s*****r
发帖数: 223 | 1 想写段程序去预测蛋白的跨膜区和非跨膜区， 想知道至少几个氨基酸才能横穿细胞膜？
if a hydrophobic region cross the fatty cell membrane, 那这个hydrophobic
region 至少要多少个 aa?
相对的
hydrophilic segments that touch the watery cytoplasm and extracellular
environments，
这个 hydrophilic segment 至少是几个aa?
谢谢。
最好有文章可以引用下（或者能告诉我点信息， 我自己查） | i***l
发帖数: 1656 | 2 depends on alpha helix or beta sheet
roughly, ~20 aa for the former and ~12 for the latter, may not be very
accurate though
you can go to RSCB find some examples and take the mean value
no matter hydrophobic or hydrophilic, my 2 cents
膜？
【在 s*****r 的大作中提到】
: 想写段程序去预测蛋白的跨膜区和非跨膜区， 想知道至少几个氨基酸才能横穿细胞膜？
: if a hydrophobic region cross the fatty cell membrane, 那这个hydrophobic
: region 至少要多少个 aa?
: 相对的
: hydrophilic segments that touch the watery cytoplasm and extracellular
: environments，
: 这个 hydrophilic segment 至少是几个aa?
: 谢谢。
: 最好有文章可以引用下（或者能告诉我点信息， 我自己查）
| s*****r
发帖数: 223 | 3 谢谢， 很有用。 试了下， 12在我的模型里工作。
【在 i***l 的大作中提到】
: depends on alpha helix or beta sheet
: roughly, ~20 aa for the former and ~12 for the latter, may not be very
: accurate though
: you can go to RSCB find some examples and take the mean value
: no matter hydrophobic or hydrophilic, my 2 cents
:
: 膜？
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