其功能对于MSC来说很弱，有点像是凑巧在干细胞那里表达。
干细胞的marker 可以是功能性的，比如ESC里的sox2, oct4啥的。也可以是非功能性的
，这个该占大多数，比如HSC里面的很多表面标记真的和功能没有明显联系，knockout
掉毫无影响。能有个功能性的marker当然最好，但是没有也无妨，还是能做很多东西的
。至少基于此可以建立一大堆in vivo model了。 |
a****d
发帖数: 1919 | 5 搞定一个lineage的特异surface marker更重要 |
t****w
发帖数: 130 | 6
【在 z****u 的大作中提到】
: 找到一个marker后能开展研究的方向很多，上下游只是一方面。
: 除此以外，基于这个CreERT model研究其表达pattern ,Stem cell dynamic本身就很有
: 意义了。比如说Hans Clevers组做的Lgr5, Lgr6在肠道里的那几篇Nature, Science文
: 章，就只是研究其表达位置，还有拿confetti reporter来研究其激活后populate gut
: epithelium后的方式。对其上下游signal pathway基本没咋研究。
: 就像你说的，其实很多干细胞marker真的只是凑巧在那里表达，没啥重要的功能意义，
: 比如NG2，nestin，俩都是最早是在brain里面被拿来标记神经干细胞的，然后做MSC的
: 发现其标记MSC不错。但这俩的knockout并不会导致啥MSC的功能缺陷。还有Gli1也是。
: 其功能对于MSC来说很弱，有点像是凑巧在干细胞那里表达。
: 干细胞的marker 可以是功能性的，比如ESC里的sox2, oct4啥的。也可以是非功能性的
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g*********3
发帖数: 177 | 7 赞分享。
你举得例子可能和TF的versatile有关（本人不是做mouse的，可能没有理解对），cell
-type specific enhancer/TF我觉得在有些例子里不一定全对。
第二种方法感觉不太容易实现啊，很多基因的表达都普遍（不知道有没有理解对）。
对于marker，做mouse的理解是什么：用于FACS的还是能够induce regular cells into
specific stem cell的marker？
（对于你的例子，我有一些分析过的data肯能帮你能explain一些东西 已发邮件。）
谢谢。 |
z****u
发帖数: 1007 | 8 当然，如果能搞定某个自己研究方向的lineage marker这是最完美的。
我从过去几年得到的经验是，很多时候如果把眼界思路放到自己领域之外的全身，时常
会有惊喜。 就像一个knockout model 不同组可以拿来研究不同organ里这个基因的作
用。CreERT model也一样。如果因为这个发现不属于自己的特定领域而不深究会很浪费
的。
【在 a****d 的大作中提到】
: 搞定一个lineage的特异surface marker更重要
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z****u
发帖数: 1007 | 9 第二种方法确实有很大的盲目性。属于盲筛。不过好歹也算screening的一种了。如果
能有机会和做老鼠的组合作廉价甚至免费的拿到那些ERT老鼠，还是值得做的。
enhancer trap技术我不熟悉，但是据熟悉的人告诉我说，enhancer trap做screening
的根本原因就在于enhancer经常具有tissue specific. 这也是我觉得screen 这些
enhancer driven CreERT老鼠有可能会有有意义的发现的原因之一。
我说到的marker都说的是in vivo marker. 如果它是TF or enhancer,那就无法用于
FACS。
cell
into
【在 g*********3 的大作中提到】
: 赞分享。
: 你举得例子可能和TF的versatile有关（本人不是做mouse的，可能没有理解对），cell
: -type specific enhancer/TF我觉得在有些例子里不一定全对。
: 第二种方法感觉不太容易实现啊，很多基因的表达都普遍（不知道有没有理解对）。
: 对于marker，做mouse的理解是什么：用于FACS的还是能够induce regular cells into
: specific stem cell的marker？
: （对于你的例子，我有一些分析过的data肯能帮你能explain一些东西 已发邮件。）
: 谢谢。
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y*********i
发帖数: 244 | 10 隔行如隔山啊 不明觉厉
【在 z****u 的大作中提到】
: 第二种方法确实有很大的盲目性。属于盲筛。不过好歹也算screening的一种了。如果
: 能有机会和做老鼠的组合作廉价甚至免费的拿到那些ERT老鼠，还是值得做的。
: enhancer trap技术我不熟悉，但是据熟悉的人告诉我说，enhancer trap做screening
: 的根本原因就在于enhancer经常具有tissue specific. 这也是我觉得screen 这些
: enhancer driven CreERT老鼠有可能会有有意义的发现的原因之一。
: 我说到的marker都说的是in vivo marker. 如果它是TF or enhancer,那就无法用于
: FACS。
:
: cell
: into
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t****w
发帖数: 130 | 11 仅仅依靠一个两个所谓marker基因的相对表达水平来鉴定cell identity是阻碍干细胞
领域发展的最大障碍之一。
看上去很美好的Lineage tracing系统其实问题挺多，最大的问题就是干细胞往往非常
rare,很难detect到。而你detect到大量label成功的细胞不一定是真正发挥功能的干细
胞。
今后的希望还是回归到最本质的问题：what is cell? 细胞是执行生物功能的一个功能
单位，所以cell identity还是要从功能鉴定入手。所谓stem cell,不在于是否表达
marker，而在于在体内（或体外）是否有self-renewal的能力，是否能在分化过程中产
生出其他生物学功能。
关于功能检测方法多多，可操作性强一点的就是看看几个功能相关基因的表达。硬要讨
论“marker”的话，几个功能相关的基因协同表达倒可以算是个有意义的“marker set
”。 |
z****u
发帖数: 1007 | 12 对的，很多研究单纯就靠几个所谓marker的表达水平来鉴定stem cell identity确实不
可行。
lineage tracing不完美，比如leakage等问题。不过已经是当前能做到的最好的了。依
然该是金标准。
没有一个marker是完美的。比如alexandra joyner的那篇关于GLi1+ cell作为hair
follicle stem cell marker的文章。单纯从lineage tracing结果来看其实并不完美，
其对hair follicle的contribution并不完全，但是重要的是他们揭示了这群gli1+
cell是受神经分泌的Shh的调控的。这就重要了。marker不是目的，找到一个marker就
意味着一个in vivo model的建立以及一个可能的新的regulatory mechanism.
到底什么是stem cell.我很赞同你的观点。。stem cell 到底是个identity还是个功能
？ 这个问题现在很难回答。
【在 t****w 的大作中提到】
: 仅仅依靠一个两个所谓marker基因的相对表达水平来鉴定cell identity是阻碍干细胞
: 领域发展的最大障碍之一。
: 看上去很美好的Lineage tracing系统其实问题挺多，最大的问题就是干细胞往往非常
: rare,很难detect到。而你detect到大量label成功的细胞不一定是真正发挥功能的干细
: 胞。
: 今后的希望还是回归到最本质的问题：what is cell? 细胞是执行生物功能的一个功能
: 单位，所以cell identity还是要从功能鉴定入手。所谓stem cell,不在于是否表达
: marker，而在于在体内（或体外）是否有self-renewal的能力，是否能在分化过程中产
: 生出其他生物学功能。
: 关于功能检测方法多多，可操作性强一点的就是看看几个功能相关基因的表达。硬要讨
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t****w
发帖数: 130 | 13 你说得有道理 leakage也是lineage tracing的一个大问题，另外promoter activity-
driven的标记方法和实际mRNA/蛋白表达水平的差异也是个问题。虽然目前lineage
tracing被广泛运用，但我个人是非常反对把lineage tracing做为“金标准”的。
关于干细胞的研究，比lineage tracing更说明问题的应该是transplant之后系统的重
建。例如要证明细胞是ESC，最关键的标准不是Nanog等几个marker的表达，而应该看是
否细胞注入blastocyst之后能发育成chimeric mouse； 同理，证明hematopoietic
stem cell的关键在于是否能通过serial transplantation 来repopulate blood
system.类似的目前在gut,lung和skini等里边干细胞也都移植重建成功了。这在理论上
意义还是很重大的。
【在 z****u 的大作中提到】
: 对的，很多研究单纯就靠几个所谓marker的表达水平来鉴定stem cell identity确实不
: 可行。
: lineage tracing不完美，比如leakage等问题。不过已经是当前能做到的最好的了。依
: 然该是金标准。
: 没有一个marker是完美的。比如alexandra joyner的那篇关于GLi1+ cell作为hair
: follicle stem cell marker的文章。单纯从lineage tracing结果来看其实并不完美，
: 其对hair follicle的contribution并不完全，但是重要的是他们揭示了这群gli1+
: cell是受神经分泌的Shh的调控的。这就重要了。marker不是目的，找到一个marker就
: 意味着一个in vivo model的建立以及一个可能的新的regulatory mechanism.
: 到底什么是stem cell.我很赞同你的观点。。stem cell 到底是个identity还是个功能
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z****u
发帖数: 1007 | 14 lineage tracing和transplantatation研究的是两种不同过程里干细胞的反应。
lineage tracing是看的homeostasis, transplantation看的更类似于injury repair.
这两种过程里干细胞的来源，potential可以很不一致。相比下，lineage tracing研究
的更接近生理过程，后者更具有实际应用价值。
transplantation后的重建曾经是很多干细胞研究的金标准。但具有transplnation 后
重建组织功能的细胞却有可能对homeostasis没有contibution. 一个例子是nestin+
MSC. transplantation实验说它们能能在transplantation后成骨，但正常homeostasis
过程里其对骨的contribution很少。另外一个例子是NG2+ MSc,也是一样。在正常生理
条件下他们只参与pericyte turnover,对mesenchymal tissue没啥贡献，但一旦有损伤
发生它们会积极参与损伤修复。 hair follicle里的Gli1+ cell也是，主要contribute
to injury repair, but not to homeostasis.
我个人觉得injury repair以及transplantation都是属于很极端的非生理性的过程，有
些本来不是stem cell的细胞也会被转化成为类似于stem cell. |
t****w
发帖数: 130 | 15 lineage tracing 不光可以看homeostasis，一样可以研究injury & repair过程。同意
你关于homeostasis和injury repair过程中所牵涉的stem cell不一致的观点。其实所
谓homeostasis,也可以理解为轻微的，local的injury。Tissue injury虽然不是生理性
的过程，但却是实实在在的病理性过程，并不是artificial的。有时候甚至不同的
injury类型也可能涉及不同的stem cell，采用不同的修复机制。
经典的干细胞理论模型是基于一个hierarchy的概念，即同一组织器官内极少数细胞是
multipotent，少数细胞是oligopotent，而多数细胞是unipotent。有的损伤轻微，
unipotent细胞几次自我分裂即可完成修复；而有的损伤严重，必须要动用oligopotent
乃至multipotent细胞才能完成修复。
最后一个观点个人不能苟同。目前观察到的一些所谓“去分化”的细胞，往往都是极个
别刚要开始分化还远没有完成的干细胞。从干细胞开始的整个完整的细胞分化过程涉及
多步复杂的epigenetic设定，再怎么stress也不可能短时间内完全精确逆转 （除非是
传说中的STAP)！
.
homeostasis
contribute
【在 z****u 的大作中提到】
: lineage tracing和transplantatation研究的是两种不同过程里干细胞的反应。
: lineage tracing是看的homeostasis, transplantation看的更类似于injury repair.
: 这两种过程里干细胞的来源，potential可以很不一致。相比下，lineage tracing研究
: 的更接近生理过程，后者更具有实际应用价值。
: transplantation后的重建曾经是很多干细胞研究的金标准。但具有transplnation 后
: 重建组织功能的细胞却有可能对homeostasis没有contibution. 一个例子是nestin+
: MSC. transplantation实验说它们能能在transplantation后成骨，但正常homeostasis
: 过程里其对骨的contribution很少。另外一个例子是NG2+ MSc,也是一样。在正常生理
: 条件下他们只参与pericyte turnover,对mesenchymal tissue没啥贡献，但一旦有损伤
: 发生它们会积极参与损伤修复。 hair follicle里的Gli1+ cell也是，主要contribute
|
s********8
发帖数: 619 | |
n***w
发帖数: 2405 | 17 Endothelium在成体里tuenover很慢吧。。
【在 z****u 的大作中提到】
: 几年前基于inducible Cre的lineage tracing技术的出现对stem cell的研究是关键的
: 。但并没有很多stem cell 的 in vivo marker被identified出来。比如说liver
: tissue,都知道其可以再生，但是它有没有stem cell仍然在争议。更莫提marker了。
: endothelium是个快速turn
: over的组织，但起在成体内stem cell population的identification仍然未知。
: 筛选stem cell marker的方式可以有两个途径
: 第一就是正向的从已知marker出发，比如说通过已知marker筛选出某stem cell
: population, 分析其有啥gene 高表达，以此出发建立CreERT transgenic model来确认
: 新的marker.
: 对stem cell来说找到marker不是目的，更重要的是这个maker背后的mechanism. 一个
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K**R
发帖数: 193 | 18 而且最怕研究cre specific KO 我觉得做终端基因还比较特意，做早期的基因基本很难
说别的地方不表达。最怕gene 在早期某个点flash一下，然后消失。 我理解还比较浅
薄，感谢楼上的见解很到位。 |
z****u
发帖数: 1007 | 19 经典的干细胞理论模式和定义基本都是来源于HSC的研究，单个HSC以一种hierachical
的方式逐级重建整个H-lineage 。也由此self-renewal,multipotential 成为干细胞的
定义。
但实际上别的organ的干细胞并非如此。self-renewal是当然的。可multipotential 这
可真未必了。unipotential的就不能叫stem cell? 我认为这个定义需要修改。实际上
在现在很多stem cell研究里multipotential已不再是评价指标之一了，尤其在lineage
tracing 技术出现之后。有意思的是，好像HSC目前好像没人以lineage tracing的方
式去做过研究吧。我对HSC知道不多.
关于hierachy, 可能只有HSC被了解得很清楚。别的tissue specific stem cell是否也
有这样的hierachy? 我自己感兴趣的是transit amplifying cell (TA cell). 在mouse
incisor里面可以有很明确的TA cell population .可对于别的组织，至少在生理条件
下是很难分辨出一个TA population的。
oligopotent
【在 t****w 的大作中提到】
: lineage tracing 不光可以看homeostasis，一样可以研究injury & repair过程。同意
: 你关于homeostasis和injury repair过程中所牵涉的stem cell不一致的观点。其实所
: 谓homeostasis,也可以理解为轻微的，local的injury。Tissue injury虽然不是生理性
: 的过程，但却是实实在在的病理性过程，并不是artificial的。有时候甚至不同的
: injury类型也可能涉及不同的stem cell，采用不同的修复机制。
: 经典的干细胞理论模型是基于一个hierarchy的概念，即同一组织器官内极少数细胞是
: multipotent，少数细胞是oligopotent，而多数细胞是unipotent。有的损伤轻微，
: unipotent细胞几次自我分裂即可完成修复；而有的损伤严重，必须要动用oligopotent
: 乃至multipotent细胞才能完成修复。
: 最后一个观点个人不能苟同。目前观察到的一些所谓“去分化”的细胞，往往都是极个
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z****u
发帖数: 1007 | 20 endothelium turnover的研究手段有限，信息不多，都是基于BrdU incorporation 分
析。不好。
我自己设计了个模型检测过endothelium turnover. 大体看来不同部位速率不同。
brain blood barrier的turnover 最慢。肠道的turnover快得多。
【在 n***w 的大作中提到】
: Endothelium在成体里tuenover很慢吧。。
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n***w
发帖数: 2405 | 21 嗯，我看过retina里的，和bbb里一样，很慢。
你可以留意limbal stem cell，在角膜和巩膜边缘，这个很clinically relevant，也
很有basic science的意义。
【在 z****u 的大作中提到】
: endothelium turnover的研究手段有限，信息不多，都是基于BrdU incorporation 分
: 析。不好。
: 我自己设计了个模型检测过endothelium turnover. 大体看来不同部位速率不同。
: brain blood barrier的turnover 最慢。肠道的turnover快得多。
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z*t
发帖数: 863 | 22 HSC不能说表面marker没作用， ckit,flt这种突变是会导致leukemia的，CD48 KO也有
表型。
gut
【在 z****u 的大作中提到】
: 找到一个marker后能开展研究的方向很多，上下游只是一方面。
: 除此以外，基于这个CreERT model研究其表达pattern ,Stem cell dynamic本身就很有
: 意义了。比如说Hans Clevers组做的Lgr5, Lgr6在肠道里的那几篇Nature, Science文
: 章，就只是研究其表达位置，还有拿confetti reporter来研究其激活后populate gut
: epithelium后的方式。对其上下游signal pathway基本没咋研究。
: 就像你说的，其实很多干细胞marker真的只是凑巧在那里表达，没啥重要的功能意义，
: 比如NG2，nestin，俩都是最早是在brain里面被拿来标记神经干细胞的，然后做MSC的
: 发现其标记MSC不错。但这俩的knockout并不会导致啥MSC的功能缺陷。还有Gli1也是。
: 其功能对于MSC来说很弱，有点像是凑巧在干细胞那里表达。
: 干细胞的marker 可以是功能性的，比如ESC里的sox2, oct4啥的。也可以是非功能性的
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z*t
发帖数: 863 | 23 最近nature有一篇文章用transposon+barcode说即使是transplant后体内绝大多数造血
过程也是由progenitor cell而非stem cell负责的，当然他们主要是用老鼠，我怀疑在
人里做时间长了之后会不会看到stem cell的克隆。这个strategy对其它系统也应该适
用。
PS:我觉得很多组织器官因为turnover慢其实很少涉及到tissue homeostasis的概念，
血液系统，肠道，皮肤这种turnover速度很快的系统才涉及到homeostasis，所以只有
在challenge这些homeostasis比较慢的组织器官时才能找到特定细胞的功能
.
homeostasis
contribute
【在 z****u 的大作中提到】
: lineage tracing和transplantatation研究的是两种不同过程里干细胞的反应。
: lineage tracing是看的homeostasis, transplantation看的更类似于injury repair.
: 这两种过程里干细胞的来源，potential可以很不一致。相比下，lineage tracing研究
: 的更接近生理过程，后者更具有实际应用价值。
: transplantation后的重建曾经是很多干细胞研究的金标准。但具有transplnation 后
: 重建组织功能的细胞却有可能对homeostasis没有contibution. 一个例子是nestin+
: MSC. transplantation实验说它们能能在transplantation后成骨，但正常homeostasis
: 过程里其对骨的contribution很少。另外一个例子是NG2+ MSc,也是一样。在正常生理
: 条件下他们只参与pericyte turnover,对mesenchymal tissue没啥贡献，但一旦有损伤
: 发生它们会积极参与损伤修复。 hair follicle里的Gli1+ cell也是，主要contribute
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f******g
发帖数: 1003 | 24 能说一下文章标题吗？
谢谢
【在 z*t 的大作中提到】
: 最近nature有一篇文章用transposon+barcode说即使是transplant后体内绝大多数造血
: 过程也是由progenitor cell而非stem cell负责的，当然他们主要是用老鼠，我怀疑在
: 人里做时间长了之后会不会看到stem cell的克隆。这个strategy对其它系统也应该适
: 用。
: PS:我觉得很多组织器官因为turnover慢其实很少涉及到tissue homeostasis的概念，
: 血液系统，肠道，皮肤这种turnover速度很快的系统才涉及到homeostasis，所以只有
: 在challenge这些homeostasis比较慢的组织器官时才能找到特定细胞的功能
:
: .
: homeostasis
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f******g
发帖数: 1003 | 25 两年前，开会的时候看到一个牛人用Gata2 (or Tie2) reporter mice来trace HSC 分
化。
估计文章应该出来了吧
hierachical
lineage
mouse
【在 z****u 的大作中提到】
: 经典的干细胞理论模式和定义基本都是来源于HSC的研究，单个HSC以一种hierachical
: 的方式逐级重建整个H-lineage 。也由此self-renewal,multipotential 成为干细胞的
: 定义。
: 但实际上别的organ的干细胞并非如此。self-renewal是当然的。可multipotential 这
: 可真未必了。unipotential的就不能叫stem cell? 我认为这个定义需要修改。实际上
: 在现在很多stem cell研究里multipotential已不再是评价指标之一了，尤其在lineage
: tracing 技术出现之后。有意思的是，好像HSC目前好像没人以lineage tracing的方
: 式去做过研究吧。我对HSC知道不多.
: 关于hierachy, 可能只有HSC被了解得很清楚。别的tissue specific stem cell是否也
: 有这样的hierachy? 我自己感兴趣的是transit amplifying cell (TA cell). 在mouse
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f******g
发帖数: 1003 | 26 我最近发现一个membrane protein （A), FACS 抗体是能够买到的。
A 阳性的细胞只有total bone marrow的1%。in A positive cells, 30-50% is KSL
cells.
Transplantation assay shows that A positive cells are HSC enriched cells.
A ko mice are viable, but HSC function in A ko mice is not investigated yet.
I plan to generate a reporter mice, do you think will it be interesting? |
z*t
发帖数: 863 | |
z*t
发帖数: 863 | 28 多少ksl是A+? 1%对stem cell还是偏高了，如果你用a KO mice的bm做transplantation
能够看到engraftment 改变phenotype的话还是可以的
yet.
【在 f******g 的大作中提到】
: 我最近发现一个membrane protein （A), FACS 抗体是能够买到的。
: A 阳性的细胞只有total bone marrow的1%。in A positive cells, 30-50% is KSL
: cells.
: Transplantation assay shows that A positive cells are HSC enriched cells.
: A ko mice are viable, but HSC function in A ko mice is not investigated yet.
: I plan to generate a reporter mice, do you think will it be interesting?
|
t****w
发帖数: 130 | 29 Transient amplifying cell是普遍存在的，比如Hans研究得很清楚的small intestine
，+4位置以上的一般被认为是TA细胞。
如果multipotent的标准都不要了，hierarchy的标准也不要了，那已经没有探讨stem
cell的意义了。就像在liver和pancreas里边一样，每个cell都可以是stem cell， all
cells are born equal！ ———— 这显然歪曲了学科的本质。
hierachical
lineage
mouse
【在 z****u 的大作中提到】
: 经典的干细胞理论模式和定义基本都是来源于HSC的研究，单个HSC以一种hierachical
: 的方式逐级重建整个H-lineage 。也由此self-renewal,multipotential 成为干细胞的
: 定义。
: 但实际上别的organ的干细胞并非如此。self-renewal是当然的。可multipotential 这
: 可真未必了。unipotential的就不能叫stem cell? 我认为这个定义需要修改。实际上
: 在现在很多stem cell研究里multipotential已不再是评价指标之一了，尤其在lineage
: tracing 技术出现之后。有意思的是，好像HSC目前好像没人以lineage tracing的方
: 式去做过研究吧。我对HSC知道不多.
: 关于hierachy, 可能只有HSC被了解得很清楚。别的tissue specific stem cell是否也
: 有这样的hierachy? 我自己感兴趣的是transit amplifying cell (TA cell). 在mouse
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t****w
发帖数: 130 | 30 这方法够牛B, 不过结论其实并不算太出奇啊。 跟我之前探讨的一样，homeostasis or
repair of mild damage 由progenitor负责，repair of catastrophic damage由stem
cell负责。
【在 z*t 的大作中提到】
: 最近nature有一篇文章用transposon+barcode说即使是transplant后体内绝大多数造血
: 过程也是由progenitor cell而非stem cell负责的，当然他们主要是用老鼠，我怀疑在
: 人里做时间长了之后会不会看到stem cell的克隆。这个strategy对其它系统也应该适
: 用。
: PS:我觉得很多组织器官因为turnover慢其实很少涉及到tissue homeostasis的概念，
: 血液系统，肠道，皮肤这种turnover速度很快的系统才涉及到homeostasis，所以只有
: 在challenge这些homeostasis比较慢的组织器官时才能找到特定细胞的功能
:
: .
: homeostasis
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z****u
发帖数: 1007 | 31 TA cells是个stem cell 的动力学问题. 对于fast turnover tisue以及slow turnover
tissue,我认为其dynamic应该是不同的。fast turnover tissue 来说，quiescent
stem cell-->proliferating TA cells——》committed progenitors_-->terminal
differentiated cells 这样的过程有利于stem cell快速扩增。但对于很多slow
turnover tissue, 比如，肌肉，骨，这样的TA population在生理状况下是检测不到的
。当然对slow turnover tissue的 stem cell dynamic的研究本来就很少。
关于multipotential是否该是stem cell的定义，最好的回答是Pax7+ satellite cells
for muscle. 它完全只contribute to skeletal muscle而没有别的任何potential ,
除此以外，它的其它特性都完全的复合stem cell的标准。做satellite cell的人从来
没关心过这个Multipotential 的 问题。 satellite cell真是个非常好的 model. 因
为它能被精确的定位到单个细胞。Pax7-CreERT也是个很高效的模型。
liver真是很有意思的组织。都知道它再生能力极强，但又没有发现明确的stem cell
population. 这也是我为啥琢磨，stemness是个property, 而非identity.
intestine
all
【在 t****w 的大作中提到】
: Transient amplifying cell是普遍存在的，比如Hans研究得很清楚的small intestine
: ，+4位置以上的一般被认为是TA细胞。
: 如果multipotent的标准都不要了，hierarchy的标准也不要了，那已经没有探讨stem
: cell的意义了。就像在liver和pancreas里边一样，每个cell都可以是stem cell， all
: cells are born equal！ ———— 这显然歪曲了学科的本质。
:
: hierachical
: lineage
: mouse
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f******g
发帖数: 1003 | 32 Thanks
transplantation
【在 z*t 的大作中提到】
: 多少ksl是A+? 1%对stem cell还是偏高了，如果你用a KO mice的bm做transplantation
: 能够看到engraftment 改变phenotype的话还是可以的
:
: yet.
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z*t
发帖数: 863 | 33 这是最新用类似方法拿到人类造血的数据
还是和老鼠里蛮不一样的
https://ash.confex.com/ash/2014/webprogram/Paper70008.html
or
stem
【在 t****w 的大作中提到】
: 这方法够牛B, 不过结论其实并不算太出奇啊。 跟我之前探讨的一样，homeostasis or
: repair of mild damage 由progenitor负责，repair of catastrophic damage由stem
: cell负责。
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z****u
发帖数: 1007 | 34 genetic barcoding技术很有意思啊。可是它只能定量，不能定位吧。
有点类似于confetti reporter.
问个问题。有人拿CreERT的方式检验HSC的lineage tracing吗。。比如CD34-CreERT 来
看其derivation.
【在 z*t 的大作中提到】
: 这是最新用类似方法拿到人类造血的数据
: 还是和老鼠里蛮不一样的
: https://ash.confex.com/ash/2014/webprogram/Paper70008.html
:
: or
: stem
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z****u
发帖数: 1007 | 35 刚读完这文章。。好文。也回答了上面我的疑惑。
看来HSC缺乏lineage tracing model 基本是个研究传统问题。将来会有的。
【在 z*t 的大作中提到】
: http://www.nature.com/nature/journal/v514/n7522/full/nature1382
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p****6
发帖数: 4 | 36 楼主，你不是牙医吗？你这个牙医懂的好多啊，讲解的真高深哎！真的是你说的驰詫风
云啊， 天天养老鼠做实验比你中美行医有趣多了吧！. 您这个牙医时间好多啊，到
处指点江山驰詫风云。 超赞你的一精多专。祝你在你的这些精专领域都有杰出成就!
【在 z****u 的大作中提到】
: 刚读完这文章。。好文。也回答了上面我的疑惑。
: 看来HSC缺乏lineage tracing model 基本是个研究传统问题。将来会有的。
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s******r
发帖数: 2876 | 37 实际上我觉得Pax7细胞就不应该叫做stem cell，
叫个其他名字，比如progenitor cell。
大家都管自己的细胞叫干细胞，实际上只不过是炒作概念，
做development的都说自己是做的干细胞了。
TA cells是个stem cell 的动力学问题. 对于fast turnover tisue以及slow turnover
tissue,我认为其dynamic应该是不同的。fast turnover tissue 来说，quiescent
stem cell-->proliferating TA cells——》committed progenitors_-->terminal
differentiated cells 这样的过程有利于stem cell快速扩增。但对于很多slow
turnover tissue, 比如，肌肉，骨，这样的TA population在生理状况下是检测不到的
。当然对slow turnover tissue的 stem cell dynamic的研究本来就很少。
关于multipotential是否该是stem cell的定义，最好的回答是Pax7+ satellite cells
for muscle. 它完全只contribute to skeletal muscle而没有别的任何potential ,
除此以外，它的其它特性都完全的复合stem cell的标准。做satellite cell的人从来
没关心过这个Multipotential 的 问题。 satellite cell真是个非常好的 model. 因
为它能被精确的定位到单个细胞。Pax7-CreERT也是个很高效的模型。
liver真是很有意思的组织。都知道它再生能力极强，但又没有发现明确的stem cell
population. 这也是我为啥琢磨，stemness是个property, 而非identity.
intestine
all
【在 z****u 的大作中提到】
: TA cells是个stem cell 的动力学问题. 对于fast turnover tisue以及slow turnover
: tissue,我认为其dynamic应该是不同的。fast turnover tissue 来说，quiescent
: stem cell-->proliferating TA cells——》committed progenitors_-->terminal
: differentiated cells 这样的过程有利于stem cell快速扩增。但对于很多slow
: turnover tissue, 比如，肌肉，骨，这样的TA population在生理状况下是检测不到的
: 。当然对slow turnover tissue的 stem cell dynamic的研究本来就很少。
: 关于multipotential是否该是stem cell的定义，最好的回答是Pax7+ satellite cells
: for muscle. 它完全只contribute to skeletal muscle而没有别的任何potential ,
: 除此以外，它的其它特性都完全的复合stem cell的标准。做satellite cell的人从来
: 没关心过这个Multipotential 的 问题。 satellite cell真是个非常好的 model. 因
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z*t
发帖数: 863 | 38 主要是HSC field，Weissman当年的model影响实在太大。而且HSC可以用single cell
transplantation来看一个stem cell是如何contribute hematopoiesis的
其实说到tracing HSC领域还有两个问题：
1. HSC是不是all equal的，最近几篇文章（http://www.nature.com/nature/journal/v502/n7470/full/nature12495.html， http://www.cell.com/cell-stem-cell/abstract/S1934-5909%2810%2900046-9）都在suggest HSC内部存在着不同differentiation bias,而且HSC其实会表达少量的lineage specific gene(以红细胞和血小板基因为主)，这也算是未来做lineage tracing可以考虑的一个方向
2. HSC在分化时是按照经典的不均等分裂模型来产生dormant HSC和active HSC,还是像
Ben Simons提出的肠道和睾丸随机分化的模型(他那个模型好像neutral drift)，还是
很不清楚的。目前两个都可能成立，第一个得依赖Msi2这个gene的研究，现在已知Msi2
可以控制细胞的不均等分裂，而且KO会影响造血，并促进leukmogenesis。后面一个考
虑到aging disease-MDS中的clonal hematopoiesis，其实非常可能是HSC分化的模型。
【在 z****u 的大作中提到】
: 刚读完这文章。。好文。也回答了上面我的疑惑。
: 看来HSC缺乏lineage tracing model 基本是个研究传统问题。将来会有的。
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s******k
发帖数: 4 | 39
这篇文章俺也读过了，确实很有意思。不过他们用transposon标记HSC，不怕
transposon随机插入个什么oncogene吗？我记得以前就有人用transposon建立KO小鼠或
者肿瘤模型。这种对基因组本身就有很大影响的系统是不是真的准确反应HSC in vivo
behavior可能还需要时间考验吧
【在 z****u 的大作中提到】
: 刚读完这文章。。好文。也回答了上面我的疑惑。
: 看来HSC缺乏lineage tracing model 基本是个研究传统问题。将来会有的。
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s******k
发帖数: 4 | 40 觉得好奇怪呀。既然干细胞研究首先从HSC发起的并建立干细胞的定义，但目前HSC的研
究居然没人用lineage tracing...那么现在整个hematopoiesis model还是基于10几年
前Weissman用transplantation建立的model嘛。。。为啥研究反而比其他器官干细胞的
研究落后了
Msi2
【在 z*t 的大作中提到】
: 主要是HSC field，Weissman当年的model影响实在太大。而且HSC可以用single cell
: transplantation来看一个stem cell是如何contribute hematopoiesis的
: 其实说到tracing HSC领域还有两个问题：
: 1. HSC是不是all equal的，最近几篇文章（http://www.nature.com/nature/journal/v502/n7470/full/nature12495.html， http://www.cell.com/cell-stem-cell/abstract/S1934-5909%2810%2900046-9）都在suggest HSC内部存在着不同differentiation bias,而且HSC其实会表达少量的lineage specific gene(以红细胞和血小板基因为主)，这也算是未来做lineage tracing可以考虑的一个方向
: 2. HSC在分化时是按照经典的不均等分裂模型来产生dormant HSC和active HSC,还是像
: Ben Simons提出的肠道和睾丸随机分化的模型(他那个模型好像neutral drift)，还是
: 很不清楚的。目前两个都可能成立，第一个得依赖Msi2这个gene的研究，现在已知Msi2
: 可以控制细胞的不均等分裂，而且KO会影响造血，并促进leukmogenesis。后面一个考
: 虑到aging disease-MDS中的clonal hematopoiesis，其实非常可能是HSC分化的模型。
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x********e
发帖数: 35261 | 41 transposon 做lineage marker这个想法八，九十年代就出了一篇Science，是个大牛，
名字我不太记得了。前段时间journal club的时候我们还说这想法应该继续做下去呢，
没想到已经有人做了啊。
【在 z*t 的大作中提到】
: 最近nature有一篇文章用transposon+barcode说即使是transplant后体内绝大多数造血
: 过程也是由progenitor cell而非stem cell负责的，当然他们主要是用老鼠，我怀疑在
: 人里做时间长了之后会不会看到stem cell的克隆。这个strategy对其它系统也应该适
: 用。
: PS:我觉得很多组织器官因为turnover慢其实很少涉及到tissue homeostasis的概念，
: 血液系统，肠道，皮肤这种turnover速度很快的系统才涉及到homeostasis，所以只有
: 在challenge这些homeostasis比较慢的组织器官时才能找到特定细胞的功能
:
: .
: homeostasis
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x******3
发帖数: 111 | |
