B***v
发帖数: 113 | 1 老板交代的任务。寻找cDNA的序列NCBI gene就可以吧？
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
我的感觉是很多不完整的序列在里面，鱼龙混杂，对一个不熟悉的基因很难分辨哪个序
列是对的。还有其他的更可靠的数据库查询cDNA序列吗？我只要找到不同物种的ORF即
可。
sequence alignment哪个软件比较好？或者是基于web的。最好是免费的，基本可以肯
定老板不会同意花钱买的。 |
p**********l
发帖数: 167 | 2 sequence alignment的话MEGA就可以做，fasta输入。 |
b********c
发帖数: 161 | 3 NCBI BLAST
【在 B***v 的大作中提到】
: 老板交代的任务。寻找cDNA的序列NCBI gene就可以吧？
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
: 我的感觉是很多不完整的序列在里面，鱼龙混杂，对一个不熟悉的基因很难分辨哪个序
: 列是对的。还有其他的更可靠的数据库查询cDNA序列吗？我只要找到不同物种的ORF即
: 可。
: sequence alignment哪个软件比较好？或者是基于web的。最好是免费的，基本可以肯
: 定老板不会同意花钱买的。
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B***v
发帖数: 113 | 4 多谢。BLAST的问题是只能一对一align，我希望做好几个species在一起的align。最后
的输出格式也不太好看。
【在 b********c 的大作中提到】
: NCBI BLAST
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B***v
发帖数: 113 | 5 这个我试了，功能挺多的，但是最后的alignment好像没法输出或者打印。
我最后用了Vector NTI里面的AlignX，还不错，还有一些二级结构分析，穿膜片段预测
等功能，不过这些功能都是基于web的第三方，要是能在align的图上直接标注这些功能
模块就更好了。
【在 p**********l 的大作中提到】
: sequence alignment的话MEGA就可以做，fasta输入。
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