V******t
发帖数: 444 | 1 需要设计几个针对mouse的siRNA
自己随便设计，效率高的几率小啊，有没有验证过的数据库可以直接查的？ |
C*********h
发帖数: 83 | 2 有微友私信问设计siRNA、shRNA和gRNA. 今天先说siRNA和shRNA吧。
一般我是take advantage of sigma. 他们有现成的shRNA产品，而且反响很好。
当然了，土豪可以自己去Dharmacon订购siRNA， 或者在sigma订购shRNA,甚至是包装好
的病毒。
1.第一步去sigma英文网站，一定要是英文网站
http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html
#华夏小奇说实验的事#设计siRNA和shRNA
2. 搜索你感兴趣的基因。如TNFR, 出来结果之后点击shRNA(下图黑色剪头所示)
插播广告 订购基因敲除小鼠请访问公司网站（2-4个月，小鼠转基因、敲除敲入、条件
性敲除）
#华夏小奇说实验的事#设计siRNA和shRNA
3. 点击进入下个页面，点击pricing，会出现每个shRNA的hairpin的序列。
如下面的序列，介于“CCGG”和"CTCGAG"之间的，就是shRNA的目标序列。
可以根据这个序列设计siRNA和shRNA(自己合成hairpin, 退火连入pLKO or Tet-pLKO就
可以做knockdown和inducible knockdown).
CCGGCACGACTTCATCCACGGATATCTCGAGATATCCGTGGATGAAGTCGTGTTTTTG
http://blog.sina.com.cn/s/blog_12d8810790102uyry.html
【在 V******t 的大作中提到】
: 需要设计几个针对mouse的siRNA
: 自己随便设计，效率高的几率小啊，有没有验证过的数据库可以直接查的？
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V******t
发帖数: 444 | 3 谢谢了
请问overhang 怎么选啊
是dtdt 还是别的？
【在 C*********h 的大作中提到】
: 有微友私信问设计siRNA、shRNA和gRNA. 今天先说siRNA和shRNA吧。
: 一般我是take advantage of sigma. 他们有现成的shRNA产品，而且反响很好。
: 当然了，土豪可以自己去Dharmacon订购siRNA， 或者在sigma订购shRNA,甚至是包装好
: 的病毒。
: 1.第一步去sigma英文网站，一定要是英文网站
: http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html
: #华夏小奇说实验的事#设计siRNA和shRNA
: 2. 搜索你感兴趣的基因。如TNFR, 出来结果之后点击shRNA(下图黑色剪头所示)
: 插播广告 订购基因敲除小鼠请访问公司网站（2-4个月，小鼠转基因、敲除敲入、条件
: 性敲除）
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B******o
发帖数: 496 | 4 直接去dharmacon order它们的smart pool不就完了，自己设计费那劲不讨好哦
【在 V******t 的大作中提到】
: 谢谢了
: 请问overhang 怎么选啊
: 是dtdt 还是别的？
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x*****e
发帖数: 309 | 5 其实是TRC(Then RNAi Consortium)的东西放在Sigma了，http://www.broadinstitute.org/rnai/public/。 我一般google: "shRNA+gene name+TRC" 能找到别人文章验证过的shRNA， 在到前面提到网站根据TRC ID找到需要合成的引物序列，根据addgene pLKO cloning protocol很快就做好了。当然能从Sigma买到细菌更方便了．
【在 C*********h 的大作中提到】
: 有微友私信问设计siRNA、shRNA和gRNA. 今天先说siRNA和shRNA吧。
: 一般我是take advantage of sigma. 他们有现成的shRNA产品，而且反响很好。
: 当然了，土豪可以自己去Dharmacon订购siRNA， 或者在sigma订购shRNA,甚至是包装好
: 的病毒。
: 1.第一步去sigma英文网站，一定要是英文网站
: http://www.sigmaaldrich.com/united-states.html
: #华夏小奇说实验的事#设计siRNA和shRNA
: 2. 搜索你感兴趣的基因。如TNFR, 出来结果之后点击shRNA(下图黑色剪头所示)
: 插播广告 订购基因敲除小鼠请访问公司网站（2-4个月，小鼠转基因、敲除敲入、条件
: 性敲除）
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