B***v 发帖数: 113 | 1 老板交代的任务。寻找cDNA的序列NCBI gene就可以吧?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
我的感觉是很多不完整的序列在里面,鱼龙混杂,对一个不熟悉的基因很难分辨哪个序
列是对的。还有其他的更可靠的数据库查询cDNA序列吗?我只要找到不同物种的ORF即
可。
sequence alignment哪个软件比较好?或者是基于web的。最好是免费的,基本可以肯
定老板不会同意花钱买的。 |
p**********l 发帖数: 167 | 2 sequence alignment的话MEGA就可以做,fasta输入。 |
b********c 发帖数: 161 | 3 NCBI BLAST
【在 B***v 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 老板交代的任务。寻找cDNA的序列NCBI gene就可以吧? : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/ : 我的感觉是很多不完整的序列在里面,鱼龙混杂,对一个不熟悉的基因很难分辨哪个序 : 列是对的。还有其他的更可靠的数据库查询cDNA序列吗?我只要找到不同物种的ORF即 : 可。 : sequence alignment哪个软件比较好?或者是基于web的。最好是免费的,基本可以肯 : 定老板不会同意花钱买的。
|
B***v 发帖数: 113 | 4 多谢。BLAST的问题是只能一对一align,我希望做好几个species在一起的align。最后
的输出格式也不太好看。
【在 b********c 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : NCBI BLAST
|
B***v 发帖数: 113 | 5 这个我试了,功能挺多的,但是最后的alignment好像没法输出或者打印。
我最后用了Vector NTI里面的AlignX,还不错,还有一些二级结构分析,穿膜片段预测
等功能,不过这些功能都是基于web的第三方,要是能在align的图上直接标注这些功能
模块就更好了。
【在 p**********l 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : sequence alignment的话MEGA就可以做,fasta输入。
|